172 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3394 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010571  Oter_3004  type III restriction protein res subunit  47.8 
 
 		 1129 aa  846    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.385036  normal  0.0400425 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3394  putative restriction modification enzyme R subunit protein  100 
 
 		 954 aa  1926    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3175  type III restriction protein res subunit  49.22 
 
 		 1115 aa  898    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1062  type III restriction enzyme, res subunit  47.53 
 
 		 1138 aa  888    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3537  type III restriction enzyme, res subunit  45.1 
 
 		 1130 aa  780    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.244688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2422  type III restriction enzyme, res subunit  39.94 
 
 		 1119 aa  688    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.567699  normal  0.274661 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0803  type III restriction enzyme, res subunit  46.78 
 
 		 1137 aa  814    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.874877  normal  0.710753 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4190  type III restriction protein res subunit  38.55 
 
 		 1233 aa  643    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03609  Type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit and related helicase  37.4 
 
 		 1141 aa  632  1e-180  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0516  type I restriction-modification system R subunit (endonuclease)  34.41 
 
 		 1115 aa  543  1e-153  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1432  type III restriction protein, res subunit  34.04 
 
 		 1108 aa  511  1e-143  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0902  Type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit related helicase  33.23 
 
 		 1113 aa  495  9.999999999999999e-139  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.164801  hitchhiker  0.00000563993 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0197  type III restriction protein res subunit  33.09 
 
 		 1125 aa  469  9.999999999999999e-131  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000621753 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0160  type III restriction enzyme, res subunit  33.78 
 
 		 1137 aa  449  1.0000000000000001e-124  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0444998  normal  0.740458 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3202  type III restriction protein res subunit  31.84 
 
 		 1133 aa  444  1e-123  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1238  hypothetical protein  33.91 
 
 		 1131 aa  438  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2877  type III restriction protein res subunit  33.06 
 
 		 1137 aa  436  1e-120  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4808  type III restriction enzyme, res subunit  33.16 
 
 		 1137 aa  432  1e-119  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.564367  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4712  type III restriction enzyme, res subunit  33.19 
 
 		 1137 aa  432  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1034  type III restriction protein res subunit  32.37 
 
 		 1126 aa  409  1.0000000000000001e-112  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0485696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2026  type III restriction enzyme, res subunit  31.3 
 
 		 1138 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000476841 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4243  type III restriction protein res subunit  28.98 
 
 		 933 aa  350  5e-95  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1456  type III restriction protein res subunit  29.57 
 
 		 932 aa  346  1e-93  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1128  type III restriction enzyme, res subunit  29.75 
 
 		 932 aa  342  2e-92  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2724  type III restriction protein res subunit  29.17 
 
 		 936 aa  337  7e-91  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0388  type III restriction protein res subunit  29.94 
 
 		 907 aa  336  1e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000267171 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1523  DEAD/DEAH box helicase-like  28.73 
 
 		 936 aa  332  1e-89  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1094  type III restriction enzyme, res subunit  30.18 
 
 		 945 aa  323  9.999999999999999e-87  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.5514  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0725  type III restriction protein res subunit  32.87 
 
 		 1005 aa  281  4e-74  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.147192 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1171  type III restriction enzyme, res subunit  25.92 
 
 		 912 aa  265  2e-69  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.145829  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1025  type III restriction enzyme, res subunit  27.77 
 
 		 753 aa  181  4e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1672  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  29.37 
 
 		 1080 aa  165  4.0000000000000004e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3601  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  30 
 
 		 1137 aa  162  2e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0896  type III restriction enzyme, res subunit  25.47 
 
 		 845 aa  155  2.9999999999999998e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3671  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28.79 
 
 		 1174 aa  154  7e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1993  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  26.68 
 
 		 1082 aa  152  2e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000937848  normal  0.215415 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0129  type III restriction protein res subunit  25.43 
 
 		 846 aa  151  5e-35  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.042937  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1670  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.08 
 
 		 1169 aa  148  4.0000000000000006e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.225795  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02066  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  29.77 
 
 		 1157 aa  147  8.000000000000001e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4267  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  26.83 
 
 		 1188 aa  144  9e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3651  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.47 
 
 		 1126 aa  143  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.408969 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2963  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  26.5 
 
 		 1167 aa  141  6e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0840  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.05 
 
 		 1068 aa  139  2e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.473643  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1098  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28.25 
 
 		 1124 aa  139  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0843  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.05 
 
 		 1068 aa  137  6.0000000000000005e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.76009e-28 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04216  endonuclease R  26.03 
 
 		 1170 aa  137  7.000000000000001e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4932  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  26.48 
 
 		 1169 aa  136  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4457  EcoEI R domain protein  27.94 
 
 		 771 aa  131  7.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3274  type I site-specific deoxyribonuclease  25.95 
 
 		 917 aa  128  5e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.3318 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6047  type I restriction-modification system subunit R  25.87 
 
 		 788 aa  126  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.494965  n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5278  type III restriction protein res subunit  27.17 
 
 		 899 aa  125  3e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1205  hypothetical protein  27.4 
 
 		 919 aa  125  5e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.326173  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1134  EcoEI R domain-containing protein  25.9 
 
 		 780 aa  123  9.999999999999999e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.122502  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1258  type III restriction protein res subunit  26.31 
 
 		 787 aa  123  1.9999999999999998e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.377183  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1283  EcoEI R domain-containing protein  27.52 
 
 		 765 aa  121  4.9999999999999996e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04062  type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit  27.93 
 
 		 796 aa  121  7.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2499  DEAD/DEAH box helicase-like  25.96 
 
 		 793 aa  120  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0539678  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0853  type III restriction enzyme, res subunit  26.96 
 
 		 921 aa  119  3e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.237382  normal  0.0361479 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4740  type I restriction-modification system, R subunit  24.3 
 
 		 787 aa  118  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00141278 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0810  DEAD/DEAH box helicase-like  26.29 
 
 		 797 aa  118  3.9999999999999997e-25  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.135985  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0226  type III restriction protein res subunit  27.24 
 
 		 760 aa  118  3.9999999999999997e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2656  EcoEI R domain protein  26.97 
 
 		 811 aa  118  3.9999999999999997e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0731  type III restriction enzyme, res subunit  24.96 
 
 		 899 aa  118  5e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1475  type I restriction-modification system, R subunit  27.58 
 
 		 761 aa  117  7.999999999999999e-25  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4614  EcoEI R domain-containing protein  25.22 
 
 		 790 aa  117  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000837819 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1537  type III restriction protein res subunit  27.36 
 
 		 776 aa  117  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20230  EcoEI R domain protein  24.68 
 
 		 770 aa  115  4.0000000000000004e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.601124  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0270  DEAD/DEAH box helicase  28.54 
 
 		 790 aa  115  4.0000000000000004e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.113163  normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2892  type III restriction protein res subunit  26.28 
 
 		 583 aa  115  4.0000000000000004e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02070  type I restriction enzyme EcoAI R protein  25.61 
 
 		 793 aa  115  4.0000000000000004e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1575  type I restriction-modification system, R subunit  27.05 
 
 		 760 aa  115  5e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0509  type III restriction enzyme, res subunit  24.23 
 
 		 918 aa  114  1.0000000000000001e-23  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1416  EcoEI R domain protein  27.25 
 
 		 800 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0352  EcoEI R domain-containing protein  24.3 
 
 		 791 aa  113  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0344  type I restriction-modification system, R subunit  24.86 
 
 		 770 aa  112  3e-23  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.00000108762  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3028  hypothetical protein  24.35 
 
 		 796 aa  112  3e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.194288  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3568  type III restriction protein res subunit  26.76 
 
 		 802 aa  112  5e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.427174  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2990  EcoEI R domain protein  24.23 
 
 		 875 aa  110  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0503  EcoEI R domain-containing protein  26.13 
 
 		 824 aa  109  3e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000156579  normal  0.0688429 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3086  Type I site-specific deoxyribonuclease  26.29 
 
 		 813 aa  109  3e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.461628  normal  0.442211 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2867  EcoEI R domain-containing protein  26.1 
 
 		 821 aa  108  5e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1637  Type I site-specific deoxyribonuclease  26.49 
 
 		 804 aa  108  6e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.000133951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1309  EcoEI R domain-containing protein  28.14 
 
 		 824 aa  107  8e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1976  EcoEI R domain-containing protein  27.01 
 
 		 825 aa  107  9e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.411939  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0616  Type I site-specific deoxyribonuclease  26.07 
 
 		 783 aa  106  2e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2618  EcoEI R domain-containing protein  26.06 
 
 		 817 aa  106  3e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0707543 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2408  type III restriction enzyme, res subunit  26.46 
 
 		 907 aa  106  3e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3273  hypothetical protein  26.95 
 
 		 776 aa  105  4e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.246841 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1495  type III restriction enzyme, res subunit  25.36 
 
 		 931 aa  105  4e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1193  EcoEI R domain protein  26.03 
 
 		 827 aa  105  6e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.325861  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0087  type III restriction enzyme, res subunit  26.69 
 
 		 925 aa  104  8e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.517588  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1234  type III restriction enzyme, res subunit  26.59 
 
 		 829 aa  104  9e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1895  EcoEI R domain-containing protein  26.96 
 
 		 780 aa  104  9e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0749811  hitchhiker  0.00699891 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3779  type III restriction enzyme, res subunit  26.63 
 
 		 803 aa  104  1e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3852  type III restriction enzyme, res subunit  26.63 
 
 		 803 aa  104  1e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.345387  normal  0.793201 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0683  type I restriction-modification system, R subunit  25.34 
 
 		 784 aa  103  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0832  EcoEI R domain protein  25.34 
 
 		 784 aa  103  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.916446  normal  0.633032 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1030  type III restriction enzyme, res subunit  27.23 
 
 		 893 aa  102  3e-20  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0182402  normal  0.455384 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5861  type III restriction enzyme domain protein  25.55 
 
 		 810 aa  101  8e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0785  EcoEI R domain-containing protein  27.15 
 
 		 791 aa  101  9e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.519017  normal  0.352411 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>