162 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_06217 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_06217  hypothetical protein  100 
 
 		 464 aa  966    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3891  helicase domain-containing protein  46.82 
 
 		 458 aa  443  1e-123  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3418  type III restriction enzyme, res subunit  52.34 
 
 		 469 aa  431  1e-119  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.280626  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2555  hypothetical protein  44.97 
 
 		 465 aa  431  1e-119  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.813616 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4016  type III restriction protein res subunit  51.49 
 
 		 469 aa  431  1e-119  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0145  type III restriction enzyme, res subunit  44.78 
 
 		 465 aa  427  1e-118  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.563089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0962  putative type III restriction enzyme  49.1 
 
 		 466 aa  427  1e-118  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.933569  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4273  type III restriction protein res subunit  51.04 
 
 		 471 aa  426  1e-118  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4412  type III restriction protein res subunit  51.04 
 
 		 471 aa  426  1e-118  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1893  type III restriction protein res subunit  43.19 
 
 		 472 aa  413  1e-114  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3459  type III restriction protein res subunit  43.19 
 
 		 472 aa  413  1e-114  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3839  type III restriction enzyme, res subunit  49.22 
 
 		 471 aa  409  1e-113  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1925  GGDEF family protein  48.95 
 
 		 477 aa  385  1e-106  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.153173  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2283  type III restriction enzyme, res subunit  47.94 
 
 		 465 aa  379  1e-104  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4198  helicase domain protein  39.96 
 
 		 470 aa  373  1e-102  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0080  helicase domain-containing protein  44.27 
 
 		 466 aa  360  4e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0197  helicase domain-containing protein  46.89 
 
 		 429 aa  345  1e-93  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.13298  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4219  FOG domain-containing protein  41.71 
 
 		 434 aa  317  3e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.701537  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0931  type III restriction protein res subunit  34.51 
 
 		 586 aa  169  1e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.355478  normal  0.978518 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2242  type III restriction protein res subunit  30.58 
 
 		 595 aa  167  2.9999999999999998e-40  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3879  type III restriction protein res subunit  32.61 
 
 		 593 aa  167  5e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0881  type III restriction protein res subunit  33.15 
 
 		 621 aa  164  2.0000000000000002e-39  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2381  ATPase  33.8 
 
 		 569 aa  164  3e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.191246  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5135  type III restriction protein res subunit  33.33 
 
 		 622 aa  164  3e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0782203 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0759  type III restriction enzyme, res subunit  31.06 
 
 		 566 aa  162  8.000000000000001e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.523445  normal  0.362489 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12931  hypothetical protein  32.16 
 
 		 626 aa  162  1e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.129963  normal  0.499246 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4526  DEAD-like helicase  31.81 
 
 		 559 aa  162  1e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1719  DNA or RNA helicase of superfamily II-like protein  29.34 
 
 		 582 aa  162  1e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.193156  normal  0.109566 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24400  DNA/RNA helicase, superfamily II  31.57 
 
 		 592 aa  161  2e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.21286 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1318  type III restriction protein res subunit  31.97 
 
 		 601 aa  160  3e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0818356  hitchhiker  0.00409906 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1477  type III restriction protein res subunit  31.44 
 
 		 599 aa  160  4e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0602  type III restriction enzyme, res subunit  31.23 
 
 		 560 aa  159  8e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.44982  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0615  type III restriction enzyme, res subunit  31.23 
 
 		 560 aa  159  8e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0593  type III restriction enzyme, res subunit  31.33 
 
 		 560 aa  159  8e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.147168  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1291  type III restriction enzyme, res subunit  30.22 
 
 		 598 aa  159  1e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1839  type III restriction protein res subunit  32.71 
 
 		 563 aa  157  5.0000000000000005e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.036346  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0376  type III restriction protein res subunit  30.9 
 
 		 574 aa  155  1e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2320  type III restriction protein res subunit  31.2 
 
 		 593 aa  155  2e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000427068 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0145  type III restriction enzyme, res subunit  30.56 
 
 		 574 aa  155  2e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25110  DNA/RNA helicase, superfamily II  30.43 
 
 		 593 aa  152  1e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.862041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2588  type III restriction enzyme, res subunit  31.65 
 
 		 591 aa  150  5e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.245843  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1502  type III restriction protein res subunit  30.71 
 
 		 572 aa  147  3e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4538  type III restriction protein res subunit  31.8 
 
 		 565 aa  146  7.0000000000000006e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.179492  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1051  type III restriction protein res subunit  30.33 
 
 		 628 aa  146  8.000000000000001e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1380  type III restriction enzyme, res subunit  30.9 
 
 		 601 aa  145  2e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.942893  normal  0.0185831 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2743  type III restriction protein res subunit  28.97 
 
 		 618 aa  145  2e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.100626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1473  type III restriction enzyme, res subunit  30 
 
 		 577 aa  145  2e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.967001 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10520  DNA/RNA helicase, superfamily II  29.62 
 
 		 589 aa  144  4e-33  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.531597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1438  type III restriction protein res subunit  30 
 
 		 575 aa  143  7e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00286846 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20110  DNA/RNA helicase, superfamily II  30.43 
 
 		 606 aa  142  9.999999999999999e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.24796  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08280  DNA/RNA helicase, superfamily II  30.93 
 
 		 606 aa  139  7.999999999999999e-32  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.265179  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3772  type III restriction protein res subunit  25.36 
 
 		 594 aa  116  6.9999999999999995e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.513418 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3774  type III restriction protein res subunit  27.18 
 
 		 583 aa  115  2.0000000000000002e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.476443  normal  0.253817 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1979  hypothetical protein  24.94 
 
 		 435 aa  99  2e-19  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0799081 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0796  type III restriction protein res subunit  27.18 
 
 		 598 aa  96.3  1e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.42368  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0682  hypothetical protein  26.98 
 
 		 456 aa  89.7  1e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.835313  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08571  helicase domain-containing protein  24.86 
 
 		 438 aa  86.3  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1868  hypothetical protein  32.61 
 
 		 139 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.776543  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3384  hypothetical protein  32.61 
 
 		 139 aa  84.3  0.000000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00294151 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2354  type III restriction protein res subunit  25.07 
 
 		 586 aa  67.4  0.0000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1908  type III restriction protein res subunit  25.75 
 
 		 586 aa  67  0.0000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1862  type III restriction enzyme, res subunit  22.71 
 
 		 580 aa  65.9  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.547726  normal  0.254233 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1637  type III restriction protein res subunit  25.2 
 
 		 586 aa  65.1  0.000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.726226  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2435  type III restriction enzyme, res subunit  24.06 
 
 		 590 aa  63.5  0.000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.248011 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2524  type III restriction enzyme, res subunit  23.61 
 
 		 590 aa  63.2  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.251269  normal  0.0163499 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2744  helicase  24.07 
 
 		 590 aa  62  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1532  type III restriction enzyme, res subunit  22.84 
 
 		 579 aa  62.4  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.413566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1747  type III restriction protein res subunit  22.49 
 
 		 584 aa  62  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0541375  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2363  type III restriction enzyme, res subunit  24.14 
 
 		 590 aa  61.6  0.00000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0989425  normal  0.0932294 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3322  putative helicase  23.51 
 
 		 586 aa  61.6  0.00000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0433993  normal  0.803545 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2322  putative helicase  23.51 
 
 		 586 aa  61.6  0.00000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0410169  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0774  putative helicase  23.51 
 
 		 586 aa  60.8  0.00000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0469791  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2482  putative helicase  23.51 
 
 		 586 aa  61.2  0.00000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00182337  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2533  type III restriction protein res subunit  23.28 
 
 		 584 aa  61.2  0.00000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.10242  hitchhiker  0.000564265 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02114  predicted ATP-dependet helicase  23.51 
 
 		 586 aa  60.8  0.00000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0523071  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1473  type III restriction protein res subunit  23.51 
 
 		 586 aa  60.8  0.00000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000087246  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2959  type III restriction enzyme, res subunit  22.85 
 
 		 585 aa  60.8  0.00000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1463  type III restriction protein res subunit  23.51 
 
 		 586 aa  60.8  0.00000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000557084  normal  0.860353 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2460  putative helicase  23.84 
 
 		 586 aa  60.5  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000666895 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2350  type III restriction enzyme, res subunit  22.75 
 
 		 602 aa  60.1  0.00000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1790  type III restriction protein res subunit  22.75 
 
 		 584 aa  60.1  0.00000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.766528  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2333  putative helicase  23.24 
 
 		 586 aa  60.1  0.00000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00564696  normal  0.0326725 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2463  putative helicase  23.56 
 
 		 586 aa  59.7  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.863309 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2574  putative helicase  23.56 
 
 		 586 aa  59.7  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.452066  hitchhiker  0.00320977 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2417  putative helicase  23.56 
 
 		 586 aa  59.7  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.011156  normal  0.197081 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1467  type III restriction enzyme, res subunit  23.4 
 
 		 583 aa  59.3  0.0000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.387336  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1751  type III restriction protein res subunit  23.08 
 
 		 584 aa  58.5  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2372  putative helicase  23.29 
 
 		 586 aa  58.2  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.010081  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1489  putative helicase  24.38 
 
 		 585 aa  57.8  0.0000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.931099  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl314  DNA repair DNA/RNA helicase  23.72 
 
 		 905 aa  57.4  0.0000006  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  4.84028e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3456  type III restriction enzyme, res subunit  24.27 
 
 		 597 aa  57  0.0000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3690  type III restriction protein res subunit  22.51 
 
 		 622 aa  56.6  0.0000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00367361 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1242  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  23.9 
 
 		 657 aa  56.6  0.0000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000376746  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2089  type III restriction enzyme, res subunit  24.01 
 
 		 616 aa  56.2  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.553683  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2719  putative helicase  24.11 
 
 		 585 aa  55.8  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00330465  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3253  type III restriction protein res subunit  22.7 
 
 		 585 aa  56.6  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.503255  normal  0.463212 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2794  type III restriction protein res subunit  24.11 
 
 		 585 aa  55.8  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.183482  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2780  type III restriction enzyme, res subunit  23.31 
 
 		 586 aa  53.9  0.000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0188494  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2280  type III restriction enzyme, res subunit  22.64 
 
 		 558 aa  52.8  0.00001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0821  type III restriction protein res subunit  22.91 
 
 		 1042 aa  52.8  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0473136 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>