58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1418 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1418  putative transmembrane protein  100 
 
 		 933 aa  1764    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1791  peptidoglycan-binding LysM  44.49 
 
 		 877 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.420017  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3613  putative transmembrane protein  52.56 
 
 		 889 aa  342  1e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3236  putative transmembrane protein  49.6 
 
 		 918 aa  315  1.9999999999999998e-84  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2589  putative transmembrane protein  49.06 
 
 		 885 aa  313  1e-83  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1701  hypothetical protein  34.41 
 
 		 1041 aa  309  1.0000000000000001e-82  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0554599 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1218  putative transmembrane protein  49.87 
 
 		 938 aa  295  2e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0213212 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1679  putative transmembrane protein  42.19 
 
 		 883 aa  232  2e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2309  peptidoglycan-binding LysM  40.35 
 
 		 952 aa  209  3e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3066  putative type 4 pilus biogenesis  39.39 
 
 		 1027 aa  201  5e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1816  hypothetical protein  39.95 
 
 		 969 aa  197  7e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2140  putative transmembrane protein  38.34 
 
 		 968 aa  194  5e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.704119  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4871  putative transmembrane protein  57.69 
 
 		 959 aa  191  5e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.763378  normal  0.552077 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1918  hypothetical protein  39.84 
 
 		 828 aa  173  2e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.123699  normal  0.927889 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5240  putative transmembrane protein  53.85 
 
 		 964 aa  170  9e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.313298  normal  0.899168 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2160  putative transmembrane protein  51.15 
 
 		 870 aa  162  2e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.12077 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0866  hypothetical protein  47.51 
 
 		 1036 aa  159  3e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  unclonable  0.000000000000189668  hitchhiker  0.00567814 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2082  Tfp pilus assembly protein FimV-like  25.55 
 
 		 1245 aa  148  6e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0604144  normal  0.660247 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1986  hypothetical protein  41.62 
 
 		 962 aa  145  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.722287  normal  0.124787 
 
 
-
 
NC_003296  RS04701  hypothetical protein  36.96 
 
 		 673 aa  140  7.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0974302 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1249  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  31.94 
 
 		 914 aa  137  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.358578  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2061  hypothetical protein  33.22 
 
 		 819 aa  133  1.0000000000000001e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2018  hypothetical protein  30.26 
 
 		 927 aa  131  6e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0727508  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34230  hypothetical protein  29.03 
 
 		 946 aa  130  8.000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23830  pilus assembly protein  30.05 
 
 		 924 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0199592  normal  0.717366 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1915  transmembrane protein  32.31 
 
 		 279 aa  127  1e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.678129  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2853  hypothetical protein  38.75 
 
 		 679 aa  122  3.9999999999999996e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1561  tetratricopeptide TPR_4  25.97 
 
 		 1057 aa  120  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1895  peptidoglycan-binding LysM  28.89 
 
 		 883 aa  118  5e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0641  hypothetical protein  32.43 
 
 		 640 aa  114  8.000000000000001e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1017  hypothetical protein  28.18 
 
 		 888 aa  114  8.000000000000001e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3818  hypothetical protein  31.48 
 
 		 947 aa  110  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.899071  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1661  hypothetical protein  31.12 
 
 		 948 aa  107  8e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1232  hypothetical protein  28.87 
 
 		 806 aa  106  2e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.755816  normal  0.21821 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0725  hypothetical protein  30.07 
 
 		 640 aa  105  5e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1993  peptidoglycan-binding LysM  27.57 
 
 		 911 aa  103  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.650593  normal  0.139886 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1339  FimV N-terminal domain protein  32.34 
 
 		 826 aa  102  3e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.866454  normal  0.334377 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1554  peptidoglycan-binding LysM  27.13 
 
 		 896 aa  102  3e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.380472 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01264  FimV  32.98 
 
 		 658 aa  101  7e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2718  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  34.44 
 
 		 931 aa  100  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.513981  normal  0.0374909 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1263  FimV protein  26.02 
 
 		 897 aa  97.8  9e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1527  peptidoglycan-binding LysM  28.84 
 
 		 912 aa  97.1  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.417424  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1815  peptidoglycan-binding LysM  30.59 
 
 		 692 aa  95.9  3e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1790  motility protein FimV  32.08 
 
 		 683 aa  95.5  4e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2039  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  27.48 
 
 		 744 aa  92.8  3e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.177645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20860  putative Tfp pilus assembly protein FimV  28.68 
 
 		 681 aa  92.4  4e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1646  LysM domain protein  29.69 
 
 		 717 aa  91.3  9e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.435509  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1470  LysM domain-containing protein  36.5 
 
 		 595 aa  90.1  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.368966  normal  0.129995 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3736  peptidoglycan-binding LysM  28.85 
 
 		 737 aa  85.1  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.016486 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1714  FimV N-terminal domain protein  27.24 
 
 		 715 aa  81.3  0.00000000000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1807  putative membrane protein; K07288 uncharacterized membrane protein  26.81 
 
 		 822 aa  79.7  0.0000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0769  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  35.84 
 
 		 458 aa  77.8  0.000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1730  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  27.61 
 
 		 731 aa  73.6  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0317233  hitchhiker  0.00941699 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2072  hypothetical protein  27.97 
 
 		 722 aa  73.2  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.813162  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3768  peptidoglycan-binding LysM  36.11 
 
 		 911 aa  69.3  0.0000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.853067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1052  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  33.52 
 
 		 472 aa  65.9  0.000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.295894 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3369  peptidoglycan-binding LysM  27.78 
 
 		 598 aa  58.2  0.0000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0661  hypothetical protein  45.76 
 
 		 392 aa  47  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>