42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_6845 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010676  Bphyt_6845  hypothetical protein  100 
 
 
890 aa  1685    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000661999  normal  0.206537 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2884  hypothetical protein  73.62 
 
 
882 aa  348  4e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.677887  normal  0.937663 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4371  hypothetical protein  53.36 
 
 
783 aa  157  9e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2128  hypothetical protein  46.05 
 
 
802 aa  148  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00604718 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4412  hypothetical protein  47.84 
 
 
708 aa  141  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3955  hypothetical protein  47.84 
 
 
708 aa  141  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.228959 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4625  hypothetical protein  41.8 
 
 
752 aa  129  3e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3573  hypothetical protein  47.19 
 
 
710 aa  127  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.338057  normal  0.799979 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3345  hypothetical protein  46.15 
 
 
694 aa  123  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3850  hypothetical protein  48.04 
 
 
685 aa  120  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.618617 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0676  transmembrane protein  65.12 
 
 
844 aa  114  1.0000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0526  hypothetical protein  65.12 
 
 
875 aa  113  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1855  hypothetical protein  65.12 
 
 
875 aa  113  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0264173  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1646  hypothetical protein  65.12 
 
 
875 aa  113  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1724  hypothetical protein  65.12 
 
 
190 aa  111  6e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2448  hypothetical protein  75 
 
 
882 aa  102  4e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.564795  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2310  hypothetical protein  75 
 
 
881 aa  101  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.259281  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0772  hypothetical protein  75 
 
 
881 aa  101  6e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4193  transcriptional regulator, TetR family  44.16 
 
 
302 aa  56.6  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0423044  normal  0.257514 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1816  hypothetical protein  46.67 
 
 
969 aa  55.5  0.000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1986  hypothetical protein  43.48 
 
 
962 aa  54.7  0.000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.722287  normal  0.124787 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0623  signal recognition particle-docking protein FtsY  40.7 
 
 
453 aa  52.4  0.00004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3227  hypothetical protein  48.74 
 
 
996 aa  52  0.00005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.640032  normal  0.507723 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3980  signal recognition particle-docking protein FtsY  51.09 
 
 
643 aa  50.8  0.0001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00176908  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0866  hypothetical protein  30.18 
 
 
1036 aa  50.4  0.0001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  unclonable  0.000000000000189668  hitchhiker  0.00567814 
 
 
-
 
NC_003296  RS04701  hypothetical protein  41.67 
 
 
673 aa  50.4  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0974302 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3818  hypothetical protein  50 
 
 
947 aa  49.7  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.899071  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1232  hypothetical protein  36.29 
 
 
806 aa  49.3  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.755816  normal  0.21821 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3606  signal recognition particle-docking protein FtsY  41.29 
 
 
561 aa  49.7  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00455766  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1661  hypothetical protein  50 
 
 
948 aa  49.7  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0725  hypothetical protein  48.94 
 
 
640 aa  47.4  0.001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01264  FimV  41.67 
 
 
658 aa  47.4  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0641  hypothetical protein  48.94 
 
 
640 aa  47.4  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2470  peptidoglycan-binding LysM  43.86 
 
 
940 aa  47.4  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.343292 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2140  putative transmembrane protein  43.14 
 
 
968 aa  47  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.704119  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3332  hypothetical protein  51.67 
 
 
567 aa  45.8  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.994828 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1679  putative transmembrane protein  50 
 
 
883 aa  45.8  0.004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2309  peptidoglycan-binding LysM  47.92 
 
 
952 aa  45.8  0.004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3768  peptidoglycan-binding LysM  45.45 
 
 
911 aa  45.4  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.853067  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1527  peptidoglycan-binding LysM  45.45 
 
 
912 aa  45.1  0.006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.417424  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1993  peptidoglycan-binding LysM  45.45 
 
 
911 aa  45.1  0.006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.650593  normal  0.139886 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1554  peptidoglycan-binding LysM  45.45 
 
 
896 aa  44.7  0.007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.380472 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>