221 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1925 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1925  GGDEF family protein  100 
 
 		 477 aa  990    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.153173  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0962  putative type III restriction enzyme  45.72 
 
 		 466 aa  438  9.999999999999999e-123  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.933569  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3459  type III restriction protein res subunit  45.53 
 
 		 472 aa  432  1e-120  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1893  type III restriction protein res subunit  45.53 
 
 		 472 aa  432  1e-120  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4016  type III restriction protein res subunit  46.3 
 
 		 469 aa  432  1e-120  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3418  type III restriction enzyme, res subunit  53.21 
 
 		 469 aa  432  1e-120  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.280626  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4412  type III restriction protein res subunit  48.3 
 
 		 471 aa  434  1e-120  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4273  type III restriction protein res subunit  48.3 
 
 		 471 aa  434  1e-120  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3839  type III restriction enzyme, res subunit  46.27 
 
 		 471 aa  421  1e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0145  type III restriction enzyme, res subunit  44.05 
 
 		 465 aa  409  1e-113  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.563089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2555  hypothetical protein  50 
 
 		 465 aa  403  1e-111  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.813616 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4198  helicase domain protein  42.68 
 
 		 470 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2283  type III restriction enzyme, res subunit  48.23 
 
 		 465 aa  392  1e-108  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06217  hypothetical protein  48.95 
 
 		 464 aa  385  1e-106  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3891  helicase domain-containing protein  47.91 
 
 		 458 aa  378  1e-103  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0080  helicase domain-containing protein  47.27 
 
 		 466 aa  371  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0197  helicase domain-containing protein  48.19 
 
 		 429 aa  341  2e-92  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.13298  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4219  FOG domain-containing protein  40.91 
 
 		 434 aa  321  1.9999999999999998e-86  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.701537  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25110  DNA/RNA helicase, superfamily II  34.36 
 
 		 593 aa  198  2.0000000000000003e-49  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.862041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2588  type III restriction enzyme, res subunit  32.57 
 
 		 591 aa  194  2e-48  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.245843  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2320  type III restriction protein res subunit  31.81 
 
 		 593 aa  191  2e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000427068 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1318  type III restriction protein res subunit  32.47 
 
 		 601 aa  190  4e-47  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0818356  hitchhiker  0.00409906 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0376  type III restriction protein res subunit  32.47 
 
 		 574 aa  189  9e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2242  type III restriction protein res subunit  32.47 
 
 		 595 aa  186  8e-46  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10520  DNA/RNA helicase, superfamily II  32.56 
 
 		 589 aa  185  1.0000000000000001e-45  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.531597  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3879  type III restriction protein res subunit  32.56 
 
 		 593 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5135  type III restriction protein res subunit  32.65 
 
 		 622 aa  184  2.0000000000000003e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0782203 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20110  DNA/RNA helicase, superfamily II  32.65 
 
 		 606 aa  184  2.0000000000000003e-45  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.24796  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1839  type III restriction protein res subunit  31.3 
 
 		 563 aa  184  3e-45  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.036346  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1719  DNA or RNA helicase of superfamily II-like protein  32.39 
 
 		 582 aa  184  3e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.193156  normal  0.109566 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2743  type III restriction protein res subunit  32.22 
 
 		 618 aa  182  1e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.100626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0145  type III restriction enzyme, res subunit  30.66 
 
 		 574 aa  182  1e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0759  type III restriction enzyme, res subunit  30.28 
 
 		 566 aa  181  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.523445  normal  0.362489 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24400  DNA/RNA helicase, superfamily II  31.62 
 
 		 592 aa  180  4.999999999999999e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.21286 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4526  DEAD-like helicase  32.14 
 
 		 559 aa  179  8e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0931  type III restriction protein res subunit  32.13 
 
 		 586 aa  179  8e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.355478  normal  0.978518 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1051  type III restriction protein res subunit  32.73 
 
 		 628 aa  178  1e-43  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12931  hypothetical protein  31.19 
 
 		 626 aa  179  1e-43  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.129963  normal  0.499246 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0602  type III restriction enzyme, res subunit  32.31 
 
 		 560 aa  178  2e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.44982  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0615  type III restriction enzyme, res subunit  32.31 
 
 		 560 aa  178  2e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0593  type III restriction enzyme, res subunit  32.48 
 
 		 560 aa  178  2e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.147168  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1477  type III restriction protein res subunit  29.86 
 
 		 599 aa  178  2e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0881  type III restriction protein res subunit  32.7 
 
 		 621 aa  178  2e-43  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1291  type III restriction enzyme, res subunit  32.65 
 
 		 598 aa  177  5e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08280  DNA/RNA helicase, superfamily II  31.38 
 
 		 606 aa  174  3.9999999999999995e-42  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.265179  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2381  ATPase  32.73 
 
 		 569 aa  173  5e-42  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.191246  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4538  type III restriction protein res subunit  31.9 
 
 		 565 aa  172  1e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.179492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1473  type III restriction enzyme, res subunit  31.88 
 
 		 577 aa  171  3e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.967001 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1438  type III restriction protein res subunit  31.62 
 
 		 575 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00286846 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1502  type III restriction protein res subunit  30.13 
 
 		 572 aa  160  4e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1380  type III restriction enzyme, res subunit  30.83 
 
 		 601 aa  155  1e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.942893  normal  0.0185831 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3772  type III restriction protein res subunit  29.15 
 
 		 594 aa  145  1e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.513418 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3774  type III restriction protein res subunit  27.44 
 
 		 583 aa  140  4.999999999999999e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.476443  normal  0.253817 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0796  type III restriction protein res subunit  27.14 
 
 		 598 aa  139  1e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.42368  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1979  hypothetical protein  27.48 
 
 		 435 aa  113  9e-24  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0799081 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0682  hypothetical protein  26.67 
 
 		 456 aa  107  4e-22  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.835313  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3384  hypothetical protein  36.84 
 
 		 139 aa  91.3  3e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00294151 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08571  helicase domain-containing protein  25.45 
 
 		 438 aa  90.1  7e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1868  hypothetical protein  36.84 
 
 		 139 aa  90.1  8e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.776543  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1751  type III restriction protein res subunit  24.7 
 
 		 584 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1790  type III restriction protein res subunit  23.41 
 
 		 584 aa  73.9  0.000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.766528  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2533  type III restriction protein res subunit  24.58 
 
 		 584 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.10242  hitchhiker  0.000564265 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1747  type III restriction protein res subunit  23.41 
 
 		 584 aa  73.2  0.00000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0541375  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1532  type III restriction enzyme, res subunit  23.98 
 
 		 579 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.413566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1862  type III restriction enzyme, res subunit  24.15 
 
 		 580 aa  69.7  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.547726  normal  0.254233 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1467  type III restriction enzyme, res subunit  23.15 
 
 		 583 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.387336  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2350  type III restriction enzyme, res subunit  24.16 
 
 		 602 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1438  type III restriction enzyme, res subunit  25.07 
 
 		 1077 aa  67.4  0.0000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.977948  hitchhiker  0.0058487 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2363  type III restriction enzyme, res subunit  24.09 
 
 		 590 aa  67.4  0.0000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0989425  normal  0.0932294 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2726  type III restriction protein res subunit  22.49 
 
 		 580 aa  67  0.0000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.219655  hitchhiker  0.000185767 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2280  type III restriction enzyme, res subunit  25.13 
 
 		 558 aa  67  0.0000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1908  type III restriction protein res subunit  26.11 
 
 		 586 aa  66.2  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3253  type III restriction protein res subunit  24.35 
 
 		 585 aa  66.2  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.503255  normal  0.463212 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2440  type III restriction protein res subunit  25.87 
 
 		 591 aa  65.5  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2959  type III restriction enzyme, res subunit  23.04 
 
 		 585 aa  65.9  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2744  helicase  24.64 
 
 		 590 aa  64.3  0.000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2089  type III restriction enzyme, res subunit  24.73 
 
 		 616 aa  64.7  0.000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.553683  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1637  type III restriction protein res subunit  25.51 
 
 		 586 aa  64.7  0.000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.726226  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003782  helicase-related protein  22.64 
 
 		 583 aa  62.8  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000188444  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2435  type III restriction enzyme, res subunit  23.67 
 
 		 590 aa  63.2  0.00000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.248011 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2559  type III restriction protein res subunit  23.16 
 
 		 580 aa  62.8  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2524  type III restriction enzyme, res subunit  24.47 
 
 		 590 aa  63.2  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.251269  normal  0.0163499 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2780  type III restriction enzyme, res subunit  23.5 
 
 		 586 aa  62.8  0.00000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0188494  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3695  putative helicase  25.19 
 
 		 676 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.783104  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2990  EcoEI R domain protein  23.27 
 
 		 875 aa  61.6  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4882  type I restriction enzyme EcoEI R protein  21.32 
 
 		 809 aa  60.8  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2794  type III restriction protein res subunit  24.54 
 
 		 585 aa  60.5  0.00000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.183482  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2719  putative helicase  24.54 
 
 		 585 aa  60.5  0.00000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00330465  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1489  putative helicase  24.54 
 
 		 585 aa  60.5  0.00000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.931099  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2463  putative helicase  23.2 
 
 		 586 aa  60.5  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.863309 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2082  putative helicase (DEAD/DEAH box helicase)  23.22 
 
 		 574 aa  59.3  0.0000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2574  putative helicase  22.65 
 
 		 586 aa  58.9  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.452066  hitchhiker  0.00320977 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2417  putative helicase  22.65 
 
 		 586 aa  58.9  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.011156  normal  0.197081 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2460  putative helicase  23.41 
 
 		 586 aa  58.9  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000666895 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0731  type III restriction enzyme, res subunit  20.85 
 
 		 899 aa  58.9  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2322  putative helicase  22.16 
 
 		 586 aa  58.2  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0410169  n/a   
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3640  type III restriction protein res subunit  20.81 
 
 		 524 aa  58.5  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2523  type III restriction enzyme, res subunit  21.64 
 
 		 967 aa  58.5  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0698946  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0960  type III restriction protein res subunit  23.1 
 
 		 485 aa  57.8  0.0000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0832  EcoEI R domain protein  19.02 
 
 		 784 aa  57.8  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.916446  normal  0.633032 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>