More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_1134 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_0785  EcoEI R domain-containing protein  45.56 
 
 		 791 aa  644    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.519017  normal  0.352411 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0503  EcoEI R domain-containing protein  58.46 
 
 		 824 aa  983    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000156579  normal  0.0688429 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1309  EcoEI R domain-containing protein  59.61 
 
 		 824 aa  971    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4740  type I restriction-modification system, R subunit  73.32 
 
 		 787 aa  1209    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00141278 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1193  EcoEI R domain protein  60.51 
 
 		 827 aa  985    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.325861  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20230  EcoEI R domain protein  59 
 
 		 770 aa  915    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.601124  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6047  type I restriction-modification system subunit R  74.59 
 
 		 788 aa  1230    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.494965  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1255  DEAD/DEAH box helicase  61.26 
 
 		 811 aa  1025    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171092  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2618  EcoEI R domain-containing protein  61.36 
 
 		 817 aa  995    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0707543 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3273  hypothetical protein  63.93 
 
 		 776 aa  1037    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.246841 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3028  hypothetical protein  68.47 
 
 		 796 aa  1107    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.194288  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2499  DEAD/DEAH box helicase-like  67.97 
 
 		 793 aa  1097    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0539678  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1234  type III restriction enzyme, res subunit  57.42 
 
 		 829 aa  967    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3086  Type I site-specific deoxyribonuclease  56.67 
 
 		 813 aa  939    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.461628  normal  0.442211 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0683  type I restriction-modification system, R subunit  61.97 
 
 		 784 aa  958    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1018  type III restriction enzyme, res subunit  46.44 
 
 		 769 aa  717    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4614  EcoEI R domain-containing protein  73.83 
 
 		 790 aa  1210    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000837819 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1976  EcoEI R domain-containing protein  59.14 
 
 		 825 aa  991    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.411939  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5861  type III restriction enzyme domain protein  61.31 
 
 		 810 aa  1019    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3535  hypothetical protein  58.87 
 
 		 815 aa  978    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.115476  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2867  EcoEI R domain-containing protein  60.15 
 
 		 821 aa  989    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0832  EcoEI R domain protein  61.97 
 
 		 784 aa  958    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.916446  normal  0.633032 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02070  type I restriction enzyme EcoAI R protein  71.74 
 
 		 793 aa  1167    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3225  EcoEI R domain-containing protein  58.74 
 
 		 815 aa  977    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.376811  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1416  EcoEI R domain protein  62.14 
 
 		 800 aa  1024    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4882  type I restriction enzyme EcoEI R protein  59.43 
 
 		 809 aa  983    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1134  EcoEI R domain-containing protein  100 
 
 		 780 aa  1613    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.122502  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1475  type I restriction-modification system, R subunit  51.15 
 
 		 761 aa  773    Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0352  EcoEI R domain-containing protein  67.97 
 
 		 791 aa  1097    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0824  EcoEI R domain-containing protein  59.95 
 
 		 783 aa  946    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1283  EcoEI R domain-containing protein  58 
 
 		 765 aa  940    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1895  EcoEI R domain-containing protein  58.94 
 
 		 780 aa  949    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0749811  hitchhiker  0.00699891 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0270  DEAD/DEAH box helicase  43.55 
 
 		 790 aa  629  1e-179  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.113163  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04062  type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit  43.88 
 
 		 796 aa  615  1e-175  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4457  EcoEI R domain protein  37.52 
 
 		 771 aa  479  1e-134  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1637  Type I site-specific deoxyribonuclease  35.44 
 
 		 804 aa  408  1.0000000000000001e-112  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.000133951  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1575  type I restriction-modification system, R subunit  33.25 
 
 		 760 aa  397  1e-109  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0344  type I restriction-modification system, R subunit  34.03 
 
 		 770 aa  393  1e-108  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.00000108762  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0226  type III restriction protein res subunit  33.13 
 
 		 760 aa  393  1e-108  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1537  type III restriction protein res subunit  34.39 
 
 		 776 aa  390  1e-107  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3568  type III restriction protein res subunit  33.62 
 
 		 802 aa  384  1e-105  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.427174  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0810  DEAD/DEAH box helicase-like  33.21 
 
 		 797 aa  367  1e-100  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.135985  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0616  Type I site-specific deoxyribonuclease  33.29 
 
 		 783 aa  362  2e-98  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2656  EcoEI R domain protein  32.78 
 
 		 811 aa  357  3.9999999999999996e-97  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0150  type III restriction enzyme, res subunit  31.49 
 
 		 860 aa  354  2.9999999999999997e-96  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5278  type III restriction protein res subunit  34.24 
 
 		 899 aa  335  1e-90  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2990  EcoEI R domain protein  36.16 
 
 		 875 aa  332  1e-89  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0731  type III restriction enzyme, res subunit  34.91 
 
 		 899 aa  332  1e-89  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2892  type III restriction protein res subunit  34.61 
 
 		 583 aa  311  2e-83  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1258  type III restriction protein res subunit  30 
 
 		 787 aa  289  2e-76  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.377183  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1025  type III restriction enzyme, res subunit  29.69 
 
 		 753 aa  188  4e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0516  type I restriction-modification system R subunit (endonuclease)  31.61 
 
 		 1115 aa  186  2.0000000000000003e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1171  type III restriction enzyme, res subunit  29.32 
 
 		 912 aa  179  1e-43  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.145829  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2096  type III restriction protein res subunit  29.19 
 
 		 889 aa  174  3.9999999999999995e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1456  type III restriction protein res subunit  28.77 
 
 		 932 aa  171  3e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1128  type III restriction enzyme, res subunit  28.08 
 
 		 932 aa  171  3e-41  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4243  type III restriction protein res subunit  27.08 
 
 		 933 aa  171  5e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4267  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28.74 
 
 		 1188 aa  170  8e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04216  endonuclease R  28.53 
 
 		 1170 aa  170  1e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1432  type III restriction protein, res subunit  30.4 
 
 		 1108 aa  170  1e-40  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0803  type III restriction enzyme, res subunit  28.81 
 
 		 1137 aa  170  1e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.874877  normal  0.710753 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0725  type III restriction protein res subunit  29.69 
 
 		 1005 aa  169  1e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.147192 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1993  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28.93 
 
 		 1082 aa  169  2e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000937848  normal  0.215415 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3537  type III restriction enzyme, res subunit  30.09 
 
 		 1130 aa  169  2e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.244688  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3004  type III restriction protein res subunit  28.79 
 
 		 1129 aa  168  4e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.385036  normal  0.0400425 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0902  Type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit related helicase  29.85 
 
 		 1113 aa  167  5.9999999999999996e-40  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.164801  hitchhiker  0.00000563993 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2724  type III restriction protein res subunit  28.57 
 
 		 936 aa  165  2.0000000000000002e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1030  type III restriction enzyme, res subunit  27.08 
 
 		 893 aa  165  2.0000000000000002e-39  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0182402  normal  0.455384 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1670  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28.27 
 
 		 1169 aa  165  3e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.225795  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3601  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  29.69 
 
 		 1137 aa  164  4.0000000000000004e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2963  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28.55 
 
 		 1167 aa  164  8.000000000000001e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4932  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.84 
 
 		 1169 aa  164  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0197  type III restriction protein res subunit  28.99 
 
 		 1125 aa  162  2e-38  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000621753 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3671  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28.21 
 
 		 1174 aa  162  2e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1094  type III restriction enzyme, res subunit  28.79 
 
 		 945 aa  158  3e-37  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.5514  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2422  type III restriction enzyme, res subunit  28.37 
 
 		 1119 aa  157  5.0000000000000005e-37  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.567699  normal  0.274661 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3175  type III restriction protein res subunit  29.29 
 
 		 1115 aa  157  6e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1523  DEAD/DEAH box helicase-like  26.56 
 
 		 936 aa  157  6e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02066  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  29.37 
 
 		 1157 aa  157  6e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1672  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  26.35 
 
 		 1080 aa  155  2.9999999999999998e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1062  type III restriction enzyme, res subunit  29.49 
 
 		 1138 aa  152  2e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1238  hypothetical protein  29.7 
 
 		 1131 aa  152  3e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3274  type I site-specific deoxyribonuclease  29.16 
 
 		 917 aa  151  4e-35  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.3318 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3202  type III restriction protein res subunit  28.3 
 
 		 1133 aa  149  1.0000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0840  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.91 
 
 		 1068 aa  149  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.473643  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03609  Type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit and related helicase  28.7 
 
 		 1141 aa  148  3e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1495  type III restriction enzyme, res subunit  28.98 
 
 		 931 aa  148  5e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0843  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28.19 
 
 		 1068 aa  147  6e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.76009e-28 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0388  type III restriction protein res subunit  28.16 
 
 		 907 aa  147  1e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000267171 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2747  type I restriction-modification system, R subunit  27.84 
 
 		 934 aa  146  2e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.504328  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3779  type III restriction enzyme, res subunit  27.54 
 
 		 803 aa  145  2e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3852  type III restriction enzyme, res subunit  27.54 
 
 		 803 aa  145  2e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.345387  normal  0.793201 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1034  type III restriction protein res subunit  27.03 
 
 		 1126 aa  144  5e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0485696  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4190  type III restriction protein res subunit  27.5 
 
 		 1233 aa  143  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1098  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  26.37 
 
 		 1124 aa  141  6e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2026  type III restriction enzyme, res subunit  27.02 
 
 		 1138 aa  140  7e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000476841 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0160  type III restriction enzyme, res subunit  26.32 
 
 		 1137 aa  140  7.999999999999999e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0444998  normal  0.740458 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4808  type III restriction enzyme, res subunit  26.88 
 
 		 1137 aa  139  2e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.564367  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2408  type III restriction enzyme, res subunit  27.33 
 
 		 907 aa  138  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4712  type III restriction enzyme, res subunit  27.6 
 
 		 1137 aa  137  7.000000000000001e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>