74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS04701 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS04701  hypothetical protein  100 
 
 		 673 aa  1317    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0974302 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1986  hypothetical protein  52.64 
 
 		 962 aa  342  1e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.722287  normal  0.124787 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2140  putative transmembrane protein  50.37 
 
 		 968 aa  320  5e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.704119  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1816  hypothetical protein  50.12 
 
 		 969 aa  315  1.9999999999999998e-84  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1701  hypothetical protein  35.22 
 
 		 1041 aa  280  6e-74  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0554599 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2309  peptidoglycan-binding LysM  40.34 
 
 		 952 aa  249  9e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2470  peptidoglycan-binding LysM  38.63 
 
 		 940 aa  231  4e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.343292 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0866  hypothetical protein  40.53 
 
 		 1036 aa  156  1e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  unclonable  0.000000000000189668  hitchhiker  0.00567814 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1915  transmembrane protein  37.15 
 
 		 279 aa  154  7e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.678129  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1791  peptidoglycan-binding LysM  33.72 
 
 		 877 aa  144  5e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.420017  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1918  hypothetical protein  40.48 
 
 		 828 aa  141  4.999999999999999e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.123699  normal  0.927889 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1249  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  38.65 
 
 		 914 aa  136  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.358578  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1895  peptidoglycan-binding LysM  30.65 
 
 		 883 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2061  hypothetical protein  36.18 
 
 		 819 aa  131  5.0000000000000004e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3066  putative type 4 pilus biogenesis  45.99 
 
 		 1027 aa  130  1.0000000000000001e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1218  putative transmembrane protein  39.92 
 
 		 938 aa  128  3e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0213212 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1017  hypothetical protein  33.1 
 
 		 888 aa  127  5e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4871  putative transmembrane protein  35.71 
 
 		 959 aa  127  5e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.763378  normal  0.552077 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34230  hypothetical protein  32.99 
 
 		 946 aa  124  7e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2018  hypothetical protein  35.66 
 
 		 927 aa  124  8e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0727508  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2718  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  28.76 
 
 		 931 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.513981  normal  0.0374909 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1418  putative transmembrane protein  41.18 
 
 		 933 aa  123  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1679  putative transmembrane protein  41.18 
 
 		 883 aa  123  9.999999999999999e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3236  putative transmembrane protein  43.23 
 
 		 918 aa  123  9.999999999999999e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23830  pilus assembly protein  37.15 
 
 		 924 aa  120  6e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0199592  normal  0.717366 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2589  putative transmembrane protein  41.25 
 
 		 885 aa  119  1.9999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2853  hypothetical protein  36.86 
 
 		 679 aa  117  1.0000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3043  putative transmembrane protein  45.16 
 
 		 870 aa  116  1.0000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3613  putative transmembrane protein  42.74 
 
 		 889 aa  114  6e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20860  putative Tfp pilus assembly protein FimV  32.44 
 
 		 681 aa  111  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1527  peptidoglycan-binding LysM  32.63 
 
 		 912 aa  112  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.417424  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1993  peptidoglycan-binding LysM  27.3 
 
 		 911 aa  111  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.650593  normal  0.139886 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3768  peptidoglycan-binding LysM  26.46 
 
 		 911 aa  110  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.853067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1554  peptidoglycan-binding LysM  33.47 
 
 		 896 aa  109  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.380472 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1561  tetratricopeptide TPR_4  34.11 
 
 		 1057 aa  109  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1232  hypothetical protein  31.34 
 
 		 806 aa  108  3e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.755816  normal  0.21821 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01264  FimV  35.27 
 
 		 658 aa  108  4e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1263  FimV protein  32.13 
 
 		 897 aa  106  1e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2082  Tfp pilus assembly protein FimV-like  30.74 
 
 		 1245 aa  106  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0604144  normal  0.660247 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5240  putative transmembrane protein  39.69 
 
 		 964 aa  105  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.313298  normal  0.899168 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0641  hypothetical protein  32.49 
 
 		 640 aa  104  6e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1714  FimV N-terminal domain protein  29.28 
 
 		 715 aa  102  3e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0725  hypothetical protein  32.85 
 
 		 640 aa  99  3e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2160  putative transmembrane protein  43.12 
 
 		 870 aa  98.2  4e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.12077 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1646  LysM domain protein  34.47 
 
 		 717 aa  97.8  6e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.435509  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3736  peptidoglycan-binding LysM  31.7 
 
 		 737 aa  92.4  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.016486 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1339  FimV N-terminal domain protein  32.35 
 
 		 826 aa  92  3e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.866454  normal  0.334377 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1807  putative membrane protein; K07288 uncharacterized membrane protein  30.17 
 
 		 822 aa  85.9  0.000000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1815  peptidoglycan-binding LysM  30.83 
 
 		 692 aa  79  0.0000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1661  hypothetical protein  39.09 
 
 		 948 aa  78.2  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1470  LysM domain-containing protein  36.72 
 
 		 595 aa  77.4  0.0000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.368966  normal  0.129995 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3818  hypothetical protein  37.27 
 
 		 947 aa  76.6  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.899071  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2039  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  27.84 
 
 		 744 aa  75.9  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.177645  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1730  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  35.96 
 
 		 731 aa  73.2  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0317233  hitchhiker  0.00941699 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2072  hypothetical protein  35.96 
 
 		 722 aa  73.2  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.813162  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0769  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  31.65 
 
 		 458 aa  67.8  0.0000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1790  motility protein FimV  44.12 
 
 		 683 aa  61.2  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1052  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  32.92 
 
 		 472 aa  60.1  0.0000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.295894 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0661  hypothetical protein  46.77 
 
 		 392 aa  59.3  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4371  hypothetical protein  41.54 
 
 		 783 aa  55.1  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6845  hypothetical protein  41.67 
 
 		 890 aa  50.4  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000661999  normal  0.206537 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2128  hypothetical protein  42.86 
 
 		 802 aa  50.1  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00604718 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2884  hypothetical protein  40.32 
 
 		 882 aa  49.3  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.677887  normal  0.937663 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1214  hypothetical protein  28.91 
 
 		 610 aa  48.1  0.0005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3955  hypothetical protein  43.1 
 
 		 708 aa  48.1  0.0005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.228959 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4412  hypothetical protein  43.1 
 
 		 708 aa  48.1  0.0005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4625  hypothetical protein  42.25 
 
 		 752 aa  47.8  0.0007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0676  transmembrane protein  40.91 
 
 		 844 aa  47.4  0.0008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3804  hypothetical protein  33.33 
 
 		 1162 aa  46.6  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.866063  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3362  ATPase  40 
 
 		 1247 aa  46.2  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.592552  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3355  hypothetical protein  39.29 
 
 		 307 aa  46.2  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3850  hypothetical protein  39.66 
 
 		 685 aa  44.7  0.005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.618617 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3345  hypothetical protein  39.66 
 
 		 694 aa  44.7  0.005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1096  cell wall hydrolase, SleB  34.69 
 
 		 304 aa  44.3  0.008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.345588  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>