More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_1575 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011206  Lferr_0226  type III restriction protein res subunit  97.76 
 
 		 760 aa  1537    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1575  type I restriction-modification system, R subunit  100 
 
 		 760 aa  1568    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2656  EcoEI R domain protein  66.75 
 
 		 811 aa  1078    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3568  type III restriction protein res subunit  66.62 
 
 		 802 aa  1082    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.427174  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0810  DEAD/DEAH box helicase-like  61.84 
 
 		 797 aa  991    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.135985  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1637  Type I site-specific deoxyribonuclease  62.55 
 
 		 804 aa  1010    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.000133951  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4457  EcoEI R domain protein  45.87 
 
 		 771 aa  677    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0616  Type I site-specific deoxyribonuclease  68.72 
 
 		 783 aa  1100    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0150  type III restriction enzyme, res subunit  58.84 
 
 		 860 aa  675    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1537  type III restriction protein res subunit  67.74 
 
 		 776 aa  1095    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0344  type I restriction-modification system, R subunit  40.33 
 
 		 770 aa  569  1e-161  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.00000108762  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0270  DEAD/DEAH box helicase  38.07 
 
 		 790 aa  482  1e-134  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.113163  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04062  type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit  36.8 
 
 		 796 aa  448  1.0000000000000001e-124  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0785  EcoEI R domain-containing protein  37.69 
 
 		 791 aa  444  1e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.519017  normal  0.352411 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6047  type I restriction-modification system subunit R  35.09 
 
 		 788 aa  419  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.494965  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4740  type I restriction-modification system, R subunit  34.53 
 
 		 787 aa  412  1e-113  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00141278 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20230  EcoEI R domain protein  34.13 
 
 		 770 aa  407  1.0000000000000001e-112  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.601124  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4614  EcoEI R domain-containing protein  33.42 
 
 		 790 aa  397  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000837819 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3028  hypothetical protein  33.17 
 
 		 796 aa  395  1e-108  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.194288  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1475  type I restriction-modification system, R subunit  34.02 
 
 		 761 aa  396  1e-108  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2618  EcoEI R domain-containing protein  34.13 
 
 		 817 aa  394  1e-108  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0707543 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1283  EcoEI R domain-containing protein  34.56 
 
 		 765 aa  390  1e-107  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3086  Type I site-specific deoxyribonuclease  33.74 
 
 		 813 aa  390  1e-107  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.461628  normal  0.442211 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1416  EcoEI R domain protein  33.87 
 
 		 800 aa  389  1e-107  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2499  DEAD/DEAH box helicase-like  33.33 
 
 		 793 aa  391  1e-107  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0539678  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1309  EcoEI R domain-containing protein  33.25 
 
 		 824 aa  391  1e-107  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3225  EcoEI R domain-containing protein  33.37 
 
 		 815 aa  390  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.376811  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1193  EcoEI R domain protein  33.89 
 
 		 827 aa  390  1e-107  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.325861  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3535  hypothetical protein  33.49 
 
 		 815 aa  387  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.115476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1255  DEAD/DEAH box helicase  33.57 
 
 		 811 aa  387  1e-106  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02070  type I restriction enzyme EcoAI R protein  33.54 
 
 		 793 aa  385  1e-105  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0352  EcoEI R domain-containing protein  33.25 
 
 		 791 aa  382  1e-104  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3273  hypothetical protein  32.79 
 
 		 776 aa  377  1e-103  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.246841 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1134  EcoEI R domain-containing protein  33 
 
 		 780 aa  370  1e-101  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.122502  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5861  type III restriction enzyme domain protein  33.01 
 
 		 810 aa  365  2e-99  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0824  EcoEI R domain-containing protein  33 
 
 		 783 aa  363  9e-99  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1976  EcoEI R domain-containing protein  31.24 
 
 		 825 aa  363  9e-99  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.411939  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0683  type I restriction-modification system, R subunit  33.67 
 
 		 784 aa  361  2e-98  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0832  EcoEI R domain protein  33.67 
 
 		 784 aa  361  2e-98  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.916446  normal  0.633032 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0503  EcoEI R domain-containing protein  31.38 
 
 		 824 aa  361  3e-98  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000156579  normal  0.0688429 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2867  EcoEI R domain-containing protein  32.09 
 
 		 821 aa  357  5e-97  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2990  EcoEI R domain protein  36.83 
 
 		 875 aa  357  5e-97  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0731  type III restriction enzyme, res subunit  37.8 
 
 		 899 aa  354  2.9999999999999997e-96  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5278  type III restriction protein res subunit  35.3 
 
 		 899 aa  352  1e-95  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1895  EcoEI R domain-containing protein  31.61 
 
 		 780 aa  351  3e-95  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0749811  hitchhiker  0.00699891 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2892  type III restriction protein res subunit  37.43 
 
 		 583 aa  346  8.999999999999999e-94  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4882  type I restriction enzyme EcoEI R protein  31.58 
 
 		 809 aa  343  5e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1234  type III restriction enzyme, res subunit  36.63 
 
 		 829 aa  342  1e-92  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1018  type III restriction enzyme, res subunit  31.59 
 
 		 769 aa  311  2e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1258  type III restriction protein res subunit  32.86 
 
 		 787 aa  303  7.000000000000001e-81  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.377183  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2790  DEAD/DEAH box helicase-like protein  65.96 
 
 		 140 aa  192  2e-47  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4243  type III restriction protein res subunit  28.04 
 
 		 933 aa  179  3e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1098  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28.94 
 
 		 1124 aa  178  3e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1993  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28.46 
 
 		 1082 aa  177  5e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000937848  normal  0.215415 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3601  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28.75 
 
 		 1137 aa  177  7e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4932  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  29.08 
 
 		 1169 aa  176  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1523  DEAD/DEAH box helicase-like  29.48 
 
 		 936 aa  175  2.9999999999999996e-42  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0197  type III restriction protein res subunit  29.52 
 
 		 1125 aa  174  5e-42  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000621753 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1670  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  29.5 
 
 		 1169 aa  172  1e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.225795  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1456  type III restriction protein res subunit  29.56 
 
 		 932 aa  172  2e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04216  endonuclease R  29.23 
 
 		 1170 aa  170  1e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03609  Type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit and related helicase  29.76 
 
 		 1141 aa  170  1e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0902  Type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit related helicase  30.1 
 
 		 1113 aa  170  1e-40  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.164801  hitchhiker  0.00000563993 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0803  type III restriction enzyme, res subunit  29.95 
 
 		 1137 aa  170  1e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.874877  normal  0.710753 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2724  type III restriction protein res subunit  28.5 
 
 		 936 aa  169  2e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1128  type III restriction enzyme, res subunit  29.66 
 
 		 932 aa  168  4e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1672  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  30.19 
 
 		 1080 aa  167  8e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2422  type III restriction enzyme, res subunit  31.02 
 
 		 1119 aa  166  1.0000000000000001e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.567699  normal  0.274661 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3651  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.36 
 
 		 1126 aa  162  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.408969 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1432  type III restriction protein, res subunit  28.74 
 
 		 1108 aa  160  8e-38  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4712  type III restriction enzyme, res subunit  29.23 
 
 		 1137 aa  160  8e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0725  type III restriction protein res subunit  26.57 
 
 		 1005 aa  160  1e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.147192 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2877  type III restriction protein res subunit  28.14 
 
 		 1137 aa  158  3e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0160  type III restriction enzyme, res subunit  28.79 
 
 		 1137 aa  158  3e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0444998  normal  0.740458 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4808  type III restriction enzyme, res subunit  29.06 
 
 		 1137 aa  156  1e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.564367  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1025  type III restriction enzyme, res subunit  28.65 
 
 		 753 aa  156  2e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1171  type III restriction enzyme, res subunit  28.55 
 
 		 912 aa  155  2.9999999999999998e-36  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.145829  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2096  type III restriction protein res subunit  26.23 
 
 		 889 aa  155  4e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3202  type III restriction protein res subunit  29.01 
 
 		 1133 aa  153  1e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3004  type III restriction protein res subunit  28 
 
 		 1129 aa  151  5e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.385036  normal  0.0400425 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0516  type I restriction-modification system R subunit (endonuclease)  29.12 
 
 		 1115 aa  150  8e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1238  hypothetical protein  29.73 
 
 		 1131 aa  149  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3671  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.39 
 
 		 1174 aa  149  2.0000000000000003e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4267  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  25.85 
 
 		 1188 aa  148  3e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2963  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  26.35 
 
 		 1167 aa  148  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02066  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.75 
 
 		 1157 aa  148  4.0000000000000006e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2747  type I restriction-modification system, R subunit  26.37 
 
 		 934 aa  147  6e-34  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.504328  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0388  type III restriction protein res subunit  27.37 
 
 		 907 aa  147  6e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000267171 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1030  type III restriction enzyme, res subunit  26.99 
 
 		 893 aa  147  6e-34  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0182402  normal  0.455384 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0843  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28.26 
 
 		 1068 aa  147  8.000000000000001e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.76009e-28 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0840  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28.1 
 
 		 1068 aa  146  2e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.473643  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3537  type III restriction enzyme, res subunit  27.27 
 
 		 1130 aa  145  2e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.244688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1094  type III restriction enzyme, res subunit  27.59 
 
 		 945 aa  145  3e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.5514  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2088  EcoEI R domain protein  35.11 
 
 		 546 aa  144  7e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000340083 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1034  type III restriction protein res subunit  28.74 
 
 		 1126 aa  143  9.999999999999999e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0485696  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3175  type III restriction protein res subunit  27.16 
 
 		 1115 aa  140  1e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1062  type III restriction enzyme, res subunit  27.87 
 
 		 1138 aa  140  1e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4190  type III restriction protein res subunit  26.97 
 
 		 1233 aa  138  4e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1438  type III restriction enzyme, res subunit  27.27 
 
 		 1077 aa  134  6.999999999999999e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.977948  hitchhiker  0.0058487 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0129  type III restriction protein res subunit  26.28 
 
 		 846 aa  132  2.0000000000000002e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.042937  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>