More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_0878 on replicon NC_010505
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_1662  penicillin-binding protein, 1A family  56.11 
 
 
742 aa  848    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.460487 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0894  penicillin-binding protein, 1A family  51.82 
 
 
728 aa  669    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0583  1A family penicillin-binding protein  52.37 
 
 
724 aa  682    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0583  1A family penicillin-binding protein  52.37 
 
 
718 aa  682    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.161794  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3056  putative penicillin-binding protein  54.58 
 
 
759 aa  781    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1022  penicillin-binding protein, 1A family  49.23 
 
 
736 aa  668    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.53642  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0626  1A family penicillin-binding protein  51.34 
 
 
733 aa  665    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.10684  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0889  penicillin-binding protein, 1A family  75.65 
 
 
765 aa  1174    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.53881  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2677  1A family penicillin-binding protein  50.29 
 
 
724 aa  664    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.288371  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1150  penicillin-binding protein 1A  53.15 
 
 
759 aa  767    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1653  1A family penicillin-binding protein  55.04 
 
 
768 aa  738    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.64242  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0928  1A family penicillin-binding protein  75.52 
 
 
784 aa  1173    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3506  penicillin-binding protein 1A  53.5 
 
 
769 aa  751    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.430284 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1787  penicillin-binding protein 1A  57.31 
 
 
757 aa  772    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.495648  normal  0.0540885 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1953  penicillin-binding protein 1A  57.03 
 
 
750 aa  748    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.330059 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1403  penicillin-binding protein 1A  57.46 
 
 
760 aa  770    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0883  1A family penicillin-binding protein  51 
 
 
714 aa  701    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0878  1A family penicillin-binding protein  100 
 
 
764 aa  1563    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.337969  hitchhiker  0.000893073 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0720  penicillin-binding protein, 1A family  73.36 
 
 
744 aa  1117    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0942081  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1323  penicillin binding protein  52.21 
 
 
707 aa  691    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.295305  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1627  1A family penicillin-binding protein  56.98 
 
 
718 aa  840    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.216077 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2073  penicillin-binding protein, 1A family  53.81 
 
 
758 aa  772    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0864  penicillin-binding protein, 1A family  76.05 
 
 
760 aa  1189    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.930859 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1115  1A family penicillin-binding protein  73.05 
 
 
743 aa  1086    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.331133  normal  0.670301 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3175  1A family penicillin-binding protein  43.71 
 
 
728 aa  483  1e-135  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7522  penicillin-binding protein, 1A family  42.08 
 
 
714 aa  477  1e-133  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276054  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6778  1A family penicillin-binding protein  44.8 
 
 
714 aa  477  1e-133  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.395595  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4776  1A family penicillin-binding protein  42.01 
 
 
727 aa  469  9.999999999999999e-131  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.119918  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5318  penicillin-binding protein, 1A family  42.26 
 
 
728 aa  468  9.999999999999999e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5243  penicillin-binding protein, 1A family  42.01 
 
 
727 aa  468  9.999999999999999e-131  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.766198  normal  0.919451 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7653  putative penicillin-binding protein pbpC/mrcB-like protein  42.54 
 
 
734 aa  464  1e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.278881 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0227  penicillin-binding protein 1A  41.75 
 
 
732 aa  464  1e-129  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.369543  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0132  penicillin-binding protein 1A  42.83 
 
 
734 aa  461  9.999999999999999e-129  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.675311  normal  0.447888 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3046  1A family penicillin-binding protein  41.82 
 
 
720 aa  457  1e-127  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.370823  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3703  penicillin-binding protein, 1A family  41.46 
 
 
712 aa  459  1e-127  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.053736 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0008  1A family penicillin-binding protein  41.04 
 
 
775 aa  452  1.0000000000000001e-126  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000321042 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4097  penicillin-binding protein, 1A family  41.81 
 
 
776 aa  449  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0897  1A family penicillin-binding protein  42.49 
 
 
691 aa  451  1e-125  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.376717 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0131  1A family penicillin-binding protein  41.43 
 
 
770 aa  450  1e-125  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4417  penicillin-binding protein, 1A family  41.99 
 
 
779 aa  449  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.896917  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0580  penicillin-binding protein, 1A family  41.29 
 
 
739 aa  450  1e-125  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0041  penicillin-binding protein 1A  41.22 
 
 
735 aa  451  1e-125  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0124  penicillin-binding protein 1A  41.55 
 
 
720 aa  445  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.994879  normal  0.789667 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0305  penicillin-binding protein  39.17 
 
 
833 aa  440  9.999999999999999e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3388  1A family penicillin-binding protein  40.95 
 
 
750 aa  441  9.999999999999999e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0453  penicillin-binding protein 1A  42.48 
 
 
757 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.287636  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0362  1A family penicillin-binding protein  41.86 
 
 
741 aa  442  9.999999999999999e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.244077 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3393  penicillin-binding protein 1A  41.23 
 
 
651 aa  437  1e-121  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0117  1A family penicillin-binding protein  40.24 
 
 
763 aa  426  1e-118  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0114  1A family penicillin-binding protein  40.41 
 
 
730 aa  426  1e-118  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.572692  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3986  1A family penicillin-binding protein  41.87 
 
 
723 aa  427  1e-118  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0916  1A family penicillin-binding protein  41.69 
 
 
656 aa  424  1e-117  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.129187 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4205  1A family penicillin-binding protein  40.16 
 
 
654 aa  418  9.999999999999999e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.317935  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2868  1A family penicillin-binding protein  41.83 
 
 
669 aa  409  1e-113  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.0010427  normal  0.721279 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0506  penicillin-binding protein, 1A family  42.4 
 
 
796 aa  402  9.999999999999999e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.396512  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1046  1A family penicillin-binding protein  41.95 
 
 
810 aa  395  1e-108  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0950  penicillin-binding protein 1A  37.72 
 
 
776 aa  380  1e-104  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3921  1A family penicillin-binding protein  37.94 
 
 
712 aa  374  1e-102  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0187238 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0677  penicillin-binding protein, 1A family  40.53 
 
 
815 aa  370  1e-101  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.187464 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0719  penicillin-binding protein, 1A family  40.97 
 
 
830 aa  370  1e-101  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.347949  normal  0.695169 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0706  1A family penicillin-binding protein  40.97 
 
 
830 aa  372  1e-101  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.679519  normal  0.247814 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0118  1A family penicillin-binding protein  37.07 
 
 
788 aa  368  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2628  penicillin-binding protein 1A  36.49 
 
 
735 aa  366  1e-99  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3611  1A family penicillin-binding protein  40.79 
 
 
814 aa  365  2e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.246117  hitchhiker  0.00429634 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0887  glycosyl transferase family protein  36.53 
 
 
831 aa  364  4e-99  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.656493  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2548  1A family penicillin-binding protein  36.14 
 
 
788 aa  363  7.0000000000000005e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.340929  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0785  penicillin-binding protein 1A  36.53 
 
 
712 aa  363  8e-99  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.649225 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2976  penicillin-binding protein 1A  40.6 
 
 
732 aa  362  1e-98  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.706338  normal  0.0468757 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1056  penicillin-binding protein, 1A family  35.78 
 
 
751 aa  362  2e-98  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3329  penicillin-binding protein 1A  37.56 
 
 
712 aa  359  9.999999999999999e-98  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6858  penicillin-binding protein, 1A family  37.23 
 
 
626 aa  357  5.999999999999999e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0858  penicillin-binding protein, 1A family  37.39 
 
 
618 aa  356  8.999999999999999e-97  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00486988  hitchhiker  0.00041503 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1078  1A family penicillin-binding protein  38.22 
 
 
727 aa  355  2.9999999999999997e-96  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.319269  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0767  penicillin-binding protein, 1A family  36.39 
 
 
763 aa  353  7e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.210188  normal  0.891602 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2520  penicillin-binding protein 1A  40.4 
 
 
750 aa  352  1e-95  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0142  penicillin-binding protein  35.52 
 
 
729 aa  352  2e-95  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4703  1A family penicillin-binding protein  36.18 
 
 
755 aa  352  2e-95  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2817  1A family penicillin-binding protein  37.5 
 
 
709 aa  351  3e-95  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.515125  normal  0.127975 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1701  1A family penicillin-binding protein  39.5 
 
 
626 aa  350  5e-95  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.41226  normal  0.0892672 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0444  1A family penicillin-binding protein  37.43 
 
 
654 aa  350  6e-95  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1342  penicillin-binding protein, 1A family  34.84 
 
 
824 aa  348  3e-94  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1371  penicillin-binding protein, 1A family  34.69 
 
 
824 aa  347  4e-94  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0203  1A family penicillin-binding protein  38 
 
 
658 aa  347  7e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4055  peptidoglycan glycosyltransferase  35.85 
 
 
744 aa  343  9e-93  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2033  1A family penicillin-binding protein  36.22 
 
 
776 aa  342  2e-92  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.431137  normal  0.140468 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2904  penicillin-binding protein, 1A family  34.43 
 
 
811 aa  342  2e-92  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_20671  putative penicillin binding protein  37.35 
 
 
658 aa  340  5e-92  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.427619 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1453  penicillin-binding protein 1A  38.47 
 
 
699 aa  335  2e-90  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.8478  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0878  1A family penicillin-binding protein  36.48 
 
 
626 aa  333  5e-90  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.209414  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0805  penicillin-binding protein 1A  35.22 
 
 
680 aa  332  1e-89  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0444532  normal  0.0112407 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0217  penicillin-binding protein, 1A family  34.98 
 
 
643 aa  325  2e-87  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.380595  hitchhiker  0.00649941 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2571  penicillin-binding protein 1A  35.71 
 
 
625 aa  325  2e-87  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.558946  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0220  penicillin-binding protein, 1A family  34.98 
 
 
643 aa  325  2e-87  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1128  penicillin-binding protein, 1A family  32.71 
 
 
648 aa  325  2e-87  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0926  penicillin-binding protein 1A  35.66 
 
 
640 aa  323  8e-87  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1574  penicillin-binding protein 1A  36 
 
 
692 aa  319  1e-85  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.53157  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2066  1A family penicillin-binding protein  35.6 
 
 
640 aa  318  2e-85  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0135  1A family penicillin-binding protein  36.79 
 
 
646 aa  317  4e-85  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000146416  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1109  peptidoglycan glycosyltransferase  34.24 
 
 
795 aa  317  7e-85  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000046818  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2535  penicillin-binding protein, 1A family  34.81 
 
 
643 aa  316  8e-85  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>