284 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_0853 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007355  Mbar_A3274  type I site-specific deoxyribonuclease  63.67 
 
 		 917 aa  1207    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.3318 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0853  type III restriction enzyme, res subunit  100 
 
 		 921 aa  1917    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.237382  normal  0.0361479 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1205  hypothetical protein  66.49 
 
 		 919 aa  1285    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.326173  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3512  type III restriction protein res subunit  54.16 
 
 		 924 aa  977    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0509  type III restriction enzyme, res subunit  64.6 
 
 		 918 aa  1224    Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0087  type III restriction enzyme, res subunit  56.83 
 
 		 925 aa  1067    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.517588  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1495  type III restriction enzyme, res subunit  64.57 
 
 		 931 aa  1242    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2408  type III restriction enzyme, res subunit  40.97 
 
 		 907 aa  628  1e-178  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3779  type III restriction enzyme, res subunit  46.31 
 
 		 803 aa  543  1e-153  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3852  type III restriction enzyme, res subunit  46.31 
 
 		 803 aa  543  1e-153  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.345387  normal  0.793201 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2747  type I restriction-modification system, R subunit  36.2 
 
 		 934 aa  490  1e-137  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.504328  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2096  type III restriction protein res subunit  29.55 
 
 		 889 aa  309  2.0000000000000002e-82  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1030  type III restriction enzyme, res subunit  28.22 
 
 		 893 aa  303  7.000000000000001e-81  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0182402  normal  0.455384 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1993  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  26.87 
 
 		 1082 aa  260  9e-68  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000937848  normal  0.215415 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1098  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.5 
 
 		 1124 aa  259  2e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1672  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.09 
 
 		 1080 aa  240  1e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3601  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.1 
 
 		 1137 aa  238  3e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3651  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  29.56 
 
 		 1126 aa  231  4e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.408969 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0843  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  26.49 
 
 		 1068 aa  229  3e-58  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.76009e-28 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0840  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  26.1 
 
 		 1068 aa  221  5e-56  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.473643  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3671  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  25.33 
 
 		 1174 aa  219  2e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4267  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  23.92 
 
 		 1188 aa  218  4e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2963  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  25.83 
 
 		 1167 aa  217  9e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02066  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  26.92 
 
 		 1157 aa  213  1e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04216  endonuclease R  28.92 
 
 		 1170 aa  212  2e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4932  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28.3 
 
 		 1169 aa  205  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1456  type III restriction protein res subunit  30.83 
 
 		 932 aa  197  1e-48  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1670  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27 
 
 		 1169 aa  194  7e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.225795  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0725  type III restriction protein res subunit  29.35 
 
 		 1005 aa  192  4e-47  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.147192 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1128  type III restriction enzyme, res subunit  30.83 
 
 		 932 aa  192  4e-47  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1523  DEAD/DEAH box helicase-like  25.2 
 
 		 936 aa  191  5.999999999999999e-47  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4243  type III restriction protein res subunit  28.87 
 
 		 933 aa  184  8.000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2724  type III restriction protein res subunit  29.07 
 
 		 936 aa  182  2.9999999999999997e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0197  type III restriction protein res subunit  30.27 
 
 		 1125 aa  175  2.9999999999999996e-42  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000621753 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3175  type III restriction protein res subunit  31.03 
 
 		 1115 aa  174  6.999999999999999e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0160  type III restriction enzyme, res subunit  29.23 
 
 		 1137 aa  173  2e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0444998  normal  0.740458 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1238  hypothetical protein  29.61 
 
 		 1131 aa  171  5e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0902  Type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit related helicase  30.94 
 
 		 1113 aa  170  1e-40  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.164801  hitchhiker  0.00000563993 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0803  type III restriction enzyme, res subunit  27.94 
 
 		 1137 aa  169  2e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.874877  normal  0.710753 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1062  type III restriction enzyme, res subunit  29.13 
 
 		 1138 aa  169  2e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1432  type III restriction protein, res subunit  30.18 
 
 		 1108 aa  167  8e-40  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4808  type III restriction enzyme, res subunit  28.67 
 
 		 1137 aa  167  1.0000000000000001e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.564367  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2026  type III restriction enzyme, res subunit  25.89 
 
 		 1138 aa  166  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000476841 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3202  type III restriction protein res subunit  26.77 
 
 		 1133 aa  165  4.0000000000000004e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4712  type III restriction enzyme, res subunit  28.67 
 
 		 1137 aa  164  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2877  type III restriction protein res subunit  28.89 
 
 		 1137 aa  163  2e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1034  type III restriction protein res subunit  28.38 
 
 		 1126 aa  162  2e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0485696  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0388  type III restriction protein res subunit  28.73 
 
 		 907 aa  162  3e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000267171 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3537  type III restriction enzyme, res subunit  28.64 
 
 		 1130 aa  162  3e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.244688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1094  type III restriction enzyme, res subunit  23.63 
 
 		 945 aa  157  8e-37  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.5514  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4190  type III restriction protein res subunit  29.5 
 
 		 1233 aa  156  2e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0516  type I restriction-modification system R subunit (endonuclease)  28.79 
 
 		 1115 aa  155  4e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03609  Type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit and related helicase  27.52 
 
 		 1141 aa  154  8.999999999999999e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1025  type III restriction enzyme, res subunit  26.29 
 
 		 753 aa  148  4.0000000000000006e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3004  type III restriction protein res subunit  29.56 
 
 		 1129 aa  145  4e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.385036  normal  0.0400425 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2656  EcoEI R domain protein  27.86 
 
 		 811 aa  142  3e-32  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1895  EcoEI R domain-containing protein  28.11 
 
 		 780 aa  142  3.9999999999999997e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0749811  hitchhiker  0.00699891 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1537  type III restriction protein res subunit  26.15 
 
 		 776 aa  139  2e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2422  type III restriction enzyme, res subunit  27.78 
 
 		 1119 aa  136  9.999999999999999e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.567699  normal  0.274661 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6047  type I restriction-modification system subunit R  26.42 
 
 		 788 aa  136  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.494965  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1637  Type I site-specific deoxyribonuclease  26.31 
 
 		 804 aa  136  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.000133951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1134  EcoEI R domain-containing protein  27.68 
 
 		 780 aa  134  6e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.122502  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4614  EcoEI R domain-containing protein  27.37 
 
 		 790 aa  134  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000837819 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4457  EcoEI R domain protein  25.95 
 
 		 771 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0503  EcoEI R domain-containing protein  28.1 
 
 		 824 aa  133  2.0000000000000002e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000156579  normal  0.0688429 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2892  type III restriction protein res subunit  25.87 
 
 		 583 aa  132  4.0000000000000003e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4740  type I restriction-modification system, R subunit  26.37 
 
 		 787 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00141278 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5861  type III restriction enzyme domain protein  27.5 
 
 		 810 aa  129  3e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2867  EcoEI R domain-containing protein  26.73 
 
 		 821 aa  128  5e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3086  Type I site-specific deoxyribonuclease  25.44 
 
 		 813 aa  127  1e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.461628  normal  0.442211 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0731  type III restriction enzyme, res subunit  25.6 
 
 		 899 aa  127  1e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1234  type III restriction enzyme, res subunit  27.36 
 
 		 829 aa  126  2e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1171  type III restriction enzyme, res subunit  27.38 
 
 		 912 aa  126  2e-27  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.145829  n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5278  type III restriction protein res subunit  25.38 
 
 		 899 aa  126  2e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0810  DEAD/DEAH box helicase-like  26.39 
 
 		 797 aa  125  3e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.135985  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1976  EcoEI R domain-containing protein  26.8 
 
 		 825 aa  125  5e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.411939  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4882  type I restriction enzyme EcoEI R protein  27.12 
 
 		 809 aa  124  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2499  DEAD/DEAH box helicase-like  26.11 
 
 		 793 aa  124  9e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0539678  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02070  type I restriction enzyme EcoAI R protein  27.01 
 
 		 793 aa  123  9.999999999999999e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1575  type I restriction-modification system, R subunit  25.35 
 
 		 760 aa  123  9.999999999999999e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1416  EcoEI R domain protein  26.29 
 
 		 800 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3273  hypothetical protein  26.98 
 
 		 776 aa  122  3e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.246841 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0226  type III restriction protein res subunit  25.17 
 
 		 760 aa  122  3.9999999999999996e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1258  type III restriction protein res subunit  24.31 
 
 		 787 aa  122  3.9999999999999996e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.377183  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0616  Type I site-specific deoxyribonuclease  25.99 
 
 		 783 aa  121  6e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3568  type III restriction protein res subunit  25.73 
 
 		 802 aa  121  6e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.427174  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0150  type III restriction enzyme, res subunit  25.99 
 
 		 860 aa  120  9e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2990  EcoEI R domain protein  24.13 
 
 		 875 aa  120  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0352  EcoEI R domain-containing protein  25.16 
 
 		 791 aa  120  9.999999999999999e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3028  hypothetical protein  25.69 
 
 		 796 aa  120  1.9999999999999998e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.194288  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1283  EcoEI R domain-containing protein  27.23 
 
 		 765 aa  118  3.9999999999999997e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20230  EcoEI R domain protein  24.49 
 
 		 770 aa  117  1.0000000000000001e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.601124  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0344  type I restriction-modification system, R subunit  26.21 
 
 		 770 aa  117  1.0000000000000001e-24  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.00000108762  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0129  type III restriction protein res subunit  25.86 
 
 		 846 aa  114  6e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.042937  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1475  type I restriction-modification system, R subunit  24.91 
 
 		 761 aa  114  1.0000000000000001e-23  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1255  DEAD/DEAH box helicase  24.48 
 
 		 811 aa  112  3e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171092  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2618  EcoEI R domain-containing protein  24.8 
 
 		 817 aa  112  3e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0707543 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3394  putative restriction modification enzyme R subunit protein  27.08 
 
 		 954 aa  112  4.0000000000000004e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1193  EcoEI R domain protein  24.8 
 
 		 827 aa  112  5e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.325861  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0896  type III restriction enzyme, res subunit  25.36 
 
 		 845 aa  109  2e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>