More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU1359 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1359  helicase, putative  100 
 
 		 1041 aa  2140    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0449  type III restriction enzyme, res subunit  40.32 
 
 		 1062 aa  752    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.457161  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3374  putative helicase  39.54 
 
 		 1017 aa  697    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.175998  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0368  helicase  41.18 
 
 		 982 aa  713    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1089  type III restriction protein res subunit  37.84 
 
 		 1051 aa  649    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2492  type III restriction protein res subunit  42.58 
 
 		 1066 aa  694    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.964  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3738  type III restriction protein res subunit  38.69 
 
 		 1035 aa  659    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0301  type III restriction enzyme, res subunit  37.65 
 
 		 1051 aa  676    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.177385  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0360  type III restriction protein res subunit  38.74 
 
 		 1055 aa  708    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0909  type III restriction protein res subunit  77.17 
 
 		 1042 aa  1705    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.252212  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0362  type III restriction enzyme, res subunit  38.84 
 
 		 1055 aa  708    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4503  type III restriction enzyme, res subunit  38.96 
 
 		 1052 aa  683    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000814753 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3842  type III restriction enzyme, res subunit  36.99 
 
 		 1061 aa  681    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0370  type III restriction protein res subunit  38.74 
 
 		 1055 aa  709    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0484136  hitchhiker  0.000113274 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0977  type III restriction enzyme, res subunit  37.54 
 
 		 1063 aa  659    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8756  type III restriction enzyme, res subunit  38.4 
 
 		 1028 aa  645    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.999301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3809  type III restriction enzyme, res subunit  37.96 
 
 		 1033 aa  646    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1910  type III restriction enzyme, res subunit  39.58 
 
 		 1043 aa  706    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0821  type III restriction protein res subunit  77.4 
 
 		 1042 aa  1718    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0473136 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3182  type III restriction protein res subunit  38.51 
 
 		 1029 aa  632  1e-180  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17070  DNA/RNA helicase, superfamily II  37.53 
 
 		 1031 aa  626  1e-178  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3869  type III restriction enzyme, res subunit  37.79 
 
 		 1033 aa  621  1e-176  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0822  DEAD/DEAH box helicase-like  36.24 
 
 		 1065 aa  616  1e-175  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.317818  normal  0.201991 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4011  type III restriction protein res subunit  38.16 
 
 		 1033 aa  612  1e-173  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4288  type III restriction protein res subunit  34.87 
 
 		 1058 aa  531  1e-149  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0357  type III restriction protein res subunit  30.63 
 
 		 1053 aa  450  1e-125  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2205  type III restriction protein res subunit  28.94 
 
 		 993 aa  396  1e-108  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3530  transposase, IS4 family protein  32.59 
 
 		 956 aa  340  7e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.793252  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl314  DNA repair DNA/RNA helicase  32.21 
 
 		 905 aa  340  9.999999999999999e-92  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  4.84028e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3192  type III restriction enzyme, res subunit  32.41 
 
 		 928 aa  335  2e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245022  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11440  DNA/RNA helicase, superfamily II  26.31 
 
 		 974 aa  318  2e-85  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000321567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1707  type III restriction protein res subunit  37.18 
 
 		 1287 aa  313  1e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.730362  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2052  helicase, putative  27.36 
 
 		 952 aa  311  2.9999999999999997e-83  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2683  type III restriction enzyme, res subunit  26.98 
 
 		 1149 aa  308  4.0000000000000004e-82  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0219186  normal  0.206239 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1920  type III restriction enzyme, res subunit  31.03 
 
 		 946 aa  306  1.0000000000000001e-81  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1406  type III restriction protein res subunit  29.32 
 
 		 848 aa  303  9e-81  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2515  type III restriction enzyme, res subunit  26.51 
 
 		 953 aa  298  2e-79  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2567  type III restriction protein res subunit  26.51 
 
 		 953 aa  298  2e-79  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1438  type III restriction enzyme, res subunit  34.75 
 
 		 1077 aa  293  1e-77  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.977948  hitchhiker  0.0058487 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0992  type III restriction protein res subunit  36.32 
 
 		 938 aa  293  2e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.942343 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0035  superfamily II DNA/RNA helicase  32.01 
 
 		 949 aa  288  2.9999999999999996e-76  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0259774  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0759  type III restriction protein res subunit  31.31 
 
 		 812 aa  276  2.0000000000000002e-72  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.535387  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3984  type III restriction protein res subunit  33.03 
 
 		 1418 aa  271  5.9999999999999995e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2523  type III restriction enzyme, res subunit  31.74 
 
 		 967 aa  270  1e-70  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0698946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0174  type III restriction protein, res subunit  28.36 
 
 		 949 aa  262  3e-68  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.927728  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2941  type III restriction protein res subunit  29.64 
 
 		 815 aa  261  4e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0337  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  32.41 
 
 		 979 aa  261  6e-68  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2034  type III restriction protein res subunit  30.51 
 
 		 813 aa  260  9e-68  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1350  type III restriction protein res subunit  30.06 
 
 		 967 aa  260  1e-67  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.810752  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3993  type III restriction protein res subunit  31.6 
 
 		 1348 aa  260  1e-67  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1408  helicase, putative  30.6 
 
 		 987 aa  253  1e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1543  type III restriction protein res subunit  30.21 
 
 		 979 aa  253  1e-65  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3077  type III restriction protein res subunit  29.06 
 
 		 980 aa  247  9.999999999999999e-64  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1001  superfamily II DNA/RNA helicase  33.79 
 
 		 773 aa  157  8e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2475  type III restriction protein res subunit  31.65 
 
 		 475 aa  152  3e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0815969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2616  type III restriction enzyme, res subunit  28.93 
 
 		 459 aa  137  8e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0606315  n/a   
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3640  type III restriction protein res subunit  33.92 
 
 		 524 aa  134  6.999999999999999e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010507  Mrad2831_6521  type III restriction protein res subunit  30.61 
 
 		 462 aa  131  7.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0480  type III restriction protein res subunit  27.87 
 
 		 606 aa  130  9.000000000000001e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000916808  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1080  type III restriction protein res subunit  27.75 
 
 		 607 aa  130  2.0000000000000002e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000886806  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0725  DEAD/DEAH box helicase-like  30.58 
 
 		 469 aa  129  2.0000000000000002e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2280  type III restriction enzyme, res subunit  28.67 
 
 		 558 aa  126  2e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3020  type III restriction protein res subunit  28.29 
 
 		 581 aa  123  1.9999999999999998e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3307  type III restriction protein res subunit  28.03 
 
 		 536 aa  119  3.9999999999999997e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_88383  ATP-dependent DNA helicase  26.92 
 
 		 385 aa  118  6e-25  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1537  type III restriction protein res subunit  29.06 
 
 		 776 aa  115  3e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0069  Type III restriction enzyme, res subunit  28.83 
 
 		 629 aa  115  4.0000000000000004e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1412  type III restriction protein res subunit  28.37 
 
 		 556 aa  113  2.0000000000000002e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00105152  normal  0.0540272 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0810  DEAD/DEAH box helicase-like  27.68 
 
 		 797 aa  112  5e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.135985  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3568  type III restriction protein res subunit  27.59 
 
 		 802 aa  109  2e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.427174  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0226  type III restriction protein res subunit  27.64 
 
 		 760 aa  110  2e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1575  type I restriction-modification system, R subunit  27.64 
 
 		 760 aa  109  2e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1637  Type I site-specific deoxyribonuclease  28.25 
 
 		 804 aa  107  1e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.000133951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0616  Type I site-specific deoxyribonuclease  28.03 
 
 		 783 aa  106  3e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0150  type III restriction enzyme, res subunit  26.94 
 
 		 860 aa  105  3e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06707  DEAD/DEAH box helicase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G05530)  26.8 
 
 		 643 aa  104  9e-21  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1000  helicase, putative  75.81 
 
 		 67 aa  102  5e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4457  EcoEI R domain protein  26.46 
 
 		 771 aa  101  9e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2656  EcoEI R domain protein  27.74 
 
 		 811 aa  100  1e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1258  type III restriction protein res subunit  28.19 
 
 		 787 aa  100  2e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.377183  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1283  EcoEI R domain-containing protein  28.39 
 
 		 765 aa  100  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1234  type III restriction enzyme, res subunit  28.54 
 
 		 829 aa  99.4  4e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2770  type III restriction enzyme, res subunit  27.75 
 
 		 560 aa  99  4e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.547342  normal  0.44654 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1976  EcoEI R domain-containing protein  28.21 
 
 		 825 aa  98.2  7e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.411939  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0344  type I restriction-modification system, R subunit  25.06 
 
 		 770 aa  98.2  7e-19  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.00000108762  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2867  EcoEI R domain-containing protein  27.69 
 
 		 821 aa  97.8  8e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2653  type III restriction enzyme, res subunit  26.92 
 
 		 398 aa  97.8  1e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.154004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0270  DEAD/DEAH box helicase  27.08 
 
 		 790 aa  96.7  2e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.113163  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1235  type III restriction enzyme, res subunit  27.15 
 
 		 560 aa  97.1  2e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.159231 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2074  type III restriction enzyme, res subunit  26.92 
 
 		 560 aa  96.7  2e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.432643  normal  0.155491 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1895  EcoEI R domain-containing protein  27.95 
 
 		 780 aa  96.7  2e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0749811  hitchhiker  0.00699891 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1300  type III restriction enzyme, res subunit  26.92 
 
 		 560 aa  95.9  3e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.49268  normal  0.27314 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6047  type I restriction-modification system subunit R  27.89 
 
 		 788 aa  95.9  4e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.494965  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2606  type III restriction enzyme, res subunit  27.47 
 
 		 560 aa  95.5  5e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0503  EcoEI R domain-containing protein  27.95 
 
 		 824 aa  94.7  7e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000156579  normal  0.0688429 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2939  helicase domain protein  26.3 
 
 		 545 aa  94.7  8e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2845  type III restriction enzyme, res subunit  26.92 
 
 		 560 aa  94.7  8e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651077 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4882  type I restriction enzyme EcoEI R protein  26.89 
 
 		 809 aa  94.4  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5861  type III restriction enzyme domain protein  28.01 
 
 		 810 aa  94.4  9e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04062  type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit  25.06 
 
 		 796 aa  94.7  9e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>