More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1234 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4740  type I restriction-modification system, R subunit  58.18 
 
 		 787 aa  998    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00141278 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02070  type I restriction enzyme EcoAI R protein  56.92 
 
 		 793 aa  984    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1283  EcoEI R domain-containing protein  49.76 
 
 		 765 aa  832    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1193  EcoEI R domain protein  53.15 
 
 		 827 aa  883    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.325861  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1255  DEAD/DEAH box helicase  51.82 
 
 		 811 aa  904    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0503  EcoEI R domain-containing protein  86.74 
 
 		 824 aa  1494    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000156579  normal  0.0688429 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3273  hypothetical protein  55.89 
 
 		 776 aa  935    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.246841 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3028  hypothetical protein  57.16 
 
 		 796 aa  973    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.194288  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3535  hypothetical protein  50.36 
 
 		 815 aa  857    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.115476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2499  DEAD/DEAH box helicase-like  56.14 
 
 		 793 aa  954    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0539678  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0824  EcoEI R domain-containing protein  60.25 
 
 		 783 aa  712    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6047  type I restriction-modification system subunit R  58.47 
 
 		 788 aa  1012    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.494965  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2618  EcoEI R domain-containing protein  53.05 
 
 		 817 aa  891    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0707543 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1309  EcoEI R domain-containing protein  53.56 
 
 		 824 aa  892    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1234  type III restriction enzyme, res subunit  100 
 
 		 829 aa  1716    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4614  EcoEI R domain-containing protein  57.44 
 
 		 790 aa  988    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000837819 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2867  EcoEI R domain-containing protein  75.42 
 
 		 821 aa  1291    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3225  EcoEI R domain-containing protein  49.59 
 
 		 815 aa  852    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.376811  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20230  EcoEI R domain protein  52.86 
 
 		 770 aa  834    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.601124  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5861  type III restriction enzyme domain protein  73.07 
 
 		 810 aa  1263    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1134  EcoEI R domain-containing protein  65.12 
 
 		 780 aa  796    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.122502  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4882  type I restriction enzyme EcoEI R protein  69.52 
 
 		 809 aa  1196    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3086  Type I site-specific deoxyribonuclease  53.39 
 
 		 813 aa  877    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.461628  normal  0.442211 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1475  type I restriction-modification system, R subunit  46.33 
 
 		 761 aa  736    Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0352  EcoEI R domain-containing protein  56.43 
 
 		 791 aa  949    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1895  EcoEI R domain-containing protein  77.58 
 
 		 780 aa  1265    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0749811  hitchhiker  0.00699891 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1416  EcoEI R domain protein  54.05 
 
 		 800 aa  892    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1976  EcoEI R domain-containing protein  87.76 
 
 		 825 aa  1493    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.411939  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1018  type III restriction enzyme, res subunit  41.25 
 
 		 769 aa  627  1e-178  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0270  DEAD/DEAH box helicase  41.18 
 
 		 790 aa  597  1e-169  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.113163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0785  EcoEI R domain-containing protein  40.89 
 
 		 791 aa  586  1e-166  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.519017  normal  0.352411 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04062  type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit  41.01 
 
 		 796 aa  587  1e-166  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4457  EcoEI R domain protein  35.27 
 
 		 771 aa  425  1e-117  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2990  EcoEI R domain protein  30.73 
 
 		 875 aa  382  1e-104  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1537  type III restriction protein res subunit  33.5 
 
 		 776 aa  375  1e-102  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1637  Type I site-specific deoxyribonuclease  33.49 
 
 		 804 aa  375  1e-102  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.000133951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5278  type III restriction protein res subunit  29.77 
 
 		 899 aa  361  3e-98  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0731  type III restriction enzyme, res subunit  30.43 
 
 		 899 aa  359  9.999999999999999e-98  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0150  type III restriction enzyme, res subunit  32.4 
 
 		 860 aa  352  1e-95  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0226  type III restriction protein res subunit  30.83 
 
 		 760 aa  351  4e-95  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3568  type III restriction protein res subunit  37.61 
 
 		 802 aa  348  2e-94  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.427174  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0810  DEAD/DEAH box helicase-like  32.03 
 
 		 797 aa  346  1e-93  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.135985  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2656  EcoEI R domain protein  31.93 
 
 		 811 aa  345  2e-93  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1575  type I restriction-modification system, R subunit  36.63 
 
 		 760 aa  342  1e-92  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0344  type I restriction-modification system, R subunit  36.71 
 
 		 770 aa  333  1e-89  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.00000108762  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0616  Type I site-specific deoxyribonuclease  37.24 
 
 		 783 aa  327  6e-88  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2892  type III restriction protein res subunit  36.14 
 
 		 583 aa  321  3.9999999999999996e-86  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1258  type III restriction protein res subunit  34.26 
 
 		 787 aa  269  2e-70  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.377183  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2088  EcoEI R domain protein  29.64 
 
 		 546 aa  210  1e-52  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000340083 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0683  type I restriction-modification system, R subunit  52.69 
 
 		 784 aa  209  2e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0832  EcoEI R domain protein  52.69 
 
 		 784 aa  209  2e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.916446  normal  0.633032 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1672  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28.52 
 
 		 1080 aa  189  3e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2096  type III restriction protein res subunit  27.52 
 
 		 889 aa  167  5.9999999999999996e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1025  type III restriction enzyme, res subunit  29.18 
 
 		 753 aa  167  5.9999999999999996e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4932  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.24 
 
 		 1169 aa  166  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1993  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  26.09 
 
 		 1082 aa  165  3e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000937848  normal  0.215415 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1098  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  29.21 
 
 		 1124 aa  165  3e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2006  hypothetical protein  96.34 
 
 		 82 aa  165  3e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00119735  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2963  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.39 
 
 		 1167 aa  165  3e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1432  type III restriction protein, res subunit  29.8 
 
 		 1108 aa  165  4.0000000000000004e-39  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04216  endonuclease R  32.05 
 
 		 1170 aa  160  6e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0516  type I restriction-modification system R subunit (endonuclease)  30.06 
 
 		 1115 aa  160  8e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1670  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  26.92 
 
 		 1169 aa  160  9e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.225795  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0902  Type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit related helicase  28.32 
 
 		 1113 aa  160  1e-37  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.164801  hitchhiker  0.00000563993 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3004  type III restriction protein res subunit  29.31 
 
 		 1129 aa  159  2e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.385036  normal  0.0400425 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0197  type III restriction protein res subunit  29.24 
 
 		 1125 aa  159  2e-37  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000621753 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3601  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28.77 
 
 		 1137 aa  159  2e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4267  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  29.18 
 
 		 1188 aa  157  9e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3671  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.96 
 
 		 1174 aa  154  5e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1456  type III restriction protein res subunit  28.74 
 
 		 932 aa  154  7e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4243  type III restriction protein res subunit  27.49 
 
 		 933 aa  154  7e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1128  type III restriction enzyme, res subunit  28.94 
 
 		 932 aa  152  2e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0840  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  30.1 
 
 		 1068 aa  149  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.473643  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03609  Type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit and related helicase  28.79 
 
 		 1141 aa  149  2.0000000000000003e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02066  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  26.98 
 
 		 1157 aa  149  2.0000000000000003e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0803  type III restriction enzyme, res subunit  29.12 
 
 		 1137 aa  149  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.874877  normal  0.710753 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3175  type III restriction protein res subunit  29.23 
 
 		 1115 aa  148  4.0000000000000006e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3537  type III restriction enzyme, res subunit  29.19 
 
 		 1130 aa  148  4.0000000000000006e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.244688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1062  type III restriction enzyme, res subunit  28.33 
 
 		 1138 aa  148  5e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2747  type I restriction-modification system, R subunit  27.37 
 
 		 934 aa  146  1e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.504328  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2724  type III restriction protein res subunit  28.49 
 
 		 936 aa  145  2e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0843  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  30.1 
 
 		 1068 aa  145  3e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.76009e-28 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0725  type III restriction protein res subunit  27.18 
 
 		 1005 aa  145  4e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.147192 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2422  type III restriction enzyme, res subunit  28.4 
 
 		 1119 aa  145  4e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.567699  normal  0.274661 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1171  type III restriction enzyme, res subunit  30.48 
 
 		 912 aa  144  5e-33  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.145829  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1523  DEAD/DEAH box helicase-like  25.79 
 
 		 936 aa  144  6e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2877  type III restriction protein res subunit  29.1 
 
 		 1137 aa  140  7e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4712  type III restriction enzyme, res subunit  29.18 
 
 		 1137 aa  140  8.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4808  type III restriction enzyme, res subunit  29.18 
 
 		 1137 aa  140  1e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.564367  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3651  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  26.01 
 
 		 1126 aa  139  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.408969 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1238  hypothetical protein  29.03 
 
 		 1131 aa  138  4e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0896  type III restriction enzyme, res subunit  28.29 
 
 		 845 aa  138  4e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0129  type III restriction protein res subunit  27.55 
 
 		 846 aa  137  7.000000000000001e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.042937  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1034  type III restriction protein res subunit  27.85 
 
 		 1126 aa  137  8e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0485696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3202  type III restriction protein res subunit  28.31 
 
 		 1133 aa  137  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0388  type III restriction protein res subunit  26.87 
 
 		 907 aa  137  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000267171 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0160  type III restriction enzyme, res subunit  28.05 
 
 		 1137 aa  136  1.9999999999999998e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0444998  normal  0.740458 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2026  type III restriction enzyme, res subunit  26.02 
 
 		 1138 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000476841 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4190  type III restriction protein res subunit  27.75 
 
 		 1233 aa  128  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1094  type III restriction enzyme, res subunit  26.1 
 
 		 945 aa  127  8.000000000000001e-28  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.5514  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>