246 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0839 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0839  WD-40 repeat-containing protein  100 
 
 		 322 aa  657    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000151592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0917  WD-40 repeat-containing protein  58.65 
 
 		 319 aa  371  1e-102  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000268959  normal  0.0477605 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0967  WD-40 repeat-containing protein  58.52 
 
 		 319 aa  360  2e-98  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000101779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3597  WD-40 repeat-containing protein  55.48 
 
 		 316 aa  347  1e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000016405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3474  WD-40 repeat-containing protein  55.48 
 
 		 316 aa  347  2e-94  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000147643  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3011  WD-40 repeat-containing protein  54.84 
 
 		 316 aa  346  4e-94  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000211849  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3399  WD-40 repeat protein  55.16 
 
 		 316 aa  345  5e-94  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000857088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0888  WD-40 repeat-containing protein  55.16 
 
 		 316 aa  345  6e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000055651  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0902  WD-40 repeat-containing protein  54.52 
 
 		 316 aa  341  9e-93  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000307912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0939  WD-40 repeat-containing protein  53.27 
 
 		 316 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000121304  normal  0.0978141 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3035  WD-40 repeat-containing protein  53.58 
 
 		 316 aa  335  5.999999999999999e-91  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000963401  normal  0.459897 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1064  hypothetical protein  52.9 
 
 		 316 aa  333  2e-90  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3239  WD-40 repeat-containing protein  52.02 
 
 		 322 aa  328  7e-89  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000819869  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0641  hypothetical protein  58.82 
 
 		 325 aa  318  9e-86  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000056191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2910  WD-40 repeat-containing protein  50.32 
 
 		 318 aa  295  8e-79  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000305782  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0436  hypothetical protein  37.54 
 
 		 327 aa  211  2e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03985  WD-40 repeat protein  36.3 
 
 		 320 aa  209  5e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00637203  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0109  WD-40 repeat-containing protein  38.89 
 
 		 324 aa  208  1e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000219456  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002291  hypothetical protein  35.31 
 
 		 328 aa  174  9.999999999999999e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000281233  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0304  putative lipoprotein  30.91 
 
 		 338 aa  167  2e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.404222  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00063  hypothetical protein  35 
 
 		 328 aa  167  2.9999999999999998e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2764  putative lipoprotein  33.85 
 
 		 327 aa  166  5e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000993133  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3587  hypothetical protein  30.31 
 
 		 328 aa  132  6e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000116276  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0588  WD-40 repeat-containing protein  30.77 
 
 		 313 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4706  putative lipoprotein  31.97 
 
 		 326 aa  126  6e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0763  WD-40 repeat-containing protein  26.35 
 
 		 327 aa  121  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3925  WD-40 repeat-containing protein  27.67 
 
 		 332 aa  114  3e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3169  WD-40 repeat-containing protein  26.82 
 
 		 332 aa  95.5  1e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3483  WD-40 repeat-containing protein  23.44 
 
 		 354 aa  89.4  8e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2183  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  28.03 
 
 		 1557 aa  80.9  0.00000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.150849  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1814  NB-ARC domain protein  26.75 
 
 		 1454 aa  80.1  0.00000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4614  WD40 repeat-domain-containing protein-like protein  26.35 
 
 		 919 aa  79.7  0.00000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.334314  normal  0.398797 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4979  WD-40 repeat-containing protein  26.37 
 
 		 578 aa  79.3  0.00000000000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.363391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4025  NB-ARC domain-containing protein  27.46 
 
 		 1523 aa  78.2  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.284567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2862  WD-40 repeat-containing protein  25.85 
 
 		 1229 aa  77  0.0000000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.411367  normal  0.0157624 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0840  ribosome assembly protein 4 (RSA4)  27.39 
 
 		 1868 aa  77  0.0000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009048  PICST_64717  TFIID and SAGA subunit  29.35 
 
 		 782 aa  75.5  0.000000000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0491121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2226  WD-40 repeat-containing protein  26.89 
 
 		 464 aa  75.5  0.000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.797248  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1160  WD40 repeat, subgroup  26.09 
 
 		 1217 aa  74.3  0.000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1167  WD-40 repeat protein  26.77 
 
 		 1163 aa  73.9  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4625  WD-40 repeat-containing protein  25.31 
 
 		 1510 aa  73.6  0.000000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2033  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  25.39 
 
 		 733 aa  72.8  0.000000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0914422 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3599  WD-40 repeat-containing protein  26.69 
 
 		 1211 aa  72  0.00000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000373823 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1354  WD-40 repeat protein  26.2 
 
 		 437 aa  71.2  0.00000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0105276  hitchhiker  0.000000574581 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1807  WD-40 repeat-containing protein  27.91 
 
 		 1214 aa  70.9  0.00000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000135295 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1234  WD-40 repeat protein  27.09 
 
 		 1188 aa  70.9  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.593825 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2184  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  26.13 
 
 		 1240 aa  70.9  0.00000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.653337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5355  WD-40 repeat protein  28.76 
 
 		 1411 aa  70.9  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.113671 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2471  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  24.19 
 
 		 1481 aa  70.1  0.00000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.420848  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4792  WD-40 repeat protein  25.52 
 
 		 1363 aa  69.7  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3245  WD-40 repeat protein  27.42 
 
 		 947 aa  69.3  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0059  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  28.17 
 
 		 692 aa  68.6  0.0000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.367028 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3363  WD-40 repeat protein  25.42 
 
 		 826 aa  68.6  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4467  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  26.64 
 
 		 698 aa  68.2  0.0000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3451  WD40 repeat, subgroup  26.62 
 
 		 1357 aa  67  0.0000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1343  WD40 repeat, subgroup  25.17 
 
 		 1280 aa  67  0.0000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.365079  normal  0.118221 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2135  WD-40 repeat protein  27.62 
 
 		 772 aa  66.6  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7190  WD40 repeat-domain-containing protein-like protein  26.72 
 
 		 675 aa  66.6  0.0000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0635785 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2183  WD-40 repeat protein  27.62 
 
 		 772 aa  66.6  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0184  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  29.83 
 
 		 608 aa  66.6  0.0000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0231807  normal  0.531865 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3869  WD-40 repeat-containing protein  23.93 
 
 		 1553 aa  65.9  0.0000000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113625  normal  0.0582417 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0892  WD-40 repeat-containing protein  27.4 
 
 		 696 aa  65.1  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000103056  unclonable  0.0000205441 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0027  WD-40 repeat protein  22.07 
 
 		 1213 aa  65.1  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4813  WD-40 repeat-containing protein  27.08 
 
 		 1477 aa  65.1  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.974814 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2062  WD40 domain-containing protein  24.39 
 
 		 774 aa  65.1  0.000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.483098  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06960  conserved hypothetical protein  33.33 
 
 		 1878 aa  64.3  0.000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.94406 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3379  protein kinase  25.93 
 
 		 1242 aa  63.5  0.000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.280356  decreased coverage  0.000456668 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3079  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  23.08 
 
 		 1760 aa  63.5  0.000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.606691  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1921  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  27.39 
 
 		 642 aa  63.5  0.000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0364982  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3455  WD40 repeat-domain-containing protein-like protein  25.95 
 
 		 1205 aa  63.2  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0147973  normal  0.02414 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3383  protein kinase  23.58 
 
 		 1330 aa  63.5  0.000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.088412  normal  0.011818 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0039  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  26.06 
 
 		 1686 aa  63.2  0.000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0781722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2851  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  23.77 
 
 		 677 aa  63.2  0.000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0065  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  23.97 
 
 		 930 aa  62.8  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4682  WD-40 repeat-containing protein  25.63 
 
 		 443 aa  63.2  0.000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1213  NACHT nucleoside triphosphatase  22 
 
 		 1416 aa  62.8  0.000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.349149  hitchhiker  0.000475649 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1417  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  24.59 
 
 		 1598 aa  62.4  0.000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2588  WD-40 repeat protein  24.46 
 
 		 1188 aa  62  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.994241 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5032  pentapeptide repeat-containing protein  26.46 
 
 		 1190 aa  62.4  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.234505 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1556  ribosome assembly protein 4 (RSA4)  24.61 
 
 		 1652 aa  61.6  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.123778  normal  0.225056 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2499  WD-40 repeat-containing protein  24.22 
 
 		 778 aa  61.2  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.55178 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2629  Fis family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 1221 aa  61.2  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0193255  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1627  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  23.92 
 
 		 630 aa  61.6  0.00000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.59765  normal  0.0942713 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4855  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  29.03 
 
 		 676 aa  60.5  0.00000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000172521 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0103  WD-40 repeat-containing protein  24.05 
 
 		 1209 aa  60.1  0.00000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.572371  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3896  serine/threonine protein kinase  26.37 
 
 		 687 aa  60.1  0.00000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4295  WD-40 repeat-containing protein  25.62 
 
 		 1399 aa  60.1  0.00000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3681  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  25 
 
 		 664 aa  60.1  0.00000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2218  WD-40 repeat protein  28.66 
 
 		 317 aa  60.1  0.00000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.845961  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0575  Serine/threonine protein kinase-related protein  22.76 
 
 		 1856 aa  58.5  0.0000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1325  WD40 repeat, subgroup  25.09 
 
 		 1484 aa  58.9  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.237461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0213  WD-40 repeat-containing protein  22.96 
 
 		 316 aa  58.9  0.0000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.00000259833  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08468  NACHT and WD40 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_7G08500)  25 
 
 		 1364 aa  58.2  0.0000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.109375 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0056  WD-40 repeat-containing tyrosine protein kinase  27.94 
 
 		 742 aa  57.8  0.0000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.718605  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3295  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  25.1 
 
 		 1398 aa  58.2  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1541  WD-40 repeat-containing protein  25.51 
 
 		 589 aa  57.4  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.67824  normal  0.0621069 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4034  WD40 domain-containing protein  20.4 
 
 		 657 aa  57.4  0.0000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0703  WD-40 repeat protein  25.63 
 
 		 1190 aa  57.8  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3213  WD-40 repeat-containing protein  23.24 
 
 		 1304 aa  57.4  0.0000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.297689  normal  0.929062 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3932  WD-40 repeat-containing protein  25.26 
 
 		 914 aa  57.4  0.0000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.237365  unclonable  0.0000634097 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>