More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_3809 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011663  Sbal223_0370  type III restriction protein res subunit  36.75 
 
 		 1055 aa  653    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0484136  hitchhiker  0.000113274 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1359  helicase, putative  37.96 
 
 		 1041 aa  646    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3374  putative helicase  38.85 
 
 		 1017 aa  675    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.175998  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0368  helicase  38.52 
 
 		 982 aa  642    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0821  type III restriction protein res subunit  37.33 
 
 		 1042 aa  638    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0473136 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4288  type III restriction protein res subunit  39.39 
 
 		 1058 aa  638    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0822  DEAD/DEAH box helicase-like  38.54 
 
 		 1065 aa  658    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.317818  normal  0.201991 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1089  type III restriction protein res subunit  54.62 
 
 		 1051 aa  1090    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3869  type III restriction enzyme, res subunit  43.2 
 
 		 1033 aa  737    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0360  type III restriction protein res subunit  36.31 
 
 		 1055 aa  643    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0362  type III restriction enzyme, res subunit  36.47 
 
 		 1055 aa  644    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0301  type III restriction enzyme, res subunit  39.85 
 
 		 1051 aa  661    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.177385  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2492  type III restriction protein res subunit  41.05 
 
 		 1066 aa  681    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0449  type III restriction enzyme, res subunit  38.4 
 
 		 1062 aa  702    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.457161  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8756  type III restriction enzyme, res subunit  52.08 
 
 		 1028 aa  1001    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.999301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3842  type III restriction enzyme, res subunit  40.23 
 
 		 1061 aa  681    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17070  DNA/RNA helicase, superfamily II  51.59 
 
 		 1031 aa  966    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0977  type III restriction enzyme, res subunit  53.61 
 
 		 1063 aa  1062    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3738  type III restriction protein res subunit  48.66 
 
 		 1035 aa  890    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4011  type III restriction protein res subunit  42.62 
 
 		 1033 aa  716    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3809  type III restriction enzyme, res subunit  100 
 
 		 1033 aa  2092    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3182  type III restriction protein res subunit  48.05 
 
 		 1029 aa  885    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1910  type III restriction enzyme, res subunit  36.96 
 
 		 1043 aa  661    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4503  type III restriction enzyme, res subunit  34.59 
 
 		 1052 aa  629  1e-179  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000814753 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0909  type III restriction protein res subunit  37.08 
 
 		 1042 aa  629  1e-179  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.252212  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0357  type III restriction protein res subunit  35.01 
 
 		 1053 aa  391  1e-107  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0992  type III restriction protein res subunit  33.23 
 
 		 938 aa  354  5e-96  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.942343 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl314  DNA repair DNA/RNA helicase  32.45 
 
 		 905 aa  353  1e-95  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  4.84028e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2205  type III restriction protein res subunit  32.64 
 
 		 993 aa  342  2e-92  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1406  type III restriction protein res subunit  37.7 
 
 		 848 aa  336  1e-90  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1707  type III restriction protein res subunit  37.96 
 
 		 1287 aa  311  4e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.730362  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2523  type III restriction enzyme, res subunit  32.2 
 
 		 967 aa  299  2e-79  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0698946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2683  type III restriction enzyme, res subunit  31.43 
 
 		 1149 aa  299  2e-79  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0219186  normal  0.206239 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1438  type III restriction enzyme, res subunit  34.11 
 
 		 1077 aa  298  4e-79  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.977948  hitchhiker  0.0058487 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11440  DNA/RNA helicase, superfamily II  27.48 
 
 		 974 aa  298  4e-79  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000321567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3530  transposase, IS4 family protein  34.88 
 
 		 956 aa  298  5e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.793252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3192  type III restriction enzyme, res subunit  35.14 
 
 		 928 aa  297  8e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0759  type III restriction protein res subunit  31.99 
 
 		 812 aa  290  7e-77  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.535387  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2034  type III restriction protein res subunit  32.77 
 
 		 813 aa  289  2e-76  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3984  type III restriction protein res subunit  34.72 
 
 		 1418 aa  285  3.0000000000000004e-75  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0337  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  32.68 
 
 		 979 aa  283  1e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2052  helicase, putative  30.5 
 
 		 952 aa  280  8e-74  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2567  type III restriction protein res subunit  31.18 
 
 		 953 aa  280  8e-74  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2515  type III restriction enzyme, res subunit  31.18 
 
 		 953 aa  280  8e-74  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1920  type III restriction enzyme, res subunit  31.16 
 
 		 946 aa  278  3e-73  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1408  helicase, putative  32.23 
 
 		 987 aa  277  9e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1543  type III restriction protein res subunit  33.28 
 
 		 979 aa  271  7e-71  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3993  type III restriction protein res subunit  35.52 
 
 		 1348 aa  263  2e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2941  type III restriction protein res subunit  37.91 
 
 		 815 aa  253  9.000000000000001e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0035  superfamily II DNA/RNA helicase  28.37 
 
 		 949 aa  249  2e-64  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0259774  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0174  type III restriction protein, res subunit  30.1 
 
 		 949 aa  249  2e-64  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.927728  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1350  type III restriction protein res subunit  35.12 
 
 		 967 aa  245  3.9999999999999997e-63  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.810752  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3077  type III restriction protein res subunit  28.65 
 
 		 980 aa  236  2.0000000000000002e-60  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1001  superfamily II DNA/RNA helicase  33.08 
 
 		 773 aa  186  2.0000000000000003e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2616  type III restriction enzyme, res subunit  30.52 
 
 		 459 aa  152  3e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0606315  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2475  type III restriction protein res subunit  31.84 
 
 		 475 aa  150  1.0000000000000001e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0815969  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3307  type III restriction protein res subunit  28.01 
 
 		 536 aa  145  3e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010507  Mrad2831_6521  type III restriction protein res subunit  30.66 
 
 		 462 aa  139  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3020  type III restriction protein res subunit  31.11 
 
 		 581 aa  136  1.9999999999999998e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06707  DEAD/DEAH box helicase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G05530)  29.51 
 
 		 643 aa  129  2.0000000000000002e-28  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_88383  ATP-dependent DNA helicase  27.91 
 
 		 385 aa  130  2.0000000000000002e-28  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2280  type III restriction enzyme, res subunit  30.02 
 
 		 558 aa  129  4.0000000000000003e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3640  type III restriction protein res subunit  33.12 
 
 		 524 aa  128  5e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0725  DEAD/DEAH box helicase-like  29.46 
 
 		 469 aa  125  3e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2770  type III restriction enzyme, res subunit  31.5 
 
 		 560 aa  124  8e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.547342  normal  0.44654 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1235  type III restriction enzyme, res subunit  31.21 
 
 		 560 aa  123  1.9999999999999998e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.159231 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2845  type III restriction enzyme, res subunit  30.72 
 
 		 560 aa  122  3e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651077 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2653  type III restriction enzyme, res subunit  31.02 
 
 		 398 aa  122  4.9999999999999996e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.154004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1300  type III restriction enzyme, res subunit  31.02 
 
 		 560 aa  121  7e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.49268  normal  0.27314 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1080  type III restriction protein res subunit  30.23 
 
 		 607 aa  120  1.9999999999999998e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000886806  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2074  type III restriction enzyme, res subunit  30.72 
 
 		 560 aa  120  1.9999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.432643  normal  0.155491 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0480  type III restriction protein res subunit  30.48 
 
 		 606 aa  119  3.9999999999999997e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000916808  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2821  helicase domain-containing protein  29.45 
 
 		 545 aa  117  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127614  normal  0.294322 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3048  helicase domain protein  28.64 
 
 		 545 aa  115  5e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0891205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0069  Type III restriction enzyme, res subunit  28.99 
 
 		 629 aa  114  8.000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3418  helicase domain-containing protein  30.38 
 
 		 550 aa  113  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.326076 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1412  type III restriction protein res subunit  30.29 
 
 		 556 aa  113  2.0000000000000002e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00105152  normal  0.0540272 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2939  helicase domain protein  28.4 
 
 		 545 aa  112  3e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2606  type III restriction enzyme, res subunit  29.97 
 
 		 560 aa  112  4.0000000000000004e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2656  EcoEI R domain protein  26.38 
 
 		 811 aa  109  3e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0810  DEAD/DEAH box helicase-like  26.54 
 
 		 797 aa  107  8e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.135985  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2917  type III restriction enzyme, res subunit  27.22 
 
 		 538 aa  107  1e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.633235  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_006693  CNH02470  DEAD box family helicase, putative  24.12 
 
 		 706 aa  103  1e-20  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.384709  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3568  type III restriction protein res subunit  26.32 
 
 		 802 aa  103  2e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.427174  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1258  type III restriction protein res subunit  26.17 
 
 		 787 aa  102  5e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.377183  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0226  type III restriction protein res subunit  26.18 
 
 		 760 aa  102  5e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1575  type I restriction-modification system, R subunit  26.09 
 
 		 760 aa  101  8e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2990  EcoEI R domain protein  24.51 
 
 		 875 aa  101  9e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0270  DEAD/DEAH box helicase  27.04 
 
 		 790 aa  100  1e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.113163  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4882  type I restriction enzyme EcoEI R protein  27.53 
 
 		 809 aa  100  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4457  EcoEI R domain protein  27.32 
 
 		 771 aa  100  2e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1537  type III restriction protein res subunit  25.86 
 
 		 776 aa  98.6  5e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04062  type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit  26.22 
 
 		 796 aa  98.6  6e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1537  helicase domain-containing protein  29.01 
 
 		 569 aa  97.8  9e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.453838  normal  0.138046 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2082  putative helicase (DEAD/DEAH box helicase)  28.61 
 
 		 574 aa  97.4  1e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0844  type III restriction enzyme, res subunit  28.5 
 
 		 613 aa  97.4  1e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0616  Type I site-specific deoxyribonuclease  24.52 
 
 		 783 aa  97.1  1e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5278  type III restriction protein res subunit  24.23 
 
 		 899 aa  97.1  2e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02656  hypothetical protein  28.57 
 
 		 583 aa  96.3  3e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2892  type III restriction protein res subunit  25.57 
 
 		 583 aa  95.9  3e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>