More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_3192 on replicon NC_009050
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009050  Rsph17029_3192  type III restriction enzyme, res subunit  100 
 
 		 928 aa  1868    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3530  transposase, IS4 family protein  93.84 
 
 		 956 aa  1709    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.793252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0992  type III restriction protein res subunit  59.65 
 
 		 938 aa  1077    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.942343 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1438  type III restriction enzyme, res subunit  54.95 
 
 		 1077 aa  686    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.977948  hitchhiker  0.0058487 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1707  type III restriction protein res subunit  47.79 
 
 		 1287 aa  567  1e-160  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.730362  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0337  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  43.16 
 
 		 979 aa  508  9.999999999999999e-143  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1408  helicase, putative  42.64 
 
 		 987 aa  505  1e-141  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2523  type III restriction enzyme, res subunit  40.88 
 
 		 967 aa  503  1e-141  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0698946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3993  type III restriction protein res subunit  42.76 
 
 		 1348 aa  493  9.999999999999999e-139  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3984  type III restriction protein res subunit  43.61 
 
 		 1418 aa  491  1e-137  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1406  type III restriction protein res subunit  39.4 
 
 		 848 aa  452  1e-125  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2941  type III restriction protein res subunit  37.88 
 
 		 815 aa  438  1e-121  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2034  type III restriction protein res subunit  37.62 
 
 		 813 aa  431  1e-119  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2205  type III restriction protein res subunit  30.34 
 
 		 993 aa  432  1e-119  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0759  type III restriction protein res subunit  34.99 
 
 		 812 aa  417  9.999999999999999e-116  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.535387  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0357  type III restriction protein res subunit  30.84 
 
 		 1053 aa  410  1e-113  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3738  type III restriction protein res subunit  33.78 
 
 		 1035 aa  374  1e-102  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3182  type III restriction protein res subunit  34.55 
 
 		 1029 aa  370  1e-101  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0449  type III restriction enzyme, res subunit  31.98 
 
 		 1062 aa  368  1e-100  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.457161  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11440  DNA/RNA helicase, superfamily II  34.43 
 
 		 974 aa  355  2e-96  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000321567  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1359  helicase, putative  32.8 
 
 		 1041 aa  353  5.9999999999999994e-96  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1089  type III restriction protein res subunit  36.83 
 
 		 1051 aa  353  1e-95  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3374  putative helicase  29.74 
 
 		 1017 aa  339  9.999999999999999e-92  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.175998  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1543  type III restriction protein res subunit  34.75 
 
 		 979 aa  339  9.999999999999999e-92  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4503  type III restriction enzyme, res subunit  29.23 
 
 		 1052 aa  337  5.999999999999999e-91  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000814753 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2683  type III restriction enzyme, res subunit  27.54 
 
 		 1149 aa  336  1e-90  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0219186  normal  0.206239 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0977  type III restriction enzyme, res subunit  37.93 
 
 		 1063 aa  334  5e-90  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1920  type III restriction enzyme, res subunit  32.26 
 
 		 946 aa  333  1e-89  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8756  type III restriction enzyme, res subunit  38.44 
 
 		 1028 aa  331  3e-89  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.999301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0362  type III restriction enzyme, res subunit  30.42 
 
 		 1055 aa  328  2.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0370  type III restriction protein res subunit  30.31 
 
 		 1055 aa  328  2.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0484136  hitchhiker  0.000113274 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0821  type III restriction protein res subunit  31.05 
 
 		 1042 aa  329  2.0000000000000001e-88  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0473136 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0360  type III restriction protein res subunit  30.3 
 
 		 1055 aa  328  3e-88  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2492  type III restriction protein res subunit  32.23 
 
 		 1066 aa  324  6e-87  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.964  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2052  helicase, putative  26.59 
 
 		 952 aa  320  1e-85  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1350  type III restriction protein res subunit  39.13 
 
 		 967 aa  320  1e-85  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.810752  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0368  helicase  30.13 
 
 		 982 aa  314  3.9999999999999997e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1910  type III restriction enzyme, res subunit  30.3 
 
 		 1043 aa  314  5.999999999999999e-84  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3809  type III restriction enzyme, res subunit  35.72 
 
 		 1033 aa  313  1e-83  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4011  type III restriction protein res subunit  38.1 
 
 		 1033 aa  312  2e-83  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0301  type III restriction enzyme, res subunit  29.37 
 
 		 1051 aa  311  2.9999999999999997e-83  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.177385  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3842  type III restriction enzyme, res subunit  29.66 
 
 		 1061 aa  311  2.9999999999999997e-83  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3869  type III restriction enzyme, res subunit  37.44 
 
 		 1033 aa  306  9.000000000000001e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0909  type III restriction protein res subunit  35 
 
 		 1042 aa  293  8e-78  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.252212  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2515  type III restriction enzyme, res subunit  31.73 
 
 		 953 aa  293  1e-77  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2567  type III restriction protein res subunit  31.73 
 
 		 953 aa  293  1e-77  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0822  DEAD/DEAH box helicase-like  35.61 
 
 		 1065 aa  292  2e-77  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.317818  normal  0.201991 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0174  type III restriction protein, res subunit  33.22 
 
 		 949 aa  290  1e-76  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.927728  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4288  type III restriction protein res subunit  31.22 
 
 		 1058 aa  290  1e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17070  DNA/RNA helicase, superfamily II  36.12 
 
 		 1031 aa  284  5.000000000000001e-75  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3077  type III restriction protein res subunit  28.76 
 
 		 980 aa  267  5.999999999999999e-70  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0035  superfamily II DNA/RNA helicase  29.68 
 
 		 949 aa  266  1e-69  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0259774  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl314  DNA repair DNA/RNA helicase  26.91 
 
 		 905 aa  236  2.0000000000000002e-60  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  4.84028e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1001  superfamily II DNA/RNA helicase  36.26 
 
 		 773 aa  206  1e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3640  type III restriction protein res subunit  37.24 
 
 		 524 aa  172  3e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2475  type III restriction protein res subunit  34.51 
 
 		 475 aa  159  3e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0815969  normal  1 
 
 
-
 
NC_010507  Mrad2831_6521  type III restriction protein res subunit  35.38 
 
 		 462 aa  158  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0725  DEAD/DEAH box helicase-like  33.72 
 
 		 469 aa  153  1e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_88383  ATP-dependent DNA helicase  30.28 
 
 		 385 aa  149  3e-34  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2616  type III restriction enzyme, res subunit  30.98 
 
 		 459 aa  147  1e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0606315  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0480  type III restriction protein res subunit  30.42 
 
 		 606 aa  132  2.0000000000000002e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000916808  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2280  type III restriction enzyme, res subunit  31.73 
 
 		 558 aa  130  1.0000000000000001e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0069  Type III restriction enzyme, res subunit  32.12 
 
 		 629 aa  129  2.0000000000000002e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1080  type III restriction protein res subunit  31.18 
 
 		 607 aa  127  1e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000886806  n/a   
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3020  type III restriction protein res subunit  30.93 
 
 		 581 aa  125  4e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06707  DEAD/DEAH box helicase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G05530)  27.57 
 
 		 643 aa  124  6e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3307  type III restriction protein res subunit  28.74 
 
 		 536 aa  124  9.999999999999999e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3048  helicase domain protein  31.67 
 
 		 545 aa  122  3e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0891205  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1575  type I restriction-modification system, R subunit  29.38 
 
 		 760 aa  120  9.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1412  type III restriction protein res subunit  31.34 
 
 		 556 aa  120  9.999999999999999e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00105152  normal  0.0540272 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0226  type III restriction protein res subunit  29.56 
 
 		 760 aa  119  1.9999999999999998e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2821  helicase domain-containing protein  31.11 
 
 		 545 aa  117  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127614  normal  0.294322 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2939  helicase domain protein  30.14 
 
 		 545 aa  115  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1537  type III restriction protein res subunit  28.38 
 
 		 776 aa  115  5e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1537  helicase domain-containing protein  30.83 
 
 		 569 aa  113  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.453838  normal  0.138046 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0785  EcoEI R domain-containing protein  31.09 
 
 		 791 aa  113  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.519017  normal  0.352411 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2606  type III restriction enzyme, res subunit  29.23 
 
 		 560 aa  112  3e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3568  type III restriction protein res subunit  28.12 
 
 		 802 aa  112  5e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.427174  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0810  DEAD/DEAH box helicase-like  26.81 
 
 		 797 aa  111  7.000000000000001e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.135985  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04062  type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit  28.72 
 
 		 796 aa  111  8.000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH02470  DEAD box family helicase, putative  24.27 
 
 		 706 aa  109  2e-22  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.384709  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0270  DEAD/DEAH box helicase  29.02 
 
 		 790 aa  109  2e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.113163  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2363  type III restriction enzyme, res subunit  30.36 
 
 		 590 aa  110  2e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0989425  normal  0.0932294 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2435  type III restriction enzyme, res subunit  29.25 
 
 		 590 aa  109  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.248011 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2653  type III restriction enzyme, res subunit  29.78 
 
 		 398 aa  107  1e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.154004  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2656  EcoEI R domain protein  26.6 
 
 		 811 aa  106  2e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1235  type III restriction enzyme, res subunit  30.09 
 
 		 560 aa  106  2e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.159231 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1300  type III restriction enzyme, res subunit  29.41 
 
 		 560 aa  106  2e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.49268  normal  0.27314 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2770  type III restriction enzyme, res subunit  30.22 
 
 		 560 aa  106  2e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.547342  normal  0.44654 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2867  EcoEI R domain-containing protein  27.35 
 
 		 821 aa  105  3e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2524  type III restriction enzyme, res subunit  29.53 
 
 		 590 aa  106  3e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.251269  normal  0.0163499 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2744  helicase  30.08 
 
 		 590 aa  105  4e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2845  type III restriction enzyme, res subunit  29.12 
 
 		 560 aa  105  4e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651077 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3418  helicase domain-containing protein  28.69 
 
 		 550 aa  105  5e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.326076 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2074  type III restriction enzyme, res subunit  29.47 
 
 		 560 aa  104  7e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.432643  normal  0.155491 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1637  Type I site-specific deoxyribonuclease  26.2 
 
 		 804 aa  104  9e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.000133951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0616  Type I site-specific deoxyribonuclease  27.32 
 
 		 783 aa  103  1e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2917  type III restriction enzyme, res subunit  27.78 
 
 		 538 aa  103  1e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.633235  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3253  type III restriction protein res subunit  29.51 
 
 		 585 aa  102  2e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.503255  normal  0.463212 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0150  type III restriction enzyme, res subunit  25.42 
 
 		 860 aa  103  2e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>