More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_1453 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008048  Sala_1453  penicillin-binding protein 1A  100 
 
 
699 aa  1404    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.8478  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1078  1A family penicillin-binding protein  50.84 
 
 
727 aa  526  1e-148  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.319269  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1701  1A family penicillin-binding protein  50.8 
 
 
626 aa  506  9.999999999999999e-143  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.41226  normal  0.0892672 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0767  penicillin-binding protein, 1A family  45.39 
 
 
763 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.210188  normal  0.891602 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0203  1A family penicillin-binding protein  47.32 
 
 
658 aa  450  1e-125  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6858  penicillin-binding protein, 1A family  44.5 
 
 
626 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2520  penicillin-binding protein 1A  46.4 
 
 
750 aa  426  1e-117  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0506  penicillin-binding protein, 1A family  44.59 
 
 
796 aa  424  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.396512  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0124  penicillin-binding protein 1A  45.19 
 
 
720 aa  426  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.994879  normal  0.789667 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0580  penicillin-binding protein, 1A family  43.89 
 
 
739 aa  418  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0041  penicillin-binding protein 1A  44.35 
 
 
735 aa  419  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0132  penicillin-binding protein 1A  43.72 
 
 
734 aa  412  1e-114  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.675311  normal  0.447888 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1046  1A family penicillin-binding protein  43.7 
 
 
810 aa  412  1e-113  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0227  penicillin-binding protein 1A  44.03 
 
 
732 aa  409  1e-113  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.369543  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7653  putative penicillin-binding protein pbpC/mrcB-like protein  44.12 
 
 
734 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.278881 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0008  1A family penicillin-binding protein  43.19 
 
 
775 aa  402  1e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000321042 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6778  1A family penicillin-binding protein  42.6 
 
 
714 aa  401  9.999999999999999e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.395595  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3175  1A family penicillin-binding protein  42.23 
 
 
728 aa  401  9.999999999999999e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0677  penicillin-binding protein, 1A family  43.16 
 
 
815 aa  396  1e-109  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.187464 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7522  penicillin-binding protein, 1A family  43.23 
 
 
714 aa  395  1e-108  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276054  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5318  penicillin-binding protein, 1A family  42.09 
 
 
728 aa  393  1e-108  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5243  penicillin-binding protein, 1A family  41.67 
 
 
727 aa  390  1e-107  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.766198  normal  0.919451 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4776  1A family penicillin-binding protein  40.83 
 
 
727 aa  392  1e-107  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.119918  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3046  1A family penicillin-binding protein  40.79 
 
 
720 aa  391  1e-107  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.370823  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0706  1A family penicillin-binding protein  43.78 
 
 
830 aa  390  1e-107  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.679519  normal  0.247814 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0305  penicillin-binding protein  40.78 
 
 
833 aa  390  1e-107  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0719  penicillin-binding protein, 1A family  43.44 
 
 
830 aa  387  1e-106  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.347949  normal  0.695169 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3703  penicillin-binding protein, 1A family  42.58 
 
 
712 aa  389  1e-106  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.053736 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4417  penicillin-binding protein, 1A family  41.37 
 
 
779 aa  387  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.896917  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0453  penicillin-binding protein 1A  43.08 
 
 
757 aa  389  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.287636  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4097  penicillin-binding protein, 1A family  41.19 
 
 
776 aa  387  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3388  1A family penicillin-binding protein  39.48 
 
 
750 aa  377  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3393  penicillin-binding protein 1A  43.75 
 
 
651 aa  376  1e-103  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2976  penicillin-binding protein 1A  37.46 
 
 
732 aa  379  1e-103  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.706338  normal  0.0468757 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3611  1A family penicillin-binding protein  42.17 
 
 
814 aa  375  1e-102  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.246117  hitchhiker  0.00429634 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0362  1A family penicillin-binding protein  42.31 
 
 
741 aa  372  1e-101  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.244077 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3986  1A family penicillin-binding protein  38.57 
 
 
723 aa  372  1e-101  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0131  1A family penicillin-binding protein  41.14 
 
 
770 aa  367  1e-100  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3329  penicillin-binding protein 1A  39.26 
 
 
712 aa  369  1e-100  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0928  1A family penicillin-binding protein  40.47 
 
 
784 aa  360  4e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0889  penicillin-binding protein, 1A family  40.18 
 
 
765 aa  360  5e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.53881  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2817  1A family penicillin-binding protein  37.79 
 
 
709 aa  358  1.9999999999999998e-97  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.515125  normal  0.127975 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0897  1A family penicillin-binding protein  40.85 
 
 
691 aa  357  3.9999999999999996e-97  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.376717 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0864  penicillin-binding protein, 1A family  40.1 
 
 
760 aa  356  1e-96  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.930859 
 
 
-
 
NC_004310  BR0117  1A family penicillin-binding protein  40.54 
 
 
763 aa  354  2.9999999999999997e-96  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0114  1A family penicillin-binding protein  40.54 
 
 
730 aa  353  4e-96  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.572692  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2868  1A family penicillin-binding protein  39.67 
 
 
669 aa  350  6e-95  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.0010427  normal  0.721279 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4205  1A family penicillin-binding protein  39.62 
 
 
654 aa  348  1e-94  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.317935  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0720  penicillin-binding protein, 1A family  40.83 
 
 
744 aa  347  3e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0942081  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3056  putative penicillin-binding protein  39.96 
 
 
759 aa  347  5e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3506  penicillin-binding protein 1A  39.71 
 
 
769 aa  346  8.999999999999999e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.430284 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1653  1A family penicillin-binding protein  39.53 
 
 
768 aa  346  1e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.64242  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2073  penicillin-binding protein, 1A family  39.17 
 
 
758 aa  343  5e-93  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1403  penicillin-binding protein 1A  39.46 
 
 
760 aa  343  9e-93  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1150  penicillin-binding protein 1A  39.53 
 
 
759 aa  342  1e-92  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3921  1A family penicillin-binding protein  39.85 
 
 
712 aa  342  1e-92  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0187238 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0583  1A family penicillin-binding protein  37.96 
 
 
724 aa  342  2e-92  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1953  penicillin-binding protein 1A  39.34 
 
 
750 aa  341  2.9999999999999998e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.330059 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1787  penicillin-binding protein 1A  39.14 
 
 
757 aa  340  5e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.495648  normal  0.0540885 
 
 
-
 
NC_004310  BR0583  1A family penicillin-binding protein  37.79 
 
 
718 aa  340  5.9999999999999996e-92  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.161794  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2677  1A family penicillin-binding protein  38.11 
 
 
724 aa  339  9.999999999999999e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.288371  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0950  penicillin-binding protein 1A  37.42 
 
 
776 aa  335  1e-90  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0883  1A family penicillin-binding protein  39.67 
 
 
714 aa  336  1e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0142  penicillin-binding protein  37.8 
 
 
729 aa  332  2e-89  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1627  1A family penicillin-binding protein  37.93 
 
 
718 aa  330  5.0000000000000004e-89  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.216077 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0878  1A family penicillin-binding protein  38.89 
 
 
626 aa  329  9e-89  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.209414  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_20671  putative penicillin binding protein  37.99 
 
 
658 aa  328  2.0000000000000001e-88  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.427619 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2904  penicillin-binding protein, 1A family  38.84 
 
 
811 aa  327  5e-88  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0916  1A family penicillin-binding protein  41.37 
 
 
656 aa  324  4e-87  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.129187 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0785  penicillin-binding protein 1A  38.17 
 
 
712 aa  323  5e-87  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.649225 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0878  1A family penicillin-binding protein  37.63 
 
 
764 aa  323  5e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.337969  hitchhiker  0.000893073 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1323  penicillin binding protein  38.5 
 
 
707 aa  323  9.000000000000001e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.295305  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1115  1A family penicillin-binding protein  39.57 
 
 
743 aa  322  9.999999999999999e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.331133  normal  0.670301 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1662  penicillin-binding protein, 1A family  37.1 
 
 
742 aa  322  1.9999999999999998e-86  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.460487 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0217  penicillin-binding protein, 1A family  36.73 
 
 
643 aa  317  3e-85  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.380595  hitchhiker  0.00649941 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0220  penicillin-binding protein, 1A family  36.73 
 
 
643 aa  317  3e-85  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04231  putative penicillin binding protein  37.5 
 
 
602 aa  317  4e-85  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0118  1A family penicillin-binding protein  36.78 
 
 
788 aa  317  6e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2571  penicillin-binding protein 1A  37.62 
 
 
625 aa  315  9.999999999999999e-85  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.558946  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1696  penicillin-binding protein, 1A family  39.64 
 
 
761 aa  315  1.9999999999999998e-84  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.235679  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2628  penicillin-binding protein 1A  37.46 
 
 
735 aa  315  2.9999999999999996e-84  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2548  1A family penicillin-binding protein  34.35 
 
 
788 aa  312  1e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.340929  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4703  1A family penicillin-binding protein  34.9 
 
 
755 aa  311  2.9999999999999997e-83  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0887  glycosyl transferase family protein  34.82 
 
 
831 aa  310  5e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.656493  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0805  penicillin-binding protein 1A  38.83 
 
 
680 aa  310  5.9999999999999995e-83  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0444532  normal  0.0112407 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1128  penicillin-binding protein, 1A family  34.72 
 
 
648 aa  309  1.0000000000000001e-82  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0858  penicillin-binding protein, 1A family  39.31 
 
 
618 aa  308  3e-82  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00486988  hitchhiker  0.00041503 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1371  penicillin-binding protein, 1A family  36.61 
 
 
824 aa  306  9.000000000000001e-82  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0135  1A family penicillin-binding protein  37.39 
 
 
646 aa  304  4.0000000000000003e-81  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000146416  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0926  penicillin-binding protein 1A  39.16 
 
 
640 aa  303  5.000000000000001e-81  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2033  1A family penicillin-binding protein  36.35 
 
 
776 aa  303  5.000000000000001e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.431137  normal  0.140468 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1342  penicillin-binding protein, 1A family  36.44 
 
 
824 aa  303  7.000000000000001e-81  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2535  penicillin-binding protein, 1A family  35.71 
 
 
643 aa  303  8.000000000000001e-81  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2011  penicillin-binding protein, 1A family  34.55 
 
 
676 aa  303  9e-81  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1056  penicillin-binding protein, 1A family  39.33 
 
 
751 aa  303  1e-80  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2066  1A family penicillin-binding protein  38.95 
 
 
640 aa  302  2e-80  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0894  penicillin-binding protein, 1A family  37.28 
 
 
728 aa  301  4e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0626  1A family penicillin-binding protein  36.91 
 
 
733 aa  300  8e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.10684  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1022  penicillin-binding protein, 1A family  37.15 
 
 
736 aa  298  2e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.53642  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0395  penicillin-binding protein, 1A family  39.09 
 
 
709 aa  297  4e-79  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.14301  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>