116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0588 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0588  WD-40 repeat-containing protein  100 
 
 		 313 aa  643    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3925  WD-40 repeat-containing protein  47.44 
 
 		 332 aa  312  4.999999999999999e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3483  WD-40 repeat-containing protein  47.63 
 
 		 354 aa  292  5e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3169  WD-40 repeat-containing protein  45.13 
 
 		 332 aa  268  1e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0436  hypothetical protein  27.65 
 
 		 327 aa  138  1e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0839  WD-40 repeat-containing protein  30.77 
 
 		 322 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000151592  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03985  WD-40 repeat protein  26.11 
 
 		 320 aa  129  8.000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00637203  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3239  WD-40 repeat-containing protein  28.38 
 
 		 322 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000819869  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0939  WD-40 repeat-containing protein  26.62 
 
 		 316 aa  126  6e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000121304  normal  0.0978141 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3035  WD-40 repeat-containing protein  26.91 
 
 		 316 aa  124  2e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000963401  normal  0.459897 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0902  WD-40 repeat-containing protein  26.62 
 
 		 316 aa  122  6e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000307912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0917  WD-40 repeat-containing protein  25.47 
 
 		 319 aa  114  3e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000268959  normal  0.0477605 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1064  hypothetical protein  25.08 
 
 		 316 aa  113  5e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3597  WD-40 repeat-containing protein  25.91 
 
 		 316 aa  113  5e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000016405  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0109  WD-40 repeat-containing protein  25.61 
 
 		 324 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000219456  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3474  WD-40 repeat-containing protein  25.58 
 
 		 316 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000147643  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0888  WD-40 repeat-containing protein  25.25 
 
 		 316 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000055651  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3399  WD-40 repeat protein  25.25 
 
 		 316 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000857088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0967  WD-40 repeat-containing protein  24.84 
 
 		 319 aa  107  3e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000101779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2910  WD-40 repeat-containing protein  26.6 
 
 		 318 aa  105  7e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000305782  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3011  WD-40 repeat-containing protein  23.92 
 
 		 316 aa  102  6e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000211849  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4706  putative lipoprotein  23.34 
 
 		 326 aa  94  3e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0641  hypothetical protein  26.5 
 
 		 325 aa  92.4  9e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000056191  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002291  hypothetical protein  22.43 
 
 		 328 aa  85.5  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000281233  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0304  putative lipoprotein  21.88 
 
 		 338 aa  84.3  0.000000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.404222  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2764  putative lipoprotein  24.1 
 
 		 327 aa  76.3  0.0000000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000993133  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00063  hypothetical protein  20.83 
 
 		 328 aa  76.3  0.0000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0763  WD-40 repeat-containing protein  24.24 
 
 		 327 aa  62.8  0.000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4813  WD-40 repeat-containing protein  26 
 
 		 1477 aa  62.8  0.000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.974814 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08468  NACHT and WD40 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_7G08500)  22.63 
 
 		 1364 aa  57.4  0.0000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.109375 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1556  ribosome assembly protein 4 (RSA4)  26.2 
 
 		 1652 aa  57.4  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.123778  normal  0.225056 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2471  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  21.5 
 
 		 1481 aa  57  0.0000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.420848  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3489  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  22.68 
 
 		 1039 aa  57  0.0000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.261998  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4614  WD40 repeat-domain-containing protein-like protein  25 
 
 		 919 aa  57  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.334314  normal  0.398797 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3599  WD-40 repeat-containing protein  25 
 
 		 1211 aa  55.8  0.0000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000373823 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4625  WD-40 repeat-containing protein  20.69 
 
 		 1510 aa  55.5  0.000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4792  WD-40 repeat protein  23 
 
 		 1363 aa  55.5  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2154  WD-40 repeat-containing protein  23.02 
 
 		 1041 aa  55.1  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3099  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  22.17 
 
 		 1599 aa  54.7  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.392467 
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_54743  predicted protein  25.32 
 
 		 347 aa  54.3  0.000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0297675  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1423  WD-40 repeat protein  23.16 
 
 		 344 aa  53.5  0.000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3383  protein kinase  23.04 
 
 		 1330 aa  53.5  0.000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.088412  normal  0.011818 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4025  NB-ARC domain-containing protein  22.3 
 
 		 1523 aa  53.5  0.000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.284567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0703  WD-40 repeat protein  23.76 
 
 		 1190 aa  52.8  0.000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5605  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  23.97 
 
 		 1823 aa  52.8  0.000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.899312  normal  0.15288 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1343  WD40 repeat, subgroup  25.27 
 
 		 1280 aa  52.8  0.000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.365079  normal  0.118221 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2862  WD-40 repeat-containing protein  20 
 
 		 1229 aa  52.4  0.000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.411367  normal  0.0157624 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3932  WD-40 repeat-containing protein  25.44 
 
 		 914 aa  52.4  0.000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.237365  unclonable  0.0000634097 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4467  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  26.45 
 
 		 698 aa  51.6  0.00001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3869  WD-40 repeat-containing protein  20.14 
 
 		 1553 aa  51.2  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113625  normal  0.0582417 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0892  WD-40 repeat-containing protein  22.88 
 
 		 696 aa  51.6  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000103056  unclonable  0.0000205441 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1814  NB-ARC domain protein  21.99 
 
 		 1454 aa  51.6  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1807  WD-40 repeat-containing protein  25.23 
 
 		 1214 aa  50.8  0.00003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000135295 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0840  ribosome assembly protein 4 (RSA4)  23.1 
 
 		 1868 aa  50.4  0.00004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3455  WD40 repeat-domain-containing protein-like protein  22.48 
 
 		 1205 aa  49.7  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0147973  normal  0.02414 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3451  WD40 repeat, subgroup  22.98 
 
 		 1357 aa  49.3  0.00008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1424  WD-40 repeat protein  26.09 
 
 		 344 aa  49.3  0.00009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0112  WD-40 repeat protein  24.1 
 
 		 1236 aa  49.3  0.00009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0636944 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1167  WD-40 repeat protein  24.75 
 
 		 1163 aa  49.3  0.00009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2975  WD40 repeatdomain-containing protein-like protein  25.62 
 
 		 1901 aa  49.3  0.00009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0103  WD-40 repeat-containing protein  24.27 
 
 		 1209 aa  48.9  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.572371  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1480  pentapeptide repeat-containing protein  26.3 
 
 		 1807 aa  48.5  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.811465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2851  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  21.5 
 
 		 677 aa  47.8  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2971  WD-40 repeat-containing protein  19.86 
 
 		 1367 aa  48.1  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3587  hypothetical protein  19.59 
 
 		 328 aa  48.5  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000116276  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5333  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  23.87 
 
 		 1684 aa  48.1  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.90192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3681  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  23.97 
 
 		 664 aa  48.1  0.0002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4295  WD-40 repeat-containing protein  25.49 
 
 		 1399 aa  48.1  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_29215  predicted protein  18.03 
 
 		 317 aa  48.1  0.0002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_15280  predicted protein  27.74 
 
 		 534 aa  47.8  0.0002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3379  protein kinase  24.24 
 
 		 1242 aa  48.5  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.280356  decreased coverage  0.000456668 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2302  WD-40 repeat protein  25.88 
 
 		 1142 aa  48.5  0.0002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.616134 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3437  WD-40 repeat protein  23.28 
 
 		 1160 aa  48.1  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.67443  normal  0.247289 
 
 
-
 
NC_006692  CNG02290  pre-mRNA splicing factor, putative  21.15 
 
 		 615 aa  47.4  0.0003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3213  WD-40 repeat-containing protein  25 
 
 		 1304 aa  47.4  0.0003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.297689  normal  0.929062 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2218  WD-40 repeat protein  23.02 
 
 		 317 aa  47.4  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.845961  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1541  WD-40 repeat-containing protein  20.41 
 
 		 589 aa  47  0.0004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.67824  normal  0.0621069 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2599  WD-40 repeat protein  26.2 
 
 		 511 aa  47  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2499  WD-40 repeat-containing protein  22.84 
 
 		 778 aa  46.6  0.0005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.55178 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3245  WD-40 repeat protein  22.89 
 
 		 947 aa  46.6  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3078  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  24.62 
 
 		 1711 aa  46.6  0.0006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.771707  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1643  WD-40 repeat protein  25 
 
 		 520 aa  46.6  0.0006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1670  WD-40 repeat protein  25 
 
 		 520 aa  46.6  0.0006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1285  WD-40 repeat-containing protein  24.54 
 
 		 1491 aa  46.2  0.0007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2629  Fis family transcriptional regulator  21.33 
 
 		 1221 aa  46.2  0.0008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0193255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5303  WD-40 repeat protein  24.38 
 
 		 1656 aa  45.8  0.0008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08293  snoRNA binding protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G04310)  24.51 
 
 		 938 aa  45.1  0.001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0710686  hitchhiker  0.0000000000000896141 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1121  WD40 repeat, subgroup  23.98 
 
 		 608 aa  45.4  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.285866  normal  0.998654 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2104  WD-40 repeat-containing protein  23.31 
 
 		 1552 aa  45.4  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.581911  normal  0.024962 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4060  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  22.73 
 
 		 792 aa  45.4  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.602409  hitchhiker  0.000910651 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3456  Serine/threonine protein kinase-related protein  22.03 
 
 		 1262 aa  45.1  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.23554  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3823  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  26.86 
 
 		 1617 aa  45.4  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0782446 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2147  WD-40 repeat-containing protein  25.13 
 
 		 589 aa  44.3  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.631992 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2226  WD-40 repeat-containing protein  24.29 
 
 		 464 aa  44.7  0.002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.797248  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1253  WD-40 repeat protein  25.77 
 
 		 960 aa  45.1  0.002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5394  WD-40 repeat protein  21.6 
 
 		 1247 aa  45.1  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3042  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  22.64 
 
 		 1004 aa  44.7  0.002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00005148 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3478  WD-40 repeat protein  22.29 
 
 		 1208 aa  45.1  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.590785 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2798  WD40 domain-containing protein  28.07 
 
 		 597 aa  44.3  0.002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2489  WD-40 repeat protein  22.67 
 
 		 565 aa  44.7  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>