62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1815 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1815  peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 		 692 aa  1338    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3736  peptidoglycan-binding LysM  39.34 
 
 		 737 aa  358  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.016486 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1790  motility protein FimV  37.79 
 
 		 683 aa  236  7e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1646  LysM domain protein  45.78 
 
 		 717 aa  218  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.435509  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20860  putative Tfp pilus assembly protein FimV  48.29 
 
 		 681 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2018  hypothetical protein  38.92 
 
 		 927 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0727508  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34230  hypothetical protein  40.93 
 
 		 946 aa  198  3e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23830  pilus assembly protein  38.16 
 
 		 924 aa  195  2e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0199592  normal  0.717366 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2718  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  39.43 
 
 		 931 aa  179  1e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.513981  normal  0.0374909 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1895  peptidoglycan-binding LysM  36.7 
 
 		 883 aa  173  9e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1993  peptidoglycan-binding LysM  31.45 
 
 		 911 aa  164  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.650593  normal  0.139886 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1470  LysM domain-containing protein  53.38 
 
 		 595 aa  160  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.368966  normal  0.129995 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1232  hypothetical protein  34.13 
 
 		 806 aa  155  2.9999999999999998e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.755816  normal  0.21821 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2082  Tfp pilus assembly protein FimV-like  38.89 
 
 		 1245 aa  152  2e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0604144  normal  0.660247 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1249  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  44.14 
 
 		 914 aa  150  7e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.358578  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1561  tetratricopeptide TPR_4  34.94 
 
 		 1057 aa  150  8e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1661  hypothetical protein  41.56 
 
 		 948 aa  148  3e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1017  hypothetical protein  33.6 
 
 		 888 aa  143  9.999999999999999e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3768  peptidoglycan-binding LysM  41.9 
 
 		 911 aa  141  3e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.853067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1527  peptidoglycan-binding LysM  41.9 
 
 		 912 aa  141  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.417424  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1554  peptidoglycan-binding LysM  33.61 
 
 		 896 aa  139  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.380472 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3818  hypothetical protein  39.66 
 
 		 947 aa  139  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.899071  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2061  hypothetical protein  34.49 
 
 		 819 aa  123  9.999999999999999e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0866  hypothetical protein  35.43 
 
 		 1036 aa  120  6e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  unclonable  0.000000000000189668  hitchhiker  0.00567814 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1263  FimV protein  33.05 
 
 		 897 aa  119  3e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0641  hypothetical protein  30.34 
 
 		 640 aa  107  8e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3066  putative type 4 pilus biogenesis  30.35 
 
 		 1027 aa  106  2e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4871  putative transmembrane protein  34.27 
 
 		 959 aa  101  5e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.763378  normal  0.552077 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0725  hypothetical protein  29.44 
 
 		 640 aa  101  5e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1986  hypothetical protein  32.23 
 
 		 962 aa  98.6  3e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.722287  normal  0.124787 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1918  hypothetical protein  34.41 
 
 		 828 aa  99  3e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.123699  normal  0.927889 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3613  putative transmembrane protein  34.13 
 
 		 889 aa  99  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1807  putative membrane protein; K07288 uncharacterized membrane protein  33.62 
 
 		 822 aa  98.2  4e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3236  putative transmembrane protein  29.38 
 
 		 918 aa  97.4  8e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1701  hypothetical protein  27.37 
 
 		 1041 aa  97.4  8e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0554599 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3043  putative transmembrane protein  33.08 
 
 		 870 aa  95.9  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2039  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  30.53 
 
 		 744 aa  95.5  3e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.177645  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01264  FimV  35.63 
 
 		 658 aa  95.1  4e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1730  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  33.88 
 
 		 731 aa  94.7  5e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0317233  hitchhiker  0.00941699 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2589  putative transmembrane protein  28.81 
 
 		 885 aa  94.4  6e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1218  putative transmembrane protein  30.18 
 
 		 938 aa  94  8e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0213212 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2072  hypothetical protein  34.33 
 
 		 722 aa  92.8  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.813162  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1339  FimV N-terminal domain protein  32.54 
 
 		 826 aa  89.4  2e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.866454  normal  0.334377 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1791  peptidoglycan-binding LysM  27.16 
 
 		 877 aa  87.8  6e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.420017  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1714  FimV N-terminal domain protein  25 
 
 		 715 aa  87.4  9e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2140  putative transmembrane protein  30.68 
 
 		 968 aa  85.9  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.704119  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1418  putative transmembrane protein  35.43 
 
 		 933 aa  84  0.000000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1816  hypothetical protein  29.02 
 
 		 969 aa  84  0.000000000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04701  hypothetical protein  32.08 
 
 		 673 aa  83.2  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0974302 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2853  hypothetical protein  32.07 
 
 		 679 aa  81.6  0.00000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2309  peptidoglycan-binding LysM  27.03 
 
 		 952 aa  79  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5240  putative transmembrane protein  37.29 
 
 		 964 aa  79  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.313298  normal  0.899168 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1915  transmembrane protein  28.81 
 
 		 279 aa  73.9  0.000000000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.678129  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1679  putative transmembrane protein  35.51 
 
 		 883 aa  65.5  0.000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2160  putative transmembrane protein  33.94 
 
 		 870 aa  61.2  0.00000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.12077 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1565  hypothetical protein  34.95 
 
 		 601 aa  50.1  0.0002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.218549  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1405  hypothetical protein  33.33 
 
 		 604 aa  48.1  0.0006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0859572 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1651  hypothetical protein  26.48 
 
 		 945 aa  47.8  0.0006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000121455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1258  hypothetical protein  30.71 
 
 		 633 aa  47.8  0.0007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2470  peptidoglycan-binding LysM  43.4 
 
 		 940 aa  46.2  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.343292 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2307  hypothetical protein  26.67 
 
 		 895 aa  45.4  0.004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00252843  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01203  AAA ATPase containing von Willebrand factor type A (vWA)  46.15 
 
 		 1359 aa  44.7  0.006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>