73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1986 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_2140  putative transmembrane protein  78.06 
 
 
968 aa  705    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.704119  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1986  hypothetical protein  100 
 
 
962 aa  1889    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.722287  normal  0.124787 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1816  hypothetical protein  78.06 
 
 
969 aa  684    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2309  peptidoglycan-binding LysM  48.43 
 
 
952 aa  717    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04701  hypothetical protein  57.14 
 
 
673 aa  583  1.0000000000000001e-165  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0974302 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2470  peptidoglycan-binding LysM  54.07 
 
 
940 aa  391  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.343292 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1701  hypothetical protein  38.92 
 
 
1041 aa  370  1e-101  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0554599 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0866  hypothetical protein  38.14 
 
 
1036 aa  367  1e-100  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  unclonable  0.000000000000189668  hitchhiker  0.00567814 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3043  putative transmembrane protein  33.77 
 
 
870 aa  264  4.999999999999999e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23830  pilus assembly protein  33.28 
 
 
924 aa  202  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0199592  normal  0.717366 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4871  putative transmembrane protein  39.39 
 
 
959 aa  202  3e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.763378  normal  0.552077 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1918  hypothetical protein  38.38 
 
 
828 aa  199  2.0000000000000003e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.123699  normal  0.927889 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2082  Tfp pilus assembly protein FimV-like  30.36 
 
 
1245 aa  195  4e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0604144  normal  0.660247 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3236  putative transmembrane protein  37.3 
 
 
918 aa  192  2e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1249  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  35.68 
 
 
914 aa  186  3e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.358578  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34230  hypothetical protein  31.7 
 
 
946 aa  179  3e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1561  tetratricopeptide TPR_4  30.21 
 
 
1057 aa  174  7.999999999999999e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2018  hypothetical protein  34.86 
 
 
927 aa  164  6e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0727508  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1895  peptidoglycan-binding LysM  31.08 
 
 
883 aa  160  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1915  transmembrane protein  37.79 
 
 
279 aa  149  2.0000000000000003e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.678129  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1993  peptidoglycan-binding LysM  31.12 
 
 
911 aa  144  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.650593  normal  0.139886 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3768  peptidoglycan-binding LysM  31.03 
 
 
911 aa  144  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.853067  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1017  hypothetical protein  31.92 
 
 
888 aa  144  9.999999999999999e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2718  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  32.22 
 
 
931 aa  142  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.513981  normal  0.0374909 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3066  putative type 4 pilus biogenesis  51.09 
 
 
1027 aa  140  2e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1554  peptidoglycan-binding LysM  29.33 
 
 
896 aa  137  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.380472 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3818  hypothetical protein  30.33 
 
 
947 aa  134  6e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.899071  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1527  peptidoglycan-binding LysM  30.34 
 
 
912 aa  134  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.417424  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0641  hypothetical protein  30.22 
 
 
640 aa  131  5.0000000000000004e-29  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1232  hypothetical protein  34.64 
 
 
806 aa  127  1e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.755816  normal  0.21821 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0725  hypothetical protein  29.98 
 
 
640 aa  124  6e-27  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2853  hypothetical protein  30.97 
 
 
679 aa  122  3e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01264  FimV  31.8 
 
 
658 aa  121  6e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1263  FimV protein  29.37 
 
 
897 aa  119  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2589  putative transmembrane protein  39.55 
 
 
885 aa  112  2.0000000000000002e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5240  putative transmembrane protein  41.3 
 
 
964 aa  112  4.0000000000000004e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.313298  normal  0.899168 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1339  FimV N-terminal domain protein  34.48 
 
 
826 aa  112  4.0000000000000004e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.866454  normal  0.334377 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20860  putative Tfp pilus assembly protein FimV  33.72 
 
 
681 aa  111  7.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1679  putative transmembrane protein  44.14 
 
 
883 aa  109  2e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2160  putative transmembrane protein  46.79 
 
 
870 aa  107  1e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.12077 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1646  LysM domain protein  33.07 
 
 
717 aa  98.6  5e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.435509  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1807  putative membrane protein; K07288 uncharacterized membrane protein  28.83 
 
 
822 aa  93.6  2e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3736  peptidoglycan-binding LysM  31.45 
 
 
737 aa  92.8  3e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.016486 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1815  peptidoglycan-binding LysM  32.05 
 
 
692 aa  90.9  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1790  motility protein FimV  29.64 
 
 
683 aa  89  4e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1714  FimV N-terminal domain protein  26.39 
 
 
715 aa  87.8  9e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2039  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  24.56 
 
 
744 aa  87.8  0.000000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.177645  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1470  LysM domain-containing protein  34.66 
 
 
595 aa  86.3  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.368966  normal  0.129995 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2072  hypothetical protein  29.48 
 
 
722 aa  77.8  0.0000000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.813162  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1730  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  29.28 
 
 
731 aa  77.8  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0317233  hitchhiker  0.00941699 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2061  hypothetical protein  29.62 
 
 
819 aa  76.3  0.000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0769  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  32.58 
 
 
458 aa  75.9  0.000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1052  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  29.83 
 
 
472 aa  75.1  0.000000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.295894 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1074  hypothetical protein  50 
 
 
1273 aa  55.5  0.000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1258  hypothetical protein  32.2 
 
 
633 aa  53.5  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4371  hypothetical protein  43.33 
 
 
783 aa  52.4  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3804  hypothetical protein  40 
 
 
1162 aa  50.4  0.0001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.866063  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0661  hypothetical protein  40 
 
 
392 aa  50.4  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2884  hypothetical protein  45.1 
 
 
882 aa  50.4  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.677887  normal  0.937663 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2128  hypothetical protein  41.43 
 
 
802 aa  49.3  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00604718 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4412  hypothetical protein  38.89 
 
 
708 aa  49.7  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3573  hypothetical protein  43.1 
 
 
710 aa  49.7  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.338057  normal  0.799979 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3955  hypothetical protein  38.89 
 
 
708 aa  49.7  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.228959 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4625  hypothetical protein  43.86 
 
 
752 aa  48.9  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3850  hypothetical protein  42.37 
 
 
685 aa  48.5  0.0005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.618617 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3345  hypothetical protein  42.37 
 
 
694 aa  48.5  0.0006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002873  AAA ATPase  38.75 
 
 
1454 aa  48.5  0.0006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6845  hypothetical protein  43.14 
 
 
890 aa  46.6  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000661999  normal  0.206537 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0519  hypothetical protein  39.68 
 
 
1621 aa  45.4  0.005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1661  hypothetical protein  44.19 
 
 
948 aa  45.1  0.006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1616  hypothetical protein  29.32 
 
 
957 aa  45.4  0.006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0172271  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1565  hypothetical protein  31.46 
 
 
601 aa  45.1  0.006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.218549  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1405  hypothetical protein  30.43 
 
 
604 aa  44.3  0.01  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0859572 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>