281 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3537 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc3394  putative restriction modification enzyme R subunit protein  45.1 
 
 		 954 aa  772    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1432  type III restriction protein, res subunit  38.11 
 
 		 1108 aa  707    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1062  type III restriction enzyme, res subunit  53.69 
 
 		 1138 aa  1258    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3175  type III restriction protein res subunit  55.5 
 
 		 1115 aa  1269    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3537  type III restriction enzyme, res subunit  100 
 
 		 1130 aa  2317    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.244688  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4190  type III restriction protein res subunit  43.23 
 
 		 1233 aa  890    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2422  type III restriction enzyme, res subunit  44.85 
 
 		 1119 aa  975    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.567699  normal  0.274661 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0516  type I restriction-modification system R subunit (endonuclease)  39.91 
 
 		 1115 aa  772    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0902  Type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit related helicase  38.58 
 
 		 1113 aa  703    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.164801  hitchhiker  0.00000563993 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3004  type III restriction protein res subunit  54.62 
 
 		 1129 aa  1259    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.385036  normal  0.0400425 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03609  Type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit and related helicase  42.02 
 
 		 1141 aa  854    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0803  type III restriction enzyme, res subunit  49.13 
 
 		 1137 aa  1070    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.874877  normal  0.710753 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0197  type III restriction protein res subunit  38.18 
 
 		 1125 aa  682    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000621753 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0160  type III restriction enzyme, res subunit  35.42 
 
 		 1137 aa  575  1.0000000000000001e-162  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0444998  normal  0.740458 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1238  hypothetical protein  34.73 
 
 		 1131 aa  560  1e-158  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2877  type III restriction protein res subunit  33.36 
 
 		 1137 aa  561  1e-158  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4808  type III restriction enzyme, res subunit  33.82 
 
 		 1137 aa  560  1e-158  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.564367  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4712  type III restriction enzyme, res subunit  33.25 
 
 		 1137 aa  553  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3202  type III restriction protein res subunit  33.97 
 
 		 1133 aa  550  1e-155  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2026  type III restriction enzyme, res subunit  33.65 
 
 		 1138 aa  544  1e-153  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000476841 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1034  type III restriction protein res subunit  33.33 
 
 		 1126 aa  510  1e-143  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0485696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1523  DEAD/DEAH box helicase-like  34.59 
 
 		 936 aa  456  1.0000000000000001e-126  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1456  type III restriction protein res subunit  34.35 
 
 		 932 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1128  type III restriction enzyme, res subunit  34.46 
 
 		 932 aa  455  1.0000000000000001e-126  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2724  type III restriction protein res subunit  33.26 
 
 		 936 aa  424  1e-117  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4243  type III restriction protein res subunit  33.54 
 
 		 933 aa  426  1e-117  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0388  type III restriction protein res subunit  33.26 
 
 		 907 aa  416  1e-114  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000267171 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1094  type III restriction enzyme, res subunit  32.91 
 
 		 945 aa  401  9.999999999999999e-111  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.5514  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0725  type III restriction protein res subunit  38.45 
 
 		 1005 aa  359  1.9999999999999998e-97  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.147192 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1171  type III restriction enzyme, res subunit  29.52 
 
 		 912 aa  316  9.999999999999999e-85  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.145829  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1025  type III restriction enzyme, res subunit  33.16 
 
 		 753 aa  243  2e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1993  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28.44 
 
 		 1082 aa  218  5e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000937848  normal  0.215415 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1672  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  29.85 
 
 		 1080 aa  213  2e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3601  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  31.64 
 
 		 1137 aa  199  3e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3651  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28.84 
 
 		 1126 aa  196  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.408969 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0129  type III restriction protein res subunit  28.19 
 
 		 846 aa  186  3e-45  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.042937  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3671  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.35 
 
 		 1174 aa  184  1e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02066  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  26.97 
 
 		 1157 aa  183  1e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5278  type III restriction protein res subunit  28.88 
 
 		 899 aa  182  2.9999999999999997e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0896  type III restriction enzyme, res subunit  28.14 
 
 		 845 aa  182  2.9999999999999997e-44  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1670  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  26.71 
 
 		 1169 aa  177  8e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.225795  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2963  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28.77 
 
 		 1167 aa  173  1e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4267  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.12 
 
 		 1188 aa  173  2e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1098  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  30.38 
 
 		 1124 aa  172  2e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6047  type I restriction-modification system subunit R  30.23 
 
 		 788 aa  172  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.494965  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04216  endonuclease R  25.63 
 
 		 1170 aa  172  3e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4614  EcoEI R domain-containing protein  30.44 
 
 		 790 aa  172  3e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000837819 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1475  type I restriction-modification system, R subunit  30.33 
 
 		 761 aa  172  4e-41  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1134  EcoEI R domain-containing protein  30.09 
 
 		 780 aa  170  1e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.122502  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0840  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  26.71 
 
 		 1068 aa  169  2e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.473643  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0731  type III restriction enzyme, res subunit  27.22 
 
 		 899 aa  170  2e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1283  EcoEI R domain-containing protein  30.13 
 
 		 765 aa  168  5e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1258  type III restriction protein res subunit  28.48 
 
 		 787 aa  167  1.0000000000000001e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.377183  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2618  EcoEI R domain-containing protein  30.69 
 
 		 817 aa  167  1.0000000000000001e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0707543 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02070  type I restriction enzyme EcoAI R protein  29.49 
 
 		 793 aa  167  2.0000000000000002e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3086  Type I site-specific deoxyribonuclease  29.89 
 
 		 813 aa  166  2.0000000000000002e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.461628  normal  0.442211 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1193  EcoEI R domain protein  30.35 
 
 		 827 aa  165  6e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.325861  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0824  EcoEI R domain-containing protein  30.68 
 
 		 783 aa  164  8.000000000000001e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0843  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  25.81 
 
 		 1068 aa  164  1e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.76009e-28 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3273  hypothetical protein  30.02 
 
 		 776 aa  164  1e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.246841 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04062  type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit  29.54 
 
 		 796 aa  163  1e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1416  EcoEI R domain protein  30.39 
 
 		 800 aa  163  2e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3274  type I site-specific deoxyribonuclease  28.49 
 
 		 917 aa  162  3e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.3318 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0853  type III restriction enzyme, res subunit  28.64 
 
 		 921 aa  162  3e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.237382  normal  0.0361479 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4932  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  26.71 
 
 		 1169 aa  162  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4740  type I restriction-modification system, R subunit  29.51 
 
 		 787 aa  162  5e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00141278 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2990  EcoEI R domain protein  27.8 
 
 		 875 aa  162  5e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3028  hypothetical protein  28.3 
 
 		 796 aa  160  1e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.194288  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0352  EcoEI R domain-containing protein  27.7 
 
 		 791 aa  160  1e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2499  DEAD/DEAH box helicase-like  28.92 
 
 		 793 aa  159  2e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0539678  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1205  hypothetical protein  29.61 
 
 		 919 aa  159  3e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.326173  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1309  EcoEI R domain-containing protein  29.12 
 
 		 824 aa  159  3e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1537  type III restriction protein res subunit  30.31 
 
 		 776 aa  159  3e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2892  type III restriction protein res subunit  28.14 
 
 		 583 aa  158  6e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4457  EcoEI R domain protein  29.72 
 
 		 771 aa  155  4e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20230  EcoEI R domain protein  28.05 
 
 		 770 aa  155  4e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.601124  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1495  type III restriction enzyme, res subunit  28.33 
 
 		 931 aa  155  5e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1895  EcoEI R domain-containing protein  29.96 
 
 		 780 aa  154  1e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0749811  hitchhiker  0.00699891 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0832  EcoEI R domain protein  28.64 
 
 		 784 aa  153  2e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.916446  normal  0.633032 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0683  type I restriction-modification system, R subunit  28.64 
 
 		 784 aa  153  2e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0270  DEAD/DEAH box helicase  29.21 
 
 		 790 aa  152  3e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.113163  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0503  EcoEI R domain-containing protein  28.97 
 
 		 824 aa  150  9e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000156579  normal  0.0688429 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1976  EcoEI R domain-containing protein  29.35 
 
 		 825 aa  150  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.411939  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0616  Type I site-specific deoxyribonuclease  29.64 
 
 		 783 aa  149  3e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1255  DEAD/DEAH box helicase  30.77 
 
 		 811 aa  148  4.0000000000000006e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0785  EcoEI R domain-containing protein  28.71 
 
 		 791 aa  149  4.0000000000000006e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.519017  normal  0.352411 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0087  type III restriction enzyme, res subunit  28.16 
 
 		 925 aa  148  4.0000000000000006e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.517588  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1234  type III restriction enzyme, res subunit  29.19 
 
 		 829 aa  148  7.0000000000000006e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2867  EcoEI R domain-containing protein  28.47 
 
 		 821 aa  148  7.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0509  type III restriction enzyme, res subunit  27.83 
 
 		 918 aa  146  2e-33  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5861  type III restriction enzyme domain protein  29.2 
 
 		 810 aa  146  2e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1575  type I restriction-modification system, R subunit  27.27 
 
 		 760 aa  145  3e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3512  type III restriction protein res subunit  27.53 
 
 		 924 aa  145  6e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0226  type III restriction protein res subunit  27.27 
 
 		 760 aa  144  9e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2408  type III restriction enzyme, res subunit  27.56 
 
 		 907 aa  143  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4882  type I restriction enzyme EcoEI R protein  29.11 
 
 		 809 aa  143  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2656  EcoEI R domain protein  28.46 
 
 		 811 aa  141  6e-32  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1637  Type I site-specific deoxyribonuclease  28.93 
 
 		 804 aa  141  7e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.000133951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0810  DEAD/DEAH box helicase-like  28.93 
 
 		 797 aa  140  1e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.135985  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3779  type III restriction enzyme, res subunit  26.93 
 
 		 803 aa  138  7.000000000000001e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>