86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1527 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_3768  peptidoglycan-binding LysM  89.14 
 
 		 911 aa  1437    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.853067  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1993  peptidoglycan-binding LysM  88.82 
 
 		 911 aa  1430    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.650593  normal  0.139886 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1554  peptidoglycan-binding LysM  72.97 
 
 		 896 aa  1077    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.380472 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1527  peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 		 912 aa  1766    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.417424  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1895  peptidoglycan-binding LysM  56.17 
 
 		 883 aa  514  1e-144  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1661  hypothetical protein  44.72 
 
 		 948 aa  431  1e-119  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3818  hypothetical protein  49 
 
 		 947 aa  426  1e-117  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.899071  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23830  pilus assembly protein  54.62 
 
 		 924 aa  360  9e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0199592  normal  0.717366 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2018  hypothetical protein  54.57 
 
 		 927 aa  360  9.999999999999999e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0727508  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34230  hypothetical protein  52.17 
 
 		 946 aa  357  3.9999999999999996e-97  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2718  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  57.3 
 
 		 931 aa  346  8.999999999999999e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.513981  normal  0.0374909 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2082  Tfp pilus assembly protein FimV-like  30.93 
 
 		 1245 aa  244  7e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0604144  normal  0.660247 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1561  tetratricopeptide TPR_4  34.38 
 
 		 1057 aa  209  1e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1249  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  29.81 
 
 		 914 aa  197  1e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.358578  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2061  hypothetical protein  30.18 
 
 		 819 aa  181  7e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1017  hypothetical protein  33.68 
 
 		 888 aa  175  2.9999999999999996e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1701  hypothetical protein  26.51 
 
 		 1041 aa  169  2.9999999999999998e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0554599 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2039  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  34.6 
 
 		 744 aa  160  1e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.177645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0866  hypothetical protein  29.16 
 
 		 1036 aa  154  5.9999999999999996e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  unclonable  0.000000000000189668  hitchhiker  0.00567814 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1815  peptidoglycan-binding LysM  41.52 
 
 		 692 aa  147  9e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20860  putative Tfp pilus assembly protein FimV  38.36 
 
 		 681 aa  138  4e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3736  peptidoglycan-binding LysM  41.59 
 
 		 737 aa  133  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.016486 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1232  hypothetical protein  30.88 
 
 		 806 aa  132  4.0000000000000003e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.755816  normal  0.21821 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1918  hypothetical protein  27.04 
 
 		 828 aa  131  6e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.123699  normal  0.927889 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1986  hypothetical protein  28.64 
 
 		 962 aa  130  9.000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.722287  normal  0.124787 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01264  FimV  32.31 
 
 		 658 aa  130  1.0000000000000001e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1807  putative membrane protein; K07288 uncharacterized membrane protein  29.18 
 
 		 822 aa  128  5e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1790  motility protein FimV  37.99 
 
 		 683 aa  127  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1263  FimV protein  31.23 
 
 		 897 aa  113  1.0000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3613  putative transmembrane protein  28.25 
 
 		 889 aa  114  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2589  putative transmembrane protein  29.11 
 
 		 885 aa  113  2.0000000000000002e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3236  putative transmembrane protein  29.38 
 
 		 918 aa  112  2.0000000000000002e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1915  transmembrane protein  30.42 
 
 		 279 aa  111  7.000000000000001e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.678129  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04701  hypothetical protein  32.92 
 
 		 673 aa  110  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0974302 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1470  LysM domain-containing protein  43.84 
 
 		 595 aa  108  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.368966  normal  0.129995 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1791  peptidoglycan-binding LysM  25.08 
 
 		 877 aa  106  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.420017  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2853  hypothetical protein  31.02 
 
 		 679 aa  106  2e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1339  FimV N-terminal domain protein  31.88 
 
 		 826 aa  102  4e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.866454  normal  0.334377 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2309  peptidoglycan-binding LysM  31.22 
 
 		 952 aa  86.3  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0641  hypothetical protein  40.87 
 
 		 640 aa  85.1  0.000000000000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0725  hypothetical protein  40.87 
 
 		 640 aa  84.7  0.000000000000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1418  putative transmembrane protein  35.66 
 
 		 933 aa  79.3  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1730  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  28.11 
 
 		 731 aa  78.2  0.0000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0317233  hitchhiker  0.00941699 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2470  peptidoglycan-binding LysM  35.43 
 
 		 940 aa  77.4  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.343292 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1651  hypothetical protein  24.38 
 
 		 945 aa  76.3  0.000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000121455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2140  putative transmembrane protein  37.8 
 
 		 968 aa  75.5  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.704119  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2072  hypothetical protein  28.28 
 
 		 722 aa  75.1  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.813162  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5240  putative transmembrane protein  34.09 
 
 		 964 aa  72.8  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.313298  normal  0.899168 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1816  hypothetical protein  36.22 
 
 		 969 aa  72.8  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1052  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  27.46 
 
 		 472 aa  71.2  0.00000000009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.295894 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1679  putative transmembrane protein  34.86 
 
 		 883 aa  70.1  0.0000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1714  FimV N-terminal domain protein  24.58 
 
 		 715 aa  69.7  0.0000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0769  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  25.76 
 
 		 458 aa  68.2  0.0000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03102  hypothetical protein  24.32 
 
 		 1482 aa  67.8  0.0000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2160  putative transmembrane protein  31.02 
 
 		 870 aa  67.8  0.0000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.12077 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002873  AAA ATPase  27.36 
 
 		 1454 aa  67.4  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3362  ATPase  39.58 
 
 		 1247 aa  66.2  0.000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.592552  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2151  hypothetical protein  28.52 
 
 		 937 aa  64.3  0.00000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00179894  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1074  hypothetical protein  24.23 
 
 		 1273 aa  64.3  0.00000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1218  putative transmembrane protein  33.03 
 
 		 938 aa  63.5  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0213212 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1405  hypothetical protein  27.31 
 
 		 604 aa  62  0.00000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0859572 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3043  putative transmembrane protein  31.25 
 
 		 870 aa  62.4  0.00000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1394  ATPase  24.75 
 
 		 1408 aa  61.2  0.00000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1425  hypothetical protein  23.9 
 
 		 1129 aa  60.1  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000113276  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1490  hypothetical protein  23.9 
 
 		 1124 aa  60.1  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00398816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1478  hypothetical protein  23.9 
 
 		 1115 aa  59.7  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000313073  normal  0.981736 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1565  hypothetical protein  28.86 
 
 		 601 aa  57.4  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.218549  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3804  hypothetical protein  24.58 
 
 		 1162 aa  57.4  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.866063  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2985  hypothetical protein  25.63 
 
 		 1135 aa  55.8  0.000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00018881  normal  0.421866 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01203  AAA ATPase containing von Willebrand factor type A (vWA)  35 
 
 		 1359 aa  55.1  0.000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3069  hypothetical protein  25.09 
 
 		 1110 aa  54.7  0.000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0955  hypothetical exported membrane associated protein  37.29 
 
 		 312 aa  54.3  0.00001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0306729  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1056  hypothetical protein  37.29 
 
 		 312 aa  54.3  0.00001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.802166  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3066  putative type 4 pilus biogenesis  50.98 
 
 		 1027 aa  52  0.00004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1646  LysM domain protein  35.53 
 
 		 717 aa  50.8  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.435509  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0519  hypothetical protein  48.21 
 
 		 1621 aa  50.8  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2442  hypothetical protein  24.34 
 
 		 1097 aa  49.7  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.39531  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3369  peptidoglycan-binding LysM  27.57 
 
 		 598 aa  49.7  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1566  hypothetical protein  40 
 
 		 539 aa  47  0.001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1616  hypothetical protein  23.24 
 
 		 957 aa  47.8  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0172271  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1988  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  25.74 
 
 		 323 aa  46.6  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.686168  normal  0.436452 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1992  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  22.75 
 
 		 336 aa  47  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.274788  normal  0.303251 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0661  hypothetical protein  47.06 
 
 		 392 aa  46.2  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2884  hypothetical protein  48.84 
 
 		 882 aa  46.6  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.677887  normal  0.937663 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4371  hypothetical protein  39.73 
 
 		 783 aa  45.1  0.006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2307  hypothetical protein  50 
 
 		 895 aa  44.7  0.008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00252843  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>