82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3925 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3925  WD-40 repeat-containing protein  100 
 
 		 332 aa  679    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0588  WD-40 repeat-containing protein  47.44 
 
 		 313 aa  312  5.999999999999999e-84  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3483  WD-40 repeat-containing protein  41.32 
 
 		 354 aa  273  3e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3169  WD-40 repeat-containing protein  44.73 
 
 		 332 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0436  hypothetical protein  27.88 
 
 		 327 aa  140  3e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3239  WD-40 repeat-containing protein  28.31 
 
 		 322 aa  129  6e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000819869  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0939  WD-40 repeat-containing protein  26.79 
 
 		 316 aa  124  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000121304  normal  0.0978141 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0917  WD-40 repeat-containing protein  27.86 
 
 		 319 aa  124  3e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000268959  normal  0.0477605 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3035  WD-40 repeat-containing protein  26.79 
 
 		 316 aa  123  4e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000963401  normal  0.459897 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0902  WD-40 repeat-containing protein  27.41 
 
 		 316 aa  122  6e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000307912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3597  WD-40 repeat-containing protein  25.86 
 
 		 316 aa  119  6e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000016405  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3399  WD-40 repeat protein  25.86 
 
 		 316 aa  119  9e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000857088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0888  WD-40 repeat-containing protein  25.86 
 
 		 316 aa  119  9e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000055651  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3474  WD-40 repeat-containing protein  25.86 
 
 		 316 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000147643  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0967  WD-40 repeat-containing protein  26.85 
 
 		 319 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000101779  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1064  hypothetical protein  26.48 
 
 		 316 aa  117  3e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3011  WD-40 repeat-containing protein  25.55 
 
 		 316 aa  116  6e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000211849  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0839  WD-40 repeat-containing protein  27.67 
 
 		 322 aa  114  3e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000151592  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0304  putative lipoprotein  25.22 
 
 		 338 aa  114  3e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.404222  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0109  WD-40 repeat-containing protein  25.47 
 
 		 324 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000219456  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03985  WD-40 repeat protein  23.69 
 
 		 320 aa  111  2.0000000000000002e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00637203  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2910  WD-40 repeat-containing protein  26.85 
 
 		 318 aa  105  1e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000305782  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002291  hypothetical protein  23.53 
 
 		 328 aa  101  1e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000281233  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4706  putative lipoprotein  25.16 
 
 		 326 aa  99  1e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00063  hypothetical protein  21.91 
 
 		 328 aa  94.7  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2764  putative lipoprotein  22.7 
 
 		 327 aa  91.7  1e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000993133  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0641  hypothetical protein  26.3 
 
 		 325 aa  82  0.00000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000056191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3587  hypothetical protein  22.43 
 
 		 328 aa  71.2  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000116276  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0763  WD-40 repeat-containing protein  21.91 
 
 		 327 aa  69.7  0.00000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3869  WD-40 repeat-containing protein  20.82 
 
 		 1553 aa  61.2  0.00000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113625  normal  0.0582417 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4625  WD-40 repeat-containing protein  20.54 
 
 		 1510 aa  60.5  0.00000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1807  WD-40 repeat-containing protein  27.38 
 
 		 1214 aa  57  0.0000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000135295 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6227  WD40 repeat-domain-containing protein-like protein  22.73 
 
 		 943 aa  56.2  0.0000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.174955 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3383  protein kinase  24.09 
 
 		 1330 aa  56.2  0.0000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.088412  normal  0.011818 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2471  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  20.87 
 
 		 1481 aa  54.7  0.000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.420848  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3599  WD-40 repeat-containing protein  24.16 
 
 		 1211 aa  54.7  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000373823 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1814  NB-ARC domain protein  24.49 
 
 		 1454 aa  55.1  0.000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4792  WD-40 repeat protein  25.3 
 
 		 1363 aa  53.9  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3437  WD-40 repeat protein  24.4 
 
 		 1160 aa  52.4  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.67443  normal  0.247289 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1556  ribosome assembly protein 4 (RSA4)  24.48 
 
 		 1652 aa  49.7  0.00006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.123778  normal  0.225056 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4475  WD-40 repeat protein  27.04 
 
 		 1161 aa  50.1  0.00006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.416267 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4412  WD-40 repeat protein  27.04 
 
 		 1161 aa  50.1  0.00006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3245  WD-40 repeat protein  20.32 
 
 		 947 aa  49.7  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006692  CNG02290  pre-mRNA splicing factor, putative  25.6 
 
 		 615 aa  49.7  0.00007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5394  WD-40 repeat protein  24.6 
 
 		 1247 aa  49.7  0.00008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1167  WD-40 repeat protein  24.9 
 
 		 1163 aa  49.3  0.00009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0112  WD-40 repeat protein  23.32 
 
 		 1236 aa  48.9  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0636944 
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_54743  predicted protein  23.81 
 
 		 347 aa  48.1  0.0002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0297675  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3099  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  22.08 
 
 		 1599 aa  48.5  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.392467 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03926  WD repeat protein (AFU_orthologue; AFUA_6G08380)  24.85 
 
 		 522 aa  48.1  0.0002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.413219  normal  0.75025 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1627  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  21.04 
 
 		 630 aa  48.1  0.0002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.59765  normal  0.0942713 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2862  WD-40 repeat-containing protein  20.94 
 
 		 1229 aa  48.5  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.411367  normal  0.0157624 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3867  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  22.67 
 
 		 576 aa  48.1  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3456  Serine/threonine protein kinase-related protein  21.91 
 
 		 1262 aa  47.8  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.23554  n/a   
 
 
-
 
NC_006682  CNM01130  conserved hypothetical protein  21.34 
 
 		 338 aa  47.8  0.0003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2154  WD-40 repeat-containing protein  22.64 
 
 		 1041 aa  47  0.0004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2226  WD-40 repeat-containing protein  22.1 
 
 		 464 aa  47.4  0.0004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.797248  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2629  Fis family transcriptional regulator  21.48 
 
 		 1221 aa  47.4  0.0004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0193255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3379  protein kinase  22.73 
 
 		 1242 aa  47  0.0005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.280356  decreased coverage  0.000456668 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2817  WD-40 repeat-containing protein  21.29 
 
 		 1196 aa  46.6  0.0007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.230726 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3153  metallophosphoesterase  24.23 
 
 		 1831 aa  46.2  0.0008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.479673  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10391  conserved hypothetical protein  27.82 
 
 		 577 aa  46.2  0.0008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.865472 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3660  WD repeat-containing protein  19.59 
 
 		 1097 aa  46.2  0.0008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1480  pentapeptide repeat-containing protein  20.49 
 
 		 1807 aa  45.8  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.811465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3489  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  21.51 
 
 		 1039 aa  45.8  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.261998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2218  WD-40 repeat protein  22.94 
 
 		 317 aa  45.8  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.845961  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2971  WD-40 repeat-containing protein  19.72 
 
 		 1367 aa  44.7  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4060  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  21.79 
 
 		 792 aa  44.7  0.002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.602409  hitchhiker  0.000910651 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0184  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  27.84 
 
 		 608 aa  44.7  0.002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0231807  normal  0.531865 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0065  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  22.6 
 
 		 930 aa  44.7  0.003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3213  WD-40 repeat-containing protein  22.8 
 
 		 1304 aa  44.3  0.003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.297689  normal  0.929062 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3042  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  21.32 
 
 		 1004 aa  43.9  0.003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00005148 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2183  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  19.52 
 
 		 1557 aa  43.9  0.004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.150849  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4813  WD-40 repeat-containing protein  22.96 
 
 		 1477 aa  43.9  0.004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.974814 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3594  WD-40 repeat protein  22.92 
 
 		 1164 aa  43.5  0.005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0139951 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0575  Serine/threonine protein kinase-related protein  22.81 
 
 		 1856 aa  43.1  0.006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3846  pentapeptide repeat protein  22.96 
 
 		 1443 aa  43.1  0.007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3275  pentapeptide repeat-containing protein  23.91 
 
 		 1474 aa  43.1  0.007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.918383  normal  0.348051 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4789  WD-40 repeat protein  23.66 
 
 		 1193 aa  42.7  0.008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  unclonable  0.00121677  normal  0.726129 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06960  conserved hypothetical protein  22.22 
 
 		 1878 aa  42.7  0.008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.94406 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5836  WD40 repeat, subgroup  22.15 
 
 		 304 aa  42.7  0.008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0829191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_32128  predicted protein  22.01 
 
 		 319 aa  42.7  0.008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0599879 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>