183 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0917 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0917  WD-40 repeat-containing protein  100 
 
 		 319 aa  644    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000268959  normal  0.0477605 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0967  WD-40 repeat-containing protein  76.49 
 
 		 319 aa  500  1e-140  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000101779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3011  WD-40 repeat-containing protein  63.06 
 
 		 316 aa  401  1e-111  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000211849  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3035  WD-40 repeat-containing protein  61.46 
 
 		 316 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000963401  normal  0.459897 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0902  WD-40 repeat-containing protein  62.1 
 
 		 316 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000307912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0888  WD-40 repeat-containing protein  63.38 
 
 		 316 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000055651  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3399  WD-40 repeat protein  63.38 
 
 		 316 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000857088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3597  WD-40 repeat-containing protein  63.06 
 
 		 316 aa  397  1e-109  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000016405  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0939  WD-40 repeat-containing protein  61.46 
 
 		 316 aa  397  1e-109  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000121304  normal  0.0978141 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3474  WD-40 repeat-containing protein  63.06 
 
 		 316 aa  397  1e-109  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000147643  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1064  hypothetical protein  60.19 
 
 		 316 aa  383  1e-105  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0839  WD-40 repeat-containing protein  58.65 
 
 		 322 aa  371  1e-102  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000151592  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3239  WD-40 repeat-containing protein  52.73 
 
 		 322 aa  324  1e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000819869  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2910  WD-40 repeat-containing protein  50.63 
 
 		 318 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000305782  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0641  hypothetical protein  49.2 
 
 		 325 aa  287  2e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000056191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0109  WD-40 repeat-containing protein  40.34 
 
 		 324 aa  222  6e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000219456  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0436  hypothetical protein  38.12 
 
 		 327 aa  218  8.999999999999998e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03985  WD-40 repeat protein  35.81 
 
 		 320 aa  200  3e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00637203  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002291  hypothetical protein  33.95 
 
 		 328 aa  179  7e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000281233  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0304  putative lipoprotein  36.67 
 
 		 338 aa  175  8e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.404222  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00063  hypothetical protein  33.33 
 
 		 328 aa  171  2e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2764  putative lipoprotein  34.57 
 
 		 327 aa  168  1e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000993133  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0763  WD-40 repeat-containing protein  29.69 
 
 		 327 aa  135  6.0000000000000005e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3587  hypothetical protein  27.22 
 
 		 328 aa  133  3.9999999999999996e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000116276  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3925  WD-40 repeat-containing protein  27.86 
 
 		 332 aa  124  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0588  WD-40 repeat-containing protein  25.47 
 
 		 313 aa  114  3e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3483  WD-40 repeat-containing protein  26.05 
 
 		 354 aa  109  5e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4706  putative lipoprotein  28.82 
 
 		 326 aa  107  4e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3169  WD-40 repeat-containing protein  25.24 
 
 		 332 aa  93.2  6e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0892  WD-40 repeat-containing protein  29.77 
 
 		 696 aa  71.6  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000103056  unclonable  0.0000205441 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1814  NB-ARC domain protein  29.56 
 
 		 1454 aa  66.6  0.0000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1167  WD-40 repeat protein  27.67 
 
 		 1163 aa  65.5  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1424  WD-40 repeat protein  26.98 
 
 		 344 aa  65.5  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2629  Fis family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 1221 aa  62.4  0.000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0193255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5355  WD-40 repeat protein  27.76 
 
 		 1411 aa  61.6  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.113671 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0065  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  24.65 
 
 		 930 aa  60.5  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2971  WD-40 repeat-containing protein  24.15 
 
 		 1367 aa  60.5  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4792  WD-40 repeat protein  29.07 
 
 		 1363 aa  60.8  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3599  WD-40 repeat-containing protein  27.6 
 
 		 1211 aa  60.5  0.00000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000373823 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4025  NB-ARC domain-containing protein  25.24 
 
 		 1523 aa  60.5  0.00000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.284567  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3451  WD40 repeat, subgroup  26.77 
 
 		 1357 aa  60.1  0.00000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3245  WD-40 repeat protein  22.6 
 
 		 947 aa  60.1  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3275  pentapeptide repeat-containing protein  29.15 
 
 		 1474 aa  59.7  0.00000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.918383  normal  0.348051 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1480  pentapeptide repeat-containing protein  23.77 
 
 		 1807 aa  59.7  0.00000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.811465  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1160  WD40 repeat, subgroup  25.09 
 
 		 1217 aa  59.7  0.00000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1234  WD-40 repeat protein  26.97 
 
 		 1188 aa  59.3  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.593825 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2862  WD-40 repeat-containing protein  24.29 
 
 		 1229 aa  58.5  0.0000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.411367  normal  0.0157624 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3437  WD-40 repeat protein  24.39 
 
 		 1160 aa  58.2  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.67443  normal  0.247289 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1343  WD40 repeat, subgroup  29.38 
 
 		 1280 aa  58.2  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.365079  normal  0.118221 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2471  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  23.46 
 
 		 1481 aa  58.2  0.0000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.420848  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3207  WD-40 repeat-containing protein  23.78 
 
 		 1157 aa  58.2  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.357908 
 
 
-
 
NC_006687  CNE03830  general transcriptional repressor, putative  26.35 
 
 		 564 aa  57.4  0.0000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08468  NACHT and WD40 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_7G08500)  26.47 
 
 		 1364 aa  57  0.0000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.109375 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5394  WD-40 repeat protein  28.5 
 
 		 1247 aa  57  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0112  WD-40 repeat protein  27.51 
 
 		 1236 aa  56.2  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0636944 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1423  WD-40 repeat protein  25.38 
 
 		 344 aa  55.8  0.0000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2975  WD40 repeatdomain-containing protein-like protein  25.5 
 
 		 1901 aa  55.8  0.0000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3660  WD repeat-containing protein  25.41 
 
 		 1097 aa  55.5  0.000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3455  WD40 repeat-domain-containing protein-like protein  22.8 
 
 		 1205 aa  55.5  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0147973  normal  0.02414 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3910  WD-40 repeat-containing protein  22.22 
 
 		 1152 aa  55.8  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1325  WD40 repeat, subgroup  21.9 
 
 		 1484 aa  55.1  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.237461  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4789  WD-40 repeat protein  25 
 
 		 1193 aa  54.3  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  unclonable  0.00121677  normal  0.726129 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3379  protein kinase  24.31 
 
 		 1242 aa  55.1  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.280356  decreased coverage  0.000456668 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2062  WD40 domain-containing protein  24.49 
 
 		 774 aa  54.3  0.000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.483098  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4625  WD-40 repeat-containing protein  22.82 
 
 		 1510 aa  53.9  0.000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2183  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  30.88 
 
 		 1557 aa  53.9  0.000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.150849  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4855  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  24.44 
 
 		 676 aa  53.5  0.000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000172521 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1627  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  28.37 
 
 		 630 aa  53.5  0.000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.59765  normal  0.0942713 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0095  WD-40 repeat-containing protein  34.96 
 
 		 342 aa  53.1  0.000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000200238  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3846  pentapeptide repeat protein  25.96 
 
 		 1443 aa  53.1  0.000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0840  ribosome assembly protein 4 (RSA4)  24.04 
 
 		 1868 aa  52.8  0.000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4614  WD40 repeat-domain-containing protein-like protein  29.47 
 
 		 919 aa  52.8  0.000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.334314  normal  0.398797 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4682  WD-40 repeat-containing protein  27.21 
 
 		 443 aa  52.8  0.000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0575  Serine/threonine protein kinase-related protein  29.79 
 
 		 1856 aa  52.4  0.00001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4252  WD-40 repeat protein  45.31 
 
 		 1209 aa  52  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.23422  hitchhiker  0.00156947 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2588  WD-40 repeat protein  22.89 
 
 		 1188 aa  51.2  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.994241 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5032  pentapeptide repeat-containing protein  23.87 
 
 		 1190 aa  51.6  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.234505 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3395  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  29.59 
 
 		 729 aa  51.2  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0235207  normal  0.820289 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2673  WD-40 repeat-containing protein  29.93 
 
 		 335 aa  51.6  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1807  WD-40 repeat-containing protein  27.81 
 
 		 1214 aa  51.6  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000135295 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06960  conserved hypothetical protein  29.25 
 
 		 1878 aa  50.8  0.00003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.94406 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0027  WD-40 repeat protein  27.2 
 
 		 1213 aa  50.8  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0056  WD-40 repeat-containing tyrosine protein kinase  25.29 
 
 		 742 aa  50.4  0.00003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.718605  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0039  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  24.6 
 
 		 1686 aa  50.8  0.00003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0781722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1556  ribosome assembly protein 4 (RSA4)  25.47 
 
 		 1652 aa  51.2  0.00003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.123778  normal  0.225056 
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_23077  predicted protein  22.96 
 
 		 379 aa  50.1  0.00004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.182131  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2817  WD-40 repeat-containing protein  26.35 
 
 		 1196 aa  50.4  0.00004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.230726 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3594  WD-40 repeat protein  25.84 
 
 		 1164 aa  50.4  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0139951 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1213  NACHT nucleoside triphosphatase  20.8 
 
 		 1416 aa  50.4  0.00004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.349149  hitchhiker  0.000475649 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2798  WD40 domain-containing protein  25.82 
 
 		 597 aa  50.4  0.00004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3869  WD-40 repeat-containing protein  21.58 
 
 		 1553 aa  50.4  0.00004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113625  normal  0.0582417 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4979  WD-40 repeat-containing protein  27.45 
 
 		 578 aa  50.4  0.00004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.363391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1432  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  28.17 
 
 		 1609 aa  50.1  0.00005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4412  WD-40 repeat protein  24.32 
 
 		 1161 aa  50.1  0.00005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3896  serine/threonine protein kinase  22.18 
 
 		 687 aa  50.1  0.00005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4467  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  27.89 
 
 		 698 aa  50.1  0.00005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2154  WD-40 repeat-containing protein  27.1 
 
 		 1041 aa  50.1  0.00005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3456  Serine/threonine protein kinase-related protein  30.16 
 
 		 1262 aa  49.7  0.00006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.23554  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0419  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  27.59 
 
 		 740 aa  49.7  0.00007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4034  WD40 domain-containing protein  28 
 
 		 657 aa  49.7  0.00007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>