43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2006 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2006  hypothetical protein  100 
 
 		 82 aa  167  4e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00119735  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1234  type III restriction enzyme, res subunit  96.34 
 
 		 829 aa  165  2e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0503  EcoEI R domain-containing protein  95.12 
 
 		 824 aa  162  1.0000000000000001e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000156579  normal  0.0688429 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1976  EcoEI R domain-containing protein  92.59 
 
 		 825 aa  159  1e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.411939  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2867  EcoEI R domain-containing protein  82.5 
 
 		 821 aa  140  7e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5861  type III restriction enzyme domain protein  75.31 
 
 		 810 aa  130  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4882  type I restriction enzyme EcoEI R protein  75 
 
 		 809 aa  125  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1895  EcoEI R domain-containing protein  92.45 
 
 		 780 aa  103  8e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0749811  hitchhiker  0.00699891 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1255  DEAD/DEAH box helicase  55.7 
 
 		 811 aa  100  6e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171092  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3028  hypothetical protein  54.43 
 
 		 796 aa  95.5  2e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.194288  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3273  hypothetical protein  56.25 
 
 		 776 aa  95.1  3e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.246841 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6047  type I restriction-modification system subunit R  53.16 
 
 		 788 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.494965  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4740  type I restriction-modification system, R subunit  50.63 
 
 		 787 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00141278 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2499  DEAD/DEAH box helicase-like  50.63 
 
 		 793 aa  91.3  4e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0539678  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4614  EcoEI R domain-containing protein  54.43 
 
 		 790 aa  90.9  5e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000837819 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0352  EcoEI R domain-containing protein  51.9 
 
 		 791 aa  90.5  7e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02070  type I restriction enzyme EcoAI R protein  51.9 
 
 		 793 aa  88.6  2e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1416  EcoEI R domain protein  50 
 
 		 800 aa  88.6  3e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0824  EcoEI R domain-containing protein  58.23 
 
 		 783 aa  88.6  3e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1134  EcoEI R domain-containing protein  53.25 
 
 		 780 aa  87  9e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.122502  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1193  EcoEI R domain protein  51.85 
 
 		 827 aa  85.1  3e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.325861  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2618  EcoEI R domain-containing protein  51.85 
 
 		 817 aa  85.1  3e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0707543 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0832  EcoEI R domain protein  52.44 
 
 		 784 aa  82  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.916446  normal  0.633032 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0683  type I restriction-modification system, R subunit  52.44 
 
 		 784 aa  82  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1309  EcoEI R domain-containing protein  50 
 
 		 824 aa  79.7  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1414  hypothetical protein  69.39 
 
 		 103 aa  79.7  0.00000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.365859  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3086  Type I site-specific deoxyribonuclease  46.84 
 
 		 813 aa  79  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.461628  normal  0.442211 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20230  EcoEI R domain protein  50 
 
 		 770 aa  75.5  0.0000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.601124  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1283  EcoEI R domain-containing protein  44.3 
 
 		 765 aa  75.1  0.0000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3225  EcoEI R domain-containing protein  48.1 
 
 		 815 aa  74.7  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.376811  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3535  hypothetical protein  51.35 
 
 		 815 aa  74.7  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.115476  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0005  putative type I restriction enzyme, R subunit  45.95 
 
 		 119 aa  73.2  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1475  type I restriction-modification system, R subunit  44.74 
 
 		 761 aa  68.9  0.00000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0528  hypothetical protein  53.33 
 
 		 87 aa  64.7  0.0000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1018  type III restriction enzyme, res subunit  42.47 
 
 		 769 aa  58.9  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0785  EcoEI R domain-containing protein  38.89 
 
 		 791 aa  54.7  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.519017  normal  0.352411 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0270  DEAD/DEAH box helicase  38.57 
 
 		 790 aa  52.4  0.000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.113163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5278  type III restriction protein res subunit  34.67 
 
 		 899 aa  47.8  0.00005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04062  type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit  33.8 
 
 		 796 aa  45.8  0.0002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2892  type III restriction protein res subunit  35.14 
 
 		 583 aa  45.1  0.0004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0810  DEAD/DEAH box helicase-like  41.1 
 
 		 797 aa  43.5  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.135985  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1637  Type I site-specific deoxyribonuclease  40 
 
 		 804 aa  42.4  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.000133951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0731  type III restriction enzyme, res subunit  33.33 
 
 		 899 aa  40.8  0.006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>