105 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_0335 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_0335  hypothetical protein  100 
 
 		 275 aa  560  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000359835  normal  0.780933 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0314  hypothetical protein  52.48 
 
 		 243 aa  142  7e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00124228  hitchhiker  0.00002417 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0337  hypothetical protein  52.58 
 
 		 274 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000522759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0342  hypothetical protein  52.38 
 
 		 331 aa  105  9e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4723  hypothetical protein  46.1 
 
 		 352 aa  103  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4893  hypothetical protein  36.6 
 
 		 265 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000184747  normal  0.494101 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3628  hypothetical protein  40 
 
 		 237 aa  102  6e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.141274  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0343  hypothetical protein  49.06 
 
 		 371 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.512577 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3687  hypothetical protein  54.32 
 
 		 263 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4871  hypothetical protein  44.36 
 
 		 363 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4870  hypothetical protein  49.56 
 
 		 359 aa  95.9  6e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4303  hypothetical protein  40.46 
 
 		 246 aa  95.5  7e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.776134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0338  hypothetical protein  55.84 
 
 		 240 aa  95.9  7e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0399625  normal  0.840977 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4027  hypothetical protein  31.98 
 
 		 257 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.300174 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4720  hypothetical protein  48.62 
 
 		 338 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0454  hypothetical protein  38.31 
 
 		 332 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.569259  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4719  hypothetical protein  45.97 
 
 		 348 aa  92  8e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.257369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1782  hypothetical protein  64.52 
 
 		 378 aa  89  9e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.104611  normal  0.0588114 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1514  hypothetical protein  43.52 
 
 		 322 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5194  hypothetical protein  51.65 
 
 		 265 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5312  hypothetical protein  49.07 
 
 		 380 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.659912  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0201  hypothetical protein  41.07 
 
 		 317 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0331  hypothetical protein  51.25 
 
 		 249 aa  85.9  6e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.414907  normal  0.213964 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4242  hypothetical protein  53.16 
 
 		 264 aa  85.9  6e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.834895  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2244  hypothetical protein  51.25 
 
 		 290 aa  85.9  6e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.169176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4091  hypothetical protein  45.98 
 
 		 401 aa  85.9  7e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2793  YD repeat-containing protein  34.87 
 
 		 1698 aa  84  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0355  hypothetical protein  41.07 
 
 		 316 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.316004  normal  0.379054 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2062  hypothetical protein  50 
 
 		 207 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.797532  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3160  hypothetical protein  53.16 
 
 		 313 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0164631  normal  0.454701 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0351  hypothetical protein  52.5 
 
 		 262 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.50807 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3471  hypothetical protein  54.43 
 
 		 265 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.902729  normal  0.66471 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4877  hypothetical protein  50 
 
 		 308 aa  82.8  0.000000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.315594 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4929  hypothetical protein  43.68 
 
 		 312 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000045925 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3868  hypothetical protein  40.82 
 
 		 122 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.37292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2466  hypothetical protein  51.95 
 
 		 295 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.369925  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4022  hypothetical protein  27.95 
 
 		 263 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.960579 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0353  hypothetical protein  38.39 
 
 		 328 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.395139 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1811  hypothetical protein  50 
 
 		 303 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0954241  normal  0.759797 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01747  hypothetical protein  53.97 
 
 		 376 aa  76.6  0.0000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1558  hypothetical protein  29.12 
 
 		 218 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.175001  normal  0.301073 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01674  hypothetical protein  43.56 
 
 		 1559 aa  75.9  0.0000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4970  YD repeat protein  45.35 
 
 		 1669 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2239  YD repeat protein  42 
 
 		 1562 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2044  YD repeat-containing protein  43.27 
 
 		 1578 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.699385 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2231  YD repeat protein  40.38 
 
 		 982 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.016497  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3469  hypothetical protein  46.99 
 
 		 322 aa  72.4  0.000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.666556  normal  0.934652 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2040  YD repeat-containing protein  41.35 
 
 		 1682 aa  72  0.000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.76692 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1882  hypothetical protein  46.84 
 
 		 1632 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.517135  normal  0.564659 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0352  hypothetical protein  40.2 
 
 		 314 aa  68.9  0.00000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.085325  normal  0.352032 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1780  hypothetical protein  46.51 
 
 		 285 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0298068 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0329  hypothetical protein  38 
 
 		 307 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.796964  normal  0.224302 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2253  hypothetical protein  34.4 
 
 		 344 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4878  hypothetical protein  52.38 
 
 		 300 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.693659 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1456  YD repeat-containing protein  43.59 
 
 		 1689 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.368139 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3834  YD repeat-containing protein  37.14 
 
 		 1723 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.806398 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6268  YD repeat-containing protein  32.56 
 
 		 1623 aa  56.6  0.0000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1491  YD repeat-containing protein  39.24 
 
 		 1658 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0173  Rhs family protein  34.34 
 
 		 1381 aa  50.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0876  YD repeat protein  30.41 
 
 		 396 aa  49.3  0.00008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00249892 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0132  YD repeat protein  43.75 
 
 		 2349 aa  48.1  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1945  YD repeat-containing protein  34.48 
 
 		 605 aa  47.8  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.312246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4370  YD repeat-containing protein  32.74 
 
 		 869 aa  47.8  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3427  YD repeat-containing protein  40 
 
 		 451 aa  47  0.0003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  37.7 
 
 		 1917 aa  46.6  0.0004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3428  YD repeat protein  36.92 
 
 		 2585 aa  47  0.0004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.968597  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  46.15 
 
 		 1611 aa  46.6  0.0005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0874  YD repeat protein  33.67 
 
 		 1732 aa  46.2  0.0005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.409966  normal  0.012689 
 
 
-
 
NC_002936  DET1472  NHL/RHS/YD repeat-containing protein  36.96 
 
 		 1834 aa  46.2  0.0006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4142  YD repeat protein  29.41 
 
 		 1046 aa  46.2  0.0006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0160  YD repeat protein  38.55 
 
 		 2658 aa  45.8  0.0008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  33.98 
 
 		 1959 aa  45.4  0.0009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  40.32 
 
 		 2277 aa  45.4  0.0009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4992  YD repeat-containing protein  41.43 
 
 		 451 aa  45.4  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  37.7 
 
 		 1840 aa  45.4  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0303  YD repeat-containing protein  29.82 
 
 		 3273 aa  45.1  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1899  YD repeat-containing protein  42.86 
 
 		 423 aa  45.4  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.126482  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4008  YD repeat-containing protein  37.66 
 
 		 1791 aa  44.3  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0130  Rhs family protein-like protein  29.59 
 
 		 303 aa  44.3  0.002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  36.07 
 
 		 1942 aa  44.7  0.002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2298  YD repeat protein  40.68 
 
 		 1338 aa  44.3  0.002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2437  YD repeat-containing protein  37.5 
 
 		 690 aa  43.9  0.003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1237  YD repeat-containing protein  29.31 
 
 		 628 aa  43.9  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5510  YD repeat-containing protein  39.68 
 
 		 1390 aa  43.5  0.003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162905  normal  0.931179 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3017  YD repeat-containing protein  34.88 
 
 		 1149 aa  43.9  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1050  YD repeat protein  38.71 
 
 		 2731 aa  43.9  0.003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2694  YD repeat protein  32.03 
 
 		 1428 aa  43.5  0.003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00194911  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1946  YD repeat-containing protein  41.27 
 
 		 1433 aa  43.5  0.004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.465933  normal  0.94223 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2293  RhsD protein  36.47 
 
 		 187 aa  43.1  0.005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1325  YD repeat protein  40 
 
 		 2350 aa  43.1  0.005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1230  YD repeat protein  33.71 
 
 		 2191 aa  43.1  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.249326 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  44.44 
 
 		 1550 aa  42.7  0.006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0008  FG-GAP/YD repeat-containing protein  33.8 
 
 		 1806 aa  42.7  0.007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.957829  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0792  FG-GAP/YD repeat-containing protein  33.8 
 
 		 2031 aa  42.7  0.007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.766885  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0507  FG-GAP/YD repeat-containing protein  33.8 
 
 		 2032 aa  42.7  0.007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.584165  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2855  FG-GAP/YD repeat-containing protein  33.8 
 
 		 1825 aa  42.7  0.007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2231  FG-GAP/YD repeat-containing protein  33.8 
 
 		 1825 aa  42.7  0.007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.685998  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0606  Rhs family protein  33.8 
 
 		 2031 aa  42.7  0.007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0622  FG-GAP/YD repeat-containing protein  33.8 
 
 		 2031 aa  42.7  0.007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4482  YD repeat-containing protein  33.77 
 
 		 1528 aa  42.7  0.007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>