More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1532 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_2726  type III restriction protein res subunit  73.4 
 
 		 580 aa  890    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.219655  hitchhiker  0.000185767 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1790  type III restriction protein res subunit  70.05 
 
 		 584 aa  844    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.766528  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2744  helicase  69.83 
 
 		 590 aa  844    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1747  type III restriction protein res subunit  70.34 
 
 		 584 aa  844    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0541375  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2559  type III restriction protein res subunit  72.52 
 
 		 580 aa  864    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1751  type III restriction protein res subunit  70.05 
 
 		 584 aa  845    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1532  type III restriction enzyme, res subunit  100 
 
 		 579 aa  1206    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.413566  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2089  type III restriction enzyme, res subunit  68.57 
 
 		 616 aa  835    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.553683  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2363  type III restriction enzyme, res subunit  70.69 
 
 		 590 aa  851    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0989425  normal  0.0932294 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2435  type III restriction enzyme, res subunit  71.03 
 
 		 590 aa  855    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.248011 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1467  type III restriction enzyme, res subunit  69.76 
 
 		 583 aa  845    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.387336  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2524  type III restriction enzyme, res subunit  70.69 
 
 		 590 aa  853    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.251269  normal  0.0163499 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2080  helicase  63.15 
 
 		 588 aa  754    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.453275  normal  0.977675 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2350  type III restriction enzyme, res subunit  70.91 
 
 		 602 aa  852    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1862  type III restriction enzyme, res subunit  73.88 
 
 		 580 aa  891    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.547726  normal  0.254233 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2533  type III restriction protein res subunit  70.05 
 
 		 584 aa  846    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.10242  hitchhiker  0.000564265 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2460  putative helicase  53.7 
 
 		 586 aa  632  1e-180  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000666895 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2417  putative helicase  53.53 
 
 		 586 aa  631  1e-180  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.011156  normal  0.197081 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2463  putative helicase  53.7 
 
 		 586 aa  634  1e-180  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.863309 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2794  type III restriction protein res subunit  54.26 
 
 		 585 aa  632  1e-180  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.183482  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2719  putative helicase  54.26 
 
 		 585 aa  632  1e-180  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00330465  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2372  putative helicase  53.7 
 
 		 586 aa  632  1e-180  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.010081  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1489  putative helicase  54.26 
 
 		 585 aa  632  1e-180  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.931099  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2574  putative helicase  53.53 
 
 		 586 aa  631  1e-180  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.452066  hitchhiker  0.00320977 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02114  predicted ATP-dependet helicase  53.7 
 
 		 586 aa  631  1e-179  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0523071  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1473  type III restriction protein res subunit  53.7 
 
 		 586 aa  631  1e-179  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000087246  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1463  type III restriction protein res subunit  53.7 
 
 		 586 aa  631  1e-179  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000557084  normal  0.860353 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2333  putative helicase  53.7 
 
 		 586 aa  630  1e-179  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00564696  normal  0.0326725 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0774  putative helicase  53.53 
 
 		 586 aa  629  1e-179  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0469791  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3322  putative helicase  53.7 
 
 		 586 aa  630  1e-179  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0433993  normal  0.803545 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2322  putative helicase  53.7 
 
 		 586 aa  630  1e-179  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0410169  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2482  putative helicase  53.53 
 
 		 586 aa  630  1e-179  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00182337  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1908  type III restriction protein res subunit  54.43 
 
 		 586 aa  627  1e-178  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1637  type III restriction protein res subunit  53.82 
 
 		 586 aa  628  1e-178  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.726226  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3253  type III restriction protein res subunit  53.57 
 
 		 585 aa  615  1e-175  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.503255  normal  0.463212 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2440  type III restriction protein res subunit  52.59 
 
 		 591 aa  612  9.999999999999999e-175  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2354  type III restriction protein res subunit  51.29 
 
 		 586 aa  613  9.999999999999999e-175  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2780  type III restriction enzyme, res subunit  52.35 
 
 		 586 aa  614  9.999999999999999e-175  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0188494  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2959  type III restriction enzyme, res subunit  51.13 
 
 		 585 aa  600  1e-170  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02656  hypothetical protein  51.72 
 
 		 583 aa  590  1e-167  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2537  type III restriction protein res subunit  49.74 
 
 		 586 aa  589  1e-167  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003782  helicase-related protein  51.29 
 
 		 583 aa  590  1e-167  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000188444  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3456  type III restriction enzyme, res subunit  48.81 
 
 		 597 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0844  type III restriction enzyme, res subunit  48.66 
 
 		 613 aa  571  1e-161  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1242  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  49.39 
 
 		 657 aa  561  1e-158  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000376746  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2082  putative helicase (DEAD/DEAH box helicase)  49.04 
 
 		 574 aa  560  1e-158  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1295  type III restriction enzyme, res subunit  46.85 
 
 		 584 aa  546  1e-154  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2792  type III restriction protein res subunit  34.92 
 
 		 678 aa  257  4e-67  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0653946  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3048  helicase domain protein  35.25 
 
 		 545 aa  212  2e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0891205  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2939  helicase domain protein  35.75 
 
 		 545 aa  211  2e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2821  helicase domain-containing protein  35.5 
 
 		 545 aa  212  2e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127614  normal  0.294322 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2917  type III restriction enzyme, res subunit  34.65 
 
 		 538 aa  212  2e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.633235  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3418  helicase domain-containing protein  32.83 
 
 		 550 aa  206  1e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.326076 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1537  helicase domain-containing protein  34.57 
 
 		 569 aa  205  2e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.453838  normal  0.138046 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0069  Type III restriction enzyme, res subunit  32.73 
 
 		 629 aa  148  3e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3307  type III restriction protein res subunit  30.87 
 
 		 536 aa  139  2e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3020  type III restriction protein res subunit  31.02 
 
 		 581 aa  137  4e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0480  type III restriction protein res subunit  30.26 
 
 		 606 aa  136  9.999999999999999e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000916808  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1080  type III restriction protein res subunit  30.37 
 
 		 607 aa  134  3.9999999999999996e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000886806  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1235  type III restriction enzyme, res subunit  28.96 
 
 		 560 aa  134  3.9999999999999996e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.159231 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2606  type III restriction enzyme, res subunit  28.36 
 
 		 560 aa  132  2.0000000000000002e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2770  type III restriction enzyme, res subunit  27.83 
 
 		 560 aa  130  8.000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.547342  normal  0.44654 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2475  type III restriction protein res subunit  28 
 
 		 475 aa  129  2.0000000000000002e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0815969  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1300  type III restriction enzyme, res subunit  28.86 
 
 		 560 aa  129  2.0000000000000002e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.49268  normal  0.27314 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2845  type III restriction enzyme, res subunit  29.1 
 
 		 560 aa  127  6e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651077 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2074  type III restriction enzyme, res subunit  28.5 
 
 		 560 aa  126  1e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.432643  normal  0.155491 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2653  type III restriction enzyme, res subunit  29.26 
 
 		 398 aa  125  3e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.154004  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1350  type III restriction protein res subunit  28.69 
 
 		 967 aa  120  9e-26  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.810752  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0725  DEAD/DEAH box helicase-like  26.79 
 
 		 469 aa  120  9.999999999999999e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1406  type III restriction protein res subunit  29.14 
 
 		 848 aa  115  1.0000000000000001e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06707  DEAD/DEAH box helicase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G05530)  24.93 
 
 		 643 aa  115  2.0000000000000002e-24  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0759  type III restriction protein res subunit  28.33 
 
 		 812 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.535387  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1438  type III restriction enzyme, res subunit  28.41 
 
 		 1077 aa  109  1e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.977948  hitchhiker  0.0058487 
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3640  type III restriction protein res subunit  26.47 
 
 		 524 aa  109  2e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_88383  ATP-dependent DNA helicase  27.88 
 
 		 385 aa  108  3e-22  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010507  Mrad2831_6521  type III restriction protein res subunit  27.08 
 
 		 462 aa  108  4e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2695  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  27.44 
 
 		 504 aa  107  5e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.089972  hitchhiker  0.000356695 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2616  type III restriction enzyme, res subunit  25.55 
 
 		 459 aa  107  5e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0606315  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH02470  DEAD box family helicase, putative  26.52 
 
 		 706 aa  107  8e-22  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.384709  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1707  type III restriction protein res subunit  28.57 
 
 		 1287 aa  107  8e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.730362  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2280  type III restriction enzyme, res subunit  29.16 
 
 		 558 aa  105  2e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0977  type III restriction enzyme, res subunit  29.24 
 
 		 1063 aa  105  3e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11338  hypothetical protein  27.01 
 
 		 503 aa  104  4e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0307  Type III restriction enzyme, res subunit  27.96 
 
 		 539 aa  104  6e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0435132  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2034  type III restriction protein res subunit  25.9 
 
 		 813 aa  103  7e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2205  type III restriction protein res subunit  26.9 
 
 		 993 aa  103  8e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2941  type III restriction protein res subunit  26.91 
 
 		 815 aa  101  3e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2849  type III restriction enzyme, res subunit  26.77 
 
 		 512 aa  102  3e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4439  type III restriction protein res subunit  29.41 
 
 		 510 aa  101  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.226232  normal  0.536892 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0360  type III restriction protein res subunit  29.78 
 
 		 1055 aa  100  6e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0362  type III restriction enzyme, res subunit  29.78 
 
 		 1055 aa  100  7e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0992  type III restriction protein res subunit  27.02 
 
 		 938 aa  100  7e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.942343 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0370  type III restriction protein res subunit  29.78 
 
 		 1055 aa  99  2e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0484136  hitchhiker  0.000113274 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1089  type III restriction protein res subunit  28.65 
 
 		 1051 aa  99  2e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1623  helicase domain-containing protein  26.78 
 
 		 502 aa  98.6  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3028  hypothetical protein  26.73 
 
 		 796 aa  98.2  4e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.194288  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2499  DEAD/DEAH box helicase-like  26.89 
 
 		 793 aa  97.8  4e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0539678  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1258  type III restriction protein res subunit  29.16 
 
 		 787 aa  97.1  7e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.377183  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0822  DEAD/DEAH box helicase-like  27.35 
 
 		 1065 aa  95.9  2e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.317818  normal  0.201991 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0810  DEAD/DEAH box helicase-like  26.16 
 
 		 797 aa  95.5  2e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.135985  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>