87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2470 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_2470  peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 		 940 aa  1857    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.343292 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2309  peptidoglycan-binding LysM  72.95 
 
 		 952 aa  553  1e-156  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1986  hypothetical protein  56.39 
 
 		 962 aa  390  1e-107  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.722287  normal  0.124787 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2140  putative transmembrane protein  54.42 
 
 		 968 aa  388  1e-106  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.704119  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1701  hypothetical protein  36.53 
 
 		 1041 aa  358  2.9999999999999997e-97  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0554599 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1816  hypothetical protein  47.39 
 
 		 969 aa  356  1e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0866  hypothetical protein  36.18 
 
 		 1036 aa  355  2.9999999999999997e-96  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  unclonable  0.000000000000189668  hitchhiker  0.00567814 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3043  putative transmembrane protein  37.5 
 
 		 870 aa  293  2e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1679  putative transmembrane protein  34.33 
 
 		 883 aa  258  3e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04701  hypothetical protein  45.07 
 
 		 673 aa  225  3e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0974302 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1918  hypothetical protein  37.47 
 
 		 828 aa  201  3.9999999999999996e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.123699  normal  0.927889 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3236  putative transmembrane protein  37.85 
 
 		 918 aa  198  3e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2589  putative transmembrane protein  37.85 
 
 		 885 aa  198  3e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1561  tetratricopeptide TPR_4  28.96 
 
 		 1057 aa  186  1.0000000000000001e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1791  peptidoglycan-binding LysM  37.07 
 
 		 877 aa  186  2.0000000000000003e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.420017  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1218  putative transmembrane protein  39.89 
 
 		 938 aa  183  1e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0213212 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1249  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  34.17 
 
 		 914 aa  175  2.9999999999999996e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.358578  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2018  hypothetical protein  32.85 
 
 		 927 aa  169  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0727508  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23830  pilus assembly protein  32.92 
 
 		 924 aa  163  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0199592  normal  0.717366 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2082  Tfp pilus assembly protein FimV-like  27.23 
 
 		 1245 aa  155  2e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0604144  normal  0.660247 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3066  putative type 4 pilus biogenesis  50.35 
 
 		 1027 aa  141  6e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1915  transmembrane protein  31.62 
 
 		 279 aa  135  3e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.678129  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2061  hypothetical protein  30.6 
 
 		 819 aa  133  1.0000000000000001e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4871  putative transmembrane protein  37.43 
 
 		 959 aa  130  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.763378  normal  0.552077 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1017  hypothetical protein  27 
 
 		 888 aa  128  5e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0641  hypothetical protein  32.68 
 
 		 640 aa  128  5e-28  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1232  hypothetical protein  29.49 
 
 		 806 aa  126  2e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.755816  normal  0.21821 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0725  hypothetical protein  32.77 
 
 		 640 aa  123  9.999999999999999e-27  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2853  hypothetical protein  39.37 
 
 		 679 aa  119  3e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3613  putative transmembrane protein  39.86 
 
 		 889 aa  116  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01264  FimV  30.38 
 
 		 658 aa  112  4.0000000000000004e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1263  FimV protein  28.57 
 
 		 897 aa  109  2e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5240  putative transmembrane protein  43.18 
 
 		 964 aa  108  3e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.313298  normal  0.899168 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1339  FimV N-terminal domain protein  31.11 
 
 		 826 aa  106  2e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.866454  normal  0.334377 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1807  putative membrane protein; K07288 uncharacterized membrane protein  30.18 
 
 		 822 aa  102  2e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2160  putative transmembrane protein  44.04 
 
 		 870 aa  101  6e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.12077 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1714  FimV N-terminal domain protein  29.34 
 
 		 715 aa  100  1e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20860  putative Tfp pilus assembly protein FimV  28.04 
 
 		 681 aa  99  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1554  peptidoglycan-binding LysM  35.34 
 
 		 896 aa  92.4  3e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.380472 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3768  peptidoglycan-binding LysM  26.25 
 
 		 911 aa  92  4e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.853067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1895  peptidoglycan-binding LysM  33.77 
 
 		 883 aa  91.3  7e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2039  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  25.69 
 
 		 744 aa  89.7  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.177645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0769  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  33.71 
 
 		 458 aa  89  4e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1993  peptidoglycan-binding LysM  33.59 
 
 		 911 aa  88.2  6e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.650593  normal  0.139886 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1052  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  34.81 
 
 		 472 aa  85.9  0.000000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.295894 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1730  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  29.11 
 
 		 731 aa  83.2  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0317233  hitchhiker  0.00941699 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1646  LysM domain protein  27.17 
 
 		 717 aa  81.6  0.00000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.435509  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2718  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  34.11 
 
 		 931 aa  80.1  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.513981  normal  0.0374909 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1790  motility protein FimV  28.35 
 
 		 683 aa  79.3  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34230  hypothetical protein  35.11 
 
 		 946 aa  79.7  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1815  peptidoglycan-binding LysM  28.46 
 
 		 692 aa  78.6  0.0000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2072  hypothetical protein  28.78 
 
 		 722 aa  78.6  0.0000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.813162  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1527  peptidoglycan-binding LysM  32.74 
 
 		 912 aa  77.8  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.417424  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3818  hypothetical protein  33.91 
 
 		 947 aa  76.6  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.899071  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1470  LysM domain-containing protein  36.29 
 
 		 595 aa  77  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.368966  normal  0.129995 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1661  hypothetical protein  34.78 
 
 		 948 aa  76.3  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3736  peptidoglycan-binding LysM  26.32 
 
 		 737 aa  70.1  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.016486 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2128  hypothetical protein  54.55 
 
 		 802 aa  52  0.00005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00604718 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3345  hypothetical protein  43.86 
 
 		 694 aa  52  0.00006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3850  hypothetical protein  43.86 
 
 		 685 aa  52  0.00006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.618617 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4412  hypothetical protein  43.86 
 
 		 708 aa  51.6  0.00007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3955  hypothetical protein  43.86 
 
 		 708 aa  51.6  0.00007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.228959 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3573  hypothetical protein  43.86 
 
 		 710 aa  50.8  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.338057  normal  0.799979 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4625  hypothetical protein  42.11 
 
 		 752 aa  50.4  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1616  hypothetical protein  34.45 
 
 		 957 aa  50.1  0.0002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0172271  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2884  hypothetical protein  43.86 
 
 		 882 aa  49.3  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.677887  normal  0.937663 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03102  hypothetical protein  40.91 
 
 		 1482 aa  48.5  0.0005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4371  hypothetical protein  39.39 
 
 		 783 aa  48.1  0.0007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6845  hypothetical protein  43.86 
 
 		 890 aa  48.1  0.0008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000661999  normal  0.206537 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3069  hypothetical protein  50 
 
 		 1110 aa  48.1  0.0008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1485  ATPase  35.53 
 
 		 1761 aa  46.6  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0130947  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002873  AAA ATPase  41.27 
 
 		 1454 aa  47  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1651  hypothetical protein  33.33 
 
 		 945 aa  47  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000121455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1258  hypothetical protein  28.46 
 
 		 633 aa  46.6  0.002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01203  AAA ATPase containing von Willebrand factor type A (vWA)  42.86 
 
 		 1359 aa  46.6  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1478  hypothetical protein  45.45 
 
 		 1115 aa  45.8  0.004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000313073  normal  0.981736 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2310  hypothetical protein  38.46 
 
 		 881 aa  45.4  0.004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.259281  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2442  hypothetical protein  52.27 
 
 		 1097 aa  45.4  0.004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.39531  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1425  hypothetical protein  45.45 
 
 		 1129 aa  45.8  0.004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000113276  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0772  hypothetical protein  38.46 
 
 		 881 aa  45.8  0.004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0676  transmembrane protein  38.46 
 
 		 844 aa  45.8  0.004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0526  hypothetical protein  38.46 
 
 		 875 aa  45.4  0.005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2448  hypothetical protein  38.46 
 
 		 882 aa  45.4  0.005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.564795  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1855  hypothetical protein  38.46 
 
 		 875 aa  45.4  0.005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0264173  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1490  hypothetical protein  45.45 
 
 		 1124 aa  45.4  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00398816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1646  hypothetical protein  38.46 
 
 		 875 aa  45.4  0.005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2151  hypothetical protein  40.3 
 
 		 937 aa  45.1  0.006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00179894  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>