More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0203 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011369  Rleg2_0767  penicillin-binding protein, 1A family  66.56 
 
 
763 aa  854    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.210188  normal  0.891602 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0203  1A family penicillin-binding protein  100 
 
 
658 aa  1334    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6858  penicillin-binding protein, 1A family  67.52 
 
 
626 aa  844    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3393  penicillin-binding protein 1A  47.92 
 
 
651 aa  479  1e-133  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0506  penicillin-binding protein, 1A family  47.67 
 
 
796 aa  476  1e-133  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.396512  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1046  1A family penicillin-binding protein  48.42 
 
 
810 aa  468  9.999999999999999e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2520  penicillin-binding protein 1A  47.87 
 
 
750 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0124  penicillin-binding protein 1A  44.02 
 
 
720 aa  457  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.994879  normal  0.789667 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0008  1A family penicillin-binding protein  44.32 
 
 
775 aa  453  1.0000000000000001e-126  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000321042 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7653  putative penicillin-binding protein pbpC/mrcB-like protein  43.24 
 
 
734 aa  442  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.278881 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1453  penicillin-binding protein 1A  45.49 
 
 
699 aa  444  1e-123  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.8478  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0041  penicillin-binding protein 1A  41.46 
 
 
735 aa  442  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7522  penicillin-binding protein, 1A family  43.43 
 
 
714 aa  436  1e-121  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276054  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0580  penicillin-binding protein, 1A family  42.23 
 
 
739 aa  437  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1078  1A family penicillin-binding protein  46.1 
 
 
727 aa  436  1e-121  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.319269  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0227  penicillin-binding protein 1A  41.91 
 
 
732 aa  436  1e-121  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.369543  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0362  1A family penicillin-binding protein  42.98 
 
 
741 aa  433  1e-120  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.244077 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0706  1A family penicillin-binding protein  44.99 
 
 
830 aa  434  1e-120  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.679519  normal  0.247814 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0453  penicillin-binding protein 1A  45.25 
 
 
757 aa  435  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.287636  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6778  1A family penicillin-binding protein  42.09 
 
 
714 aa  435  1e-120  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.395595  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0719  penicillin-binding protein, 1A family  44.68 
 
 
830 aa  432  1e-119  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.347949  normal  0.695169 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0132  penicillin-binding protein 1A  43.87 
 
 
734 aa  431  1e-119  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.675311  normal  0.447888 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0677  penicillin-binding protein, 1A family  46 
 
 
815 aa  431  1e-119  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.187464 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3611  1A family penicillin-binding protein  45.59 
 
 
814 aa  432  1e-119  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.246117  hitchhiker  0.00429634 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1701  1A family penicillin-binding protein  45.57 
 
 
626 aa  427  1e-118  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.41226  normal  0.0892672 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0897  1A family penicillin-binding protein  45.55 
 
 
691 aa  428  1e-118  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.376717 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3703  penicillin-binding protein, 1A family  42.49 
 
 
712 aa  422  1e-117  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.053736 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4417  penicillin-binding protein, 1A family  41.37 
 
 
779 aa  421  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.896917  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4776  1A family penicillin-binding protein  42.98 
 
 
727 aa  419  1e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.119918  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4097  penicillin-binding protein, 1A family  42.88 
 
 
776 aa  419  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5243  penicillin-binding protein, 1A family  43.26 
 
 
727 aa  419  9.999999999999999e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.766198  normal  0.919451 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3175  1A family penicillin-binding protein  41.4 
 
 
728 aa  418  9.999999999999999e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3921  1A family penicillin-binding protein  43.31 
 
 
712 aa  413  1e-114  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0187238 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5318  penicillin-binding protein, 1A family  42.63 
 
 
728 aa  413  1e-114  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3046  1A family penicillin-binding protein  39.97 
 
 
720 aa  414  1e-114  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.370823  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0916  1A family penicillin-binding protein  43.52 
 
 
656 aa  407  1.0000000000000001e-112  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.129187 
 
 
-
 
NC_004310  BR0117  1A family penicillin-binding protein  40.45 
 
 
763 aa  402  1e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0131  1A family penicillin-binding protein  41.91 
 
 
770 aa  405  1e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0305  penicillin-binding protein  41.91 
 
 
833 aa  403  1e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0114  1A family penicillin-binding protein  40.45 
 
 
730 aa  401  9.999999999999999e-111  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.572692  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3388  1A family penicillin-binding protein  42.25 
 
 
750 aa  394  1e-108  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3986  1A family penicillin-binding protein  40.73 
 
 
723 aa  394  1e-108  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3506  penicillin-binding protein 1A  41.71 
 
 
769 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.430284 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1787  penicillin-binding protein 1A  38.24 
 
 
757 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.495648  normal  0.0540885 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1150  penicillin-binding protein 1A  39.61 
 
 
759 aa  382  1e-104  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1653  1A family penicillin-binding protein  38.69 
 
 
768 aa  381  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.64242  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1953  penicillin-binding protein 1A  41.53 
 
 
750 aa  382  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.330059 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3056  putative penicillin-binding protein  38.15 
 
 
759 aa  380  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0883  1A family penicillin-binding protein  41.37 
 
 
714 aa  377  1e-103  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2073  penicillin-binding protein, 1A family  38.2 
 
 
758 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0583  1A family penicillin-binding protein  40.84 
 
 
724 aa  374  1e-102  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1403  penicillin-binding protein 1A  39.22 
 
 
760 aa  375  1e-102  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2868  1A family penicillin-binding protein  40.59 
 
 
669 aa  375  1e-102  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.0010427  normal  0.721279 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1371  penicillin-binding protein, 1A family  38.97 
 
 
824 aa  370  1e-101  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0583  1A family penicillin-binding protein  40.66 
 
 
718 aa  372  1e-101  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.161794  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0950  penicillin-binding protein 1A  40.83 
 
 
776 aa  372  1e-101  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1342  penicillin-binding protein, 1A family  38.97 
 
 
824 aa  372  1e-101  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2976  penicillin-binding protein 1A  37.19 
 
 
732 aa  370  1e-101  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.706338  normal  0.0468757 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2677  1A family penicillin-binding protein  40.66 
 
 
724 aa  368  1e-100  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.288371  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1627  1A family penicillin-binding protein  41.24 
 
 
718 aa  367  1e-100  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.216077 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3329  penicillin-binding protein 1A  37.63 
 
 
712 aa  367  1e-100  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2817  1A family penicillin-binding protein  37.6 
 
 
709 aa  368  1e-100  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.515125  normal  0.127975 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0878  1A family penicillin-binding protein  40.07 
 
 
626 aa  365  1e-99  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.209414  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1662  penicillin-binding protein, 1A family  39 
 
 
742 aa  362  1e-98  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.460487 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0118  1A family penicillin-binding protein  39.38 
 
 
788 aa  360  3e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2904  penicillin-binding protein, 1A family  39.09 
 
 
811 aa  361  3e-98  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0887  glycosyl transferase family protein  40.07 
 
 
831 aa  357  2.9999999999999997e-97  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.656493  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2628  penicillin-binding protein 1A  39.59 
 
 
735 aa  357  3.9999999999999996e-97  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4205  1A family penicillin-binding protein  40.59 
 
 
654 aa  357  5e-97  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.317935  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2548  1A family penicillin-binding protein  39.97 
 
 
788 aa  356  5.999999999999999e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.340929  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1128  penicillin-binding protein, 1A family  37.56 
 
 
648 aa  355  1e-96  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2033  1A family penicillin-binding protein  39.77 
 
 
776 aa  355  2e-96  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.431137  normal  0.140468 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0142  penicillin-binding protein  39.64 
 
 
729 aa  354  2e-96  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0864  penicillin-binding protein, 1A family  38.6 
 
 
760 aa  354  2.9999999999999997e-96  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.930859 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4703  1A family penicillin-binding protein  37.93 
 
 
755 aa  352  1e-95  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1323  penicillin binding protein  39.27 
 
 
707 aa  352  2e-95  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.295305  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0928  1A family penicillin-binding protein  38.24 
 
 
784 aa  351  2e-95  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0889  penicillin-binding protein, 1A family  38.24 
 
 
765 aa  351  3e-95  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.53881  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0785  penicillin-binding protein 1A  39.42 
 
 
712 aa  350  5e-95  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.649225 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0626  1A family penicillin-binding protein  41.92 
 
 
733 aa  348  1e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.10684  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2535  penicillin-binding protein, 1A family  40.18 
 
 
643 aa  348  2e-94  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0720  penicillin-binding protein, 1A family  39.42 
 
 
744 aa  347  5e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0942081  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0894  penicillin-binding protein, 1A family  38.7 
 
 
728 aa  344  2e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2820  penicillin-binding protein, 1A family  36.77 
 
 
727 aa  342  1e-92  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.727063  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1696  penicillin-binding protein, 1A family  38.16 
 
 
761 aa  342  2e-92  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.235679  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1022  penicillin-binding protein, 1A family  40.15 
 
 
736 aa  338  1.9999999999999998e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.53642  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0290  1A family penicillin-binding protein  39.07 
 
 
757 aa  334  2e-90  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0135  1A family penicillin-binding protein  39.89 
 
 
646 aa  333  6e-90  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000146416  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0878  1A family penicillin-binding protein  37.64 
 
 
764 aa  332  1e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.337969  hitchhiker  0.000893073 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0805  penicillin-binding protein 1A  38.21 
 
 
680 aa  330  4e-89  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0444532  normal  0.0112407 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1115  1A family penicillin-binding protein  36.48 
 
 
743 aa  330  4e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.331133  normal  0.670301 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0217  penicillin-binding protein, 1A family  39.11 
 
 
643 aa  330  5.0000000000000004e-89  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.380595  hitchhiker  0.00649941 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0220  penicillin-binding protein, 1A family  39.11 
 
 
643 aa  330  5.0000000000000004e-89  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3462  penicillin-binding protein, 1A family  37.63 
 
 
681 aa  325  2e-87  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4055  peptidoglycan glycosyltransferase  38.1 
 
 
744 aa  324  3e-87  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1710  penicillin-binding protein 1A  38.44 
 
 
905 aa  322  9.999999999999999e-87  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000352248  normal  0.214747 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_20671  putative penicillin binding protein  35.8 
 
 
658 aa  322  1.9999999999999998e-86  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.427619 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0739  penicillin-binding protein, 1A family  37.5 
 
 
668 aa  318  2e-85  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0858  penicillin-binding protein, 1A family  39.13 
 
 
618 aa  318  3e-85  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00486988  hitchhiker  0.00041503 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1574  penicillin-binding protein 1A  37.45 
 
 
692 aa  318  3e-85  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.53157  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>