299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3651 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_04216  endonuclease R  38.74 
 
 		 1170 aa  771    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3601  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  48.72 
 
 		 1137 aa  1051    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0840  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  42.88 
 
 		 1068 aa  877    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.473643  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1098  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  75.8 
 
 		 1124 aa  1671    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4267  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  42.42 
 
 		 1188 aa  908    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3671  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  42.71 
 
 		 1174 aa  880    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3651  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  100 
 
 		 1126 aa  2286    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.408969 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02066  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  43.31 
 
 		 1157 aa  917    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0843  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  42.82 
 
 		 1068 aa  880    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.76009e-28 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1993  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  44.56 
 
 		 1082 aa  965    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000937848  normal  0.215415 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4932  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  38.93 
 
 		 1169 aa  768    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1670  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  38.69 
 
 		 1169 aa  758    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.225795  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2963  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  42.45 
 
 		 1167 aa  900    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1672  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  45.6 
 
 		 1080 aa  949    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2096  type III restriction protein res subunit  31.99 
 
 		 889 aa  375  1e-102  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1030  type III restriction enzyme, res subunit  30.8 
 
 		 893 aa  366  1e-99  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0182402  normal  0.455384 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2026  type III restriction enzyme, res subunit  28.25 
 
 		 1138 aa  261  7e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000476841 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3274  type I site-specific deoxyribonuclease  26.53 
 
 		 917 aa  257  1.0000000000000001e-66  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.3318 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0160  type III restriction enzyme, res subunit  29.71 
 
 		 1137 aa  255  3e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0444998  normal  0.740458 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0853  type III restriction enzyme, res subunit  26.32 
 
 		 921 aa  255  3e-66  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.237382  normal  0.0361479 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1205  hypothetical protein  27.46 
 
 		 919 aa  251  4e-65  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.326173  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1495  type III restriction enzyme, res subunit  27.31 
 
 		 931 aa  251  6e-65  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3512  type III restriction protein res subunit  29.56 
 
 		 924 aa  238  4e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4712  type III restriction enzyme, res subunit  27.81 
 
 		 1137 aa  232  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2877  type III restriction protein res subunit  27.99 
 
 		 1137 aa  229  2e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4808  type III restriction enzyme, res subunit  27.88 
 
 		 1137 aa  229  3e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.564367  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0087  type III restriction enzyme, res subunit  31.11 
 
 		 925 aa  226  1e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.517588  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0509  type III restriction enzyme, res subunit  28.14 
 
 		 918 aa  224  6e-57  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3202  type III restriction protein res subunit  26.37 
 
 		 1133 aa  219  2e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1238  hypothetical protein  28.48 
 
 		 1131 aa  218  4e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2408  type III restriction enzyme, res subunit  27.21 
 
 		 907 aa  214  7.999999999999999e-54  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1034  type III restriction protein res subunit  28.42 
 
 		 1126 aa  211  6e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0485696  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2747  type I restriction-modification system, R subunit  28.95 
 
 		 934 aa  209  2e-52  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.504328  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0803  type III restriction enzyme, res subunit  28.06 
 
 		 1137 aa  204  9e-51  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.874877  normal  0.710753 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2422  type III restriction enzyme, res subunit  25.75 
 
 		 1119 aa  201  5e-50  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.567699  normal  0.274661 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3779  type III restriction enzyme, res subunit  29.35 
 
 		 803 aa  200  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3852  type III restriction enzyme, res subunit  29.35 
 
 		 803 aa  200  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.345387  normal  0.793201 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0725  type III restriction protein res subunit  29.5 
 
 		 1005 aa  194  8e-48  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.147192 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1062  type III restriction enzyme, res subunit  27.92 
 
 		 1138 aa  193  1e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4190  type III restriction protein res subunit  28.12 
 
 		 1233 aa  189  2e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3537  type III restriction enzyme, res subunit  28.41 
 
 		 1130 aa  188  4e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.244688  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03609  Type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit and related helicase  25.65 
 
 		 1141 aa  183  2e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3175  type III restriction protein res subunit  29.5 
 
 		 1115 aa  180  1e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1523  DEAD/DEAH box helicase-like  28.07 
 
 		 936 aa  177  9.999999999999999e-43  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4243  type III restriction protein res subunit  28.07 
 
 		 933 aa  176  2.9999999999999996e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0516  type I restriction-modification system R subunit (endonuclease)  25.93 
 
 		 1115 aa  174  5.999999999999999e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0388  type III restriction protein res subunit  27.79 
 
 		 907 aa  171  5e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000267171 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3004  type III restriction protein res subunit  25.95 
 
 		 1129 aa  171  9e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.385036  normal  0.0400425 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0226  type III restriction protein res subunit  27.85 
 
 		 760 aa  167  9e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1416  EcoEI R domain protein  27.97 
 
 		 800 aa  167  1.0000000000000001e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1637  Type I site-specific deoxyribonuclease  28.24 
 
 		 804 aa  166  2.0000000000000002e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.000133951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2724  type III restriction protein res subunit  28.37 
 
 		 936 aa  164  8.000000000000001e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1128  type III restriction enzyme, res subunit  27.35 
 
 		 932 aa  164  8.000000000000001e-39  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1575  type I restriction-modification system, R subunit  27.36 
 
 		 760 aa  163  2e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1094  type III restriction enzyme, res subunit  28.11 
 
 		 945 aa  162  5e-38  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.5514  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1456  type III restriction protein res subunit  27.14 
 
 		 932 aa  162  5e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3086  Type I site-specific deoxyribonuclease  28.9 
 
 		 813 aa  161  8e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.461628  normal  0.442211 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0197  type III restriction protein res subunit  26.27 
 
 		 1125 aa  159  2e-37  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000621753 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1537  type III restriction protein res subunit  27.14 
 
 		 776 aa  159  3e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0616  Type I site-specific deoxyribonuclease  27.94 
 
 		 783 aa  158  5.0000000000000005e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0902  Type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit related helicase  28.41 
 
 		 1113 aa  157  1e-36  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.164801  hitchhiker  0.00000563993 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20230  EcoEI R domain protein  26.49 
 
 		 770 aa  155  2.9999999999999998e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.601124  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1432  type III restriction protein, res subunit  27.88 
 
 		 1108 aa  155  5e-36  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1025  type III restriction enzyme, res subunit  28.52 
 
 		 753 aa  154  1e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1258  type III restriction protein res subunit  28.62 
 
 		 787 aa  152  3e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.377183  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0810  DEAD/DEAH box helicase-like  26.84 
 
 		 797 aa  149  2.0000000000000003e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.135985  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1171  type III restriction enzyme, res subunit  27.6 
 
 		 912 aa  149  2.0000000000000003e-34  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.145829  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0344  type I restriction-modification system, R subunit  26.45 
 
 		 770 aa  149  2.0000000000000003e-34  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.00000108762  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1475  type I restriction-modification system, R subunit  26.21 
 
 		 761 aa  149  3e-34  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4457  EcoEI R domain protein  27.35 
 
 		 771 aa  148  6e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3568  type III restriction protein res subunit  26.97 
 
 		 802 aa  148  7.0000000000000006e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.427174  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04062  type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit  27.51 
 
 		 796 aa  148  7.0000000000000006e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2656  EcoEI R domain protein  26.79 
 
 		 811 aa  147  9e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1895  EcoEI R domain-containing protein  27.93 
 
 		 780 aa  147  1e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0749811  hitchhiker  0.00699891 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1976  EcoEI R domain-containing protein  26.94 
 
 		 825 aa  145  4e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.411939  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4882  type I restriction enzyme EcoEI R protein  26.61 
 
 		 809 aa  145  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6047  type I restriction-modification system subunit R  28.29 
 
 		 788 aa  141  7.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.494965  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0824  EcoEI R domain-containing protein  28.62 
 
 		 783 aa  140  1e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2990  EcoEI R domain protein  25.77 
 
 		 875 aa  140  2e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0270  DEAD/DEAH box helicase  27.3 
 
 		 790 aa  140  2e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.113163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1234  type III restriction enzyme, res subunit  26.01 
 
 		 829 aa  139  3.0000000000000003e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2867  EcoEI R domain-containing protein  26.33 
 
 		 821 aa  139  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1309  EcoEI R domain-containing protein  27.71 
 
 		 824 aa  139  3.0000000000000003e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2892  type III restriction protein res subunit  28.1 
 
 		 583 aa  138  5e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0503  EcoEI R domain-containing protein  25.84 
 
 		 824 aa  138  5e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000156579  normal  0.0688429 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3273  hypothetical protein  28.02 
 
 		 776 aa  137  9.999999999999999e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.246841 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2499  DEAD/DEAH box helicase-like  26.75 
 
 		 793 aa  137  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0539678  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1283  EcoEI R domain-containing protein  27.77 
 
 		 765 aa  137  1.9999999999999998e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0785  EcoEI R domain-containing protein  28.06 
 
 		 791 aa  136  1.9999999999999998e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.519017  normal  0.352411 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0150  type III restriction enzyme, res subunit  26.15 
 
 		 860 aa  137  1.9999999999999998e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5861  type III restriction enzyme domain protein  26.55 
 
 		 810 aa  136  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4740  type I restriction-modification system, R subunit  27.13 
 
 		 787 aa  135  6e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00141278 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2618  EcoEI R domain-containing protein  27.22 
 
 		 817 aa  134  1.0000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0707543 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3394  putative restriction modification enzyme R subunit protein  26.81 
 
 		 954 aa  132  3e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1193  EcoEI R domain protein  27.05 
 
 		 827 aa  132  5.0000000000000004e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.325861  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3028  hypothetical protein  26.68 
 
 		 796 aa  132  5.0000000000000004e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.194288  n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5278  type III restriction protein res subunit  26.88 
 
 		 899 aa  131  6e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1255  DEAD/DEAH box helicase  26.51 
 
 		 811 aa  130  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171092  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0352  EcoEI R domain-containing protein  26.31 
 
 		 791 aa  130  1.0000000000000001e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1134  EcoEI R domain-containing protein  26.55 
 
 		 780 aa  128  5e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.122502  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>