200 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0641 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_0641  hypothetical protein  100 
 
 		 325 aa  650    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000056191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0839  WD-40 repeat-containing protein  58.82 
 
 		 322 aa  332  5e-90  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000151592  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0902  WD-40 repeat-containing protein  53.04 
 
 		 316 aa  322  6e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000307912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3474  WD-40 repeat-containing protein  51.91 
 
 		 316 aa  322  7e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000147643  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3597  WD-40 repeat-containing protein  51.59 
 
 		 316 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000016405  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3399  WD-40 repeat protein  51.59 
 
 		 316 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000857088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0888  WD-40 repeat-containing protein  51.27 
 
 		 316 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000055651  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3035  WD-40 repeat-containing protein  52.4 
 
 		 316 aa  319  3e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000963401  normal  0.459897 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0939  WD-40 repeat-containing protein  52.08 
 
 		 316 aa  319  3e-86  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000121304  normal  0.0978141 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3011  WD-40 repeat-containing protein  51.76 
 
 		 316 aa  320  3e-86  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000211849  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1064  hypothetical protein  50.48 
 
 		 316 aa  311  6.999999999999999e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0917  WD-40 repeat-containing protein  49.2 
 
 		 319 aa  296  2e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000268959  normal  0.0477605 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3239  WD-40 repeat-containing protein  50.32 
 
 		 322 aa  296  2e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000819869  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0967  WD-40 repeat-containing protein  49.21 
 
 		 319 aa  292  6e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000101779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2910  WD-40 repeat-containing protein  48.89 
 
 		 318 aa  269  5.9999999999999995e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000305782  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0109  WD-40 repeat-containing protein  37.66 
 
 		 324 aa  193  4e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000219456  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03985  WD-40 repeat protein  34.72 
 
 		 320 aa  183  4.0000000000000006e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00637203  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0436  hypothetical protein  33.85 
 
 		 327 aa  170  3e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002291  hypothetical protein  36.51 
 
 		 328 aa  157  2e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000281233  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00063  hypothetical protein  33.85 
 
 		 328 aa  151  2e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0304  putative lipoprotein  32.52 
 
 		 338 aa  143  3e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.404222  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2764  putative lipoprotein  34.67 
 
 		 327 aa  143  5e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000993133  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4706  putative lipoprotein  28.75 
 
 		 326 aa  114  3e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3587  hypothetical protein  27.53 
 
 		 328 aa  109  6e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000116276  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0588  WD-40 repeat-containing protein  26.5 
 
 		 313 aa  102  1e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0763  WD-40 repeat-containing protein  26.12 
 
 		 327 aa  93.6  4e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3925  WD-40 repeat-containing protein  26.3 
 
 		 332 aa  92  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3169  WD-40 repeat-containing protein  26.92 
 
 		 332 aa  90.9  3e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4625  WD-40 repeat-containing protein  30.3 
 
 		 1510 aa  77  0.0000000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1814  NB-ARC domain protein  27.5 
 
 		 1454 aa  76.6  0.0000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3483  WD-40 repeat-containing protein  23.47 
 
 		 354 aa  75.9  0.0000000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3869  WD-40 repeat-containing protein  29.95 
 
 		 1553 aa  73.9  0.000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113625  normal  0.0582417 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2471  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  29.58 
 
 		 1481 aa  73.2  0.000000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.420848  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0892  WD-40 repeat-containing protein  31.9 
 
 		 696 aa  66.6  0.0000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000103056  unclonable  0.0000205441 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4979  WD-40 repeat-containing protein  24.07 
 
 		 578 aa  65.9  0.0000000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.363391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4025  NB-ARC domain-containing protein  29.11 
 
 		 1523 aa  65.1  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.284567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3599  WD-40 repeat-containing protein  32.28 
 
 		 1211 aa  64.3  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000373823 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2862  WD-40 repeat-containing protein  31.37 
 
 		 1229 aa  64.7  0.000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.411367  normal  0.0157624 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4792  WD-40 repeat protein  26.02 
 
 		 1363 aa  65.1  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1234  WD-40 repeat protein  26.83 
 
 		 1188 aa  63.9  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.593825 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2062  WD40 domain-containing protein  28.63 
 
 		 774 aa  61.6  0.00000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.483098  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2673  WD-40 repeat-containing protein  30.5 
 
 		 335 aa  61.6  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1167  WD-40 repeat protein  31.9 
 
 		 1163 aa  60.5  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3451  WD40 repeat, subgroup  28.08 
 
 		 1357 aa  60.8  0.00000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1807  WD-40 repeat-containing protein  28.57 
 
 		 1214 aa  60.5  0.00000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000135295 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1343  WD40 repeat, subgroup  30.65 
 
 		 1280 aa  60.1  0.00000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.365079  normal  0.118221 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2033  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  25.68 
 
 		 733 aa  60.1  0.00000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0914422 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2226  WD-40 repeat-containing protein  24.79 
 
 		 464 aa  59.7  0.00000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.797248  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1424  WD-40 repeat protein  26.05 
 
 		 344 aa  58.9  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3896  serine/threonine protein kinase  38.1 
 
 		 687 aa  59.3  0.0000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0173  WD-40 repeat-containing protein  28.42 
 
 		 346 aa  58.5  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00199639  normal  0.0808498 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5303  WD-40 repeat protein  30.35 
 
 		 1656 aa  58.5  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1541  WD-40 repeat-containing protein  25.4 
 
 		 589 aa  57.8  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.67824  normal  0.0621069 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0184  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  36.09 
 
 		 608 aa  57.4  0.0000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0231807  normal  0.531865 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2629  Fis family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 1221 aa  57  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0193255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0065  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  28.02 
 
 		 930 aa  57.4  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2588  WD-40 repeat protein  26.09 
 
 		 1188 aa  56.6  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.994241 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1160  WD40 repeat, subgroup  29.08 
 
 		 1217 aa  57  0.0000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1325  WD40 repeat, subgroup  34.06 
 
 		 1484 aa  57  0.0000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.237461  normal  1 
 
 
-
 
NC_006687  CNE03830  general transcriptional repressor, putative  25.22 
 
 		 564 aa  56.6  0.0000006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3379  protein kinase  28.44 
 
 		 1242 aa  56.6  0.0000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.280356  decreased coverage  0.000456668 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2499  WD-40 repeat-containing protein  38.1 
 
 		 778 aa  56.6  0.0000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.55178 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4682  WD-40 repeat-containing protein  30.07 
 
 		 443 aa  56.6  0.0000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0419  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  32.7 
 
 		 740 aa  56.2  0.0000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0840  ribosome assembly protein 4 (RSA4)  24.77 
 
 		 1868 aa  56.2  0.0000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06803  Pfs, NACHT and WD domain protein (AFU_orthologue; AFUA_7G07100)  31.79 
 
 		 790 aa  55.8  0.0000009  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.649934  normal  0.339572 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2183  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  26.02 
 
 		 1557 aa  55.8  0.0000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.150849  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3194  cytochrome c class I  34.48 
 
 		 428 aa  55.5  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3079  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  24.62 
 
 		 1760 aa  55.5  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.606691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3245  WD-40 repeat protein  26.89 
 
 		 947 aa  55.5  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0039  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  26.67 
 
 		 1686 aa  54.7  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0781722  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1423  WD-40 repeat protein  30.05 
 
 		 344 aa  54.7  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4813  WD-40 repeat-containing protein  26.04 
 
 		 1477 aa  55.1  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.974814 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0059  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  26.46 
 
 		 692 aa  54.7  0.000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.367028 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5394  WD-40 repeat protein  25.76 
 
 		 1247 aa  54.3  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4467  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  27.17 
 
 		 698 aa  54.3  0.000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5355  WD-40 repeat protein  25.64 
 
 		 1411 aa  53.5  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.113671 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5333  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  30.77 
 
 		 1684 aa  53.5  0.000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.90192  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3455  WD40 repeat-domain-containing protein-like protein  30.34 
 
 		 1205 aa  52.8  0.000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0147973  normal  0.02414 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3213  WD-40 repeat-containing protein  24.67 
 
 		 1304 aa  52.8  0.000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.297689  normal  0.929062 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0112  WD-40 repeat protein  30.43 
 
 		 1236 aa  52.8  0.000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0636944 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4614  WD40 repeat-domain-containing protein-like protein  30.98 
 
 		 919 aa  52.8  0.000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.334314  normal  0.398797 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3042  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  29.77 
 
 		 1004 aa  52.8  0.000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00005148 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08468  NACHT and WD40 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_7G08500)  33.04 
 
 		 1364 aa  52.4  0.000009  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.109375 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3383  protein kinase  25.38 
 
 		 1330 aa  52.4  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.088412  normal  0.011818 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2817  WD-40 repeat-containing protein  29.75 
 
 		 1196 aa  52.4  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.230726 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2971  WD-40 repeat-containing protein  25.85 
 
 		 1367 aa  52.4  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4789  WD-40 repeat protein  25.78 
 
 		 1193 aa  52  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  unclonable  0.00121677  normal  0.726129 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4855  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  30.06 
 
 		 676 aa  52.4  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000172521 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0384  WD-40 repeat-containing protein  23.08 
 
 		 423 aa  52  0.00001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4295  WD-40 repeat-containing protein  25.85 
 
 		 1399 aa  52  0.00001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3363  WD-40 repeat protein  25.37 
 
 		 826 aa  52  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2962  cytochrome c class I  38.2 
 
 		 448 aa  52  0.00001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.832203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0056  WD-40 repeat-containing tyrosine protein kinase  31.76 
 
 		 742 aa  51.6  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.718605  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0132  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  23.74 
 
 		 682 aa  51.2  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.876477  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3295  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  25.76 
 
 		 1398 aa  51.6  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3275  pentapeptide repeat-containing protein  28.17 
 
 		 1474 aa  51.2  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.918383  normal  0.348051 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0288  hypothetical protein  26.35 
 
 		 922 aa  51.6  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.922716  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2440  WD-40 repeat-containing protein  32.69 
 
 		 433 aa  50.8  0.00003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00410064  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3023  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  28.86 
 
 		 1267 aa  51.2  0.00003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.164436 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>