More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lreu_0174 on replicon NC_009513
Organism: Lactobacillus reuteri DSM 20016



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009513  Lreu_0174  type III restriction protein, res subunit  100 
 
 		 949 aa  1971    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.927728  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2052  helicase, putative  39.1 
 
 		 952 aa  681    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2567  type III restriction protein res subunit  40.13 
 
 		 953 aa  677    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0035  superfamily II DNA/RNA helicase  62.09 
 
 		 949 aa  1226    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0259774  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2515  type III restriction enzyme, res subunit  40.13 
 
 		 953 aa  677    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3077  type III restriction protein res subunit  39.3 
 
 		 980 aa  656    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1920  type III restriction enzyme, res subunit  39.32 
 
 		 946 aa  657    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11440  DNA/RNA helicase, superfamily II  37.74 
 
 		 974 aa  631  1e-179  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000321567  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2683  type III restriction enzyme, res subunit  37.53 
 
 		 1149 aa  622  1e-176  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0219186  normal  0.206239 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0357  type III restriction protein res subunit  32.4 
 
 		 1053 aa  433  1e-120  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2205  type III restriction protein res subunit  29.63 
 
 		 993 aa  415  1e-114  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1707  type III restriction protein res subunit  35.61 
 
 		 1287 aa  335  3e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.730362  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2034  type III restriction protein res subunit  31.71 
 
 		 813 aa  308  3e-82  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1406  type III restriction protein res subunit  31.91 
 
 		 848 aa  301  5e-80  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2941  type III restriction protein res subunit  33.18 
 
 		 815 aa  299  1e-79  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0759  type III restriction protein res subunit  30.71 
 
 		 812 aa  291  4e-77  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.535387  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3984  type III restriction protein res subunit  30.65 
 
 		 1418 aa  289  1e-76  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1408  helicase, putative  33.08 
 
 		 987 aa  288  2.9999999999999996e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0992  type III restriction protein res subunit  31.8 
 
 		 938 aa  286  1.0000000000000001e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.942343 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0337  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  32.32 
 
 		 979 aa  281  6e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2523  type III restriction enzyme, res subunit  30.77 
 
 		 967 aa  279  2e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0698946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0449  type III restriction enzyme, res subunit  33.33 
 
 		 1062 aa  277  9e-73  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.457161  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3530  transposase, IS4 family protein  32.95 
 
 		 956 aa  274  4.0000000000000004e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.793252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3993  type III restriction protein res subunit  29.72 
 
 		 1348 aa  274  6e-72  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0821  type III restriction protein res subunit  30.85 
 
 		 1042 aa  273  1e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0473136 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1543  type III restriction protein res subunit  29.95 
 
 		 979 aa  272  2e-71  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2492  type III restriction protein res subunit  31.88 
 
 		 1066 aa  272  2e-71  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3192  type III restriction enzyme, res subunit  33.61 
 
 		 928 aa  271  4e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245022  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0822  DEAD/DEAH box helicase-like  35.35 
 
 		 1065 aa  271  5.9999999999999995e-71  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.317818  normal  0.201991 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0909  type III restriction protein res subunit  29.6 
 
 		 1042 aa  266  1e-69  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.252212  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4288  type III restriction protein res subunit  29.83 
 
 		 1058 aa  264  6e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1359  helicase, putative  28.36 
 
 		 1041 aa  262  3e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1438  type III restriction enzyme, res subunit  30.77 
 
 		 1077 aa  261  4e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.977948  hitchhiker  0.0058487 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3374  putative helicase  32.97 
 
 		 1017 aa  260  9e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.175998  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0977  type III restriction enzyme, res subunit  32.56 
 
 		 1063 aa  259  2e-67  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4011  type III restriction protein res subunit  30.87 
 
 		 1033 aa  257  6e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0368  helicase  30.76 
 
 		 982 aa  257  7e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8756  type III restriction enzyme, res subunit  32.19 
 
 		 1028 aa  257  8e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.999301  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl314  DNA repair DNA/RNA helicase  28.73 
 
 		 905 aa  255  2.0000000000000002e-66  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  4.84028e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3869  type III restriction enzyme, res subunit  30.42 
 
 		 1033 aa  255  3e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1089  type III restriction protein res subunit  30.74 
 
 		 1051 aa  254  8.000000000000001e-66  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1910  type III restriction enzyme, res subunit  31.51 
 
 		 1043 aa  253  1e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0362  type III restriction enzyme, res subunit  32.66 
 
 		 1055 aa  251  5e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0360  type III restriction protein res subunit  32.66 
 
 		 1055 aa  251  5e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3842  type III restriction enzyme, res subunit  31.25 
 
 		 1061 aa  251  5e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0370  type III restriction protein res subunit  32.85 
 
 		 1055 aa  251  5e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0484136  hitchhiker  0.000113274 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4503  type III restriction enzyme, res subunit  28.46 
 
 		 1052 aa  249  1e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000814753 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3809  type III restriction enzyme, res subunit  30.1 
 
 		 1033 aa  249  2e-64  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0301  type III restriction enzyme, res subunit  31.25 
 
 		 1051 aa  244  7.999999999999999e-63  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.177385  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1350  type III restriction protein res subunit  33.19 
 
 		 967 aa  236  1.0000000000000001e-60  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.810752  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3182  type III restriction protein res subunit  29.93 
 
 		 1029 aa  231  4e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17070  DNA/RNA helicase, superfamily II  29.21 
 
 		 1031 aa  231  5e-59  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3738  type III restriction protein res subunit  30.05 
 
 		 1035 aa  228  3e-58  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1001  superfamily II DNA/RNA helicase  28.42 
 
 		 773 aa  144  9e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3640  type III restriction protein res subunit  28.9 
 
 		 524 aa  136  1.9999999999999998e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2475  type III restriction protein res subunit  29.21 
 
 		 475 aa  136  1.9999999999999998e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0815969  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2606  type III restriction enzyme, res subunit  29.13 
 
 		 560 aa  127  9e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006693  CNH02470  DEAD box family helicase, putative  27.76 
 
 		 706 aa  125  4e-27  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.384709  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1080  type III restriction protein res subunit  27.16 
 
 		 607 aa  124  6e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000886806  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0480  type III restriction protein res subunit  28.9 
 
 		 606 aa  124  9.999999999999999e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000916808  n/a   
 
 
-
 
NC_010507  Mrad2831_6521  type III restriction protein res subunit  25.71 
 
 		 462 aa  120  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0069  Type III restriction enzyme, res subunit  25.73 
 
 		 629 aa  117  1.0000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2616  type III restriction enzyme, res subunit  25.07 
 
 		 459 aa  116  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0606315  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0725  DEAD/DEAH box helicase-like  27.93 
 
 		 469 aa  114  7.000000000000001e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3307  type III restriction protein res subunit  26.72 
 
 		 536 aa  114  7.000000000000001e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1235  type III restriction enzyme, res subunit  27.38 
 
 		 560 aa  113  2.0000000000000002e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.159231 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2770  type III restriction enzyme, res subunit  27.68 
 
 		 560 aa  113  2.0000000000000002e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.547342  normal  0.44654 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0226  type III restriction protein res subunit  26.09 
 
 		 760 aa  112  5e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1575  type I restriction-modification system, R subunit  26.09 
 
 		 760 aa  111  8.000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1412  type III restriction protein res subunit  27.45 
 
 		 556 aa  110  1e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00105152  normal  0.0540272 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2280  type III restriction enzyme, res subunit  28.27 
 
 		 558 aa  110  2e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0810  DEAD/DEAH box helicase-like  25.78 
 
 		 797 aa  108  4e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.135985  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2821  helicase domain-containing protein  26.26 
 
 		 545 aa  108  6e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127614  normal  0.294322 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3048  helicase domain protein  26.92 
 
 		 545 aa  107  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0891205  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2074  type III restriction enzyme, res subunit  26.79 
 
 		 560 aa  107  1e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.432643  normal  0.155491 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2656  EcoEI R domain protein  26.29 
 
 		 811 aa  107  1e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2653  type III restriction enzyme, res subunit  26.79 
 
 		 398 aa  107  2e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.154004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1300  type III restriction enzyme, res subunit  26.49 
 
 		 560 aa  105  3e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.49268  normal  0.27314 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0150  type III restriction enzyme, res subunit  30.97 
 
 		 860 aa  104  8e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3568  type III restriction protein res subunit  26.32 
 
 		 802 aa  103  1e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.427174  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2845  type III restriction enzyme, res subunit  26.49 
 
 		 560 aa  103  1e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651077 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2939  helicase domain protein  26.1 
 
 		 545 aa  102  3e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_88383  ATP-dependent DNA helicase  27.09 
 
 		 385 aa  102  3e-20  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1637  Type I site-specific deoxyribonuclease  28.1 
 
 		 804 aa  101  7e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.000133951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0960  type III restriction protein res subunit  24.93 
 
 		 485 aa  101  7e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1218  type III restriction protein res subunit  24.93 
 
 		 485 aa  101  8e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00150525 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0616  Type I site-specific deoxyribonuclease  29.46 
 
 		 783 aa  100  9e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06707  DEAD/DEAH box helicase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G05530)  23.36 
 
 		 643 aa  100  2e-19  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4457  EcoEI R domain protein  25.32 
 
 		 771 aa  100  2e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04062  type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit  26.49 
 
 		 796 aa  99  3e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1537  type III restriction protein res subunit  25.89 
 
 		 776 aa  99  4e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0773  type III restriction protein res subunit  25.78 
 
 		 463 aa  97.8  9e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0952838  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3456  type III restriction enzyme, res subunit  28.05 
 
 		 597 aa  97.4  1e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0785  EcoEI R domain-containing protein  26.65 
 
 		 791 aa  97.4  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.519017  normal  0.352411 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0896  type III restriction protein res subunit  25.66 
 
 		 479 aa  97.4  1e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5278  type III restriction protein res subunit  24.82 
 
 		 899 aa  96.7  2e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2917  type III restriction enzyme, res subunit  23.74 
 
 		 538 aa  96.3  3e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.633235  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1025  type III restriction enzyme, res subunit  24.66 
 
 		 753 aa  95.5  4e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0708  type III restriction protein res subunit  25.44 
 
 		 479 aa  95.5  5e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.922597 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1032  type III restriction protein res subunit  25.36 
 
 		 479 aa  95.1  6e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>