261 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_2892 on replicon NC_013502
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_0731  type III restriction enzyme, res subunit  65.1 
 
 		 899 aa  751    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2892  type III restriction protein res subunit  100 
 
 		 583 aa  1205    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2990  EcoEI R domain protein  63.6 
 
 		 875 aa  733    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5278  type III restriction protein res subunit  63.12 
 
 		 899 aa  758    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04062  type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit  43.58 
 
 		 796 aa  428  1e-118  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0785  EcoEI R domain-containing protein  43.13 
 
 		 791 aa  416  9.999999999999999e-116  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.519017  normal  0.352411 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0270  DEAD/DEAH box helicase  42.71 
 
 		 790 aa  413  1e-114  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.113163  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4457  EcoEI R domain protein  40.03 
 
 		 771 aa  370  1e-101  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2088  EcoEI R domain protein  73.5 
 
 		 546 aa  356  5e-97  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000340083 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1575  type I restriction-modification system, R subunit  37.48 
 
 		 760 aa  348  1e-94  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0226  type III restriction protein res subunit  37.83 
 
 		 760 aa  347  5e-94  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3568  type III restriction protein res subunit  39.24 
 
 		 802 aa  343  4e-93  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.427174  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1475  type I restriction-modification system, R subunit  35.33 
 
 		 761 aa  336  5.999999999999999e-91  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0344  type I restriction-modification system, R subunit  34.6 
 
 		 770 aa  334  3e-90  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.00000108762  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1537  type III restriction protein res subunit  38.09 
 
 		 776 aa  332  1e-89  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1255  DEAD/DEAH box helicase  36.77 
 
 		 811 aa  329  1.0000000000000001e-88  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171092  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2656  EcoEI R domain protein  37.87 
 
 		 811 aa  328  1.0000000000000001e-88  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1416  EcoEI R domain protein  36.13 
 
 		 800 aa  327  3e-88  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5861  type III restriction enzyme domain protein  35.48 
 
 		 810 aa  327  5e-88  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20230  EcoEI R domain protein  36.14 
 
 		 770 aa  327  5e-88  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.601124  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0503  EcoEI R domain-containing protein  35.85 
 
 		 824 aa  324  2e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000156579  normal  0.0688429 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1976  EcoEI R domain-containing protein  36.54 
 
 		 825 aa  324  3e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.411939  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1234  type III restriction enzyme, res subunit  36.19 
 
 		 829 aa  323  5e-87  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0616  Type I site-specific deoxyribonuclease  37.37 
 
 		 783 aa  322  9.999999999999999e-87  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1637  Type I site-specific deoxyribonuclease  38.55 
 
 		 804 aa  322  1.9999999999999998e-86  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.000133951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6047  type I restriction-modification system subunit R  35.24 
 
 		 788 aa  321  3e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.494965  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0810  DEAD/DEAH box helicase-like  36.24 
 
 		 797 aa  319  7.999999999999999e-86  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.135985  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2499  DEAD/DEAH box helicase-like  33.97 
 
 		 793 aa  317  3e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0539678  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1134  EcoEI R domain-containing protein  34.84 
 
 		 780 aa  316  6e-85  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.122502  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1283  EcoEI R domain-containing protein  36 
 
 		 765 aa  316  8e-85  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3028  hypothetical protein  33.62 
 
 		 796 aa  316  9e-85  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.194288  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3535  hypothetical protein  36.59 
 
 		 815 aa  315  1.9999999999999998e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.115476  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0150  type III restriction enzyme, res subunit  34.68 
 
 		 860 aa  314  1.9999999999999998e-84  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3225  EcoEI R domain-containing protein  36.59 
 
 		 815 aa  314  1.9999999999999998e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.376811  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0352  EcoEI R domain-containing protein  34.15 
 
 		 791 aa  314  2.9999999999999996e-84  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4740  type I restriction-modification system, R subunit  34.55 
 
 		 787 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00141278 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02070  type I restriction enzyme EcoAI R protein  35.01 
 
 		 793 aa  312  1e-83  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4882  type I restriction enzyme EcoEI R protein  36.24 
 
 		 809 aa  311  2e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1895  EcoEI R domain-containing protein  36.5 
 
 		 780 aa  310  5e-83  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0749811  hitchhiker  0.00699891 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3086  Type I site-specific deoxyribonuclease  34.92 
 
 		 813 aa  310  5.9999999999999995e-83  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.461628  normal  0.442211 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4614  EcoEI R domain-containing protein  34.26 
 
 		 790 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000837819 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2867  EcoEI R domain-containing protein  34.04 
 
 		 821 aa  306  5.0000000000000004e-82  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1258  type III restriction protein res subunit  36.81 
 
 		 787 aa  306  9.000000000000001e-82  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.377183  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0683  type I restriction-modification system, R subunit  34.6 
 
 		 784 aa  304  2.0000000000000002e-81  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0832  EcoEI R domain protein  34.6 
 
 		 784 aa  304  2.0000000000000002e-81  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.916446  normal  0.633032 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0824  EcoEI R domain-containing protein  33.97 
 
 		 783 aa  304  3.0000000000000004e-81  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3273  hypothetical protein  32.36 
 
 		 776 aa  297  4e-79  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.246841 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1309  EcoEI R domain-containing protein  34.22 
 
 		 824 aa  288  2e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2618  EcoEI R domain-containing protein  33 
 
 		 817 aa  287  5e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0707543 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1193  EcoEI R domain protein  33 
 
 		 827 aa  286  9e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.325861  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1018  type III restriction enzyme, res subunit  29.35 
 
 		 769 aa  209  8e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0725  type III restriction protein res subunit  29.09 
 
 		 1005 aa  199  1.0000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.147192 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4243  type III restriction protein res subunit  29.36 
 
 		 933 aa  184  5.0000000000000004e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0902  Type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit related helicase  27.3 
 
 		 1113 aa  184  5.0000000000000004e-45  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.164801  hitchhiker  0.00000563993 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1171  type III restriction enzyme, res subunit  30.03 
 
 		 912 aa  184  5.0000000000000004e-45  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.145829  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2724  type III restriction protein res subunit  30.07 
 
 		 936 aa  182  2e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1456  type III restriction protein res subunit  30.47 
 
 		 932 aa  181  4e-44  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1128  type III restriction enzyme, res subunit  30.64 
 
 		 932 aa  179  9e-44  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1523  DEAD/DEAH box helicase-like  28.57 
 
 		 936 aa  176  9.999999999999999e-43  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0160  type III restriction enzyme, res subunit  29.04 
 
 		 1137 aa  176  9.999999999999999e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0444998  normal  0.740458 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0803  type III restriction enzyme, res subunit  28.99 
 
 		 1137 aa  173  7.999999999999999e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.874877  normal  0.710753 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1432  type III restriction protein, res subunit  26.25 
 
 		 1108 aa  172  1e-41  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1238  hypothetical protein  28.94 
 
 		 1131 aa  172  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1030  type III restriction enzyme, res subunit  29.17 
 
 		 893 aa  170  7e-41  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0182402  normal  0.455384 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2026  type III restriction enzyme, res subunit  27.49 
 
 		 1138 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000476841 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1094  type III restriction enzyme, res subunit  27.52 
 
 		 945 aa  166  1.0000000000000001e-39  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.5514  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4190  type III restriction protein res subunit  28.86 
 
 		 1233 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2877  type III restriction protein res subunit  28.31 
 
 		 1137 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03609  Type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit and related helicase  29.83 
 
 		 1141 aa  163  7e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2422  type III restriction enzyme, res subunit  27.76 
 
 		 1119 aa  163  8.000000000000001e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.567699  normal  0.274661 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1993  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.17 
 
 		 1082 aa  162  1e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000937848  normal  0.215415 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3537  type III restriction enzyme, res subunit  28.16 
 
 		 1130 aa  162  2e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.244688  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0388  type III restriction protein res subunit  28.7 
 
 		 907 aa  161  3e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000267171 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4712  type III restriction enzyme, res subunit  28.91 
 
 		 1137 aa  160  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4808  type III restriction enzyme, res subunit  28.52 
 
 		 1137 aa  160  5e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.564367  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0516  type I restriction-modification system R subunit (endonuclease)  28.89 
 
 		 1115 aa  160  6e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3202  type III restriction protein res subunit  27.98 
 
 		 1133 aa  160  7e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0197  type III restriction protein res subunit  28.47 
 
 		 1125 aa  154  4e-36  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000621753 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0896  type III restriction enzyme, res subunit  27.55 
 
 		 845 aa  151  3e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3004  type III restriction protein res subunit  28.94 
 
 		 1129 aa  149  2.0000000000000003e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.385036  normal  0.0400425 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2096  type III restriction protein res subunit  26.94 
 
 		 889 aa  149  2.0000000000000003e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3175  type III restriction protein res subunit  26.89 
 
 		 1115 aa  148  3e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0129  type III restriction protein res subunit  27.91 
 
 		 846 aa  148  3e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.042937  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1025  type III restriction enzyme, res subunit  26.15 
 
 		 753 aa  145  2e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1098  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  26.16 
 
 		 1124 aa  145  3e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1062  type III restriction enzyme, res subunit  25.65 
 
 		 1138 aa  143  8e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3601  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  26.72 
 
 		 1137 aa  143  9.999999999999999e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3651  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28.18 
 
 		 1126 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.408969 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1034  type III restriction protein res subunit  26.98 
 
 		 1126 aa  141  3e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0485696  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1672  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  25.52 
 
 		 1080 aa  137  4e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02066  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.05 
 
 		 1157 aa  136  9.999999999999999e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04216  endonuclease R  28.23 
 
 		 1170 aa  136  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1670  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  26 
 
 		 1169 aa  136  9.999999999999999e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.225795  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4267  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  25.23 
 
 		 1188 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0087  type III restriction enzyme, res subunit  25.96 
 
 		 925 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.517588  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3779  type III restriction enzyme, res subunit  26.29 
 
 		 803 aa  135  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1495  type III restriction enzyme, res subunit  26.14 
 
 		 931 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3852  type III restriction enzyme, res subunit  26.29 
 
 		 803 aa  135  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.345387  normal  0.793201 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0843  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  25.9 
 
 		 1068 aa  135  3e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.76009e-28 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4932  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  26.22 
 
 		 1169 aa  135  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>