More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_3046 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_0580  penicillin-binding protein, 1A family  59.21 
 
 
739 aa  747    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7522  penicillin-binding protein, 1A family  64.15 
 
 
714 aa  781    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276054  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5318  penicillin-binding protein, 1A family  59.06 
 
 
728 aa  765    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0131  1A family penicillin-binding protein  52.7 
 
 
770 aa  647    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6778  1A family penicillin-binding protein  62.87 
 
 
714 aa  789    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.395595  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0362  1A family penicillin-binding protein  59.35 
 
 
741 aa  712    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.244077 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4776  1A family penicillin-binding protein  55 
 
 
727 aa  768    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.119918  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0132  penicillin-binding protein 1A  59.7 
 
 
734 aa  748    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.675311  normal  0.447888 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3046  1A family penicillin-binding protein  100 
 
 
720 aa  1462    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.370823  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5243  penicillin-binding protein, 1A family  58.48 
 
 
727 aa  762    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.766198  normal  0.919451 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3703  penicillin-binding protein, 1A family  69.42 
 
 
712 aa  943    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.053736 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0041  penicillin-binding protein 1A  58.05 
 
 
735 aa  751    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0453  penicillin-binding protein 1A  59.87 
 
 
757 aa  735    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.287636  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0124  penicillin-binding protein 1A  59.73 
 
 
720 aa  741    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.994879  normal  0.789667 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0227  penicillin-binding protein 1A  60.03 
 
 
732 aa  768    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.369543  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3175  1A family penicillin-binding protein  60.39 
 
 
728 aa  762    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7653  putative penicillin-binding protein pbpC/mrcB-like protein  60.23 
 
 
734 aa  760    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.278881 
 
 
-
 
NC_004310  BR0117  1A family penicillin-binding protein  53.7 
 
 
763 aa  634  1e-180  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3388  1A family penicillin-binding protein  53.06 
 
 
750 aa  634  1e-180  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0114  1A family penicillin-binding protein  53.87 
 
 
730 aa  634  1e-180  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.572692  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3986  1A family penicillin-binding protein  51.17 
 
 
723 aa  631  1e-179  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4417  penicillin-binding protein, 1A family  51.46 
 
 
779 aa  626  1e-178  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.896917  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4097  penicillin-binding protein, 1A family  47.55 
 
 
776 aa  625  1e-178  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0305  penicillin-binding protein  51.02 
 
 
833 aa  617  1e-175  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0008  1A family penicillin-binding protein  47.6 
 
 
775 aa  572  1.0000000000000001e-162  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000321042 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3393  penicillin-binding protein 1A  46.71 
 
 
651 aa  518  1.0000000000000001e-145  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4205  1A family penicillin-binding protein  44.87 
 
 
654 aa  508  9.999999999999999e-143  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.317935  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2868  1A family penicillin-binding protein  44.64 
 
 
669 aa  482  1e-134  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.0010427  normal  0.721279 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0897  1A family penicillin-binding protein  45.19 
 
 
691 aa  475  1e-132  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.376717 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0883  1A family penicillin-binding protein  45.05 
 
 
714 aa  473  1e-132  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1653  1A family penicillin-binding protein  42.91 
 
 
768 aa  470  1.0000000000000001e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.64242  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0506  penicillin-binding protein, 1A family  47.2 
 
 
796 aa  461  9.999999999999999e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.396512  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0583  1A family penicillin-binding protein  40.91 
 
 
718 aa  457  1e-127  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.161794  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0583  1A family penicillin-binding protein  40.91 
 
 
724 aa  457  1e-127  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0864  penicillin-binding protein, 1A family  41.51 
 
 
760 aa  449  1e-125  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.930859 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3056  putative penicillin-binding protein  39.88 
 
 
759 aa  451  1e-125  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2073  penicillin-binding protein, 1A family  41.6 
 
 
758 aa  450  1e-125  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2677  1A family penicillin-binding protein  40.26 
 
 
724 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.288371  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0677  penicillin-binding protein, 1A family  45.98 
 
 
815 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.187464 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1627  1A family penicillin-binding protein  40.76 
 
 
718 aa  449  1.0000000000000001e-124  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.216077 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1046  1A family penicillin-binding protein  47.22 
 
 
810 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0916  1A family penicillin-binding protein  42.76 
 
 
656 aa  446  1.0000000000000001e-124  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.129187 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0928  1A family penicillin-binding protein  40.98 
 
 
784 aa  444  1e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0889  penicillin-binding protein, 1A family  40.98 
 
 
765 aa  444  1e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.53881  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3506  penicillin-binding protein 1A  42.78 
 
 
769 aa  444  1e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.430284 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1787  penicillin-binding protein 1A  43.14 
 
 
757 aa  444  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.495648  normal  0.0540885 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0878  1A family penicillin-binding protein  41.82 
 
 
764 aa  442  1e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.337969  hitchhiker  0.000893073 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3921  1A family penicillin-binding protein  40.92 
 
 
712 aa  442  9.999999999999999e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0187238 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1953  penicillin-binding protein 1A  42.31 
 
 
750 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.330059 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1403  penicillin-binding protein 1A  43.09 
 
 
760 aa  442  9.999999999999999e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0706  1A family penicillin-binding protein  44.83 
 
 
830 aa  442  9.999999999999999e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.679519  normal  0.247814 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0719  penicillin-binding protein, 1A family  44.5 
 
 
830 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.347949  normal  0.695169 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1150  penicillin-binding protein 1A  40.38 
 
 
759 aa  438  1e-121  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0720  penicillin-binding protein, 1A family  39.27 
 
 
744 aa  434  1e-120  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0942081  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1662  penicillin-binding protein, 1A family  39.71 
 
 
742 aa  431  1e-119  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.460487 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3611  1A family penicillin-binding protein  45.32 
 
 
814 aa  431  1e-119  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.246117  hitchhiker  0.00429634 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1323  penicillin binding protein  42.38 
 
 
707 aa  429  1e-119  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.295305  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2548  1A family penicillin-binding protein  40.13 
 
 
788 aa  427  1e-118  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.340929  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0887  glycosyl transferase family protein  40.45 
 
 
831 aa  429  1e-118  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.656493  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1115  1A family penicillin-binding protein  40.6 
 
 
743 aa  426  1e-118  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.331133  normal  0.670301 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2976  penicillin-binding protein 1A  38.03 
 
 
732 aa  428  1e-118  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.706338  normal  0.0468757 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2817  1A family penicillin-binding protein  39.38 
 
 
709 aa  420  1e-116  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.515125  normal  0.127975 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0767  penicillin-binding protein, 1A family  41.46 
 
 
763 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.210188  normal  0.891602 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0118  1A family penicillin-binding protein  39.9 
 
 
788 aa  414  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0626  1A family penicillin-binding protein  43.38 
 
 
733 aa  412  1e-113  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.10684  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0950  penicillin-binding protein 1A  38.97 
 
 
776 aa  411  1e-113  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0203  1A family penicillin-binding protein  41.68 
 
 
658 aa  410  1e-113  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2628  penicillin-binding protein 1A  39.35 
 
 
735 aa  412  1e-113  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2520  penicillin-binding protein 1A  42.65 
 
 
750 aa  408  1.0000000000000001e-112  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0785  penicillin-binding protein 1A  41.89 
 
 
712 aa  405  1e-111  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.649225 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6858  penicillin-binding protein, 1A family  42.46 
 
 
626 aa  404  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3329  penicillin-binding protein 1A  38.41 
 
 
712 aa  401  9.999999999999999e-111  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1128  penicillin-binding protein, 1A family  37.72 
 
 
648 aa  397  1e-109  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0894  penicillin-binding protein, 1A family  41.74 
 
 
728 aa  394  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0142  penicillin-binding protein  39.3 
 
 
729 aa  395  1e-108  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1078  1A family penicillin-binding protein  41.92 
 
 
727 aa  394  1e-108  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.319269  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2904  penicillin-binding protein, 1A family  39.2 
 
 
811 aa  393  1e-108  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1022  penicillin-binding protein, 1A family  41.38 
 
 
736 aa  393  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.53642  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4703  1A family penicillin-binding protein  38.47 
 
 
755 aa  389  1e-107  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1342  penicillin-binding protein, 1A family  39.17 
 
 
824 aa  387  1e-106  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1701  1A family penicillin-binding protein  41.31 
 
 
626 aa  383  1e-105  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.41226  normal  0.0892672 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1371  penicillin-binding protein, 1A family  39.17 
 
 
824 aa  385  1e-105  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2033  1A family penicillin-binding protein  37.83 
 
 
776 aa  384  1e-105  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.431137  normal  0.140468 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1453  penicillin-binding protein 1A  40.9 
 
 
699 aa  381  1e-104  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.8478  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0878  1A family penicillin-binding protein  37.21 
 
 
626 aa  374  1e-102  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.209414  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4055  peptidoglycan glycosyltransferase  37.6 
 
 
744 aa  368  1e-100  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1056  penicillin-binding protein, 1A family  39.01 
 
 
751 aa  367  1e-100  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0858  penicillin-binding protein, 1A family  39.31 
 
 
618 aa  363  5.0000000000000005e-99  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00486988  hitchhiker  0.00041503 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2100  1A family penicillin-binding protein  40 
 
 
661 aa  362  1e-98  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2820  penicillin-binding protein, 1A family  37.79 
 
 
727 aa  359  9e-98  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.727063  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0214  penicillin-binding protein 1A  37.07 
 
 
707 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.560264 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0220  penicillin-binding protein, 1A family  38.82 
 
 
643 aa  358  1.9999999999999998e-97  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0217  penicillin-binding protein, 1A family  38.82 
 
 
643 aa  358  1.9999999999999998e-97  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.380595  hitchhiker  0.00649941 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1300  penicillin-binding protein, 1A family  37.69 
 
 
648 aa  358  1.9999999999999998e-97  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.396458  hitchhiker  0.0031785 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2535  penicillin-binding protein, 1A family  38.75 
 
 
643 aa  353  5.9999999999999994e-96  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0805  penicillin-binding protein 1A  37.87 
 
 
680 aa  353  8e-96  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0444532  normal  0.0112407 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1696  penicillin-binding protein, 1A family  37.9 
 
 
761 aa  352  1e-95  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.235679  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5424  penicillin-binding protein 1A  38.03 
 
 
709 aa  352  1e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.122893  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5438  1A family penicillin-binding protein  38.03 
 
 
709 aa  352  1e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.899041 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4831  1A family penicillin-binding protein  38.03 
 
 
709 aa  352  2e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.982435 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>