72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_2140 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1986  hypothetical protein  77.85 
 
 		 962 aa  708    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.722287  normal  0.124787 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1816  hypothetical protein  98.46 
 
 		 969 aa  851    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2140  putative transmembrane protein  100 
 
 		 968 aa  1900    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.704119  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2309  peptidoglycan-binding LysM  48.73 
 
 		 952 aa  716    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2470  peptidoglycan-binding LysM  56.49 
 
 		 940 aa  403  1e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.343292 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1701  hypothetical protein  38.33 
 
 		 1041 aa  373  1e-102  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0554599 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0866  hypothetical protein  36.06 
 
 		 1036 aa  362  2e-98  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  unclonable  0.000000000000189668  hitchhiker  0.00567814 
 
 
-
 
NC_003296  RS04701  hypothetical protein  61.96 
 
 		 673 aa  310  5.9999999999999995e-83  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0974302 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3043  putative transmembrane protein  35.69 
 
 		 870 aa  266  1e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1679  putative transmembrane protein  34.61 
 
 		 883 aa  246  9.999999999999999e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3613  putative transmembrane protein  39.07 
 
 		 889 aa  218  4e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3236  putative transmembrane protein  38.66 
 
 		 918 aa  211  6e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2589  putative transmembrane protein  38.08 
 
 		 885 aa  208  5e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2082  Tfp pilus assembly protein FimV-like  30.76 
 
 		 1245 aa  204  9e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0604144  normal  0.660247 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1918  hypothetical protein  38.21 
 
 		 828 aa  200  7.999999999999999e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.123699  normal  0.927889 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1249  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  33.79 
 
 		 914 aa  182  2.9999999999999997e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.358578  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2061  hypothetical protein  28.26 
 
 		 819 aa  174  7.999999999999999e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1561  tetratricopeptide TPR_4  31.45 
 
 		 1057 aa  172  4e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2160  putative transmembrane protein  31.58 
 
 		 870 aa  167  9e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.12077 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2018  hypothetical protein  34.62 
 
 		 927 aa  166  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0727508  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23830  pilus assembly protein  33.89 
 
 		 924 aa  162  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0199592  normal  0.717366 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1895  peptidoglycan-binding LysM  31.46 
 
 		 883 aa  161  6e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1993  peptidoglycan-binding LysM  32.02 
 
 		 911 aa  145  3e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.650593  normal  0.139886 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3768  peptidoglycan-binding LysM  30.97 
 
 		 911 aa  145  5e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.853067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1915  transmembrane protein  35.19 
 
 		 279 aa  142  3e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.678129  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1554  peptidoglycan-binding LysM  31.23 
 
 		 896 aa  141  7e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.380472 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2718  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  31.44 
 
 		 931 aa  139  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.513981  normal  0.0374909 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1527  peptidoglycan-binding LysM  31.5 
 
 		 912 aa  137  8e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.417424  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3066  putative type 4 pilus biogenesis  50.36 
 
 		 1027 aa  137  9.999999999999999e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0641  hypothetical protein  30.54 
 
 		 640 aa  128  5e-28  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2853  hypothetical protein  31.41 
 
 		 679 aa  124  9.999999999999999e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0725  hypothetical protein  30.6 
 
 		 640 aa  123  1.9999999999999998e-26  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1263  FimV protein  28.97 
 
 		 897 aa  115  5e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5240  putative transmembrane protein  41.98 
 
 		 964 aa  112  3e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.313298  normal  0.899168 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1714  FimV N-terminal domain protein  29.12 
 
 		 715 aa  110  1e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1232  hypothetical protein  30.66 
 
 		 806 aa  109  2e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.755816  normal  0.21821 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01264  FimV  29.8 
 
 		 658 aa  107  1e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1418  putative transmembrane protein  41.86 
 
 		 933 aa  104  9e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1339  FimV N-terminal domain protein  31.72 
 
 		 826 aa  103  2e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.866454  normal  0.334377 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3818  hypothetical protein  27.52 
 
 		 947 aa  98.6  5e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.899071  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1807  putative membrane protein; K07288 uncharacterized membrane protein  25.33 
 
 		 822 aa  96.7  2e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1646  LysM domain protein  30.31 
 
 		 717 aa  92.4  4e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.435509  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1790  motility protein FimV  28.74 
 
 		 683 aa  89  4e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1815  peptidoglycan-binding LysM  30.83 
 
 		 692 aa  85.9  0.000000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20860  putative Tfp pilus assembly protein FimV  27.44 
 
 		 681 aa  85.9  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3736  peptidoglycan-binding LysM  30.59 
 
 		 737 aa  85.1  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.016486 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2039  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  23.27 
 
 		 744 aa  81.3  0.00000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.177645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1470  LysM domain-containing protein  35.66 
 
 		 595 aa  79.7  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.368966  normal  0.129995 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1661  hypothetical protein  37.61 
 
 		 948 aa  79.3  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1052  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  29.67 
 
 		 472 aa  77.8  0.000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.295894 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0769  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  33.52 
 
 		 458 aa  76.6  0.000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2072  hypothetical protein  37.08 
 
 		 722 aa  76.3  0.000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.813162  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1730  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  37.08 
 
 		 731 aa  75.9  0.000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0317233  hitchhiker  0.00941699 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1017  hypothetical protein  35.71 
 
 		 888 aa  62.8  0.00000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1074  hypothetical protein  50.91 
 
 		 1273 aa  57.8  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4371  hypothetical protein  43.33 
 
 		 783 aa  53.9  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0661  hypothetical protein  40.98 
 
 		 392 aa  53.5  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2884  hypothetical protein  46.15 
 
 		 882 aa  51.6  0.00007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.677887  normal  0.937663 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3804  hypothetical protein  40 
 
 		 1162 aa  50.4  0.0001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.866063  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01203  AAA ATPase containing von Willebrand factor type A (vWA)  35.35 
 
 		 1359 aa  48.5  0.0006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4412  hypothetical protein  37.5 
 
 		 708 aa  48.5  0.0006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3955  hypothetical protein  37.5 
 
 		 708 aa  48.5  0.0006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.228959 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3850  hypothetical protein  48.84 
 
 		 685 aa  48.1  0.0008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.618617 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3345  hypothetical protein  48.84 
 
 		 694 aa  48.1  0.0008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3573  hypothetical protein  37.5 
 
 		 710 aa  48.1  0.0008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.338057  normal  0.799979 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2128  hypothetical protein  48.84 
 
 		 802 aa  47.8  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00604718 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1214  hypothetical protein  27.27 
 
 		 610 aa  47.8  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6845  hypothetical protein  46.51 
 
 		 890 aa  46.6  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000661999  normal  0.206537 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0500  hypothetical protein  30.61 
 
 		 364 aa  47  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4625  hypothetical protein  41.38 
 
 		 752 aa  47  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34230  hypothetical protein  46.51 
 
 		 946 aa  46.2  0.003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1948  hypothetical protein  31.97 
 
 		 637 aa  45.1  0.007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.461201  normal  0.145014 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>