More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2363 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02114  predicted ATP-dependet helicase  54.66 
 
 
586 aa  642    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0523071  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1473  type III restriction protein res subunit  54.66 
 
 
586 aa  642    Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000087246  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2460  putative helicase  53.79 
 
 
586 aa  639    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000666895 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2559  type III restriction protein res subunit  72.59 
 
 
580 aa  879    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1463  type III restriction protein res subunit  54.66 
 
 
586 aa  642    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000557084  normal  0.860353 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2463  putative helicase  53.79 
 
 
586 aa  640    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.863309 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3322  putative helicase  54.66 
 
 
586 aa  641    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0433993  normal  0.803545 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2744  helicase  96.1 
 
 
590 aa  1162    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2372  putative helicase  53.79 
 
 
586 aa  638    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.010081  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2417  putative helicase  53.97 
 
 
586 aa  640    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.011156  normal  0.197081 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2726  type III restriction protein res subunit  73.1 
 
 
580 aa  884    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.219655  hitchhiker  0.000185767 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1747  type III restriction protein res subunit  87.11 
 
 
584 aa  1055    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0541375  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1637  type III restriction protein res subunit  54 
 
 
586 aa  638    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.726226  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2533  type III restriction protein res subunit  86.75 
 
 
584 aa  1048    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.10242  hitchhiker  0.000564265 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0774  putative helicase  54.66 
 
 
586 aa  642    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0469791  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1862  type III restriction enzyme, res subunit  73.7 
 
 
580 aa  889    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.547726  normal  0.254233 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2089  type III restriction enzyme, res subunit  68.7 
 
 
616 aa  863    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.553683  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2363  type III restriction enzyme, res subunit  100 
 
 
590 aa  1229    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0989425  normal  0.0932294 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2435  type III restriction enzyme, res subunit  98.98 
 
 
590 aa  1214    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.248011 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1467  type III restriction enzyme, res subunit  72.02 
 
 
583 aa  894    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.387336  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2524  type III restriction enzyme, res subunit  97.63 
 
 
590 aa  1185    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.251269  normal  0.0163499 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2322  putative helicase  54.48 
 
 
586 aa  639    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0410169  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2482  putative helicase  54.66 
 
 
586 aa  642    Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00182337  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2574  putative helicase  53.97 
 
 
586 aa  640    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.452066  hitchhiker  0.00320977 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2080  helicase  63.68 
 
 
588 aa  777    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.453275  normal  0.977675 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2780  type III restriction enzyme, res subunit  53.75 
 
 
586 aa  639    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0188494  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2350  type III restriction enzyme, res subunit  86.62 
 
 
602 aa  1046    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1790  type III restriction protein res subunit  86.92 
 
 
584 aa  1046    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.766528  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2333  putative helicase  54.66 
 
 
586 aa  641    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00564696  normal  0.0326725 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1751  type III restriction protein res subunit  86.75 
 
 
584 aa  1047    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1532  type III restriction enzyme, res subunit  70.69 
 
 
579 aa  867    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.413566  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3253  type III restriction protein res subunit  53.58 
 
 
585 aa  632  1e-180  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.503255  normal  0.463212 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1908  type III restriction protein res subunit  53.58 
 
 
586 aa  633  1e-180  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2719  putative helicase  53.61 
 
 
585 aa  628  1e-179  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00330465  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2794  type III restriction protein res subunit  53.61 
 
 
585 aa  628  1e-179  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.183482  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1489  putative helicase  53.61 
 
 
585 aa  629  1e-179  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.931099  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2354  type III restriction protein res subunit  52.75 
 
 
586 aa  625  1e-178  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2440  type III restriction protein res subunit  52.45 
 
 
591 aa  624  1e-177  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2959  type III restriction enzyme, res subunit  52.23 
 
 
585 aa  603  1.0000000000000001e-171  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2537  type III restriction protein res subunit  49.74 
 
 
586 aa  597  1e-169  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02656  hypothetical protein  51.11 
 
 
583 aa  587  1e-166  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3456  type III restriction enzyme, res subunit  48.83 
 
 
597 aa  578  1e-164  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003782  helicase-related protein  50.43 
 
 
583 aa  578  1.0000000000000001e-163  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000188444  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1242  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  50.09 
 
 
657 aa  573  1.0000000000000001e-162  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000376746  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0844  type III restriction enzyme, res subunit  47.97 
 
 
613 aa  567  1e-160  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2082  putative helicase (DEAD/DEAH box helicase)  49.57 
 
 
574 aa  555  1e-157  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1295  type III restriction enzyme, res subunit  46.83 
 
 
584 aa  538  1e-151  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2792  type III restriction protein res subunit  33.46 
 
 
678 aa  242  2e-62  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0653946  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2917  type III restriction enzyme, res subunit  36.07 
 
 
538 aa  228  3e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.633235  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2939  helicase domain protein  33.33 
 
 
545 aa  222  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2821  helicase domain-containing protein  36.61 
 
 
545 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127614  normal  0.294322 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3048  helicase domain protein  35.99 
 
 
545 aa  213  7e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0891205  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1537  helicase domain-containing protein  32.55 
 
 
569 aa  209  8e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.453838  normal  0.138046 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3418  helicase domain-containing protein  30.11 
 
 
550 aa  202  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.326076 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0069  Type III restriction enzyme, res subunit  32.79 
 
 
629 aa  152  2e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06707  DEAD/DEAH box helicase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G05530)  26.4 
 
 
643 aa  150  4e-35  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3020  type III restriction protein res subunit  31.9 
 
 
581 aa  144  5e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1406  type III restriction protein res subunit  31.71 
 
 
848 aa  138  3.0000000000000003e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2475  type III restriction protein res subunit  29.6 
 
 
475 aa  137  8e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0815969  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0480  type III restriction protein res subunit  30.61 
 
 
606 aa  132  1.0000000000000001e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000916808  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1080  type III restriction protein res subunit  30.18 
 
 
607 aa  131  3e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000886806  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1235  type III restriction enzyme, res subunit  28.54 
 
 
560 aa  131  3e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.159231 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2770  type III restriction enzyme, res subunit  27.8 
 
 
560 aa  128  2.0000000000000002e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.547342  normal  0.44654 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_88383  ATP-dependent DNA helicase  29.11 
 
 
385 aa  127  4.0000000000000003e-28  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3307  type III restriction protein res subunit  30.56 
 
 
536 aa  127  7e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2695  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  28.81 
 
 
504 aa  125  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.089972  hitchhiker  0.000356695 
 
 
-
 
NC_010507  Mrad2831_6521  type III restriction protein res subunit  28.25 
 
 
462 aa  125  3e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0759  type III restriction protein res subunit  29.57 
 
 
812 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.535387  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2606  type III restriction enzyme, res subunit  27.84 
 
 
560 aa  122  1.9999999999999998e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2941  type III restriction protein res subunit  29.72 
 
 
815 aa  121  3.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0725  DEAD/DEAH box helicase-like  26.25 
 
 
469 aa  121  3.9999999999999996e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1350  type III restriction protein res subunit  28.23 
 
 
967 aa  121  3.9999999999999996e-26  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.810752  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0977  type III restriction enzyme, res subunit  29.51 
 
 
1063 aa  120  4.9999999999999996e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2034  type III restriction protein res subunit  27.6 
 
 
813 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1089  type III restriction protein res subunit  28.3 
 
 
1051 aa  119  1.9999999999999998e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1438  type III restriction enzyme, res subunit  29.11 
 
 
1077 aa  119  1.9999999999999998e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.977948  hitchhiker  0.0058487 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1300  type III restriction enzyme, res subunit  27.03 
 
 
560 aa  118  1.9999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.49268  normal  0.27314 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2074  type III restriction enzyme, res subunit  27.03 
 
 
560 aa  119  1.9999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.432643  normal  0.155491 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2845  type III restriction enzyme, res subunit  27.27 
 
 
560 aa  118  3e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.651077 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3993  type III restriction protein res subunit  30.88 
 
 
1348 aa  117  7.999999999999999e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3640  type III restriction protein res subunit  27.15 
 
 
524 aa  115  2.0000000000000002e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2653  type III restriction enzyme, res subunit  27.64 
 
 
398 aa  115  2.0000000000000002e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.154004  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8690  putative helicase  31.44 
 
 
469 aa  114  5e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4439  type III restriction protein res subunit  29.74 
 
 
510 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.226232  normal  0.536892 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0992  type III restriction protein res subunit  28.97 
 
 
938 aa  111  3e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.942343 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1302  putative helicase  29.4 
 
 
516 aa  108  3e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1707  type III restriction protein res subunit  29.04 
 
 
1287 aa  108  3e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.730362  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4288  type III restriction protein res subunit  28.61 
 
 
1058 aa  108  3e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1258  type III restriction protein res subunit  26.74 
 
 
787 aa  108  4e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.377183  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0307  Type III restriction enzyme, res subunit  29.26 
 
 
539 aa  107  5e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0435132  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2205  type III restriction protein res subunit  28.82 
 
 
993 aa  107  5e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2616  type III restriction enzyme, res subunit  25.06 
 
 
459 aa  107  8e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0606315  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11338  hypothetical protein  26.22 
 
 
503 aa  105  3e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1001  superfamily II DNA/RNA helicase  27.88 
 
 
773 aa  102  2e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2515  type III restriction enzyme, res subunit  26.25 
 
 
953 aa  102  2e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2567  type III restriction protein res subunit  26.25 
 
 
953 aa  102  2e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0370  type III restriction protein res subunit  27.61 
 
 
1055 aa  101  3e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0484136  hitchhiker  0.000113274 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1910  type III restriction enzyme, res subunit  27.22 
 
 
1043 aa  101  3e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3192  type III restriction enzyme, res subunit  29.82 
 
 
928 aa  102  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245022  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0360  type III restriction protein res subunit  27.35 
 
 
1055 aa  101  4e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>