More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_0821 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_3738  type III restriction protein res subunit  37.79 
 
 		 1035 aa  654    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1359  helicase, putative  77.4 
 
 		 1041 aa  1718    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3374  putative helicase  38.91 
 
 		 1017 aa  663    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.175998  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0368  helicase  40.48 
 
 		 982 aa  668    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4503  type III restriction enzyme, res subunit  36.73 
 
 		 1052 aa  667    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000814753 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0449  type III restriction enzyme, res subunit  39.98 
 
 		 1062 aa  726    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.457161  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2492  type III restriction protein res subunit  40.53 
 
 		 1066 aa  662    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.964  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3869  type III restriction enzyme, res subunit  38.15 
 
 		 1033 aa  650    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0301  type III restriction enzyme, res subunit  37.72 
 
 		 1051 aa  652    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.177385  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0360  type III restriction protein res subunit  38.03 
 
 		 1055 aa  674    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0821  type III restriction protein res subunit  100 
 
 		 1042 aa  2155    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0473136 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4011  type III restriction protein res subunit  38.15 
 
 		 1033 aa  641    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0370  type III restriction protein res subunit  38.11 
 
 		 1055 aa  677    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0484136  hitchhiker  0.000113274 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3842  type III restriction enzyme, res subunit  37.66 
 
 		 1061 aa  662    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0909  type III restriction protein res subunit  73.65 
 
 		 1042 aa  1630    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.252212  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3809  type III restriction enzyme, res subunit  37.33 
 
 		 1033 aa  638    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1910  type III restriction enzyme, res subunit  39.18 
 
 		 1043 aa  680    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0362  type III restriction enzyme, res subunit  38.11 
 
 		 1055 aa  675    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8756  type III restriction enzyme, res subunit  38.28 
 
 		 1028 aa  633  1e-180  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.999301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0977  type III restriction enzyme, res subunit  36.74 
 
 		 1063 aa  634  1e-180  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1089  type III restriction protein res subunit  36 
 
 		 1051 aa  624  1e-177  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0822  DEAD/DEAH box helicase-like  36.21 
 
 		 1065 aa  613  9.999999999999999e-175  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.317818  normal  0.201991 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17070  DNA/RNA helicase, superfamily II  36.99 
 
 		 1031 aa  608  9.999999999999999e-173  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3182  type III restriction protein res subunit  37.31 
 
 		 1029 aa  602  1e-170  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4288  type III restriction protein res subunit  32.54 
 
 		 1058 aa  508  9.999999999999999e-143  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2205  type III restriction protein res subunit  30.31 
 
 		 993 aa  393  1e-108  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0357  type III restriction protein res subunit  35.4 
 
 		 1053 aa  386  1e-105  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl314  DNA repair DNA/RNA helicase  32.46 
 
 		 905 aa  322  3e-86  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  4.84028e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11440  DNA/RNA helicase, superfamily II  31.79 
 
 		 974 aa  320  1e-85  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000321567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3530  transposase, IS4 family protein  30.87 
 
 		 956 aa  315  2.9999999999999996e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.793252  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1707  type III restriction protein res subunit  35.71 
 
 		 1287 aa  314  6.999999999999999e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.730362  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1920  type III restriction enzyme, res subunit  31.64 
 
 		 946 aa  313  1e-83  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2683  type III restriction enzyme, res subunit  31.81 
 
 		 1149 aa  311  2.9999999999999997e-83  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0219186  normal  0.206239 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3192  type III restriction enzyme, res subunit  30.76 
 
 		 928 aa  311  4e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245022  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2052  helicase, putative  27.1 
 
 		 952 aa  311  5.9999999999999995e-83  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2567  type III restriction protein res subunit  26.23 
 
 		 953 aa  299  2e-79  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2515  type III restriction enzyme, res subunit  26.23 
 
 		 953 aa  299  2e-79  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3984  type III restriction protein res subunit  33.58 
 
 		 1418 aa  288  4e-76  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1438  type III restriction enzyme, res subunit  33.91 
 
 		 1077 aa  287  9e-76  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.977948  hitchhiker  0.0058487 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0992  type III restriction protein res subunit  33.96 
 
 		 938 aa  282  3e-74  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.942343 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1406  type III restriction protein res subunit  27.66 
 
 		 848 aa  276  1.0000000000000001e-72  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0035  superfamily II DNA/RNA helicase  31.31 
 
 		 949 aa  276  2.0000000000000002e-72  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0259774  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0759  type III restriction protein res subunit  31.33 
 
 		 812 aa  275  4.0000000000000004e-72  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.535387  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2034  type III restriction protein res subunit  32.14 
 
 		 813 aa  274  6e-72  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0174  type III restriction protein, res subunit  30.85 
 
 		 949 aa  273  2e-71  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.927728  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3993  type III restriction protein res subunit  33.17 
 
 		 1348 aa  263  2e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2941  type III restriction protein res subunit  29.8 
 
 		 815 aa  260  9e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2523  type III restriction enzyme, res subunit  31.05 
 
 		 967 aa  256  1.0000000000000001e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0698946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0337  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  31.38 
 
 		 979 aa  252  3e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3077  type III restriction protein res subunit  29.01 
 
 		 980 aa  243  2e-62  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1408  helicase, putative  31.42 
 
 		 987 aa  242  2.9999999999999997e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1543  type III restriction protein res subunit  29.39 
 
 		 979 aa  239  3e-61  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1350  type III restriction protein res subunit  34.66 
 
 		 967 aa  225  3e-57  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.810752  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1001  superfamily II DNA/RNA helicase  33.24 
 
 		 773 aa  154  5.9999999999999996e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2475  type III restriction protein res subunit  30.73 
 
 		 475 aa  145  4e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0815969  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0725  DEAD/DEAH box helicase-like  30.14 
 
 		 469 aa  134  6e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3020  type III restriction protein res subunit  30.47 
 
 		 581 aa  132  4.0000000000000003e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2616  type III restriction enzyme, res subunit  28.42 
 
 		 459 aa  130  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0606315  n/a   
 
 
-
 
NC_010507  Mrad2831_6521  type III restriction protein res subunit  29.75 
 
 		 462 aa  124  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3307  type III restriction protein res subunit  27.2 
 
 		 536 aa  121  6e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0480  type III restriction protein res subunit  27.5 
 
 		 606 aa  113  1.0000000000000001e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000916808  n/a   
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3640  type III restriction protein res subunit  30.41 
 
 		 524 aa  113  2.0000000000000002e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1080  type III restriction protein res subunit  26.75 
 
 		 607 aa  112  3e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000886806  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2280  type III restriction enzyme, res subunit  26.46 
 
 		 558 aa  112  3e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0810  DEAD/DEAH box helicase-like  27.49 
 
 		 797 aa  110  1e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.135985  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0069  Type III restriction enzyme, res subunit  27.65 
 
 		 629 aa  107  2e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1412  type III restriction protein res subunit  27.81 
 
 		 556 aa  106  2e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00105152  normal  0.0540272 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0226  type III restriction protein res subunit  28.36 
 
 		 760 aa  104  7e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1575  type I restriction-modification system, R subunit  28.36 
 
 		 760 aa  104  8e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3568  type III restriction protein res subunit  28.23 
 
 		 802 aa  104  1e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.427174  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1537  type III restriction protein res subunit  28.15 
 
 		 776 aa  103  2e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_88383  ATP-dependent DNA helicase  25.15 
 
 		 385 aa  103  3e-20  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04062  type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit  26.79 
 
 		 796 aa  101  8e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0616  Type I site-specific deoxyribonuclease  27.86 
 
 		 783 aa  99  5e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1637  Type I site-specific deoxyribonuclease  28.46 
 
 		 804 aa  98.2  7e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.000133951  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3048  helicase domain protein  26.69 
 
 		 545 aa  97.8  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0891205  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2656  EcoEI R domain protein  26.31 
 
 		 811 aa  95.9  3e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4457  EcoEI R domain protein  26.4 
 
 		 771 aa  94.4  1e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2821  helicase domain-containing protein  26.91 
 
 		 545 aa  94  1e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127614  normal  0.294322 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0270  DEAD/DEAH box helicase  27.96 
 
 		 790 aa  93.2  2e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.113163  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1000  helicase, putative  80.39 
 
 		 67 aa  92.8  3e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1258  type III restriction protein res subunit  25.07 
 
 		 787 aa  92  6e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.377183  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4808  type III restriction enzyme, res subunit  26.6 
 
 		 1137 aa  90.9  1e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.564367  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2939  helicase domain protein  24.32 
 
 		 545 aa  91.3  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4712  type III restriction enzyme, res subunit  26.6 
 
 		 1137 aa  90.9  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0150  type III restriction enzyme, res subunit  24.95 
 
 		 860 aa  90.1  2e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1238  hypothetical protein  26.3 
 
 		 1131 aa  89  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1234  type III restriction enzyme, res subunit  27.32 
 
 		 829 aa  88.6  5e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1283  EcoEI R domain-containing protein  26.89 
 
 		 765 aa  88.6  5e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3418  helicase domain-containing protein  24.2 
 
 		 550 aa  88.6  6e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.326076 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2990  EcoEI R domain protein  24.76 
 
 		 875 aa  87.8  9e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2877  type III restriction protein res subunit  26.67 
 
 		 1137 aa  87.8  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5278  type III restriction protein res subunit  25.55 
 
 		 899 aa  87.8  0.000000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0344  type I restriction-modification system, R subunit  24.75 
 
 		 770 aa  87  0.000000000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.00000108762  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2867  EcoEI R domain-containing protein  26.12 
 
 		 821 aa  86.7  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0503  EcoEI R domain-containing protein  26.85 
 
 		 824 aa  86.3  0.000000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000156579  normal  0.0688429 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1976  EcoEI R domain-containing protein  26.86 
 
 		 825 aa  85.9  0.000000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.411939  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0160  type III restriction enzyme, res subunit  27.7 
 
 		 1137 aa  85.1  0.000000000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0444998  normal  0.740458 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0388  type III restriction protein res subunit  25.27 
 
 		 907 aa  84.7  0.000000000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000267171 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1895  EcoEI R domain-containing protein  26.6 
 
 		 780 aa  84.3  0.000000000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0749811  hitchhiker  0.00699891 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>