More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_2280 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_1412  type III restriction protein res subunit  69.84 
 
 		 556 aa  794    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00105152  normal  0.0540272 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2280  type III restriction enzyme, res subunit  100 
 
 		 558 aa  1129    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0759  type III restriction protein res subunit  32.18 
 
 		 812 aa  163  1e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.535387  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0370  type III restriction protein res subunit  32.6 
 
 		 1055 aa  154  4e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0484136  hitchhiker  0.000113274 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3374  putative helicase  29.29 
 
 		 1017 aa  154  5e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.175998  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4503  type III restriction enzyme, res subunit  30.46 
 
 		 1052 aa  153  8e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000814753 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1350  type III restriction protein res subunit  30.21 
 
 		 967 aa  152  2e-35  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.810752  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3842  type III restriction enzyme, res subunit  31.23 
 
 		 1061 aa  150  8e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0360  type III restriction protein res subunit  31.88 
 
 		 1055 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0449  type III restriction enzyme, res subunit  30.88 
 
 		 1062 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.457161  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0362  type III restriction enzyme, res subunit  31.88 
 
 		 1055 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1910  type III restriction enzyme, res subunit  32.69 
 
 		 1043 aa  148  3e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0301  type III restriction enzyme, res subunit  30.51 
 
 		 1051 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.177385  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0368  helicase  31.4 
 
 		 982 aa  146  8.000000000000001e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3738  type III restriction protein res subunit  32.54 
 
 		 1035 aa  146  8.000000000000001e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2034  type III restriction protein res subunit  29.64 
 
 		 813 aa  145  3e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0977  type III restriction enzyme, res subunit  31.01 
 
 		 1063 aa  142  1.9999999999999998e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3182  type III restriction protein res subunit  33.43 
 
 		 1029 aa  140  7e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2941  type III restriction protein res subunit  28.33 
 
 		 815 aa  139  1e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl314  DNA repair DNA/RNA helicase  28.87 
 
 		 905 aa  139  2e-31  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  4.84028e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17070  DNA/RNA helicase, superfamily II  31.34 
 
 		 1031 aa  137  6.0000000000000005e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1406  type III restriction protein res subunit  28.45 
 
 		 848 aa  136  9.999999999999999e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1438  type III restriction enzyme, res subunit  30.34 
 
 		 1077 aa  135  1.9999999999999998e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.977948  hitchhiker  0.0058487 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1089  type III restriction protein res subunit  30.58 
 
 		 1051 aa  134  3.9999999999999996e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3993  type III restriction protein res subunit  30.73 
 
 		 1348 aa  132  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0822  DEAD/DEAH box helicase-like  30.13 
 
 		 1065 aa  129  9.000000000000001e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.317818  normal  0.201991 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3984  type III restriction protein res subunit  31.74 
 
 		 1418 aa  129  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3869  type III restriction enzyme, res subunit  29.15 
 
 		 1033 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4011  type III restriction protein res subunit  29.4 
 
 		 1033 aa  129  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3809  type III restriction enzyme, res subunit  30.02 
 
 		 1033 aa  129  2.0000000000000002e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2205  type III restriction protein res subunit  30.36 
 
 		 993 aa  128  3e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2492  type III restriction protein res subunit  30.3 
 
 		 1066 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.964  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1359  helicase, putative  28.67 
 
 		 1041 aa  126  1e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0909  type III restriction protein res subunit  31.46 
 
 		 1042 aa  124  4e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.252212  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0357  type III restriction protein res subunit  27.21 
 
 		 1053 aa  124  5e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0992  type III restriction protein res subunit  30.73 
 
 		 938 aa  124  6e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.942343 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1001  superfamily II DNA/RNA helicase  29.54 
 
 		 773 aa  124  6e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3192  type III restriction enzyme, res subunit  31.65 
 
 		 928 aa  124  7e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245022  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3307  type III restriction protein res subunit  28.73 
 
 		 536 aa  122  9.999999999999999e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2475  type III restriction protein res subunit  30.51 
 
 		 475 aa  122  1.9999999999999998e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0815969  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4288  type III restriction protein res subunit  30.63 
 
 		 1058 aa  122  1.9999999999999998e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3530  transposase, IS4 family protein  31.25 
 
 		 956 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.793252  normal  1 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3020  type III restriction protein res subunit  29.15 
 
 		 581 aa  122  1.9999999999999998e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0725  DEAD/DEAH box helicase-like  28.85 
 
 		 469 aa  121  3e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8756  type III restriction enzyme, res subunit  28.05 
 
 		 1028 aa  121  3.9999999999999996e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.999301  normal  1 
 
 
-
 
NC_010507  Mrad2831_6521  type III restriction protein res subunit  31.14 
 
 		 462 aa  120  7e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1707  type III restriction protein res subunit  31.78 
 
 		 1287 aa  117  5e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.730362  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3253  type III restriction protein res subunit  30.59 
 
 		 585 aa  117  6e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.503255  normal  0.463212 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2537  type III restriction protein res subunit  29.6 
 
 		 586 aa  117  6e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3418  helicase domain-containing protein  29.62 
 
 		 550 aa  116  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.326076 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0337  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  28.5 
 
 		 979 aa  115  2.0000000000000002e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1309  EcoEI R domain-containing protein  28.07 
 
 		 824 aa  114  6e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0821  type III restriction protein res subunit  26.46 
 
 		 1042 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0473136 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1920  type III restriction enzyme, res subunit  27.17 
 
 		 946 aa  112  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2917  type III restriction enzyme, res subunit  27.47 
 
 		 538 aa  111  3e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.633235  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2780  type III restriction enzyme, res subunit  29.41 
 
 		 586 aa  111  4.0000000000000004e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0188494  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1489  putative helicase  29.22 
 
 		 585 aa  110  6e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.931099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2794  type III restriction protein res subunit  29.22 
 
 		 585 aa  110  6e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.183482  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0824  EcoEI R domain-containing protein  28.95 
 
 		 783 aa  110  6e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2719  putative helicase  29.22 
 
 		 585 aa  110  6e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00330465  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1637  type III restriction protein res subunit  29.14 
 
 		 586 aa  110  8.000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.726226  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0174  type III restriction protein, res subunit  28.27 
 
 		 949 aa  110  9.000000000000001e-23  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.927728  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0774  putative helicase  29.73 
 
 		 586 aa  110  9.000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0469791  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0035  superfamily II DNA/RNA helicase  28.11 
 
 		 949 aa  110  9.000000000000001e-23  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0259774  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11440  DNA/RNA helicase, superfamily II  26.19 
 
 		 974 aa  110  9.000000000000001e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000321567  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02114  predicted ATP-dependet helicase  29.73 
 
 		 586 aa  109  1e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0523071  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1473  type III restriction protein res subunit  29.73 
 
 		 586 aa  109  1e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000087246  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1463  type III restriction protein res subunit  29.73 
 
 		 586 aa  109  1e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000557084  normal  0.860353 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3028  hypothetical protein  29.07 
 
 		 796 aa  109  1e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.194288  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2482  putative helicase  29.73 
 
 		 586 aa  109  1e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00182337  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2499  DEAD/DEAH box helicase-like  28.8 
 
 		 793 aa  108  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0539678  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3322  putative helicase  29.73 
 
 		 586 aa  108  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0433993  normal  0.803545 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1908  type III restriction protein res subunit  28.61 
 
 		 586 aa  108  2e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2322  putative helicase  29.73 
 
 		 586 aa  108  2e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0410169  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06707  DEAD/DEAH box helicase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G05530)  26.72 
 
 		 643 aa  108  3e-22  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2354  type III restriction protein res subunit  29.46 
 
 		 586 aa  108  3e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1408  helicase, putative  27.94 
 
 		 987 aa  108  3e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4882  type I restriction enzyme EcoEI R protein  29.21 
 
 		 809 aa  108  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0503  EcoEI R domain-containing protein  28.57 
 
 		 824 aa  108  4e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000156579  normal  0.0688429 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2333  putative helicase  29.73 
 
 		 586 aa  108  4e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00564696  normal  0.0326725 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2523  type III restriction enzyme, res subunit  28.96 
 
 		 967 aa  107  4e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0698946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2618  EcoEI R domain-containing protein  28.1 
 
 		 817 aa  108  4e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0707543 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2939  helicase domain protein  29.19 
 
 		 545 aa  107  5e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0352  EcoEI R domain-containing protein  28.93 
 
 		 791 aa  107  6e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3048  helicase domain protein  29.59 
 
 		 545 aa  107  6e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0891205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2559  type III restriction protein res subunit  30.55 
 
 		 580 aa  107  7e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2460  putative helicase  30.05 
 
 		 586 aa  107  7e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000666895 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2463  putative helicase  30.13 
 
 		 586 aa  107  7e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.863309 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1234  type III restriction enzyme, res subunit  28.31 
 
 		 829 aa  107  8e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2574  putative helicase  30.13 
 
 		 586 aa  107  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.452066  hitchhiker  0.00320977 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2417  putative helicase  30.13 
 
 		 586 aa  107  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.011156  normal  0.197081 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1193  EcoEI R domain protein  28.1 
 
 		 827 aa  106  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.325861  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1537  helicase domain-containing protein  28.47 
 
 		 569 aa  106  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.453838  normal  0.138046 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2440  type III restriction protein res subunit  28.99 
 
 		 591 aa  106  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2372  putative helicase  30.13 
 
 		 586 aa  105  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.010081  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0480  type III restriction protein res subunit  29.41 
 
 		 606 aa  105  2e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000916808  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2867  EcoEI R domain-containing protein  28.04 
 
 		 821 aa  105  2e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1283  EcoEI R domain-containing protein  28.34 
 
 		 765 aa  105  2e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1532  type III restriction enzyme, res subunit  29.16 
 
 		 579 aa  105  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.413566  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2959  type III restriction enzyme, res subunit  28.69 
 
 		 585 aa  104  4e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>