146 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3239 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3239  WD-40 repeat-containing protein  100 
 
 		 322 aa  645    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000819869  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2910  WD-40 repeat-containing protein  61.06 
 
 		 318 aa  382  1e-105  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000305782  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3011  WD-40 repeat-containing protein  57.23 
 
 		 316 aa  362  5.0000000000000005e-99  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000211849  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3399  WD-40 repeat protein  55.81 
 
 		 316 aa  358  8e-98  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000857088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3597  WD-40 repeat-containing protein  55.81 
 
 		 316 aa  358  9e-98  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000016405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0888  WD-40 repeat-containing protein  55.48 
 
 		 316 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000055651  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3474  WD-40 repeat-containing protein  55.81 
 
 		 316 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000147643  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0902  WD-40 repeat-containing protein  54.66 
 
 		 316 aa  345  4e-94  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000307912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0939  WD-40 repeat-containing protein  54.14 
 
 		 316 aa  344  8.999999999999999e-94  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000121304  normal  0.0978141 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3035  WD-40 repeat-containing protein  52.96 
 
 		 316 aa  343  2e-93  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000963401  normal  0.459897 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1064  hypothetical protein  53.5 
 
 		 316 aa  342  5.999999999999999e-93  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0839  WD-40 repeat-containing protein  52.02 
 
 		 322 aa  328  7e-89  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000151592  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0967  WD-40 repeat-containing protein  52.02 
 
 		 319 aa  327  1.0000000000000001e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000101779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0917  WD-40 repeat-containing protein  52.73 
 
 		 319 aa  324  1e-87  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000268959  normal  0.0477605 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0641  hypothetical protein  50.32 
 
 		 325 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000056191  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0436  hypothetical protein  37.34 
 
 		 327 aa  209  4e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0109  WD-40 repeat-containing protein  38.62 
 
 		 324 aa  207  2e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000219456  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03985  WD-40 repeat protein  36.39 
 
 		 320 aa  202  5e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00637203  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002291  hypothetical protein  35.17 
 
 		 328 aa  184  2.0000000000000003e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000281233  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00063  hypothetical protein  34.56 
 
 		 328 aa  178  9e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2764  putative lipoprotein  33.76 
 
 		 327 aa  161  1e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000993133  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0304  putative lipoprotein  31.38 
 
 		 338 aa  159  6e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.404222  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3925  WD-40 repeat-containing protein  28.31 
 
 		 332 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0588  WD-40 repeat-containing protein  28.38 
 
 		 313 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4706  putative lipoprotein  27.71 
 
 		 326 aa  122  7e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0763  WD-40 repeat-containing protein  27.12 
 
 		 327 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3587  hypothetical protein  23.34 
 
 		 328 aa  104  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000116276  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3169  WD-40 repeat-containing protein  26.71 
 
 		 332 aa  102  7e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3483  WD-40 repeat-containing protein  24.75 
 
 		 354 aa  91.7  1e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1814  NB-ARC domain protein  24.61 
 
 		 1454 aa  67  0.0000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1167  WD-40 repeat protein  28.12 
 
 		 1163 aa  67  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2183  WD-40 repeat protein  29.51 
 
 		 772 aa  62.4  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2135  WD-40 repeat protein  29.51 
 
 		 772 aa  62.4  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4025  NB-ARC domain-containing protein  26.15 
 
 		 1523 aa  61.6  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.284567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2629  Fis family transcriptional regulator  28 
 
 		 1221 aa  60.8  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0193255  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2471  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  25.46 
 
 		 1481 aa  59.7  0.00000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.420848  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3599  WD-40 repeat-containing protein  28.74 
 
 		 1211 aa  58.9  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000373823 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3245  WD-40 repeat protein  24.7 
 
 		 947 aa  58.9  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1343  WD40 repeat, subgroup  24.33 
 
 		 1280 aa  58.9  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.365079  normal  0.118221 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4682  WD-40 repeat-containing protein  26.37 
 
 		 443 aa  57.4  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1325  WD40 repeat, subgroup  23.08 
 
 		 1484 aa  56.6  0.0000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.237461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1213  NACHT nucleoside triphosphatase  25.48 
 
 		 1416 aa  56.6  0.0000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.349149  hitchhiker  0.000475649 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4625  WD-40 repeat-containing protein  24.89 
 
 		 1510 aa  56.6  0.0000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1354  WD-40 repeat protein  28.92 
 
 		 437 aa  56.6  0.0000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0105276  hitchhiker  0.000000574581 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1541  WD-40 repeat-containing protein  26.57 
 
 		 589 aa  56.6  0.0000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.67824  normal  0.0621069 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3869  WD-40 repeat-containing protein  26.11 
 
 		 1553 aa  56.2  0.0000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113625  normal  0.0582417 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1807  WD-40 repeat-containing protein  29.05 
 
 		 1214 aa  56.6  0.0000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000135295 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0840  ribosome assembly protein 4 (RSA4)  26.35 
 
 		 1868 aa  55.8  0.0000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4792  WD-40 repeat protein  25.2 
 
 		 1363 aa  55.5  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2104  WD-40 repeat-containing protein  30.12 
 
 		 1552 aa  54.7  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.581911  normal  0.024962 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4979  WD-40 repeat-containing protein  24.79 
 
 		 578 aa  54.7  0.000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.363391  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0065  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  30.05 
 
 		 930 aa  54.7  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4475  WD-40 repeat protein  23.43 
 
 		 1161 aa  53.9  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.416267 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3932  WD-40 repeat-containing protein  28.8 
 
 		 914 aa  53.9  0.000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.237365  unclonable  0.0000634097 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4412  WD-40 repeat protein  23.43 
 
 		 1161 aa  53.9  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3383  protein kinase  27.43 
 
 		 1330 aa  53.5  0.000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.088412  normal  0.011818 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3451  WD40 repeat, subgroup  24.18 
 
 		 1357 aa  53.1  0.000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2226  WD-40 repeat-containing protein  22.7 
 
 		 464 aa  53.1  0.000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.797248  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3681  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  25 
 
 		 664 aa  53.1  0.000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3896  serine/threonine protein kinase  27 
 
 		 687 aa  52.8  0.000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0039  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  28.85 
 
 		 1686 aa  52.8  0.000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0781722  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1424  WD-40 repeat protein  25.76 
 
 		 344 aa  52.4  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1480  pentapeptide repeat-containing protein  23.31 
 
 		 1807 aa  52.4  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.811465  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2062  WD40 domain-containing protein  22.96 
 
 		 774 aa  52  0.00001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.483098  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0112  WD-40 repeat protein  33.56 
 
 		 1236 aa  52.4  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0636944 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2975  WD40 repeatdomain-containing protein-like protein  26.19 
 
 		 1901 aa  51.6  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2887  PBS lyase HEAT domain protein repeat-containing protein  21.78 
 
 		 1181 aa  51.2  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.371101  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3455  WD40 repeat-domain-containing protein-like protein  23.68 
 
 		 1205 aa  50.8  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0147973  normal  0.02414 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3867  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  26.03 
 
 		 576 aa  50.8  0.00003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3660  WD repeat-containing protein  23.62 
 
 		 1097 aa  51.2  0.00003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3478  WD-40 repeat protein  21.79 
 
 		 1208 aa  50.8  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.590785 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2154  WD-40 repeat-containing protein  26.34 
 
 		 1041 aa  50.8  0.00003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1581  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  25.93 
 
 		 636 aa  50.4  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00979942 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2033  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  28.81 
 
 		 733 aa  50.4  0.00004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0914422 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2183  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  23.89 
 
 		 1557 aa  50.1  0.00005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.150849  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06505  transcriptional corepressor (Eurofung)  23.47 
 
 		 574 aa  49.7  0.00006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.772298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3379  protein kinase  25.31 
 
 		 1242 aa  50.1  0.00006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.280356  decreased coverage  0.000456668 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63551  predicted protein  25.15 
 
 		 522 aa  49.3  0.00008  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0892  WD-40 repeat-containing protein  25.29 
 
 		 696 aa  49.3  0.00008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000103056  unclonable  0.0000205441 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1160  WD40 repeat, subgroup  30.23 
 
 		 1217 aa  49.3  0.00008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5032  pentapeptide repeat-containing protein  25.96 
 
 		 1190 aa  49.3  0.00009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.234505 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2817  WD-40 repeat-containing protein  27.63 
 
 		 1196 aa  48.5  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.230726 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7310  WD-40 repeat-containing protein  30.48 
 
 		 473 aa  48.9  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03926  WD repeat protein (AFU_orthologue; AFUA_6G08380)  25.14 
 
 		 522 aa  48.1  0.0002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.413219  normal  0.75025 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0095  WD-40 repeat-containing protein  27.59 
 
 		 342 aa  47.8  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000200238  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2971  WD-40 repeat-containing protein  24.9 
 
 		 1367 aa  48.5  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3079  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  29.14 
 
 		 1760 aa  48.5  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.606691  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3437  WD-40 repeat protein  22.45 
 
 		 1160 aa  48.1  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.67443  normal  0.247289 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2599  WD-40 repeat protein  24.84 
 
 		 511 aa  47.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1423  WD-40 repeat protein  28.12 
 
 		 344 aa  47.8  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4614  WD40 repeat-domain-containing protein-like protein  28.1 
 
 		 919 aa  48.1  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.334314  normal  0.398797 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3742  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  27.3 
 
 		 806 aa  48.1  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0575594  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2489  WD-40 repeat protein  26.18 
 
 		 565 aa  48.1  0.0002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1234  WD-40 repeat protein  27.98 
 
 		 1188 aa  48.1  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.593825 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0703  WD-40 repeat protein  30.77 
 
 		 1190 aa  47.4  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0184  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  27.27 
 
 		 608 aa  47.4  0.0003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0231807  normal  0.531865 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3206  WD-40 repeat-containing protein  22.27 
 
 		 728 aa  47.8  0.0003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.772589  normal  0.197804 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_15280  predicted protein  24.18 
 
 		 534 aa  47.8  0.0003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4789  WD-40 repeat protein  26.7 
 
 		 1193 aa  47.4  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  unclonable  0.00121677  normal  0.726129 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3099  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  24.07 
 
 		 1599 aa  47.4  0.0004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.392467 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>