268 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3587 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_3587  hypothetical protein  100 
 
 
328 aa  673    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000116276  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0763  WD-40 repeat-containing protein  36.07 
 
 
327 aa  210  3e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0436  hypothetical protein  29.85 
 
 
327 aa  168  1e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0109  WD-40 repeat-containing protein  30.94 
 
 
324 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000219456  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03985  WD-40 repeat protein  28.37 
 
 
320 aa  135  9.999999999999999e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00637203  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002291  hypothetical protein  29.28 
 
 
328 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000281233  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0917  WD-40 repeat-containing protein  27.22 
 
 
319 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000268959  normal  0.0477605 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0839  WD-40 repeat-containing protein  30.31 
 
 
322 aa  132  6e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000151592  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0304  putative lipoprotein  28.43 
 
 
338 aa  132  6.999999999999999e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.404222  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2764  putative lipoprotein  26.92 
 
 
327 aa  130  2.0000000000000002e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000993133  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0967  WD-40 repeat-containing protein  26.75 
 
 
319 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000101779  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00063  hypothetical protein  28.97 
 
 
328 aa  128  1.0000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0939  WD-40 repeat-containing protein  26.98 
 
 
316 aa  125  1e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000121304  normal  0.0978141 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1064  hypothetical protein  26.43 
 
 
316 aa  124  2e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3011  WD-40 repeat-containing protein  26.03 
 
 
316 aa  120  3e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000211849  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0902  WD-40 repeat-containing protein  25.71 
 
 
316 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000307912  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3399  WD-40 repeat protein  24.84 
 
 
316 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000857088  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3597  WD-40 repeat-containing protein  24.84 
 
 
316 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000016405  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3474  WD-40 repeat-containing protein  24.84 
 
 
316 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000147643  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0888  WD-40 repeat-containing protein  24.84 
 
 
316 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000055651  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3035  WD-40 repeat-containing protein  26.03 
 
 
316 aa  116  5e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000963401  normal  0.459897 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4706  putative lipoprotein  27.18 
 
 
326 aa  107  3e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0641  hypothetical protein  27.53 
 
 
325 aa  105  8e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000056191  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2471  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  27.78 
 
 
1481 aa  105  1e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.420848  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3239  WD-40 repeat-containing protein  23.34 
 
 
322 aa  104  2e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000819869  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3869  WD-40 repeat-containing protein  28.52 
 
 
1553 aa  104  3e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113625  normal  0.0582417 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4625  WD-40 repeat-containing protein  27.3 
 
 
1510 aa  104  3e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2910  WD-40 repeat-containing protein  25.65 
 
 
318 aa  101  1e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000305782  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2862  WD-40 repeat-containing protein  27.64 
 
 
1229 aa  100  3e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.411367  normal  0.0157624 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3379  protein kinase  30 
 
 
1242 aa  87.8  2e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.280356  decreased coverage  0.000456668 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0892  WD-40 repeat-containing protein  29.41 
 
 
696 aa  87.4  3e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000103056  unclonable  0.0000205441 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1167  WD-40 repeat protein  29.41 
 
 
1163 aa  86.3  7e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2971  WD-40 repeat-containing protein  30.62 
 
 
1367 aa  85.5  0.000000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3383  protein kinase  25.19 
 
 
1330 aa  82.4  0.000000000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.088412  normal  0.011818 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2104  WD-40 repeat-containing protein  27.13 
 
 
1552 aa  82.4  0.000000000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.581911  normal  0.024962 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3245  WD-40 repeat protein  28.46 
 
 
947 aa  82.4  0.000000000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0027  WD-40 repeat protein  25.36 
 
 
1213 aa  82  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4792  WD-40 repeat protein  28.64 
 
 
1363 aa  82.4  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1556  ribosome assembly protein 4 (RSA4)  25.79 
 
 
1652 aa  80.9  0.00000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.123778  normal  0.225056 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0840  ribosome assembly protein 4 (RSA4)  25.29 
 
 
1868 aa  79.3  0.00000000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1234  WD-40 repeat protein  26.51 
 
 
1188 aa  78.6  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.593825 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1814  NB-ARC domain protein  26.34 
 
 
1454 aa  78.6  0.0000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2851  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  26.77 
 
 
677 aa  77.8  0.0000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0546  WD repeat-containing protein  25 
 
 
505 aa  77.8  0.0000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4025  NB-ARC domain-containing protein  25 
 
 
1523 aa  76.6  0.0000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.284567  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2218  WD-40 repeat protein  28.93 
 
 
317 aa  73.6  0.000000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.845961  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08468  NACHT and WD40 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_7G08500)  30.37 
 
 
1364 aa  73.2  0.000000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.109375 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0065  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  25.69 
 
 
930 aa  73.6  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1343  WD40 repeat, subgroup  26.29 
 
 
1280 aa  73.2  0.000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.365079  normal  0.118221 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1807  WD-40 repeat-containing protein  27.63 
 
 
1214 aa  72.8  0.000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000135295 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2629  Fis family transcriptional regulator  27.61 
 
 
1221 aa  72  0.00000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0193255  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0575  Serine/threonine protein kinase-related protein  31.73 
 
 
1856 aa  71.2  0.00000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3925  WD-40 repeat-containing protein  22.43 
 
 
332 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06505  transcriptional corepressor (Eurofung)  27.01 
 
 
574 aa  70.9  0.00000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.772298  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0112  WD-40 repeat protein  28.43 
 
 
1236 aa  70.9  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0636944 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3275  pentapeptide repeat-containing protein  26.17 
 
 
1474 aa  70.1  0.00000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.918383  normal  0.348051 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3153  metallophosphoesterase  29 
 
 
1831 aa  69.7  0.00000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.479673  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2673  WD-40 repeat-containing protein  30.54 
 
 
335 aa  69.3  0.00000000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5394  WD-40 repeat protein  25.39 
 
 
1247 aa  68.9  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1213  NACHT nucleoside triphosphatase  35.61 
 
 
1416 aa  68.6  0.0000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.349149  hitchhiker  0.000475649 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3660  WD repeat-containing protein  27.43 
 
 
1097 aa  68.9  0.0000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0039  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  25.37 
 
 
1686 aa  68.2  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0781722  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2817  WD-40 repeat-containing protein  26.42 
 
 
1196 aa  68.2  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.230726 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4789  WD-40 repeat protein  28.19 
 
 
1193 aa  68.2  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  unclonable  0.00121677  normal  0.726129 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4855  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  22.9 
 
 
676 aa  67.8  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000172521 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4789  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  25.99 
 
 
1623 aa  68.6  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.702991  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2489  WD-40 repeat protein  26.92 
 
 
565 aa  67.4  0.0000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0132  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  28.18 
 
 
682 aa  67.4  0.0000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.876477  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4412  WD-40 repeat protein  26.42 
 
 
1161 aa  67.4  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5605  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  30.41 
 
 
1823 aa  67  0.0000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.899312  normal  0.15288 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4475  WD-40 repeat protein  26.42 
 
 
1161 aa  67  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.416267 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06385  transcriptional corepressor (Eurofung)  30.68 
 
 
434 aa  66.6  0.0000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.476931  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3455  WD40 repeat-domain-containing protein-like protein  36.54 
 
 
1205 aa  66.6  0.0000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0147973  normal  0.02414 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3896  serine/threonine protein kinase  23.75 
 
 
687 aa  66.6  0.0000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3451  WD40 repeat, subgroup  29.3 
 
 
1357 aa  66.6  0.0000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3823  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  27.82 
 
 
1617 aa  66.6  0.0000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0782446 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1423  WD-40 repeat protein  26.6 
 
 
344 aa  66.2  0.0000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006687  CNE03830  general transcriptional repressor, putative  23.88 
 
 
564 aa  66.2  0.0000000007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3023  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  28.28 
 
 
1267 aa  65.9  0.0000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.164436 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2183  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  30.39 
 
 
1557 aa  65.9  0.0000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.150849  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3681  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  25.88 
 
 
664 aa  65.9  0.0000000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4060  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  24.18 
 
 
792 aa  65.9  0.0000000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.602409  hitchhiker  0.000910651 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0056  WD-40 repeat-containing tyrosine protein kinase  25.3 
 
 
742 aa  65.5  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.718605  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3478  WD-40 repeat protein  25.57 
 
 
1208 aa  65.5  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.590785 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_12918  predicted protein  26.74 
 
 
304 aa  65.5  0.000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.393166 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2975  WD40 repeatdomain-containing protein-like protein  28.82 
 
 
1901 aa  65.1  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2226  WD-40 repeat-containing protein  24.88 
 
 
464 aa  64.7  0.000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.797248  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3771  WD-40 repeat-containing protein  25.99 
 
 
1858 aa  64.7  0.000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0182471 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3932  WD-40 repeat-containing protein  27.6 
 
 
914 aa  64.7  0.000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.237365  unclonable  0.0000634097 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03926  WD repeat protein (AFU_orthologue; AFUA_6G08380)  24.88 
 
 
522 aa  64.3  0.000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.413219  normal  0.75025 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3363  WD-40 repeat protein  23.74 
 
 
826 aa  64.3  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0373  WD-40 repeat protein  27.95 
 
 
316 aa  64.3  0.000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000526871  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2062  WD40 domain-containing protein  27.45 
 
 
774 aa  63.9  0.000000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.483098  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7190  WD40 repeat-domain-containing protein-like protein  29.76 
 
 
675 aa  63.9  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0635785 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4614  WD40 repeat-domain-containing protein-like protein  28.24 
 
 
919 aa  63.5  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.334314  normal  0.398797 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4467  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  31.75 
 
 
698 aa  63.9  0.000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0419  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  27.24 
 
 
740 aa  63.5  0.000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02021  conserved hypothetical protein  24.51 
 
 
1311 aa  63.5  0.000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.836257  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3437  WD-40 repeat protein  25.31 
 
 
1160 aa  63.5  0.000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.67443  normal  0.247289 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3599  WD-40 repeat-containing protein  34.38 
 
 
1211 aa  63.2  0.000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000373823 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>