91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2718 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2718  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  100 
 
 		 931 aa  1790    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.513981  normal  0.0374909 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34230  hypothetical protein  49.45 
 
 		 946 aa  682    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2018  hypothetical protein  67.19 
 
 		 927 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0727508  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1661  hypothetical protein  48.66 
 
 		 948 aa  439  1e-121  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3818  hypothetical protein  47.6 
 
 		 947 aa  429  1e-119  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.899071  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1895  peptidoglycan-binding LysM  59.65 
 
 		 883 aa  386  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1561  tetratricopeptide TPR_4  34.9 
 
 		 1057 aa  372  1e-101  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3768  peptidoglycan-binding LysM  55.95 
 
 		 911 aa  350  9e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.853067  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1993  peptidoglycan-binding LysM  55.95 
 
 		 911 aa  349  1e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.650593  normal  0.139886 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1527  peptidoglycan-binding LysM  57.3 
 
 		 912 aa  347  6e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.417424  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2082  Tfp pilus assembly protein FimV-like  35.64 
 
 		 1245 aa  317  7e-85  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0604144  normal  0.660247 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23830  pilus assembly protein  53.78 
 
 		 924 aa  315  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0199592  normal  0.717366 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1701  hypothetical protein  30.23 
 
 		 1041 aa  214  4.9999999999999996e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0554599 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1017  hypothetical protein  36.6 
 
 		 888 aa  212  3e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0866  hypothetical protein  29.31 
 
 		 1036 aa  209  3e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  unclonable  0.000000000000189668  hitchhiker  0.00567814 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1554  peptidoglycan-binding LysM  37.57 
 
 		 896 aa  199  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.380472 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20860  putative Tfp pilus assembly protein FimV  43.5 
 
 		 681 aa  179  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1815  peptidoglycan-binding LysM  49.57 
 
 		 692 aa  176  9.999999999999999e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1646  LysM domain protein  49.57 
 
 		 717 aa  174  5.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.435509  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2039  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  32.35 
 
 		 744 aa  171  8e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.177645  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2061  hypothetical protein  36.28 
 
 		 819 aa  167  5.9999999999999996e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3736  peptidoglycan-binding LysM  47.03 
 
 		 737 aa  167  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.016486 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1790  motility protein FimV  44.92 
 
 		 683 aa  164  7e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1263  FimV protein  29.83 
 
 		 897 aa  156  1e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01264  FimV  36.46 
 
 		 658 aa  154  8e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0641  hypothetical protein  32.69 
 
 		 640 aa  151  6e-35  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1232  hypothetical protein  32.5 
 
 		 806 aa  149  2.0000000000000003e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.755816  normal  0.21821 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1339  FimV N-terminal domain protein  38.55 
 
 		 826 aa  141  4.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.866454  normal  0.334377 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1986  hypothetical protein  31.99 
 
 		 962 aa  138  6.0000000000000005e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.722287  normal  0.124787 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2589  putative transmembrane protein  35.41 
 
 		 885 aa  135  3.9999999999999996e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1470  LysM domain-containing protein  51.45 
 
 		 595 aa  134  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.368966  normal  0.129995 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3066  putative type 4 pilus biogenesis  31.26 
 
 		 1027 aa  125  3e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2470  peptidoglycan-binding LysM  32.05 
 
 		 940 aa  125  4e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.343292 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3613  putative transmembrane protein  31.87 
 
 		 889 aa  125  5e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2140  putative transmembrane protein  28.95 
 
 		 968 aa  124  6e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.704119  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4871  putative transmembrane protein  30.35 
 
 		 959 aa  122  3.9999999999999996e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.763378  normal  0.552077 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3043  putative transmembrane protein  31.12 
 
 		 870 aa  122  3.9999999999999996e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04701  hypothetical protein  36.29 
 
 		 673 aa  121  4.9999999999999996e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0974302 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2853  hypothetical protein  31.73 
 
 		 679 aa  118  5e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1915  transmembrane protein  33.08 
 
 		 279 aa  114  1.0000000000000001e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.678129  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1791  peptidoglycan-binding LysM  29.1 
 
 		 877 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.420017  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1249  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  32.37 
 
 		 914 aa  106  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.358578  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2309  peptidoglycan-binding LysM  29.88 
 
 		 952 aa  89.7  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5240  putative transmembrane protein  36.57 
 
 		 964 aa  89.7  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.313298  normal  0.899168 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1714  FimV N-terminal domain protein  28.1 
 
 		 715 aa  86.3  0.000000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1418  putative transmembrane protein  35.11 
 
 		 933 aa  85.1  0.000000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0725  hypothetical protein  35.14 
 
 		 640 aa  82.8  0.00000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1679  putative transmembrane protein  28.79 
 
 		 883 aa  79.3  0.0000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1816  hypothetical protein  35.94 
 
 		 969 aa  79.3  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1730  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  28.63 
 
 		 731 aa  76.6  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0317233  hitchhiker  0.00941699 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0769  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  25.89 
 
 		 458 aa  75.1  0.000000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2160  putative transmembrane protein  34.86 
 
 		 870 aa  75.1  0.000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.12077 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2072  hypothetical protein  28.79 
 
 		 722 aa  74.3  0.000000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.813162  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1074  hypothetical protein  27.13 
 
 		 1273 aa  72.8  0.00000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3362  ATPase  28.36 
 
 		 1247 aa  70.5  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.592552  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1651  hypothetical protein  25.25 
 
 		 945 aa  68.6  0.0000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000121455  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002873  AAA ATPase  26.51 
 
 		 1454 aa  67.4  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01203  AAA ATPase containing von Willebrand factor type A (vWA)  31.61 
 
 		 1359 aa  67.8  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1918  hypothetical protein  45.78 
 
 		 828 aa  66.2  0.000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.123699  normal  0.927889 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1405  hypothetical protein  27.55 
 
 		 604 aa  65.5  0.000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0859572 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2307  hypothetical protein  24.53 
 
 		 895 aa  64.7  0.000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00252843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2151  hypothetical protein  36.79 
 
 		 937 aa  63.2  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00179894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0519  hypothetical protein  28.73 
 
 		 1621 aa  63.5  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3069  hypothetical protein  27.05 
 
 		 1110 aa  62.8  0.00000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1807  putative membrane protein; K07288 uncharacterized membrane protein  60.42 
 
 		 822 aa  62.4  0.00000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1425  hypothetical protein  27.9 
 
 		 1129 aa  60.1  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000113276  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1478  hypothetical protein  28.33 
 
 		 1115 aa  60.5  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000313073  normal  0.981736 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1490  hypothetical protein  27.9 
 
 		 1124 aa  60.5  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00398816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2743  hypothetical protein  30.38 
 
 		 1147 aa  59.7  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000711361  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1052  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  25.57 
 
 		 472 aa  59.7  0.0000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.295894 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2760  hypothetical protein  30.58 
 
 		 1143 aa  59.3  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000120005  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2837  hypothetical protein  30.58 
 
 		 1149 aa  59.3  0.0000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00137938  hitchhiker  0.00529506 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1616  hypothetical protein  30.38 
 
 		 1148 aa  58.9  0.0000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000783547  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3804  hypothetical protein  25 
 
 		 1162 aa  57.8  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.866063  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1258  hypothetical protein  34.81 
 
 		 633 aa  57.8  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03102  hypothetical protein  28.42 
 
 		 1482 aa  56.6  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1565  hypothetical protein  28.06 
 
 		 601 aa  55.8  0.000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.218549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2442  hypothetical protein  25.54 
 
 		 1097 aa  55.1  0.000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.39531  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1616  hypothetical protein  31.78 
 
 		 957 aa  55.1  0.000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0172271  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2985  hypothetical protein  28.57 
 
 		 1135 aa  52.8  0.00003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00018881  normal  0.421866 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1566  hypothetical protein  41.51 
 
 		 539 aa  52.8  0.00003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1406  hypothetical protein  41.51 
 
 		 531 aa  51.6  0.00007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.155703 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1485  ATPase  43.86 
 
 		 1761 aa  51.2  0.00009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0130947  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0661  hypothetical protein  41.67 
 
 		 392 aa  50.4  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0446  hypothetical protein  32.41 
 
 		 241 aa  50.1  0.0002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1394  ATPase  36.25 
 
 		 1408 aa  48.9  0.0004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1663  hypothetical protein  35.87 
 
 		 2449 aa  48.1  0.0007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3369  peptidoglycan-binding LysM  27.84 
 
 		 598 aa  47.4  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3289  hypothetical protein  29.11 
 
 		 917 aa  45.4  0.005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0563136  normal  0.27201 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4625  hypothetical protein  48.84 
 
 		 752 aa  45.1  0.006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3850  hypothetical protein  47.73 
 
 		 685 aa  44.3  0.01  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.618617 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>