75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1651 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1651  hypothetical protein  100 
 
 		 945 aa  1823    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000121455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1616  hypothetical protein  43.44 
 
 		 957 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0172271  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2985  hypothetical protein  50.58 
 
 		 1135 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00018881  normal  0.421866 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1490  hypothetical protein  42.12 
 
 		 1124 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00398816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1425  hypothetical protein  45.58 
 
 		 1129 aa  442  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000113276  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2743  hypothetical protein  44.58 
 
 		 1147 aa  435  1e-120  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000711361  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2442  hypothetical protein  43.12 
 
 		 1097 aa  433  1e-120  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.39531  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2760  hypothetical protein  44.63 
 
 		 1143 aa  432  1e-119  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000120005  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1616  hypothetical protein  44.16 
 
 		 1148 aa  432  1e-119  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000783547  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1478  hypothetical protein  45.95 
 
 		 1115 aa  427  1e-118  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000313073  normal  0.981736 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2151  hypothetical protein  46.71 
 
 		 937 aa  423  1e-117  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00179894  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3069  hypothetical protein  43.34 
 
 		 1110 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2307  hypothetical protein  49.15 
 
 		 895 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00252843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1394  ATPase  39.68 
 
 		 1408 aa  373  1e-102  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2837  hypothetical protein  49.36 
 
 		 1149 aa  365  2e-99  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00137938  hitchhiker  0.00529506 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1485  ATPase  34.2 
 
 		 1761 aa  311  2.9999999999999997e-83  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0130947  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3804  hypothetical protein  28.85 
 
 		 1162 aa  115  3e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.866063  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03102  hypothetical protein  26.82 
 
 		 1482 aa  112  3e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01203  AAA ATPase containing von Willebrand factor type A (vWA)  29.52 
 
 		 1359 aa  104  7e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002873  AAA ATPase  26.95 
 
 		 1454 aa  96.7  2e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1074  hypothetical protein  25.23 
 
 		 1273 aa  95.9  3e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1263  FimV protein  26.76 
 
 		 897 aa  89.7  2e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1561  tetratricopeptide TPR_4  29.11 
 
 		 1057 aa  87  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0519  hypothetical protein  33.33 
 
 		 1621 aa  82.8  0.00000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1017  hypothetical protein  29.11 
 
 		 888 aa  78.6  0.0000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1249  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  28.64 
 
 		 914 aa  76.3  0.000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.358578  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2082  Tfp pilus assembly protein FimV-like  27.37 
 
 		 1245 aa  75.5  0.000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0604144  normal  0.660247 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1661  hypothetical protein  28.35 
 
 		 948 aa  73.2  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34230  hypothetical protein  28.08 
 
 		 946 aa  71.2  0.00000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3362  ATPase  24.68 
 
 		 1247 aa  70.9  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.592552  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3818  hypothetical protein  27.32 
 
 		 947 aa  70.1  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.899071  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2018  hypothetical protein  27.42 
 
 		 927 aa  69.3  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0727508  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1988  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  24.29 
 
 		 323 aa  68.9  0.0000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.686168  normal  0.436452 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3768  peptidoglycan-binding LysM  25.38 
 
 		 911 aa  67  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.853067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23830  pilus assembly protein  25.57 
 
 		 924 aa  66.6  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0199592  normal  0.717366 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1895  peptidoglycan-binding LysM  27.27 
 
 		 883 aa  65.9  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1993  peptidoglycan-binding LysM  25.38 
 
 		 911 aa  66.2  0.000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.650593  normal  0.139886 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2039  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  24.7 
 
 		 744 aa  64.7  0.000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.177645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1232  hypothetical protein  28.38 
 
 		 806 aa  63.9  0.00000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.755816  normal  0.21821 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1992  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  27.22 
 
 		 336 aa  63.2  0.00000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.274788  normal  0.303251 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1554  peptidoglycan-binding LysM  24.37 
 
 		 896 aa  62.4  0.00000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.380472 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0458  hypothetical protein  36.84 
 
 		 384 aa  60.5  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2718  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  25.25 
 
 		 931 aa  60.8  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.513981  normal  0.0374909 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3494  hypothetical protein  36.84 
 
 		 386 aa  60.8  0.0000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2061  hypothetical protein  26.4 
 
 		 819 aa  60.1  0.0000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3671  response regulator receiver protein  36.84 
 
 		 391 aa  60.1  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0641  hypothetical protein  26.18 
 
 		 640 aa  59.3  0.0000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0725  hypothetical protein  26.73 
 
 		 640 aa  58.5  0.0000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1918  hypothetical protein  43.75 
 
 		 828 aa  56.6  0.000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.123699  normal  0.927889 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1339  FimV N-terminal domain protein  35.29 
 
 		 826 aa  55.1  0.000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.866454  normal  0.334377 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1527  peptidoglycan-binding LysM  22.78 
 
 		 912 aa  55.1  0.000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.417424  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1730  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  37.5 
 
 		 731 aa  52.8  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0317233  hitchhiker  0.00941699 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2072  hypothetical protein  37.5 
 
 		 722 aa  53.1  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.813162  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0500  hypothetical protein  42.11 
 
 		 364 aa  52.4  0.00004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0497  hypothetical protein  42.11 
 
 		 349 aa  52.4  0.00004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1714  FimV N-terminal domain protein  26.04 
 
 		 715 aa  52  0.00005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3843  hypothetical protein  42.11 
 
 		 364 aa  52  0.00005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0476  hypothetical protein  42.11 
 
 		 349 aa  52  0.00005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0661  hypothetical protein  44.44 
 
 		 392 aa  52  0.00006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20860  putative Tfp pilus assembly protein FimV  40 
 
 		 681 aa  51.2  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0955  hypothetical exported membrane associated protein  51.06 
 
 		 312 aa  50.1  0.0002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0306729  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1056  hypothetical protein  51.06 
 
 		 312 aa  50.1  0.0002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.802166  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4121  hypothetical protein  36.67 
 
 		 345 aa  50.1  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3066  putative type 4 pilus biogenesis  27.8 
 
 		 1027 aa  50.1  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0552  hypothetical protein  37.7 
 
 		 300 aa  48.5  0.0005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2843  hypothetical protein  43.55 
 
 		 474 aa  48.5  0.0006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00000192028  normal  0.281035 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2160  putative transmembrane protein  38.57 
 
 		 870 aa  48.5  0.0006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.12077 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3355  hypothetical protein  35 
 
 		 307 aa  47.4  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0446  hypothetical protein  33.87 
 
 		 241 aa  47  0.002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2470  peptidoglycan-binding LysM  36 
 
 		 940 aa  46.6  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.343292 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1701  hypothetical protein  26.56 
 
 		 1041 aa  46.2  0.003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0554599 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1790  motility protein FimV  38.18 
 
 		 683 aa  45.8  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4871  putative transmembrane protein  35.63 
 
 		 959 aa  45.8  0.004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.763378  normal  0.552077 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2309  peptidoglycan-binding LysM  34.67 
 
 		 952 aa  45.4  0.005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3613  putative transmembrane protein  33.72 
 
 		 889 aa  44.7  0.009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>