More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3456 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02114  predicted ATP-dependet helicase  52.61 
 
 		 586 aa  643    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0523071  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2794  type III restriction protein res subunit  51.93 
 
 		 585 aa  639    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.183482  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1473  type III restriction protein res subunit  52.61 
 
 		 586 aa  643    Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000087246  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2322  putative helicase  52.61 
 
 		 586 aa  645    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0410169  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2719  putative helicase  51.93 
 
 		 585 aa  639    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00330465  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0774  putative helicase  52.61 
 
 		 586 aa  645    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0469791  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3253  type III restriction protein res subunit  52.35 
 
 		 585 aa  646    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.503255  normal  0.463212 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1463  type III restriction protein res subunit  52.61 
 
 		 586 aa  643    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000557084  normal  0.860353 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3322  putative helicase  52.61 
 
 		 586 aa  645    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0433993  normal  0.803545 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1489  putative helicase  51.93 
 
 		 585 aa  638    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.931099  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2354  type III restriction protein res subunit  52.52 
 
 		 586 aa  644    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2460  putative helicase  52.94 
 
 		 586 aa  647    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000666895 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2463  putative helicase  52.77 
 
 		 586 aa  645    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.863309 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3456  type III restriction enzyme, res subunit  100 
 
 		 597 aa  1246    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2574  putative helicase  53.11 
 
 		 586 aa  649    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.452066  hitchhiker  0.00320977 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2482  putative helicase  52.61 
 
 		 586 aa  645    Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00182337  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2417  putative helicase  53.11 
 
 		 586 aa  649    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.011156  normal  0.197081 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2372  putative helicase  52.94 
 
 		 586 aa  647    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.010081  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2780  type III restriction enzyme, res subunit  53.11 
 
 		 586 aa  650    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0188494  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2959  type III restriction enzyme, res subunit  56.28 
 
 		 585 aa  695    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2537  type III restriction protein res subunit  82.24 
 
 		 586 aa  1032    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2440  type III restriction protein res subunit  52.42 
 
 		 591 aa  643    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2333  putative helicase  52.61 
 
 		 586 aa  644    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00564696  normal  0.0326725 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1637  type III restriction protein res subunit  51.51 
 
 		 586 aa  625  1e-178  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.726226  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1908  type III restriction protein res subunit  51.51 
 
 		 586 aa  627  1e-178  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0844  type III restriction enzyme, res subunit  51.47 
 
 		 613 aa  623  1e-177  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1790  type III restriction protein res subunit  49.16 
 
 		 584 aa  578  1e-164  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.766528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02656  hypothetical protein  48.64 
 
 		 583 aa  582  1e-164  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2533  type III restriction protein res subunit  49.16 
 
 		 584 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.10242  hitchhiker  0.000564265 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1751  type III restriction protein res subunit  49.16 
 
 		 584 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2435  type III restriction enzyme, res subunit  49.41 
 
 		 590 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.248011 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003782  helicase-related protein  48.98 
 
 		 583 aa  577  1.0000000000000001e-163  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000188444  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2744  helicase  48.83 
 
 		 590 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2350  type III restriction enzyme, res subunit  48.91 
 
 		 602 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1747  type III restriction protein res subunit  48.99 
 
 		 584 aa  574  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0541375  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1532  type III restriction enzyme, res subunit  48.81 
 
 		 579 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.413566  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2363  type III restriction enzyme, res subunit  48.83 
 
 		 590 aa  570  1e-161  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0989425  normal  0.0932294 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2524  type III restriction enzyme, res subunit  48.74 
 
 		 590 aa  570  1e-161  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.251269  normal  0.0163499 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1242  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  47.78 
 
 		 657 aa  567  1e-160  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000376746  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2089  type III restriction enzyme, res subunit  48.21 
 
 		 616 aa  566  1e-160  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.553683  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2726  type III restriction protein res subunit  48.64 
 
 		 580 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.219655  hitchhiker  0.000185767 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2082  putative helicase (DEAD/DEAH box helicase)  48.05 
 
 		 574 aa  560  1e-158  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1467  type III restriction enzyme, res subunit  48.21 
 
 		 583 aa  560  1e-158  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.387336  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1295  type III restriction enzyme, res subunit  46.23 
 
 		 584 aa  555  1e-157  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1862  type III restriction enzyme, res subunit  48.64 
 
 		 580 aa  554  1e-156  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.547726  normal  0.254233 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2559  type III restriction protein res subunit  47.7 
 
 		 580 aa  545  1e-154  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2080  helicase  47.02 
 
 		 588 aa  547  1e-154  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.453275  normal  0.977675 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2792  type III restriction protein res subunit  36.2 
 
 		 678 aa  268  2e-70  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0653946  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2821  helicase domain-containing protein  37.31 
 
 		 545 aa  230  7e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127614  normal  0.294322 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3048  helicase domain protein  35.82 
 
 		 545 aa  225  2e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0891205  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2917  type III restriction enzyme, res subunit  34.98 
 
 		 538 aa  221  1.9999999999999999e-56  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.633235  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2939  helicase domain protein  34.58 
 
 		 545 aa  220  6e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3418  helicase domain-containing protein  32.98 
 
 		 550 aa  200  7e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.326076 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1537  helicase domain-containing protein  34.22 
 
 		 569 aa  199  9e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.453838  normal  0.138046 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_88383  ATP-dependent DNA helicase  30.48 
 
 		 385 aa  127  5e-28  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010507  Mrad2831_6521  type III restriction protein res subunit  28.95 
 
 		 462 aa  126  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3020  type III restriction protein res subunit  28.84 
 
 		 581 aa  125  2e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2475  type III restriction protein res subunit  26.58 
 
 		 475 aa  122  9.999999999999999e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0815969  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1080  type III restriction protein res subunit  29.89 
 
 		 607 aa  121  3.9999999999999996e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000886806  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0725  DEAD/DEAH box helicase-like  26.68 
 
 		 469 aa  120  6e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0069  Type III restriction enzyme, res subunit  28.57 
 
 		 629 aa  119  9.999999999999999e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1300  type III restriction enzyme, res subunit  25.92 
 
 		 560 aa  117  6e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.49268  normal  0.27314 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2074  type III restriction enzyme, res subunit  26.62 
 
 		 560 aa  116  1.0000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.432643  normal  0.155491 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0480  type III restriction protein res subunit  29.33 
 
 		 606 aa  115  2.0000000000000002e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000916808  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2653  type III restriction enzyme, res subunit  27.37 
 
 		 398 aa  115  3e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.154004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2845  type III restriction enzyme, res subunit  26.16 
 
 		 560 aa  115  3e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651077 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1235  type III restriction enzyme, res subunit  25.74 
 
 		 560 aa  114  4.0000000000000004e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.159231 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2695  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  27.87 
 
 		 504 aa  114  5e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.089972  hitchhiker  0.000356695 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11440  DNA/RNA helicase, superfamily II  27.2 
 
 		 974 aa  113  9e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000321567  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2770  type III restriction enzyme, res subunit  25.8 
 
 		 560 aa  113  9e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.547342  normal  0.44654 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06707  DEAD/DEAH box helicase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G05530)  28.08 
 
 		 643 aa  112  2.0000000000000002e-23  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3307  type III restriction protein res subunit  29.48 
 
 		 536 aa  111  3e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2616  type III restriction enzyme, res subunit  26.83 
 
 		 459 aa  111  3e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0606315  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2941  type III restriction protein res subunit  27.72 
 
 		 815 aa  111  4.0000000000000004e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1406  type III restriction protein res subunit  28.21 
 
 		 848 aa  109  1e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4288  type III restriction protein res subunit  28.27 
 
 		 1058 aa  108  2e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2034  type III restriction protein res subunit  26.85 
 
 		 813 aa  108  4e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8690  putative helicase  28.8 
 
 		 469 aa  107  6e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1350  type III restriction protein res subunit  28.61 
 
 		 967 aa  106  1e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.810752  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2606  type III restriction enzyme, res subunit  26.92 
 
 		 560 aa  105  2e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2205  type III restriction protein res subunit  28.53 
 
 		 993 aa  102  1e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1412  type III restriction protein res subunit  26.34 
 
 		 556 aa  102  1e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00105152  normal  0.0540272 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2515  type III restriction enzyme, res subunit  26.23 
 
 		 953 aa  102  2e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2492  type III restriction protein res subunit  27.39 
 
 		 1066 aa  102  2e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2567  type III restriction protein res subunit  26.23 
 
 		 953 aa  102  2e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0307  Type III restriction enzyme, res subunit  27.37 
 
 		 539 aa  102  3e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0435132  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0759  type III restriction protein res subunit  27.07 
 
 		 812 aa  102  3e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.535387  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3374  putative helicase  26.93 
 
 		 1017 aa  99.8  1e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.175998  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1258  type III restriction protein res subunit  27.32 
 
 		 787 aa  99.8  1e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.377183  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH02470  DEAD box family helicase, putative  24.38 
 
 		 706 aa  99  2e-19  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.384709  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8756  type III restriction enzyme, res subunit  25.98 
 
 		 1028 aa  99.4  2e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.999301  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl314  DNA repair DNA/RNA helicase  24.49 
 
 		 905 aa  97.4  6e-19  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  4.84028e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0174  type III restriction protein, res subunit  28.05 
 
 		 949 aa  97.4  6e-19  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.927728  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3869  type III restriction enzyme, res subunit  26.7 
 
 		 1033 aa  97.1  8e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3738  type III restriction protein res subunit  27.67 
 
 		 1035 aa  96.3  1e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1623  helicase domain-containing protein  24.94 
 
 		 502 aa  96.7  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3640  type III restriction protein res subunit  24.93 
 
 		 524 aa  96.7  1e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2280  type III restriction enzyme, res subunit  27.69 
 
 		 558 aa  96.3  1e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0977  type III restriction enzyme, res subunit  29.07 
 
 		 1063 aa  96.3  2e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3182  type III restriction protein res subunit  27.35 
 
 		 1029 aa  94.4  5e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>