98 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3169 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3169  WD-40 repeat-containing protein  100 
 
 		 332 aa  679    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0588  WD-40 repeat-containing protein  44.73 
 
 		 313 aa  295  7e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3925  WD-40 repeat-containing protein  43.33 
 
 		 332 aa  282  7.000000000000001e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3483  WD-40 repeat-containing protein  46.37 
 
 		 354 aa  270  2e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0109  WD-40 repeat-containing protein  27.5 
 
 		 324 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000219456  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3239  WD-40 repeat-containing protein  26.48 
 
 		 322 aa  120  3e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000819869  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0436  hypothetical protein  25.91 
 
 		 327 aa  119  6e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0839  WD-40 repeat-containing protein  26.99 
 
 		 322 aa  117  3e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000151592  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03985  WD-40 repeat protein  23.93 
 
 		 320 aa  109  7.000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00637203  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0641  hypothetical protein  28.44 
 
 		 325 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000056191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0917  WD-40 repeat-containing protein  24.85 
 
 		 319 aa  107  3e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000268959  normal  0.0477605 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0939  WD-40 repeat-containing protein  21.98 
 
 		 316 aa  97.8  2e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000121304  normal  0.0978141 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3035  WD-40 repeat-containing protein  21.98 
 
 		 316 aa  95.5  1e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000963401  normal  0.459897 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0967  WD-40 repeat-containing protein  24.21 
 
 		 319 aa  93.2  6e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000101779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00063  hypothetical protein  22.9 
 
 		 328 aa  93.2  6e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4706  putative lipoprotein  24.15 
 
 		 326 aa  92.8  7e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1064  hypothetical protein  24.06 
 
 		 316 aa  92.4  1e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0902  WD-40 repeat-containing protein  22.67 
 
 		 316 aa  90.1  5e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000307912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3011  WD-40 repeat-containing protein  21.6 
 
 		 316 aa  89.7  6e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000211849  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002291  hypothetical protein  21.35 
 
 		 328 aa  88.2  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000281233  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3597  WD-40 repeat-containing protein  22.36 
 
 		 316 aa  87  4e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000016405  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0304  putative lipoprotein  21.16 
 
 		 338 aa  86.7  5e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.404222  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3474  WD-40 repeat-containing protein  22.05 
 
 		 316 aa  86.7  6e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000147643  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2910  WD-40 repeat-containing protein  25.38 
 
 		 318 aa  86.3  7e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000305782  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3399  WD-40 repeat protein  21.74 
 
 		 316 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000857088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0888  WD-40 repeat-containing protein  21.74 
 
 		 316 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000055651  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2764  putative lipoprotein  22.57 
 
 		 327 aa  79  0.0000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000993133  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1807  WD-40 repeat-containing protein  25.78 
 
 		 1214 aa  65.9  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000135295 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0763  WD-40 repeat-containing protein  23.21 
 
 		 327 aa  57.4  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1556  ribosome assembly protein 4 (RSA4)  23.77 
 
 		 1652 aa  57.4  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.123778  normal  0.225056 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3383  protein kinase  23.79 
 
 		 1330 aa  57  0.0000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.088412  normal  0.011818 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4792  WD-40 repeat protein  23.9 
 
 		 1363 aa  57  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0674  WD-40 repeat protein  22.76 
 
 		 363 aa  54.7  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3594  WD-40 repeat protein  21.88 
 
 		 1164 aa  55.1  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0139951 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0693  WD-40 repeat protein  22.76 
 
 		 363 aa  54.3  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00188435  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6227  WD40 repeat-domain-containing protein-like protein  27.41 
 
 		 943 aa  54.3  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.174955 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5394  WD-40 repeat protein  23.98 
 
 		 1247 aa  53.5  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3153  metallophosphoesterase  23.93 
 
 		 1831 aa  53.5  0.000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.479673  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3846  pentapeptide repeat protein  27.78 
 
 		 1443 aa  52.8  0.000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5120  WD40 repeat-domain-containing protein-like protein  28.85 
 
 		 490 aa  51.6  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.413243 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5032  pentapeptide repeat-containing protein  25.1 
 
 		 1190 aa  51.6  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.234505 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1167  WD-40 repeat protein  21.77 
 
 		 1163 aa  51.6  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2975  WD40 repeatdomain-containing protein-like protein  25.93 
 
 		 1901 aa  50.4  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1424  WD-40 repeat protein  22.57 
 
 		 344 aa  50.4  0.00004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1343  WD40 repeat, subgroup  25.86 
 
 		 1280 aa  49.7  0.00007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.365079  normal  0.118221 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2862  WD-40 repeat-containing protein  22.76 
 
 		 1229 aa  49.3  0.00009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.411367  normal  0.0157624 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0575  Serine/threonine protein kinase-related protein  26.79 
 
 		 1856 aa  48.9  0.0001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2183  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  28.22 
 
 		 819 aa  48.5  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.192333 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0056  WD-40 repeat-containing tyrosine protein kinase  25.62 
 
 		 742 aa  48.5  0.0001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.718605  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0958  WD-40 repeat-containing protein  21.83 
 
 		 580 aa  47.8  0.0002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3599  WD-40 repeat-containing protein  21.45 
 
 		 1211 aa  48.5  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000373823 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2440  WD-40 repeat-containing protein  25.6 
 
 		 433 aa  48.5  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00410064  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_29215  predicted protein  22.9 
 
 		 317 aa  48.5  0.0002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2226  WD-40 repeat-containing protein  21.92 
 
 		 464 aa  48.5  0.0002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.797248  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1253  WD-40 repeat protein  23.63 
 
 		 960 aa  47.4  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0977  WD-40 repeat-containing protein  21.83 
 
 		 580 aa  47.8  0.0003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.121052  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08293  snoRNA binding protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G04310)  21.73 
 
 		 938 aa  47.4  0.0004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0710686  hitchhiker  0.0000000000000896141 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0065  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  21.57 
 
 		 930 aa  47  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3245  WD-40 repeat protein  25 
 
 		 947 aa  47  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006692  CNG04380  WD repeat protein, putative  25.7 
 
 		 884 aa  46.6  0.0005  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.235349  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4813  WD-40 repeat-containing protein  26.45 
 
 		 1477 aa  47  0.0005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.974814 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2971  WD-40 repeat-containing protein  21.28 
 
 		 1367 aa  46.6  0.0006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08468  NACHT and WD40 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_7G08500)  23.98 
 
 		 1364 aa  46.2  0.0007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.109375 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2183  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  22.62 
 
 		 1557 aa  46.6  0.0007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.150849  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5674  WD-40 repeat protein  27.37 
 
 		 973 aa  46.2  0.0008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006682  CNM01130  conserved hypothetical protein  22.52 
 
 		 338 aa  46.2  0.0008  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3042  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  24.58 
 
 		 1004 aa  45.4  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00005148 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2471  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  22.55 
 
 		 1481 aa  45.8  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.420848  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1234  WD-40 repeat protein  24.36 
 
 		 1188 aa  45.8  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.593825 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1423  WD-40 repeat protein  24.1 
 
 		 344 aa  45.8  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5303  WD-40 repeat protein  27.39 
 
 		 1656 aa  45.4  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4789  WD-40 repeat protein  25.81 
 
 		 1193 aa  45.4  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  unclonable  0.00121677  normal  0.726129 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2629  Fis family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 1221 aa  45.1  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0193255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_69662  predicted protein  22.43 
 
 		 743 aa  45.1  0.002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.99795 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1541  WD-40 repeat-containing protein  26.99 
 
 		 589 aa  44.7  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.67824  normal  0.0621069 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2154  WD-40 repeat-containing protein  24.52 
 
 		 1041 aa  45.1  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3379  protein kinase  23.53 
 
 		 1242 aa  45.1  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.280356  decreased coverage  0.000456668 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3896  serine/threonine protein kinase  22.41 
 
 		 687 aa  43.9  0.003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3869  WD-40 repeat-containing protein  21.21 
 
 		 1553 aa  44.3  0.003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113625  normal  0.0582417 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42443  predicted protein  26.39 
 
 		 1095 aa  44.3  0.003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0730577  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3532  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  22.5 
 
 		 1072 aa  44.3  0.003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.397828  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0892  WD-40 repeat-containing protein  25.1 
 
 		 696 aa  44.3  0.003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000103056  unclonable  0.0000205441 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4625  WD-40 repeat-containing protein  20.88 
 
 		 1510 aa  44.7  0.003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5355  WD-40 repeat protein  23.39 
 
 		 1411 aa  43.9  0.003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.113671 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3932  WD-40 repeat-containing protein  25.38 
 
 		 914 aa  44.3  0.003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.237365  unclonable  0.0000634097 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3478  WD-40 repeat protein  27.01 
 
 		 1208 aa  43.9  0.004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.590785 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1325  WD40 repeat, subgroup  23.89 
 
 		 1484 aa  43.9  0.004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.237461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3681  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  24.6 
 
 		 664 aa  43.9  0.004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3275  pentapeptide repeat-containing protein  26.81 
 
 		 1474 aa  43.5  0.005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.918383  normal  0.348051 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2588  WD-40 repeat protein  20.98 
 
 		 1188 aa  43.5  0.005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.994241 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2851  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  19.39 
 
 		 677 aa  43.1  0.007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3456  Serine/threonine protein kinase-related protein  22.39 
 
 		 1262 aa  43.1  0.007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.23554  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1014  periplasmic protein NapL  36.76 
 
 		 308 aa  43.1  0.007  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3213  WD-40 repeat-containing protein  32.86 
 
 		 1304 aa  42.7  0.008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.297689  normal  0.929062 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5333  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  21.22 
 
 		 1684 aa  42.7  0.009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.90192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4060  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  23.03 
 
 		 792 aa  42.7  0.009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.602409  hitchhiker  0.000910651 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1729  WD-40 repeat protein  26.05 
 
 		 347 aa  42.7  0.009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01335  protein transport protein (LST8), putative (AFU_orthologue; AFUA_1G09560)  24.81 
 
 		 393 aa  42.4  0.01  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.809459  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>