More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2877 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011083  SeHA_C4712  type III restriction enzyme, res subunit  96.04 
 
 
1137 aa  2269    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3202  type III restriction protein res subunit  40.96 
 
 
1133 aa  788    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2877  type III restriction protein res subunit  100 
 
 
1137 aa  2355    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0160  type III restriction enzyme, res subunit  49.91 
 
 
1137 aa  1091    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0444998  normal  0.740458 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4808  type III restriction enzyme, res subunit  95.78 
 
 
1137 aa  2267    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.564367  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2026  type III restriction enzyme, res subunit  49.65 
 
 
1138 aa  1050    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000476841 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1034  type III restriction protein res subunit  42.57 
 
 
1126 aa  806    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0485696  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1238  hypothetical protein  50 
 
 
1131 aa  1090    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3004  type III restriction protein res subunit  34.42 
 
 
1129 aa  585  1.0000000000000001e-165  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.385036  normal  0.0400425 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03609  Type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit and related helicase  34.33 
 
 
1141 aa  571  1e-161  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0803  type III restriction enzyme, res subunit  34.28 
 
 
1137 aa  571  1e-161  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.874877  normal  0.710753 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2422  type III restriction enzyme, res subunit  33.22 
 
 
1119 aa  560  1e-158  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.567699  normal  0.274661 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3175  type III restriction protein res subunit  33.48 
 
 
1115 aa  555  1e-156  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3537  type III restriction enzyme, res subunit  33.7 
 
 
1130 aa  549  1e-154  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.244688  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1062  type III restriction enzyme, res subunit  32.8 
 
 
1138 aa  534  1e-150  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4190  type III restriction protein res subunit  31.84 
 
 
1233 aa  522  1e-146  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4243  type III restriction protein res subunit  36.48 
 
 
933 aa  517  1.0000000000000001e-145  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1432  type III restriction protein, res subunit  33.1 
 
 
1108 aa  515  1e-144  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1456  type III restriction protein res subunit  35.83 
 
 
932 aa  504  1e-141  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1523  DEAD/DEAH box helicase-like  35.51 
 
 
936 aa  501  1e-140  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0902  Type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit related helicase  33.33 
 
 
1113 aa  501  1e-140  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.164801  hitchhiker  0.00000563993 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2724  type III restriction protein res subunit  35.95 
 
 
936 aa  499  1e-139  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1128  type III restriction enzyme, res subunit  35.62 
 
 
932 aa  499  1e-139  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0516  type I restriction-modification system R subunit (endonuclease)  31.54 
 
 
1115 aa  473  1e-132  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0197  type III restriction protein res subunit  32.78 
 
 
1125 aa  474  1e-132  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000621753 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0388  type III restriction protein res subunit  33.89 
 
 
907 aa  450  1e-125  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000267171 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1094  type III restriction enzyme, res subunit  32.88 
 
 
945 aa  445  1e-123  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.5514  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3394  putative restriction modification enzyme R subunit protein  33.16 
 
 
954 aa  426  1e-117  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0725  type III restriction protein res subunit  41.85 
 
 
1005 aa  366  2e-99  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.147192 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1171  type III restriction enzyme, res subunit  30.33 
 
 
912 aa  348  3e-94  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.145829  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1025  type III restriction enzyme, res subunit  33.14 
 
 
753 aa  249  3e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1672  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  30.05 
 
 
1080 aa  241  5.999999999999999e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1993  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.49 
 
 
1082 aa  234  1e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000937848  normal  0.215415 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0843  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.88 
 
 
1068 aa  231  6e-59  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.76009e-28 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0840  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28 
 
 
1068 aa  231  7e-59  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.473643  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3651  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28.35 
 
 
1126 aa  224  8e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.408969 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02066  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.1 
 
 
1157 aa  208  5e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2963  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.5 
 
 
1167 aa  202  3e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3601  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.23 
 
 
1137 aa  196  3e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3671  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.14 
 
 
1174 aa  195  5e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1098  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  25.75 
 
 
1124 aa  194  8e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4267  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.13 
 
 
1188 aa  194  1e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0129  type III restriction protein res subunit  30.16 
 
 
846 aa  190  1e-46  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.042937  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4932  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  26.48 
 
 
1169 aa  186  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04216  endonuclease R  25.99 
 
 
1170 aa  182  4e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0896  type III restriction enzyme, res subunit  30.1 
 
 
845 aa  181  5.999999999999999e-44  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1670  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.25 
 
 
1169 aa  179  2e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.225795  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3274  type I site-specific deoxyribonuclease  30.07 
 
 
917 aa  169  2e-40  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.3318 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1258  type III restriction protein res subunit  28.47 
 
 
787 aa  169  4e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.377183  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1030  type III restriction enzyme, res subunit  28.23 
 
 
893 aa  167  1.0000000000000001e-39  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0182402  normal  0.455384 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0853  type III restriction enzyme, res subunit  28.89 
 
 
921 aa  163  2e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.237382  normal  0.0361479 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2892  type III restriction protein res subunit  28.23 
 
 
583 aa  162  5e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0226  type III restriction protein res subunit  28.5 
 
 
760 aa  160  1e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1495  type III restriction enzyme, res subunit  30.14 
 
 
931 aa  159  2e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1537  type III restriction protein res subunit  28.83 
 
 
776 aa  159  3e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1575  type I restriction-modification system, R subunit  28.14 
 
 
760 aa  158  5.0000000000000005e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2747  type I restriction-modification system, R subunit  27.92 
 
 
934 aa  155  4e-36  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.504328  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2408  type III restriction enzyme, res subunit  28.13 
 
 
907 aa  155  4e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2990  EcoEI R domain protein  27.58 
 
 
875 aa  155  5e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5278  type III restriction protein res subunit  26.85 
 
 
899 aa  154  7e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0087  type III restriction enzyme, res subunit  27.97 
 
 
925 aa  154  8.999999999999999e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.517588  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2096  type III restriction protein res subunit  28.44 
 
 
889 aa  152  4e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0810  DEAD/DEAH box helicase-like  29.05 
 
 
797 aa  152  5e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.135985  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1637  Type I site-specific deoxyribonuclease  28.19 
 
 
804 aa  151  6e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.000133951  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3568  type III restriction protein res subunit  28.82 
 
 
802 aa  151  8e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.427174  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2656  EcoEI R domain protein  28.75 
 
 
811 aa  150  1.0000000000000001e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1283  EcoEI R domain-containing protein  27.92 
 
 
765 aa  150  2.0000000000000003e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4457  EcoEI R domain protein  29.55 
 
 
771 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0509  type III restriction enzyme, res subunit  28.43 
 
 
918 aa  148  5e-34  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1205  hypothetical protein  27.96 
 
 
919 aa  145  3e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.326173  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0824  EcoEI R domain-containing protein  30.5 
 
 
783 aa  145  4e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3512  type III restriction protein res subunit  27.62 
 
 
924 aa  145  6e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0616  Type I site-specific deoxyribonuclease  28.5 
 
 
783 aa  145  6e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3779  type III restriction enzyme, res subunit  26.49 
 
 
803 aa  144  9.999999999999999e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3852  type III restriction enzyme, res subunit  26.49 
 
 
803 aa  144  9.999999999999999e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.345387  normal  0.793201 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0344  type I restriction-modification system, R subunit  27.96 
 
 
770 aa  143  1.9999999999999998e-32  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.00000108762  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0731  type III restriction enzyme, res subunit  25.08 
 
 
899 aa  142  4.999999999999999e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0503  EcoEI R domain-containing protein  28.52 
 
 
824 aa  142  4.999999999999999e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000156579  normal  0.0688429 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1976  EcoEI R domain-containing protein  30.54 
 
 
825 aa  141  6e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.411939  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1234  type III restriction enzyme, res subunit  29.1 
 
 
829 aa  140  1e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04062  type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit  28.83 
 
 
796 aa  139  4e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1416  EcoEI R domain protein  30.18 
 
 
800 aa  138  6.0000000000000005e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1895  EcoEI R domain-containing protein  29.09 
 
 
780 aa  137  8e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0749811  hitchhiker  0.00699891 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0785  EcoEI R domain-containing protein  26.95 
 
 
791 aa  137  9.999999999999999e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.519017  normal  0.352411 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1134  EcoEI R domain-containing protein  26.42 
 
 
780 aa  135  3e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.122502  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6047  type I restriction-modification system subunit R  25.66 
 
 
788 aa  134  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.494965  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4740  type I restriction-modification system, R subunit  27.39 
 
 
787 aa  132  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00141278 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2499  DEAD/DEAH box helicase-like  28.52 
 
 
793 aa  132  3e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0539678  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2867  EcoEI R domain-containing protein  28.63 
 
 
821 aa  132  3e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5861  type III restriction enzyme domain protein  26.2 
 
 
810 aa  132  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02070  type I restriction enzyme EcoAI R protein  27.09 
 
 
793 aa  132  5.0000000000000004e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4882  type I restriction enzyme EcoEI R protein  26.3 
 
 
809 aa  131  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20230  EcoEI R domain protein  27.22 
 
 
770 aa  130  1.0000000000000001e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.601124  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4614  EcoEI R domain-containing protein  26.47 
 
 
790 aa  128  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000837819 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0270  DEAD/DEAH box helicase  27.93 
 
 
790 aa  127  2e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.113163  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3273  hypothetical protein  26.73 
 
 
776 aa  127  2e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.246841 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0832  EcoEI R domain protein  29.4 
 
 
784 aa  126  3e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.916446  normal  0.633032 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0683  type I restriction-modification system, R subunit  29.4 
 
 
784 aa  126  3e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3028  hypothetical protein  28.12 
 
 
796 aa  123  1.9999999999999998e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.194288  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3225  EcoEI R domain-containing protein  25.6 
 
 
815 aa  119  3e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.376811  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>