More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1662 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_0626  1A family penicillin-binding protein  51.54 
 
 
733 aa  679    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.10684  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1115  1A family penicillin-binding protein  56.72 
 
 
743 aa  830    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.331133  normal  0.670301 
 
 
-
 
NC_004310  BR0583  1A family penicillin-binding protein  52.73 
 
 
718 aa  698    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.161794  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0928  1A family penicillin-binding protein  59 
 
 
784 aa  822    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2073  penicillin-binding protein, 1A family  56.5 
 
 
758 aa  823    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0889  penicillin-binding protein, 1A family  58.8 
 
 
765 aa  822    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.53881  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0878  1A family penicillin-binding protein  56.23 
 
 
764 aa  828    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.337969  hitchhiker  0.000893073 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1150  penicillin-binding protein 1A  57.44 
 
 
759 aa  811    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1653  1A family penicillin-binding protein  58.17 
 
 
768 aa  815    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.64242  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2677  1A family penicillin-binding protein  51.5 
 
 
724 aa  694    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.288371  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0894  penicillin-binding protein, 1A family  52.2 
 
 
728 aa  693    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1323  penicillin binding protein  51.33 
 
 
707 aa  717    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.295305  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3056  putative penicillin-binding protein  56.37 
 
 
759 aa  822    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3506  penicillin-binding protein 1A  55.74 
 
 
769 aa  800    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.430284 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0864  penicillin-binding protein, 1A family  57 
 
 
760 aa  831    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.930859 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1787  penicillin-binding protein 1A  60.06 
 
 
757 aa  815    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.495648  normal  0.0540885 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1953  penicillin-binding protein 1A  59.19 
 
 
750 aa  796    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.330059 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1403  penicillin-binding protein 1A  57.95 
 
 
760 aa  813    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1022  penicillin-binding protein, 1A family  51.39 
 
 
736 aa  693    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.53642  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0883  1A family penicillin-binding protein  52.62 
 
 
714 aa  714    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1662  penicillin-binding protein, 1A family  100 
 
 
742 aa  1523    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.460487 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0583  1A family penicillin-binding protein  52.58 
 
 
724 aa  697    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0720  penicillin-binding protein, 1A family  57.8 
 
 
744 aa  852    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0942081  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1627  1A family penicillin-binding protein  74.89 
 
 
718 aa  1090    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.216077 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0897  1A family penicillin-binding protein  44.2 
 
 
691 aa  466  9.999999999999999e-131  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.376717 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0041  penicillin-binding protein 1A  42.38 
 
 
735 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3175  1A family penicillin-binding protein  43.26 
 
 
728 aa  462  1e-129  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0580  penicillin-binding protein, 1A family  42.6 
 
 
739 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0132  penicillin-binding protein 1A  41.71 
 
 
734 aa  456  1e-127  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.675311  normal  0.447888 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0008  1A family penicillin-binding protein  43.05 
 
 
775 aa  456  1e-127  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000321042 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5318  penicillin-binding protein, 1A family  41.45 
 
 
728 aa  455  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0124  penicillin-binding protein 1A  40.49 
 
 
720 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.994879  normal  0.789667 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0227  penicillin-binding protein 1A  42.16 
 
 
732 aa  452  1.0000000000000001e-126  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.369543  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0131  1A family penicillin-binding protein  41.12 
 
 
770 aa  452  1e-125  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7653  putative penicillin-binding protein pbpC/mrcB-like protein  41.2 
 
 
734 aa  451  1e-125  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.278881 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3703  penicillin-binding protein, 1A family  40.92 
 
 
712 aa  452  1e-125  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.053736 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6778  1A family penicillin-binding protein  40.93 
 
 
714 aa  451  1e-125  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.395595  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4776  1A family penicillin-binding protein  42.04 
 
 
727 aa  451  1e-125  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.119918  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5243  penicillin-binding protein, 1A family  42.04 
 
 
727 aa  451  1e-125  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.766198  normal  0.919451 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7522  penicillin-binding protein, 1A family  41 
 
 
714 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276054  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0362  1A family penicillin-binding protein  41.35 
 
 
741 aa  445  1e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.244077 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0453  penicillin-binding protein 1A  41.8 
 
 
757 aa  446  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.287636  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0305  penicillin-binding protein  39.58 
 
 
833 aa  445  1e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0117  1A family penicillin-binding protein  42.73 
 
 
763 aa  436  1e-121  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4417  penicillin-binding protein, 1A family  39.44 
 
 
779 aa  439  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.896917  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0114  1A family penicillin-binding protein  42.73 
 
 
730 aa  437  1e-121  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.572692  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4097  penicillin-binding protein, 1A family  39.44 
 
 
776 aa  437  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3046  1A family penicillin-binding protein  39.71 
 
 
720 aa  431  1e-119  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.370823  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4205  1A family penicillin-binding protein  41.48 
 
 
654 aa  428  1e-118  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.317935  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3393  penicillin-binding protein 1A  42.81 
 
 
651 aa  425  1e-117  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3388  1A family penicillin-binding protein  37.72 
 
 
750 aa  420  1e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0916  1A family penicillin-binding protein  43.39 
 
 
656 aa  420  1e-116  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.129187 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0506  penicillin-binding protein, 1A family  40.48 
 
 
796 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.396512  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3986  1A family penicillin-binding protein  41.05 
 
 
723 aa  404  1e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2868  1A family penicillin-binding protein  40.2 
 
 
669 aa  402  9.999999999999999e-111  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.0010427  normal  0.721279 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1046  1A family penicillin-binding protein  42.13 
 
 
810 aa  398  1e-109  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0950  penicillin-binding protein 1A  38.55 
 
 
776 aa  390  1e-107  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2548  1A family penicillin-binding protein  38.02 
 
 
788 aa  387  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.340929  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0118  1A family penicillin-binding protein  38.19 
 
 
788 aa  389  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0887  glycosyl transferase family protein  38.02 
 
 
831 aa  389  1e-106  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.656493  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3921  1A family penicillin-binding protein  37.42 
 
 
712 aa  383  1e-105  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0187238 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0767  penicillin-binding protein, 1A family  36.98 
 
 
763 aa  376  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.210188  normal  0.891602 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6858  penicillin-binding protein, 1A family  40 
 
 
626 aa  375  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1701  1A family penicillin-binding protein  39.75 
 
 
626 aa  366  1e-100  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.41226  normal  0.0892672 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2628  penicillin-binding protein 1A  37.42 
 
 
735 aa  367  1e-100  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2520  penicillin-binding protein 1A  40.95 
 
 
750 aa  365  1e-99  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0203  1A family penicillin-binding protein  39.12 
 
 
658 aa  365  2e-99  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0706  1A family penicillin-binding protein  39.05 
 
 
830 aa  365  2e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.679519  normal  0.247814 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0677  penicillin-binding protein, 1A family  38.95 
 
 
815 aa  365  2e-99  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.187464 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0719  penicillin-binding protein, 1A family  39.05 
 
 
830 aa  363  5.0000000000000005e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.347949  normal  0.695169 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1078  1A family penicillin-binding protein  38.41 
 
 
727 aa  362  2e-98  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.319269  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0142  penicillin-binding protein  35.96 
 
 
729 aa  360  4e-98  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0785  penicillin-binding protein 1A  37.65 
 
 
712 aa  360  5e-98  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.649225 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3329  penicillin-binding protein 1A  39.44 
 
 
712 aa  359  9.999999999999999e-98  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2976  penicillin-binding protein 1A  37.96 
 
 
732 aa  358  1.9999999999999998e-97  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.706338  normal  0.0468757 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4703  1A family penicillin-binding protein  37.01 
 
 
755 aa  357  3.9999999999999996e-97  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3611  1A family penicillin-binding protein  38.38 
 
 
814 aa  357  5.999999999999999e-97  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.246117  hitchhiker  0.00429634 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1128  penicillin-binding protein, 1A family  35.93 
 
 
648 aa  356  6.999999999999999e-97  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4055  peptidoglycan glycosyltransferase  36.8 
 
 
744 aa  355  2e-96  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1056  penicillin-binding protein, 1A family  38.13 
 
 
751 aa  353  5.9999999999999994e-96  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_20671  putative penicillin binding protein  38.79 
 
 
658 aa  353  7e-96  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.427619 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0926  penicillin-binding protein 1A  34.78 
 
 
640 aa  351  3e-95  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0444  1A family penicillin-binding protein  35.65 
 
 
654 aa  350  5e-95  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2033  1A family penicillin-binding protein  38.4 
 
 
776 aa  345  1e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.431137  normal  0.140468 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0858  penicillin-binding protein, 1A family  36.47 
 
 
618 aa  343  5e-93  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00486988  hitchhiker  0.00041503 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2066  1A family penicillin-binding protein  37.35 
 
 
640 aa  343  8e-93  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0878  1A family penicillin-binding protein  34.49 
 
 
626 aa  341  2e-92  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.209414  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0805  penicillin-binding protein 1A  38.14 
 
 
680 aa  341  2.9999999999999998e-92  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0444532  normal  0.0112407 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1342  penicillin-binding protein, 1A family  35.59 
 
 
824 aa  339  9e-92  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2904  penicillin-binding protein, 1A family  36.64 
 
 
811 aa  339  9.999999999999999e-92  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1574  penicillin-binding protein 1A  38.9 
 
 
692 aa  336  7e-91  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.53157  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1371  penicillin-binding protein, 1A family  35.59 
 
 
824 aa  336  7.999999999999999e-91  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2817  1A family penicillin-binding protein  35.29 
 
 
709 aa  331  3e-89  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.515125  normal  0.127975 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2571  penicillin-binding protein 1A  36.21 
 
 
625 aa  330  6e-89  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.558946  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1109  peptidoglycan glycosyltransferase  34.89 
 
 
795 aa  330  7e-89  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000046818  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0220  penicillin-binding protein, 1A family  34.8 
 
 
643 aa  328  2.0000000000000001e-88  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0217  penicillin-binding protein, 1A family  34.8 
 
 
643 aa  328  2.0000000000000001e-88  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.380595  hitchhiker  0.00649941 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05690  penicillin-binding protein, 1A family  36.96 
 
 
806 aa  326  1e-87  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2535  penicillin-binding protein, 1A family  35.91 
 
 
643 aa  325  2e-87  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1696  penicillin-binding protein, 1A family  36.62 
 
 
761 aa  324  3e-87  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.235679  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>