78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3362 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3362  ATPase  100 
 
 		 1247 aa  2399    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.592552  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01203  AAA ATPase containing von Willebrand factor type A (vWA)  40 
 
 		 1359 aa  206  2e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3804  hypothetical protein  31.92 
 
 		 1162 aa  124  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.866063  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1394  ATPase  25.24 
 
 		 1408 aa  98.2  9e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1485  ATPase  37.69 
 
 		 1761 aa  97.4  1e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0130947  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2151  hypothetical protein  25.32 
 
 		 937 aa  91.7  8e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00179894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1651  hypothetical protein  24.68 
 
 		 945 aa  87.8  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000121455  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1074  hypothetical protein  25.79 
 
 		 1273 aa  85.1  0.000000000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1490  hypothetical protein  23.58 
 
 		 1124 aa  82.8  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00398816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2442  hypothetical protein  33.09 
 
 		 1097 aa  82.8  0.00000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.39531  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1478  hypothetical protein  30.82 
 
 		 1115 aa  82  0.00000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000313073  normal  0.981736 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1425  hypothetical protein  23.58 
 
 		 1129 aa  82  0.00000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000113276  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2082  Tfp pilus assembly protein FimV-like  38.24 
 
 		 1245 aa  80.5  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0604144  normal  0.660247 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2743  hypothetical protein  23.62 
 
 		 1147 aa  80.5  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000711361  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0519  hypothetical protein  30.15 
 
 		 1621 aa  79  0.0000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2760  hypothetical protein  23.48 
 
 		 1143 aa  77.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000120005  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1616  hypothetical protein  23.48 
 
 		 1148 aa  78.2  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000783547  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2837  hypothetical protein  23.48 
 
 		 1149 aa  77  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00137938  hitchhiker  0.00529506 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03102  hypothetical protein  22.92 
 
 		 1482 aa  75.9  0.000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2307  hypothetical protein  41.77 
 
 		 895 aa  75.9  0.000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00252843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1616  hypothetical protein  28.79 
 
 		 957 aa  74.7  0.000000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0172271  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1561  tetratricopeptide TPR_4  40.48 
 
 		 1057 aa  74.7  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002873  AAA ATPase  23.42 
 
 		 1454 aa  73.2  0.00000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1017  hypothetical protein  35.96 
 
 		 888 aa  68.9  0.0000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1249  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  40.74 
 
 		 914 aa  68.6  0.0000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.358578  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1895  peptidoglycan-binding LysM  36.7 
 
 		 883 aa  68.2  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1807  putative membrane protein; K07288 uncharacterized membrane protein  40.96 
 
 		 822 aa  67.8  0.000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2039  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  40.79 
 
 		 744 aa  67  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.177645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2718  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  45.95 
 
 		 931 aa  66.6  0.000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.513981  normal  0.0374909 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3818  hypothetical protein  46.27 
 
 		 947 aa  65.9  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.899071  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1661  hypothetical protein  44.78 
 
 		 948 aa  65.5  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3768  peptidoglycan-binding LysM  41.98 
 
 		 911 aa  63.5  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.853067  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1993  peptidoglycan-binding LysM  46.27 
 
 		 911 aa  62.8  0.00000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.650593  normal  0.139886 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23830  pilus assembly protein  39.18 
 
 		 924 aa  62  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0199592  normal  0.717366 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34230  hypothetical protein  40.54 
 
 		 946 aa  61.6  0.00000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2018  hypothetical protein  36.73 
 
 		 927 aa  60.5  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0727508  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1988  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  34.62 
 
 		 323 aa  60.8  0.0000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.686168  normal  0.436452 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1992  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  32.89 
 
 		 336 aa  60.1  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.274788  normal  0.303251 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1554  peptidoglycan-binding LysM  44.78 
 
 		 896 aa  60.1  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.380472 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1527  peptidoglycan-binding LysM  41.77 
 
 		 912 aa  60.1  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.417424  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3069  hypothetical protein  40 
 
 		 1110 aa  59.3  0.0000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3494  hypothetical protein  41.27 
 
 		 386 aa  58.2  0.0000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0500  hypothetical protein  42.86 
 
 		 364 aa  58.2  0.0000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0458  hypothetical protein  41.27 
 
 		 384 aa  57.8  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3843  hypothetical protein  42.86 
 
 		 364 aa  58.2  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3759  hypothetical protein  33.07 
 
 		 411 aa  57.4  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.57165  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2061  hypothetical protein  31.82 
 
 		 819 aa  57  0.000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2985  hypothetical protein  36.84 
 
 		 1135 aa  56.6  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00018881  normal  0.421866 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1263  FimV protein  22.44 
 
 		 897 aa  56.2  0.000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0497  hypothetical protein  46.15 
 
 		 349 aa  56.2  0.000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1232  hypothetical protein  34.25 
 
 		 806 aa  55.5  0.000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.755816  normal  0.21821 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3671  response regulator receiver protein  38.1 
 
 		 391 aa  55.1  0.000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0725  hypothetical protein  36.84 
 
 		 640 aa  53.5  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0641  hypothetical protein  36.84 
 
 		 640 aa  53.9  0.00002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0552  hypothetical protein  40.74 
 
 		 300 aa  53.1  0.00004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2160  putative transmembrane protein  39.13 
 
 		 870 aa  52.4  0.00005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.12077 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01264  FimV  37.5 
 
 		 658 aa  52.4  0.00006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2470  peptidoglycan-binding LysM  41.43 
 
 		 940 aa  51.2  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.343292 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4121  hypothetical protein  36.51 
 
 		 345 aa  49.7  0.0004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0476  hypothetical protein  45.28 
 
 		 349 aa  49.3  0.0005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1701  hypothetical protein  31.68 
 
 		 1041 aa  49.3  0.0005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0554599 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3066  putative type 4 pilus biogenesis  31.94 
 
 		 1027 aa  48.9  0.0006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2072  hypothetical protein  48.15 
 
 		 722 aa  48.5  0.0007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.813162  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1730  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  48.15 
 
 		 731 aa  48.9  0.0007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0317233  hitchhiker  0.00941699 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1915  transmembrane protein  31.82 
 
 		 279 aa  47.8  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.678129  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1986  hypothetical protein  35.44 
 
 		 962 aa  47.8  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.722287  normal  0.124787 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2113  hypothetical protein  36.07 
 
 		 217 aa  47  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.674984  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1918  hypothetical protein  38.81 
 
 		 828 aa  47.4  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.123699  normal  0.927889 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2853  hypothetical protein  41.18 
 
 		 679 aa  47  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1339  FimV N-terminal domain protein  35.63 
 
 		 826 aa  46.2  0.004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.866454  normal  0.334377 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1861  hypothetical protein  38.18 
 
 		 217 aa  46.2  0.004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2140  putative transmembrane protein  38.71 
 
 		 968 aa  45.8  0.005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.704119  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2589  putative transmembrane protein  38.18 
 
 		 885 aa  45.8  0.005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1816  hypothetical protein  38.71 
 
 		 969 aa  45.8  0.005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1218  putative transmembrane protein  38.89 
 
 		 938 aa  45.8  0.005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0213212 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3236  putative transmembrane protein  38.18 
 
 		 918 aa  45.4  0.006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04701  hypothetical protein  42.62 
 
 		 673 aa  45.4  0.007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0974302 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3760  hypothetical protein  37.74 
 
 		 278 aa  45.1  0.009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.693431  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>