More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2597 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_2597  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
594 aa  1164    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.158438 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3764  putative PAS/PAC sensor protein  95.58 
 
 
643 aa  1018    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.124369  normal  0.415801 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6225  putative PAS/PAC sensor protein  52.58 
 
 
713 aa  494  9.999999999999999e-139  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1989  putative PAS/PAC sensor protein  43.83 
 
 
722 aa  363  5.0000000000000005e-99  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.965966  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0743  putative PAS/PAC sensor protein  37.3 
 
 
855 aa  255  2.0000000000000002e-66  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.565533 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1739  PAS/protein phosphatase 2C-like  32.82 
 
 
817 aa  226  9e-58  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4164  putative PAS/PAC sensor protein  31.65 
 
 
688 aa  224  3e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.412767  normal  0.407902 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4098  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  37.5 
 
 
1045 aa  204  4e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.108116 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7300  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  37.82 
 
 
573 aa  200  5e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4163  putative PAS/PAC sensor protein  37.82 
 
 
1039 aa  199  9e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0226672 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  35.21 
 
 
616 aa  199  1.0000000000000001e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.697266  normal  0.4865 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0838  putative PAS/PAC sensor protein  32.99 
 
 
754 aa  197  5.000000000000001e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5311  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  37.28 
 
 
952 aa  194  3e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1571  putative PAS/PAC sensor protein  33.98 
 
 
562 aa  190  5.999999999999999e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7237  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  35.09 
 
 
579 aa  184  3e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1752  protein phosphatase 2C-like  33.71 
 
 
591 aa  183  1e-44  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3110  putative PAS/PAC sensor protein  33.41 
 
 
697 aa  179  9e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.63551  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1151  serine phosphatase  42.16 
 
 
713 aa  175  1.9999999999999998e-42  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0109  putative PAS/PAC sensor protein  34.92 
 
 
776 aa  174  2.9999999999999996e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.310164  normal  0.141702 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5315  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  37.59 
 
 
750 aa  174  2.9999999999999996e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.315721 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7089  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  37.25 
 
 
697 aa  173  9e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0288523  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1241  putative PAS/PAC sensor protein  42.66 
 
 
1432 aa  172  2e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00402812 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4166  putative PAS/PAC sensor protein  32.95 
 
 
765 aa  170  8e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.299427  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0524  putative PAS/PAC sensor protein  33.86 
 
 
744 aa  169  1e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00695402 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2399  putative PAS/PAC sensor protein  34.36 
 
 
700 aa  167  5e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.249407  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1009  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  33.41 
 
 
743 aa  164  4.0000000000000004e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2140  PAS/protein phosphatase 2C-like  35.33 
 
 
688 aa  162  2e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731032  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3313  putative PAS/PAC sensor protein  31.76 
 
 
692 aa  162  2e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0250  PAS containing protein phosphatase 2C-like  30.65 
 
 
753 aa  161  3e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.337993  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31980  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  37.67 
 
 
453 aa  159  9e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0585203  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6792  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  45.11 
 
 
585 aa  158  2e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3797  putative GAF sensor protein  38.21 
 
 
828 aa  157  7e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.818563 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3501  putative PAS/PAC sensor protein  42.31 
 
 
1225 aa  152  1e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.480314  normal  0.404449 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1606  putative PAS/PAC sensor protein  36.79 
 
 
693 aa  151  3e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.132491  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5165  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  29.81 
 
 
583 aa  148  3e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.115407  normal  0.0326575 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4521  putative GAF sensor protein  34.89 
 
 
851 aa  147  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3954  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.98 
 
 
1370 aa  147  5e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.364846  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2239  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  32.31 
 
 
553 aa  147  5e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0106  PAS protein phosphatase 2C-like  30.87 
 
 
670 aa  145  2e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0347  putative PAS/PAC sensor protein  33.13 
 
 
723 aa  145  2e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1895  putative PAS/PAC sensor protein  31.79 
 
 
574 aa  145  3e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.757129 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4019  putative PAS/PAC sensor protein  36.53 
 
 
614 aa  143  9e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2814  putative PAS/PAC sensor protein  35.96 
 
 
709 aa  143  9.999999999999999e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0793374  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0098  putative PAS/PAC sensor protein  30.81 
 
 
865 aa  140  7.999999999999999e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0698116  normal  0.0487213 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1588  putative PAS/PAC sensor protein  33.51 
 
 
607 aa  139  1e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.127314 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1632  putative PAS/PAC sensor protein  30.09 
 
 
583 aa  139  2e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.30723 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4988  putative PAS/PAC sensor protein  28.91 
 
 
866 aa  139  2e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.952168  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0086  putative PAS/PAC sensor protein  29.26 
 
 
685 aa  138  3.0000000000000003e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.65346  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5033  putative PAS/PAC sensor protein  31.92 
 
 
760 aa  137  8e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1252  putative PAS/PAC sensor protein  30.41 
 
 
730 aa  136  9.999999999999999e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34940  fused histidine kinase with GAF domain/SpoIIE-like protein  35.64 
 
 
537 aa  135  1.9999999999999998e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.24735  normal  0.897834 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8305  putative PAS/PAC sensor protein  41.75 
 
 
528 aa  135  3e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.817018 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4776  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.47 
 
 
1248 aa  134  5e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3855  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  38.05 
 
 
560 aa  134  5e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.574477  normal  0.471316 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3709  putative PAS/PAC sensor protein  29.85 
 
 
570 aa  134  5e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.551598 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4200  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  34.74 
 
 
702 aa  133  7.999999999999999e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00190608  normal  0.0466919 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.6 
 
 
1361 aa  132  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.498632 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0350  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.58 
 
 
1390 aa  132  3e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0937102  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2919  putative PAS/PAC sensor protein  29.53 
 
 
581 aa  131  3e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0360  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.58 
 
 
1390 aa  132  3e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.592677 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0339  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.58 
 
 
1390 aa  131  3e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.726297  normal  0.77171 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1931  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 
1385 aa  131  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1882  putative PAS/PAC sensor protein  33.95 
 
 
721 aa  130  5.0000000000000004e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.755669 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0401  putative PAS/PAC sensor protein  39.38 
 
 
544 aa  130  8.000000000000001e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00113041  normal  0.0129071 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0617  putative PAS/PAC sensor protein  31.63 
 
 
580 aa  130  9.000000000000001e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1552  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  30.96 
 
 
618 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0479  response regulator receiver modulated serine phosphatase  35.46 
 
 
529 aa  127  5e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.53029  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2009  putative PAS/PAC sensor protein  28.27 
 
 
932 aa  126  9e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240269  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7544  Signal transduction histidine kinase-like protein  35.52 
 
 
1051 aa  126  1e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0227  putative PAS/PAC sensor protein  37.37 
 
 
607 aa  126  1e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.456595  hitchhiker  0.00174766 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3739  response regulator receiver modulated serine phosphatase  37.89 
 
 
523 aa  126  1e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.433453  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3812  putative PAS/PAC sensor protein  30.02 
 
 
757 aa  125  3e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.719446  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0433  putative PAS/PAC sensor protein  30.52 
 
 
627 aa  124  4e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.546697  normal  0.0890628 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0116  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.25 
 
 
1711 aa  124  4e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.257821  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0169  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  34.83 
 
 
711 aa  124  7e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00160079  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2019  protein serine/threonine phosphatase  38.46 
 
 
308 aa  123  9.999999999999999e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13140  bacteriophytochrome (light-regulated signal transduction histidine kinase)  36.26 
 
 
772 aa  122  1.9999999999999998e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2264  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  34.43 
 
 
525 aa  121  3e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0874374 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4775  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.97 
 
 
1383 aa  120  7.999999999999999e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6994  putative PAS/PAC sensor protein  38.93 
 
 
797 aa  119  9.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.126059  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0659  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  36.64 
 
 
450 aa  119  1.9999999999999998e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.808889  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0750  putative PAS/PAC sensor protein  29.27 
 
 
546 aa  119  1.9999999999999998e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.754604  normal  0.0245877 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2092  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.64 
 
 
882 aa  119  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.112279  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1271  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  31.79 
 
 
585 aa  118  3.9999999999999997e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0325345  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3356  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  31.13 
 
 
692 aa  117  5e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.223934  normal  0.0312208 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3089  putative PAS/PAC sensor protein  34.51 
 
 
676 aa  117  6e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2025  putative PAS/PAC sensor protein  27.26 
 
 
930 aa  116  1.0000000000000001e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.76545  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4347  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  34.51 
 
 
576 aa  115  3e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0230944  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4080  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  35.96 
 
 
738 aa  114  5e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.32388  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4996  putative PAS/PAC sensor protein  31.13 
 
 
572 aa  114  5e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2798  response regulator receiver modulated serine phosphatase  33.95 
 
 
538 aa  114  5e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4640  putative PAS/PAC sensor protein  40.25 
 
 
427 aa  113  8.000000000000001e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.74459  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4478  putative PAS/PAC sensor protein  33.22 
 
 
652 aa  113  1.0000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0359873 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1253  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  29.97 
 
 
1332 aa  113  1.0000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4118  ANTAR domain protein with unknown sensor  37.23 
 
 
847 aa  112  2.0000000000000002e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3329  ANTAR domain protein with unknown sensor  37.82 
 
 
830 aa  111  3e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3736  putative PAS/PAC sensor protein  37.8 
 
 
1017 aa  111  4.0000000000000004e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2062  serine phosphatase  30.03 
 
 
366 aa  110  1e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.39738 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0541  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  32.66 
 
 
445 aa  109  1e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  40.65 
 
 
549 aa  108  3e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00204881 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>