More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LGAS_0902 on replicon NC_008530
Organism: Lactobacillus gasseri ATCC 33323



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011662  Tmz1t_3175  type III restriction protein res subunit  40.77 
 
 
1115 aa  761    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3004  type III restriction protein res subunit  38.93 
 
 
1129 aa  722    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.385036  normal  0.0400425 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1062  type III restriction enzyme, res subunit  40.69 
 
 
1138 aa  780    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1432  type III restriction protein, res subunit  89.19 
 
 
1108 aa  2071    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3537  type III restriction enzyme, res subunit  38.5 
 
 
1130 aa  694    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.244688  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2422  type III restriction enzyme, res subunit  39.28 
 
 
1119 aa  712    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.567699  normal  0.274661 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0516  type I restriction-modification system R subunit (endonuclease)  42.83 
 
 
1115 aa  883    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0902  Type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit related helicase  100 
 
 
1113 aa  2296    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.164801  hitchhiker  0.00000563993 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03609  Type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit and related helicase  38.94 
 
 
1141 aa  720    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0197  type III restriction protein res subunit  40.77 
 
 
1125 aa  813    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000621753 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0803  type III restriction enzyme, res subunit  40.33 
 
 
1137 aa  729    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.874877  normal  0.710753 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4190  type III restriction protein res subunit  36.89 
 
 
1233 aa  635  1e-180  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1238  hypothetical protein  33.69 
 
 
1131 aa  531  1e-149  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0160  type III restriction enzyme, res subunit  32.22 
 
 
1137 aa  501  1e-140  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0444998  normal  0.740458 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2877  type III restriction protein res subunit  33.33 
 
 
1137 aa  501  1e-140  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4808  type III restriction enzyme, res subunit  32.79 
 
 
1137 aa  499  1e-139  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.564367  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4712  type III restriction enzyme, res subunit  32.77 
 
 
1137 aa  491  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3202  type III restriction protein res subunit  33.6 
 
 
1133 aa  485  1e-135  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1034  type III restriction protein res subunit  33.19 
 
 
1126 aa  477  1e-133  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0485696  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3394  putative restriction modification enzyme R subunit protein  32.73 
 
 
954 aa  474  1e-132  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2026  type III restriction enzyme, res subunit  31.8 
 
 
1138 aa  472  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000476841 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0388  type III restriction protein res subunit  31.86 
 
 
907 aa  384  1e-105  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000267171 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1094  type III restriction enzyme, res subunit  31.36 
 
 
945 aa  370  1e-100  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.5514  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1456  type III restriction protein res subunit  30.42 
 
 
932 aa  363  1e-98  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1128  type III restriction enzyme, res subunit  30.32 
 
 
932 aa  362  2e-98  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4243  type III restriction protein res subunit  30.39 
 
 
933 aa  354  5.9999999999999994e-96  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0725  type III restriction protein res subunit  37.66 
 
 
1005 aa  353  1e-95  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.147192 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1523  DEAD/DEAH box helicase-like  30.97 
 
 
936 aa  352  2e-95  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2724  type III restriction protein res subunit  30.35 
 
 
936 aa  351  4e-95  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1171  type III restriction enzyme, res subunit  33.75 
 
 
912 aa  301  6e-80  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.145829  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1025  type III restriction enzyme, res subunit  31.23 
 
 
753 aa  236  1.0000000000000001e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1993  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  30.3 
 
 
1082 aa  226  2e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000937848  normal  0.215415 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1672  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28.52 
 
 
1080 aa  207  6e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0840  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28.4 
 
 
1068 aa  207  1e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.473643  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0843  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28.85 
 
 
1068 aa  206  2e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.76009e-28 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2990  EcoEI R domain protein  29.24 
 
 
875 aa  198  5.000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02066  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  30.51 
 
 
1157 aa  195  4e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5278  type III restriction protein res subunit  28.48 
 
 
899 aa  192  2.9999999999999997e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0509  type III restriction enzyme, res subunit  31.71 
 
 
918 aa  185  5.0000000000000004e-45  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3601  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  30.5 
 
 
1137 aa  183  2e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3274  type I site-specific deoxyribonuclease  31.47 
 
 
917 aa  182  4e-44  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.3318 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2892  type III restriction protein res subunit  27.23 
 
 
583 aa  181  7e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0731  type III restriction enzyme, res subunit  27.42 
 
 
899 aa  180  1e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20230  EcoEI R domain protein  29.38 
 
 
770 aa  179  2e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.601124  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1475  type I restriction-modification system, R subunit  29.1 
 
 
761 aa  179  3e-43  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3273  hypothetical protein  30.16 
 
 
776 aa  178  5e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.246841 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1283  EcoEI R domain-containing protein  29.69 
 
 
765 aa  178  6e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3671  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  29.22 
 
 
1174 aa  177  8e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3779  type III restriction enzyme, res subunit  29.54 
 
 
803 aa  177  9.999999999999999e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3852  type III restriction enzyme, res subunit  29.54 
 
 
803 aa  177  9.999999999999999e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.345387  normal  0.793201 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02070  type I restriction enzyme EcoAI R protein  30.77 
 
 
793 aa  176  1.9999999999999998e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0810  DEAD/DEAH box helicase-like  31.48 
 
 
797 aa  174  9e-42  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.135985  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1205  hypothetical protein  30.95 
 
 
919 aa  174  1e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.326173  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2408  type III restriction enzyme, res subunit  30.21 
 
 
907 aa  174  1e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1416  EcoEI R domain protein  30.8 
 
 
800 aa  172  2e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04062  type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit  28.83 
 
 
796 aa  172  3e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2963  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  29.47 
 
 
1167 aa  171  6e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0226  type III restriction protein res subunit  30.27 
 
 
760 aa  171  1e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0853  type III restriction enzyme, res subunit  30.94 
 
 
921 aa  170  1e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.237382  normal  0.0361479 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1575  type I restriction-modification system, R subunit  30.1 
 
 
760 aa  170  2e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1976  EcoEI R domain-containing protein  29.47 
 
 
825 aa  169  2e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.411939  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0683  type I restriction-modification system, R subunit  29.73 
 
 
784 aa  169  2.9999999999999998e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0129  type III restriction protein res subunit  25.43 
 
 
846 aa  169  2.9999999999999998e-40  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.042937  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0832  EcoEI R domain protein  29.73 
 
 
784 aa  169  2.9999999999999998e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.916446  normal  0.633032 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1134  EcoEI R domain-containing protein  30.06 
 
 
780 aa  168  5e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.122502  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4457  EcoEI R domain protein  28.75 
 
 
771 aa  167  6.9999999999999995e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2867  EcoEI R domain-containing protein  29.35 
 
 
821 aa  167  8e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4267  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  25.88 
 
 
1188 aa  167  9e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3512  type III restriction protein res subunit  30.54 
 
 
924 aa  166  3e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0785  EcoEI R domain-containing protein  28.57 
 
 
791 aa  166  3e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.519017  normal  0.352411 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1255  DEAD/DEAH box helicase  31.05 
 
 
811 aa  165  4.0000000000000004e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171092  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2618  EcoEI R domain-containing protein  28.52 
 
 
817 aa  164  7e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0707543 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0503  EcoEI R domain-containing protein  28.42 
 
 
824 aa  164  8.000000000000001e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000156579  normal  0.0688429 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3028  hypothetical protein  29.03 
 
 
796 aa  164  9e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.194288  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2499  DEAD/DEAH box helicase-like  29.6 
 
 
793 aa  164  9e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0539678  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04216  endonuclease R  26.88 
 
 
1170 aa  164  1e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1193  EcoEI R domain protein  28.69 
 
 
827 aa  163  1e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.325861  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0352  EcoEI R domain-containing protein  28.86 
 
 
791 aa  164  1e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4740  type I restriction-modification system, R subunit  28.5 
 
 
787 aa  163  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00141278 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1895  EcoEI R domain-containing protein  30.78 
 
 
780 aa  163  2e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0749811  hitchhiker  0.00699891 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6047  type I restriction-modification system subunit R  29.11 
 
 
788 aa  162  3e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.494965  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0824  EcoEI R domain-containing protein  29.14 
 
 
783 aa  162  3e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1637  Type I site-specific deoxyribonuclease  29.28 
 
 
804 aa  162  3e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.000133951  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4614  EcoEI R domain-containing protein  28.91 
 
 
790 aa  162  4e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000837819 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0087  type III restriction enzyme, res subunit  29.35 
 
 
925 aa  162  5e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.517588  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1495  type III restriction enzyme, res subunit  29.5 
 
 
931 aa  161  5e-38  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5861  type III restriction enzyme domain protein  27.88 
 
 
810 aa  161  5e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3568  type III restriction protein res subunit  29.71 
 
 
802 aa  161  8e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.427174  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1309  EcoEI R domain-containing protein  30.13 
 
 
824 aa  160  1e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0896  type III restriction enzyme, res subunit  26.66 
 
 
845 aa  160  1e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1234  type III restriction enzyme, res subunit  28.32 
 
 
829 aa  160  2e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1098  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28.53 
 
 
1124 aa  158  5.0000000000000005e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1537  type III restriction protein res subunit  28.74 
 
 
776 aa  158  5.0000000000000005e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0616  Type I site-specific deoxyribonuclease  29.61 
 
 
783 aa  158  5.0000000000000005e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3086  Type I site-specific deoxyribonuclease  28.79 
 
 
813 aa  157  8e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.461628  normal  0.442211 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3651  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28.41 
 
 
1126 aa  157  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.408969 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0344  type I restriction-modification system, R subunit  30.51 
 
 
770 aa  157  1e-36  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.00000108762  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1258  type III restriction protein res subunit  29.14 
 
 
787 aa  157  1e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.377183  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1670  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.29 
 
 
1169 aa  156  2e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.225795  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2096  type III restriction protein res subunit  28.2 
 
 
889 aa  156  2e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>