More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_1438 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009429  Rsph17025_3530  transposase, IS4 family protein  55.16 
 
 		 956 aa  659    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.793252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3993  type III restriction protein res subunit  40.74 
 
 		 1348 aa  653    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3984  type III restriction protein res subunit  40.07 
 
 		 1418 aa  705    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0992  type III restriction protein res subunit  54.5 
 
 		 938 aa  709    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.942343 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1438  type III restriction enzyme, res subunit  100 
 
 		 1077 aa  2203    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.977948  hitchhiker  0.0058487 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3192  type III restriction enzyme, res subunit  54.65 
 
 		 928 aa  652    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245022  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1707  type III restriction protein res subunit  45.15 
 
 		 1287 aa  622  1e-176  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.730362  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0337  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  39.86 
 
 		 979 aa  556  1e-157  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2523  type III restriction enzyme, res subunit  39.04 
 
 		 967 aa  558  1e-157  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0698946  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1408  helicase, putative  41.12 
 
 		 987 aa  541  9.999999999999999e-153  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2034  type III restriction protein res subunit  35.86 
 
 		 813 aa  506  1e-141  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1406  type III restriction protein res subunit  37 
 
 		 848 aa  503  1e-140  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2941  type III restriction protein res subunit  37.26 
 
 		 815 aa  491  1e-137  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0759  type III restriction protein res subunit  34.74 
 
 		 812 aa  468  9.999999999999999e-131  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.535387  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0357  type III restriction protein res subunit  31.87 
 
 		 1053 aa  386  1e-105  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1543  type III restriction protein res subunit  32.13 
 
 		 979 aa  351  4e-95  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2205  type III restriction protein res subunit  34.65 
 
 		 993 aa  351  4e-95  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1089  type III restriction protein res subunit  37.48 
 
 		 1051 aa  347  6e-94  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11440  DNA/RNA helicase, superfamily II  34.55 
 
 		 974 aa  341  5e-92  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000321567  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0977  type III restriction enzyme, res subunit  36.79 
 
 		 1063 aa  336  1e-90  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0449  type III restriction enzyme, res subunit  34.98 
 
 		 1062 aa  330  7e-89  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.457161  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8756  type III restriction enzyme, res subunit  37.07 
 
 		 1028 aa  330  1.0000000000000001e-88  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.999301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1920  type III restriction enzyme, res subunit  32.17 
 
 		 946 aa  324  5e-87  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1350  type III restriction protein res subunit  37.81 
 
 		 967 aa  324  5e-87  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.810752  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2683  type III restriction enzyme, res subunit  34.9 
 
 		 1149 aa  323  9.999999999999999e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0219186  normal  0.206239 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3738  type III restriction protein res subunit  37.09 
 
 		 1035 aa  322  1.9999999999999998e-86  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3182  type III restriction protein res subunit  36.96 
 
 		 1029 aa  315  2.9999999999999996e-84  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2567  type III restriction protein res subunit  32.68 
 
 		 953 aa  313  2e-83  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2515  type III restriction enzyme, res subunit  32.68 
 
 		 953 aa  313  2e-83  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3374  putative helicase  34.78 
 
 		 1017 aa  306  1.0000000000000001e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.175998  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2052  helicase, putative  31.82 
 
 		 952 aa  306  2.0000000000000002e-81  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3869  type III restriction enzyme, res subunit  35.92 
 
 		 1033 aa  304  5.000000000000001e-81  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2492  type III restriction protein res subunit  34.63 
 
 		 1066 aa  304  6.000000000000001e-81  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0370  type III restriction protein res subunit  32.53 
 
 		 1055 aa  302  2e-80  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0484136  hitchhiker  0.000113274 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4503  type III restriction enzyme, res subunit  30.72 
 
 		 1052 aa  302  2e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000814753 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0360  type III restriction protein res subunit  32.53 
 
 		 1055 aa  302  3e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0362  type III restriction enzyme, res subunit  32.53 
 
 		 1055 aa  301  4e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0368  helicase  33.18 
 
 		 982 aa  301  5e-80  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4011  type III restriction protein res subunit  35.33 
 
 		 1033 aa  300  1e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1910  type III restriction enzyme, res subunit  33.8 
 
 		 1043 aa  299  2e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3809  type III restriction enzyme, res subunit  34.11 
 
 		 1033 aa  298  4e-79  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1359  helicase, putative  34.75 
 
 		 1041 aa  293  1e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3842  type III restriction enzyme, res subunit  30.32 
 
 		 1061 aa  291  4e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0909  type III restriction protein res subunit  34.17 
 
 		 1042 aa  291  4e-77  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.252212  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0821  type III restriction protein res subunit  33.91 
 
 		 1042 aa  287  9e-76  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0473136 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0301  type III restriction enzyme, res subunit  31.85 
 
 		 1051 aa  287  1.0000000000000001e-75  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.177385  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17070  DNA/RNA helicase, superfamily II  34.96 
 
 		 1031 aa  286  2.0000000000000002e-75  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4288  type III restriction protein res subunit  33.38 
 
 		 1058 aa  286  2.0000000000000002e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0035  superfamily II DNA/RNA helicase  30.34 
 
 		 949 aa  276  1.0000000000000001e-72  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0259774  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0822  DEAD/DEAH box helicase-like  33.08 
 
 		 1065 aa  274  7e-72  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.317818  normal  0.201991 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3077  type III restriction protein res subunit  34.87 
 
 		 980 aa  272  2e-71  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0174  type III restriction protein, res subunit  30.77 
 
 		 949 aa  261  5.0000000000000005e-68  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.927728  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl314  DNA repair DNA/RNA helicase  27.53 
 
 		 905 aa  227  1e-57  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  4.84028e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1001  superfamily II DNA/RNA helicase  37.87 
 
 		 773 aa  209  3e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3307  type III restriction protein res subunit  32.39 
 
 		 536 aa  166  2.0000000000000002e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_88383  ATP-dependent DNA helicase  30.84 
 
 		 385 aa  163  2e-38  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2475  type III restriction protein res subunit  33.82 
 
 		 475 aa  160  1e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0815969  normal  1 
 
 
-
 
NC_010507  Mrad2831_6521  type III restriction protein res subunit  35.5 
 
 		 462 aa  157  9e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2616  type III restriction enzyme, res subunit  31.5 
 
 		 459 aa  155  2.9999999999999998e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0606315  n/a   
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3640  type III restriction protein res subunit  35.63 
 
 		 524 aa  155  4e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0725  DEAD/DEAH box helicase-like  30.99 
 
 		 469 aa  155  5e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06707  DEAD/DEAH box helicase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G05530)  28.16 
 
 		 643 aa  145  4e-33  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2227  diadenosine tetraphosphate (Ap4A) hydrolase and other HIT family hydrolases  53.28 
 
 		 122 aa  144  9e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1004  histidine triad (HIT) protein  52.46 
 
 		 125 aa  143  9.999999999999999e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04560  histidine triad (HIT) protein  49.59 
 
 		 122 aa  143  1.9999999999999998e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4565  histidine triad (HIT) protein  54.33 
 
 		 130 aa  138  5e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1435  histidine triad (HIT) protein  52.07 
 
 		 126 aa  138  5e-31  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.657133  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1209  histidine triad (HIT) protein  52.42 
 
 		 131 aa  138  6.0000000000000005e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.818472  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1576  putative hydrolase  53.28 
 
 		 182 aa  136  1.9999999999999998e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.031095  normal  1 
 
 
-
 
NC_006693  CNH02470  DEAD box family helicase, putative  27.12 
 
 		 706 aa  135  3e-30  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.384709  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0069  Type III restriction enzyme, res subunit  32.83 
 
 		 629 aa  135  3e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2280  type III restriction enzyme, res subunit  30.34 
 
 		 558 aa  135  3.9999999999999996e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0480  type III restriction protein res subunit  32.86 
 
 		 606 aa  134  1.0000000000000001e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000916808  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1575  type I restriction-modification system, R subunit  27.27 
 
 		 760 aa  134  1.0000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0226  type III restriction protein res subunit  27.71 
 
 		 760 aa  132  3e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0450  hypothetical protein  50 
 
 		 124 aa  132  4.0000000000000003e-29  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1080  type III restriction protein res subunit  32.46 
 
 		 607 aa  130  1.0000000000000001e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000886806  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4872  histidine triad (HIT) protein  50.83 
 
 		 133 aa  130  1.0000000000000001e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0296  diadenosine tetraphosphate (Ap4A) hydrolase and other HIT family hydrolases  49.22 
 
 		 127 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1000  hypothetical protein  44.72 
 
 		 122 aa  129  4.0000000000000003e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0651  histidine triad (HIT) protein  46.67 
 
 		 120 aa  128  8.000000000000001e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0007662  unclonable  0.000000000136009 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3020  type III restriction protein res subunit  30.06 
 
 		 581 aa  127  8.000000000000001e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1412  type III restriction protein res subunit  31.13 
 
 		 556 aa  127  9e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00105152  normal  0.0540272 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1235  type III restriction enzyme, res subunit  30.32 
 
 		 560 aa  126  2e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.159231 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2606  type III restriction enzyme, res subunit  31.02 
 
 		 560 aa  125  6e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0810  DEAD/DEAH box helicase-like  27.27 
 
 		 797 aa  123  1.9999999999999998e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.135985  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2653  type III restriction enzyme, res subunit  30.65 
 
 		 398 aa  122  3e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.154004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2770  type III restriction enzyme, res subunit  29.45 
 
 		 560 aa  122  3e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.547342  normal  0.44654 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1300  type III restriction enzyme, res subunit  30.65 
 
 		 560 aa  122  4.9999999999999996e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.49268  normal  0.27314 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2074  type III restriction enzyme, res subunit  30.65 
 
 		 560 aa  121  7e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.432643  normal  0.155491 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1637  Type I site-specific deoxyribonuclease  29.22 
 
 		 804 aa  121  7.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.000133951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3253  type III restriction protein res subunit  30.29 
 
 		 585 aa  121  9e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.503255  normal  0.463212 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04062  type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit  27.39 
 
 		 796 aa  120  9.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2656  EcoEI R domain protein  28.28 
 
 		 811 aa  120  1.9999999999999998e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3568  type III restriction protein res subunit  28.54 
 
 		 802 aa  119  1.9999999999999998e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.427174  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2845  type III restriction enzyme, res subunit  30.03 
 
 		 560 aa  119  3e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651077 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2082  putative helicase (DEAD/DEAH box helicase)  28.61 
 
 		 574 aa  119  3.9999999999999997e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1537  type III restriction protein res subunit  27.18 
 
 		 776 aa  119  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2363  type III restriction enzyme, res subunit  29.11 
 
 		 590 aa  119  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0989425  normal  0.0932294 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0432  histidine triad (HIT) protein  42.22 
 
 		 149 aa  118  5e-25  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>