More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4503 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1359  helicase, putative  38.96 
 
 		 1041 aa  683    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3374  putative helicase  58.96 
 
 		 1017 aa  1205    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.175998  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0368  helicase  58.21 
 
 		 982 aa  1192    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0909  type III restriction protein res subunit  39.94 
 
 		 1042 aa  692    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.252212  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0360  type III restriction protein res subunit  57.36 
 
 		 1055 aa  1265    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0822  DEAD/DEAH box helicase-like  36.38 
 
 		 1065 aa  638    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.317818  normal  0.201991 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17070  DNA/RNA helicase, superfamily II  36.04 
 
 		 1031 aa  638    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8756  type III restriction enzyme, res subunit  36.18 
 
 		 1028 aa  643    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.999301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3869  type III restriction enzyme, res subunit  37.65 
 
 		 1033 aa  657    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0301  type III restriction enzyme, res subunit  56.99 
 
 		 1051 aa  1233    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.177385  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4011  type III restriction protein res subunit  37.45 
 
 		 1033 aa  650    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4503  type III restriction enzyme, res subunit  100 
 
 		 1052 aa  2189    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000814753 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0370  type III restriction protein res subunit  56.98 
 
 		 1055 aa  1260    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0484136  hitchhiker  0.000113274 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3842  type III restriction enzyme, res subunit  57.18 
 
 		 1061 aa  1252    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3738  type III restriction protein res subunit  36.69 
 
 		 1035 aa  665    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0821  type III restriction protein res subunit  36.73 
 
 		 1042 aa  667    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0473136 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0362  type III restriction enzyme, res subunit  57.08 
 
 		 1055 aa  1260    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2492  type III restriction protein res subunit  37.75 
 
 		 1066 aa  642    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1910  type III restriction enzyme, res subunit  57.24 
 
 		 1043 aa  1252    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0449  type III restriction enzyme, res subunit  38.86 
 
 		 1062 aa  729    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.457161  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3809  type III restriction enzyme, res subunit  34.59 
 
 		 1033 aa  629  1e-179  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1089  type III restriction protein res subunit  35.17 
 
 		 1051 aa  629  1e-178  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0977  type III restriction enzyme, res subunit  35.47 
 
 		 1063 aa  623  1e-177  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3182  type III restriction protein res subunit  35.2 
 
 		 1029 aa  606  9.999999999999999e-173  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4288  type III restriction protein res subunit  34.75 
 
 		 1058 aa  608  9.999999999999999e-173  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0357  type III restriction protein res subunit  32.85 
 
 		 1053 aa  416  1e-114  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2205  type III restriction protein res subunit  31.67 
 
 		 993 aa  397  1e-109  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl314  DNA repair DNA/RNA helicase  37.25 
 
 		 905 aa  359  9.999999999999999e-98  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  4.84028e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0992  type III restriction protein res subunit  28.95 
 
 		 938 aa  335  3e-90  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.942343 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3530  transposase, IS4 family protein  28.57 
 
 		 956 aa  327  8.000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.793252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3192  type III restriction enzyme, res subunit  28.84 
 
 		 928 aa  324  6e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1406  type III restriction protein res subunit  32.49 
 
 		 848 aa  321  3.9999999999999996e-86  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1707  type III restriction protein res subunit  34.7 
 
 		 1287 aa  306  2.0000000000000002e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.730362  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1438  type III restriction enzyme, res subunit  30.72 
 
 		 1077 aa  302  2e-80  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.977948  hitchhiker  0.0058487 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3984  type III restriction protein res subunit  32.49 
 
 		 1418 aa  294  6e-78  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2941  type III restriction protein res subunit  30.96 
 
 		 815 aa  289  2e-76  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2034  type III restriction protein res subunit  31.32 
 
 		 813 aa  284  6.000000000000001e-75  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3993  type III restriction protein res subunit  30.98 
 
 		 1348 aa  283  1e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2052  helicase, putative  34.72 
 
 		 952 aa  282  2e-74  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0759  type III restriction protein res subunit  31.85 
 
 		 812 aa  282  2e-74  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.535387  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0035  superfamily II DNA/RNA helicase  34.13 
 
 		 949 aa  281  4e-74  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0259774  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1543  type III restriction protein res subunit  34.06 
 
 		 979 aa  276  2.0000000000000002e-72  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2515  type III restriction enzyme, res subunit  34.9 
 
 		 953 aa  276  2.0000000000000002e-72  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2567  type III restriction protein res subunit  34.9 
 
 		 953 aa  276  2.0000000000000002e-72  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2523  type III restriction enzyme, res subunit  32.58 
 
 		 967 aa  276  2.0000000000000002e-72  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0698946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1920  type III restriction enzyme, res subunit  30.44 
 
 		 946 aa  275  5.000000000000001e-72  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2683  type III restriction enzyme, res subunit  27.23 
 
 		 1149 aa  274  6e-72  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0219186  normal  0.206239 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0337  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  32.86 
 
 		 979 aa  267  5.999999999999999e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1408  helicase, putative  33.52 
 
 		 987 aa  253  1e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11440  DNA/RNA helicase, superfamily II  29.46 
 
 		 974 aa  253  1e-65  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000321567  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1350  type III restriction protein res subunit  32.82 
 
 		 967 aa  252  3e-65  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.810752  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0174  type III restriction protein, res subunit  28.46 
 
 		 949 aa  249  1e-64  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.927728  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3077  type III restriction protein res subunit  29.51 
 
 		 980 aa  239  2e-61  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1001  superfamily II DNA/RNA helicase  32.88 
 
 		 773 aa  185  5.0000000000000004e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2475  type III restriction protein res subunit  30.28 
 
 		 475 aa  156  2e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0815969  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2280  type III restriction enzyme, res subunit  30.46 
 
 		 558 aa  153  2e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_88383  ATP-dependent DNA helicase  31.41 
 
 		 385 aa  147  9e-34  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1412  type III restriction protein res subunit  30.58 
 
 		 556 aa  145  4e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00105152  normal  0.0540272 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2616  type III restriction enzyme, res subunit  29.49 
 
 		 459 aa  144  8e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0606315  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3307  type III restriction protein res subunit  26.38 
 
 		 536 aa  141  6e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010507  Mrad2831_6521  type III restriction protein res subunit  28.57 
 
 		 462 aa  137  8e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0725  DEAD/DEAH box helicase-like  30.51 
 
 		 469 aa  135  3.9999999999999996e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0069  Type III restriction enzyme, res subunit  30.77 
 
 		 629 aa  131  7.000000000000001e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2821  helicase domain-containing protein  29.64 
 
 		 545 aa  125  5e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127614  normal  0.294322 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1080  type III restriction protein res subunit  29.05 
 
 		 607 aa  124  9.999999999999999e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000886806  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2939  helicase domain protein  28.53 
 
 		 545 aa  124  9.999999999999999e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3048  helicase domain protein  29.36 
 
 		 545 aa  124  9.999999999999999e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0891205  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0480  type III restriction protein res subunit  29.09 
 
 		 606 aa  121  9e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000916808  n/a   
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3640  type III restriction protein res subunit  26.77 
 
 		 524 aa  119  1.9999999999999998e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3418  helicase domain-containing protein  27.73 
 
 		 550 aa  118  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.326076 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3020  type III restriction protein res subunit  29.08 
 
 		 581 aa  112  3e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2082  putative helicase (DEAD/DEAH box helicase)  29.13 
 
 		 574 aa  111  8.000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1235  type III restriction enzyme, res subunit  26.61 
 
 		 560 aa  110  1e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.159231 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003782  helicase-related protein  28.57 
 
 		 583 aa  109  3e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000188444  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0810  DEAD/DEAH box helicase-like  28.72 
 
 		 797 aa  108  6e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.135985  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02656  hypothetical protein  28.49 
 
 		 583 aa  108  6e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1537  helicase domain-containing protein  27.86 
 
 		 569 aa  108  7e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.453838  normal  0.138046 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2770  type III restriction enzyme, res subunit  25.37 
 
 		 560 aa  107  1e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.547342  normal  0.44654 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1537  type III restriction protein res subunit  26.56 
 
 		 776 aa  106  2e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2917  type III restriction enzyme, res subunit  26.76 
 
 		 538 aa  104  7e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.633235  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2074  type III restriction enzyme, res subunit  25.55 
 
 		 560 aa  104  8e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.432643  normal  0.155491 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4457  EcoEI R domain protein  28.34 
 
 		 771 aa  104  9e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3253  type III restriction protein res subunit  28.01 
 
 		 585 aa  103  2e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.503255  normal  0.463212 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2653  type III restriction enzyme, res subunit  26.29 
 
 		 398 aa  103  2e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.154004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1242  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  28.9 
 
 		 657 aa  103  2e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000376746  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06707  DEAD/DEAH box helicase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G05530)  26.92 
 
 		 643 aa  103  3e-20  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0774  putative helicase  26.12 
 
 		 586 aa  102  3e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0469791  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2482  putative helicase  26.12 
 
 		 586 aa  102  3e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00182337  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1300  type III restriction enzyme, res subunit  26 
 
 		 560 aa  102  3e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.49268  normal  0.27314 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0616  Type I site-specific deoxyribonuclease  26.72 
 
 		 783 aa  102  3e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2845  type III restriction enzyme, res subunit  25 
 
 		 560 aa  102  5e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651077 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04056  DNA helicase of superfamily II  27.27 
 
 		 796 aa  102  6e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2354  type III restriction protein res subunit  27.15 
 
 		 586 aa  101  6e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3322  putative helicase  26.19 
 
 		 586 aa  101  6e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0433993  normal  0.803545 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2780  type III restriction enzyme, res subunit  27.66 
 
 		 586 aa  101  7e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0188494  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2606  type III restriction enzyme, res subunit  26.48 
 
 		 560 aa  101  9e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0352  EcoEI R domain-containing protein  26.49 
 
 		 791 aa  100  1e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1295  type III restriction enzyme, res subunit  27.76 
 
 		 584 aa  100  1e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02114  predicted ATP-dependet helicase  25.93 
 
 		 586 aa  100  2e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0523071  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3568  type III restriction protein res subunit  27.11 
 
 		 802 aa  100  2e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.427174  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>